r语言主成分分析

在线作图丨做一张叠加mantel test的相关性热图

下边这张图摘自2015年的Science（暂且叫他Manteltest和相关性热图的组合图吧），这张图在各大论坛都有R语言的教程，今天小编教大家如何不使用R语言，分分钟在线做出这样的高水平图片。
维凡生物·2024-01-13 14:49

机器学习降维技术全面对比评析

线性技术主成分分析（PCA）线性投影：PCA执行线性投影以捕获数据中的最大方差。计算效率：高效且广泛使用，但假设线性关系。线性判别分析(LDA)有监督的降维：LDA结合了类别信息来找到最好地
冷冻工厂·2024-01-13 10:52

Day4-郭妞2020.04.27-R语言基础

1.安装R（基础）和Rstudio（人性化一些的界面）2.粗略了解R语言是什么，干什么的，认识Rstudio的工作界面3.学会外观设置和基本操作准备工作1、查看电脑用户名是中文还是英文先在电脑桌面随便打开一个文件夹
郭妞儿·2024-01-13 09:28

R语言【paleobioDB】——pbdb_occurrence()：从PBDB获取单个化石记录号的基本信息

PackagepaleobioDBversion0.7.0paleobioDB包在2020年已经停止更新，该包依赖PBDBv1API。可以选择在Indexof/src/contrib/Archive/paleobioDB(r-project.org)下载安装包后，执行本地安装。Usagepbdb_occurrence(id,...)Arguments参数【id】：化石记录号的标识符，即ID。此参数
ALittleHigh·2024-01-13 09:49

R语言【paleobioDB】——pbdb_collections()：通过参数选择，返回多个采集号的基本信息

PackagepaleobioDBversion0.7.0paleobioDB包在2020年已经停止更新，该包依赖PBDBv1API。可以选择在Indexof/src/contrib/Archive/paleobioDB(r-project.org)下载安装包后，执行本地安装。Usagepbdb_collections(...)Arguments参数【...】：可通过API调用的参数。所有可用参数
ALittleHigh·2024-01-13 09:19

R语言【paleobioDB】——pbdb_collections_geo()：从PBDB获取根据地理位置信息筛选的采集号的基本信息

PackagepaleobioDBversion0.7.0paleobioDB包在2020年已经停止更新，该包依赖PBDBv1API。可以选择在Indexof/src/contrib/Archive/paleobioDB(r-project.org)下载安装包后，执行本地安装。Usagepbdb_collections_geo(...)Arguments参数【...】：可通过API调用的参数。所有
ALittleHigh·2024-01-13 09:19

R语言【paleobioDB】——pbdb_map_occur()：通过化石分布记录，创建一个RasterLayer对象，和一个显示取样力度的图

PackagepaleobioDBversion0.7.0paleobioDB包在2020年已经停止更新，该包依赖PBDBv1API。可以选择在Indexof/src/contrib/Archive/paleobioDB(r-project.org)下载安装包后，执行本地安装。Usagepbdb_map_occur(data,res=5,col.int="white",col.ocean="bla
ALittleHigh·2024-01-13 09:19

R语言【paleobioDB】——pbdb_map_richness()：通过化石分布记录，创建一个RasterLayer对象，和一个显示科、属、种等分类阶元丰富度的图

PackagepaleobioDBversion0.7.0paleobioDB包在2020年已经停止更新，该包依赖PBDBv1API。可以选择在Indexof/src/contrib/Archive/paleobioDB(r-project.org)下载安装包后，执行本地安装。Usagepbdb_map_richness(data,rank="species",do.plot=TRUE,res=5
ALittleHigh·2024-01-13 09:19

R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图

详情点击链接：R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图前沿R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
夏日恋雨·2024-01-13 09:45

R语言【技巧】——判断自定义函数的传参内容是否符合要求

1.利用if条件判断，stop语句报错比如对一个应该传入数值型，数值为0或1的参数：if(add.strat1){stop("add.stratrepresentsthefractionofpseudoabsencesthataresampledenvironmentallystratifiedandshouldbebetween0and1!")}比如对一个应该传入字符型，字符串为某个向量元素之一
ALittleHigh·2024-01-13 09:41

医学统计学-为什么是个医学生就都要学R语言？

医学统计学中R语言对一个医学生意味着什么？众所周知，医学统计学在医学研究中占据了极其重要的位置，每一个医学人都不可能逃脱被统计支配的命运。
统计之光—Meta分析一对一指导·2024-01-13 08:45

统计学-R语言-4.1

文章目录前言编写R函数图形的控制和布局par函数layout函数练习前言安装完R软件之后就可以对其进行代码的编写了。编写R函数如果对数据分析有些特殊需要，已有的R包或函数不能满足，可以在R中编写自己的函数。函数的定义格式如下所示：functionname<-function(a1,a2,...)expression该式中，functionname是函数名称；function指明该对象为函数类型；a
柔雾·2024-01-13 08:35

统计学-R语言-3

文章目录前言给直方图增加正态曲线的不恰当之处直方图与条形图的区别核密度图时间序列图洛伦茨曲线计算绘制洛伦茨曲线所需的各百分比数值绘制洛伦茨曲线练习前言本篇文章是介绍对数据的部分图形可视化的图型展现。给直方图增加正态曲线的不恰当之处需要注意的是，给直方图拟合正态分布曲线并非总是适用，有时甚至是荒谬的，容易产生误导。合理的做法是为直方图拟合一条核密度估计曲线，它是数据实际分布的一种近似描述。下面通过一
柔雾·2024-01-13 08:32

代码+视频，手把手教你R语言使用forestploter包绘制单组及双组森林图

既往我们在文章《R语言快速绘制多因素回归分析森林图（1）》已经介绍了怎么绘制森林图，但是绘图比较简单，不够美观，不能绘制相对复杂的森林图。
天桥下的卖艺者·2024-01-13 03:56

代码+视频手把手教你基于R语言逆概率加权(IPTW)并行生存曲线分析

代码+视频手把手教你基于R语言逆概率加权(
天桥下的卖艺者·2024-01-13 03:56

代码+视频，超详细的R语言svykm函数绘制复杂抽样设计数据cox回归生存曲线(Kaplan-Meier)

我们在既往的文章《R语言绘制复杂抽样设计数据cox回归生存曲线(Kaplan-Meier)》中介绍了怎么使用jskm包的svykm函数绘制复杂抽样设计数据cox回归生存曲线(Kaplan-Meier)，
天桥下的卖艺者·2024-01-13 03:56

机器学习系列--R语言随机森林进行生存分析（2）

随机森林（Breiman2001a）（RF）是一种非参数统计方法，需要没有关于响应的协变关系的分布假设。RF是一种强大的、非线性的技术，通过拟合一组树来稳定预测精度模型估计。随机生存森林（RSF）（Ishwaran和Kogalur，2007；Ishwaraan，Kogalur、Blackstone和Lauer（2008）是Breimans射频技术的延伸从而降低了对时间到事件数据的有效非参数分析。接
天桥下的卖艺者·2024-01-13 03:55

如何利用R语言进行时间序列分析

R语言具有功能强大的程序包，在数据
吃一口小肉丸·2024-01-13 01:57

用R语言随便编一个模拟fasta序列

格式：第一行为一个大于号加序列名称；第二列为序列信息（核苷酸用ACGT四种字母表示；氨基酸用20个字母表示），接下来利用R语言一些函数循环编写多个fasta序列，并储存到本地。
小贝学生信·2024-01-12 22:31

Day4-路超杰

R语言基础1.R和Rstudio安装注意一定要确保用户名是英文的（深受其害，最后重装了系统解决）)R和RStudio安装教程和一些快捷键2.认识R和Rstudio生信星球公众号3.基本画图命令plot(
Imimp·2024-01-12 18:50

线性判别分析LDA（（公式推导+举例应用））

LDA不同于一些无监督降维方法，如主成分分析（PCA），它充分利用了类别信息，通过寻找最佳投影方向，使得不同类别的样本在降维后的空间中有最大的类间距离，
Nie同学·2024-01-12 14:00

主成分分析（PCA）

PCA算法的主要步骤是：（1）对向量X进行去中心化（2）计算向量X的协方差矩阵，自由度可以选择0或1（3）计算协方差矩阵的特征值和特征向量（4）选取最大的k个特征值及其特征向量（5）用X与特征向量相乘python实现：fromsklearn.datasetsimportload_irisimportnumpyasnpdefpca(X,k):X=X-X.mean(axis=0)X_cov=np.co
fallinmix·2024-01-12 11:17

vscode配置R语言环境：“vscDebugger“的安装

vscode配置R语言环境：“vscDebugger“的安装_shaojie_45的博客-CSDN博客上文给出了3种解决方式，但我都不行。翻来翻去终于找到解决办法，应该是通用的。
朦朦墨色染·2024-01-12 09:56

R语言学习（2）——Windows系统下安装和配置R的IDE（VSCode）

上一期文章R语言学习（1）——Windows系统下安装R及Rtools文章目录安装VSCode（VisualStudioCode）配置相关设置和Rstudio相比，我更喜欢用VSCode，因为VSCode
闲鱼粗面·2024-01-12 09:24

R语言下载安装及VScode配置

文章目录1.R下载和安装1.1下载1.2安装2.VSCODE配置2.1安装R拓展2.2安装R语言辅助功能包2.3DEBUG1.R下载和安装1.1下载网址：https://www.r-project.org
X_Cosmic·2024-01-12 09:50

[原创][R语言]股票分析实战[10]:读取股票数据文件的细节: 数值精度丢失 和 排序

[简介]常用网名:猪头三出生日期:1981.XX.XXQQ联系:643439947个人网站:80x86汇编小站https://www.x86asm.org编程生涯:2001年~至今[共22年]职业生涯:20年开发语言:C/C++、80x86ASM、PHP、Perl、Objective-C、ObjectPascal、C#、Python开发工具:VisualStudio、Delphi、XCode、Ec
我不是代码教父·2024-01-12 08:58

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE126848（003）

，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战
恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE159676（002）

，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战
恩喜玛生物·2024-01-12 08:26

PCA主成分分析算法

在数据分析中，如果特征太多，或者特征之间的相关性太高，通常可以用PCA来进行降维。比如通过对原有10个特征的线性组合,我们找出3个主成分，就足以解释绝大多数的方差，该算法在高维数据集中被广泛应用。算法（没时间看版本）：将数据标准化，即把所有数据转换以原点为中心；划一条通过原点的直线，将所有点投影到该直线上，然后计算这些投影点到原点的距离平方和。设想我们不停的转动该直线，最终找到一条直线使得这个距离
沉住气CD·2024-01-12 05:47

R语言笔记

在一个函数中，如果一个包不存在，执行到library将会停止执行，require则会继续执行.2.R语言中$符号和@符号取值区别？$比较常用，@比较少用。
启动子学生信·2024-01-12 05:26

统计学-R语言-2.1

文章目录前言安装过程总结前言上篇文章介绍了统计学-R语言的介绍，本篇文章介绍如何安装R软件。安装过程可以登录官网，https://www.r-project.org/，点击此处跳转。
柔雾·2024-01-12 00:37

统计学-R语言-2.2

文章目录前言导入.RData文件方式1方式2方式3导入程序包总结前言本篇文章是将上篇得软件安装完，对其部分功能进行介绍。导入.RData文件在我们日常练习时会有.RData文件导入，并对其进行分析，下面是两种方导入.RData文件。方式1直接找到自己下载的.RData文件，双击进行打开即可。方式2上面得工具栏中找到文件。在里面找到打开程序脚本，找到你所保存的.RData文件存储位置。如果没有文件显
柔雾·2024-01-12 00:35

R语言可视化（十八）：UMAP图绘制

18.UMAP图绘制清除当前环境中的变量rm(list=ls())设置工作目录setwd("C:/Users/Dell/Desktop/R_Plots/18umap/")查看示例数据head(iris)##Sepal.LengthSepal.WidthPetal.LengthPetal.WidthSpecies##15.13.51.40.2setosa##24.93.01.40.2setosa##
Davey1220·2024-01-11 23:44

python数据分析与应用课后题答案第五章_《Geocomputation with R》第五章参考答案

作者：黄天元，复旦大学博士在读，热爱数据科学与开源工具（R），致力于利用数据科学迅速积累行业经验优势和科学知识发现，涉猎内容包括但不限于信息计量、机器学习、数据可视化、应用统计建模、知识图谱等，著有《R语言高效数据处理指南
weixin_39717121·2024-01-11 23:06

R语言中创建函数参数的问题

Sys.setlocale('LC_ALL','C')##[1]"C"R语言中创建函数参数的问题R可以很方便的指定任意长度的参数列表(…)可以表示将额外的参数传递给另外的一个函数-再有就是可以表示参数可变举例说明该计算会将
医科研·2024-01-11 20:48

raptor 速成

文章目录开始与结束Start：End：控制语句循环Set与变量Set语句：变量：开始与结束在Raptor语言中，Start和End是两个特殊的符号，它们用于表示程序的开始和结束。
JNU freshman·2024-01-11 20:38

R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图教程

详情点击链接：R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图教程前沿R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
夏日恋雨·2024-01-11 19:31

R语言【stats】——as.formula()：取已包含在其他对象中的公式的方法，额外保存属性

Packagestatsversion4.2.0Description泛型函数formula及其特定方法提供了一种提取包含在其他对象中的公式的方法。as.formula几乎相同，另外当对象已经继承了“formula”时，保留了属性。Usageformula(x,...)DF2formula(x,env=parent.frame())as.formula(object,env=parent.fram
ALittleHigh·2024-01-11 16:46

r语言degseq2_R语言seq()函数用法

1、seq()用来生成一组数字的函数。Usage：##DefaultS3method:seq(from=1,to=1,by=((to-from)/(length.out-1)),length.out=NULL,along.with=NULL,...)seq.int(from,to,by,length.out,along.with,...)seq_along(along.with)seq_len(l
weixin_39553352·2024-01-11 15:29

R语言【base】——sample()：随机取样和排列

Packagebaseversion4.2.0Descriptionsample()使用替换或不替换从参数【x】的元素中获取指定大小的样本。Usagesample(x,size,replace=FALSE,prob=NULL)sample.int(n,size=n,replace=FALSE,prob=NULL,useHash=(n>1e+07&&!replace&&is.null(prob)&&
ALittleHigh·2024-01-11 13:19

R语言【base】——ceiling()：对数字进行四舍五入

Packagebaseversion4.2.0Descriptionceiling接受单个数字参数【x】，并返回一个数字向量，其中包含不小于参数【x】对应元素的最小整数。Usageceiling(x)Arguments参数【x】：一个数值向量。Example>ceiling(c(1,2.2,3.1,5.9,9))[1]13469
ALittleHigh·2024-01-11 13:19

R语言安装教程（附安装包链接）

R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。Mac支持M1芯片，下载其中的arm即可，其余下载另一个文件下载链接：链接:https://pan.baidu.com/s/1k_kQO6JEviqwine1vnzB2A?pwd=bkdz提取码:bkdz安装教程：1.R是自由软件。这意味着它是完全免费，开放源代码
饿了就去喝水·2024-01-11 13:08

R语言中连接数据库——Mongodb

R语言中连接数据库——Mongodb文章目录R语言中连接数据库——Mongodb一、项目环境二、mongolite包安装三、mongolite包的使用四、mongolite包相关函数1、$aggregate2
Y_Wolf·2024-01-11 13:56

因子分析——主成份算法实现

主因子分析，在炼数成金课程中提到：降维的一种方法，是主成分分析的推广和发展是用于分析隐藏在表面现象背后的因子作用的统计模型。
weixin_30685047·2024-01-11 11:06

使用R获取DNA的反向互补序列

我这里只是想结合R语言来解决我们生物信息里面的一些小问题，帮助大家理解R。我们还是用上次的DNA序列来举例DNA='ATTTAGCGATGCGGCTATGCTATCGGA'如果大家只是想解决这
生信交流平台·2024-01-11 10:40

R语言-受限三样次条回归RCS-基于logistic

临床上，因变量和临床的结局有时候不是线性关系，而回归模型有一个重要的假设就是自变量和因变量呈线性关联，因此非线性关系模型用回归分析来拟合受到限制。因此，一个更好的解决方法是拟合自变量与因变量之间的非线性关系，限制性立方(Restrictedcubicspline，RCS)就是分析非线性关系的最常见的方法之一。rm(list=ls())library(smoothHR)library(surviva
MRI_lab·2024-01-11 07:58

R语言学习-GEO数据挖掘

根据教程准备试着处理一下GSE的其他数据，发现对于多组数据很难简单的复现，待后续探索完善再补更；先复习LINUX；（1）下载数据及读取rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(GEOquery)eSet<-getGEO("GSE94648",destdir='.',getGPL=F)exp<-exprs(eSet[[1]])exp[1:4,1:
米粥的味道·2024-01-11 02:47

R语言绘制基线资料表

#转换数据类型mydata%#创建新数据集新变量#note#Age=Age,#连续变量#Gender=factor(Gender,levels=c(1,2),labels=c("Male","Female"))#分类变量transmute(Groups=factor(data$Groups),Age=Age,Age.of.menarche
MRI_lab·2024-01-10 21:34

R语言-配对T检验-配对连线图（Paried_line plots），也称为前后配对图（Before-after plots）

rm(list=ls())library(ggstatsplot)#remove.packages(c("vctrs","dplyr"))#install.packages("dplyr")library(ggplot2)library(RColorBrewer)str(data)data$Groups<-as.factor
MRI_lab·2024-01-10 21:34

【R语言】---创建数据集

例如：病例数据(引自R语言实战)通过数据集，可以清楚的看到数据结构及其中包含的内容和数据类型。数据结构R中有很多用于储存数据的结构，包括标量、向量、数组、数据框和列表。
生态数据·2024-01-10 21:17
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