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【生信课程】02生物数据库-山东大学-生物信息学

生物数据库一级核酸数据库NCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/EBIDDBJinsdchttp://www.insdc.org/由三大数据库集合资源，共同维护。
leadingsci·2018-01-01 22:15

biostar handbook(四)|生物数据及其下载和基本操作

第一版：生物数据库，基本数据类型（genbank，fasta/fastq），数据上传站点2017/11/12第二版：如何利用esearch,efecth快速获取SRR序列号生物数据库目前绝大部分数据由NCBI
徐洲更hoptop·2017-11-09 09:08

下载基因组注释gtf文件和下载参考基因组序列

下载GTF注释文件对NCBI：wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/GFF/ref_GRCh38.p7_top_level.gff3.gz
高锦-生信·2017-10-20 10:57

《生物信息专业都学些什么编程语言？》读后感

哀家毕业论文就是做的生物信息方向，《150株酸菜乳酸菌的菌种类型分析》，NCBI，真是怀念啊~~生物信息学,离不开大规模的数据处理,因此很多只能是通过计算机来实现.另一方面,生物信息学的数据和其他的计算机处理的数据也没有多大的特殊性
Attano·2017-10-06 13:29

HPRD数据库HPRD_Release9_062910表中最后一列RefSeq字段的含义

RefSeq—是NCBI数据库的参考序列RefSeq资料库是NCBI将GenBank的序列再做详细整理的non-redundent序列资料库,它的序列格式和GenBank几乎完全相同,但因为是完全不同的独立资料库
Anntonnia·2017-09-26 19:42

RNA-seq分析服务器安装生信工具过程

.新建RNAseq_tool文件夹，存放各工具mkdirRNAseq_tool二.各生信工具在测试服务器下的安装1.sratoolkit下载及安装#下载并解压wget"ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov
寂桐·2017-08-31 14:03

ascp下载ebi ncbi数据库大文件

ascp下载ebincbi数据库大文件在技能树论坛里看到有人说ascp可以下载宽带满速，就百度了一下，但是发现ncbi的正常可用，ebi的已经不能用了，所以更新一下。
zd200572·2017-08-22 16:54

NCBI（美国国家生物技术信息中心）的资源架构

NCBI，TheNational（美国国家）CenterforBiotechnology（生物技术）Information）旨在通过提供biomedical（生物医学）和genomic（基因组）信息供访问来推进科学和健康事业
御用程序员任皓·2017-08-01 21:08

SRA下载工具fastq-dump参数理解

fastq-dump是常用用来下载NCBI原始测序SRA数据的工具，但是它的参数也是比较杂乱，我根据查到的数据说下我的体会--outdir#输出文件夹名--gzip#使用gzip压缩结果（目的是减少占用硬盘大小
bioinfo2011·2017-07-31 21:08

生物信息学入门级的常用软件

十年前的生物信息做一个CLUSTALW序列比对，用PHYLIP算一个进化树，上NCBI做一个BLAST，最常用的东西：1，你需要会用Linux，会使用bash2，高于入门级的统计学知识，以及一门统计
11010tianyi·2017-03-05 09:10

RNA-seq流程报告

通过模仿文献《Targetingsuperenhancerassociatedoncogenesinoesophagealsquamouscellcarcinoma》的流程，学会利用NCBI和EBI数据库下载数据
wangyunpeng_bio·2017-02-01 21:29

Charlesworth 2009近交衰退

[Internet].2009;10:783–96.Availablefrom:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19834483适合度相关性状生存，生长率和生育率。
董八七·2016-12-05 17:24

Hayman 1957 heterosis diallel epistasis

heterosisanddiallelcrosses.Genetics[Internet].GeneticsSocietyofAmerica;1957;42:336–55.Availablefrom:http://www.ncbi.nlm.nih.gov
董八七·2016-11-18 17:40

怎么批量从NCBI上下载基因序列

下载序列简单不过，无非就是联网NCBI主页，选择数据库后输入AC号或GI号后直接下载。但是如何大批量下载，而且下载的序列是指定的AC或GI的呢？
u014374031·2016-05-05 12:00

几个免费的英文文献的网站

原址：点击打开链接①：学术英文资料 NCBI（美国国家生物技术中心） 网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 简介：生物、医学、药学等 友情提示1：PMC搜索入口（在Search
u011461420·2016-05-04 19:00

<二代测序> 批量下载 NCBI sra 文件

本文最近更新地址：http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51078460前文http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222介绍了如何采用sra-toolkit下载sra文件，但是如果你想下载整个项目的所有样本，应该怎样批量下载呢，下面参考biostar网站的部分回帖，做简单介
tanzuozhev·2016-04-06 21:00

<二代测序> 下载 NCBI sra 文件

NCBI提供了SRA数据库存储这些数据。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra为了方便更好的分析这些数据，NCBI提供了下载的命令行工具：sra-toolkit。
tanzuozhev·2016-04-06 18:00

重要数据库

重要数据库 1.FDA药品数据库http://www.drugfuture.com/fda/PubMedhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/美国临床药品数据库https
电脑维护_kyo·2016-02-17 15:00

人类基因组在三大基因数据库中的不同版本

在数据分析中，经常需要下载物种的参考基因组序列，这时有很多数据库可以选择，比如NCBI,Ensembl,UCSC这三个通用的数据库，或者该物种特有的数据库，比如模式生物拟南芥等有专门的数据库。
庐州月光·2016-02-14 17:00

aspera connect使用的问题

Mcnode1:~/.aspera/connect/etc$ascp-i~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh-k1-T-l200manonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov
bob601450868·2016-01-20 21:00

NCBI sra数据下载软件安装

引用网址：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
drxin·2016-01-14 14:29

用Aspera connect从NCBI上下载SRA格式数据

用Asperaconnect从NCBI上下载SRA格式数据：一.window1.下载地址：http://downloads.asperasoft.com/connect2/2.安装很简单，略3.下载：数据下载地址
bob601450868·2016-01-13 22:00

ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq文件

ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq文件：环境：ubuntu14.04sratoolkit.2.5.5-ubuntu641.下载下载地址：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov
bob601450868·2016-01-13 13:00

window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq

window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq并将fastq转换成fasta文件1.ncbi下载sra文件ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant
bob601450868·2016-01-12 22:00

SRAtoolkit使用

SRAtoolkit使用1.下载安装：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
bob601450868·2016-01-12 22:00

FASTA序列格式详细说明

下面是一个来源于NCBI的fasta格式序列：>gi|187608668|ref|NM_001043364.2| Bombyx mori moricin (Mor), mRNA AAACCGCGCAGTTATTTAAAATATGAATATTTTAAA
923534069·2015-12-14 15:29

FASTA序列格式详细说明

下面是一个来源于NCBI的fasta格式序列：>gi|187608668|ref|NM_001043364.2| Bombyx mori moricin (Mor), mRNA AAACCGCGCAGTTATTTAAAATATGAATATTTTAAA
923534069·2015-12-14 15:29

FASTA序列格式详细说明

下面是一个来源于NCBI的fasta格式序列：>gi|187608668|ref|NM_001043364.2| Bombyx mori moricin (Mor), mRNAAAACCGCGCAGTTATTTAAAATATGAATATTTTAAAA
923534069·2015-12-14 15:29

从NCBI等数据库获取序列数据

有两种方法： 1, 使用 Bio::DB::GenBank （使用Web Interface获取序列数据，当需要获取大量数据的时候不建议使用，否则 ip 有可能被 ban） 2, 下载整个 NCBI 数据库到本地
·2015-11-12 19:35

【G-BLASTN 1.0正式发布】

【G-BLASTN 1.0正式发布】G-BLASTN使用GPU来加速NCBI-BLAST里的BLASTN模块，单块GTX780比四核CPU平均快6倍。
·2015-11-12 13:38

NCBI SRA数据预处理

SRA数据的的处理流程大概如下 一、SRA数据下载、 NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式。 下载以后就是以SRA为后缀名。 这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据。
·2015-11-12 10:39

blast formatdb 使用方法介绍

It has been replaced by the tool makeblastdb and the NCBI "strongly encourag
·2015-10-31 11:45

如何看懂NCBI BLAST输出结果

解读报告前需要掌握的概念 alignments 代表比对上的两个序列 hits 表示两个序列比对上的片段 Score 比对得分，如果序列匹配上得分，不一样，减分，分值越高，两个序列相似性越高 E Value 值越小，越可信，相对的一个统计值。 Length 输入序列的长度 Identities 一致性，就是两个序列有多少是一样的 Query 代表输入序列 Sbjct 代表数据库中的序列
·2015-10-31 11:44

NCBI总结ftp

ftp地址： ftp.ncbi.nih.gov:/genomes 2012年2月3日 大概按目录的字母顺序翻译了一下。除去了真菌细菌和病毒（实在太多了！） 个人觉得数据还不是很全。
·2015-10-30 14:14

如何把sra格式转成fastq格式(fq格式)

sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式，而平常我们工作用得多是fastq格式。
·2015-10-23 08:29

Genbank简介

它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。它的数据直接来源于测序工作者提交的序列；由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据；以及与其它数据机构协作交换数据而来。
·2015-10-21 12:00

如何寻找综述性文章

然后点击“分析检索结果”，在“根据字段排列记录:”下方的下拉菜单中点击“文献类型”，点击“分析”，勾选Review前面的复选框，点击“查看记录”即可获取所需要的高品质综述；（2）生物医学类综述文章可利用NCBI
xjnine·2015-09-17 10:00

PSSM特征-从生成到处理

1.PSSM的生成PSSM的生成有多种方式，这里使用的psiblast软件，ncbi-
拾毅者·2015-07-07 22:00

PSSM特征-从生成到处理

1.PSSM的生成PSSM的生成有多种方式，这里使用的psiblast软件，ncbi-
拾毅者·2015-07-07 22:00

PSSM特征-从生成到处理

1.PSSM的生成PSSM的生成有多种方式，这里使用的psiblast软件，ncbi-
Dream_angel_Z·2015-07-07 22:00

VCF （Variant Call Format）格式详解

fileDate=20090805 ##source=myImputationProgramV3.1 ##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36
·2015-06-08 21:00

NCBI在线Blast的图文说明

BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一
laymanxia·2015-05-19 14:35

MRI 数据（HCP数据及其他）

HCP预处理pipeline：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23668970文件夹结构以及每个文件是什么：http://www.humanconnectome.org
lxqlxq21·2015-05-09 01:16

Reducing the Dimensionality of Data with Neural Networks

     原文链接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16873662/    G.E.Hinton*andR.R.Salakhutdinov. 
wishchin·2015-04-26 20:00

NCBI使用方法

NCBI使用方法作者:郭亚雄NCBINCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation),美国国家生物技术信息中心http://www.ncbi.nlm.nih.gov
Yapii·2015-01-17 16:39

怎样高效地阅读文献

重要的如ISI，Medline,Ncbi等了。因人而异添加数据库到你的收藏夹。    做一个课题首先是要看专利的！！这是我的经验之谈。
吴玉音·2014-10-31 16:41

Blast的汇总，从入门到应用

与NCBI的Blast。都是热门啊。Blast入门1，什么是Blast?BLAST核酸/
AimAtFuture·2014-04-18 13:00

NCBI SRA数据预处理

SRA数据的的处理流程大概如下一、SRA数据下载、NCBI上存储的数据现在大都存储为SRA格式。下载以后就是以SRA为后缀名。这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据。
OpenHero·2013-08-25 22:00

【G-BLASTN 1.0正式发布】

【G-BLASTN1.0正式发布】G-BLASTN使用GPU来加速NCBI-BLAST里的BLASTN模块，单块GTX780比四核CPU平均快6倍。
OpenHero·2013-08-23 02:00

NCBI数据库文件扩展名解析

搜索摘抄来的：http://defindit.com/readme_files/ncbi_file_extension_format.htmlFormoredetails,contacttheNCBIhelpdesk
_lhtk_·2013-06-18 10:00
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