r语言随机森林

R语言入门--第十三节（PCA与EFA分析）

在有一个很多变量（近百个）的大数据下，变量间的相互关系及潜在联系是令实验研究者头疼的事。而主成分分析（PCA，PrincipalComponentsAnalysis）与探索性因子分析（EFA，ExploratoryFactorAnalysis）是用来探索和简化多变量复杂关系的常用方法。主成分分析PCA概念：使数据降维，将大量相关变量转化为很少的不相关变量，这些无关变量称为主成分；而一个主成分是所有
小贝学生信·2023-04-11 18:56

R语言初学笔记：差异表达基因

setwd("E:/GSE25066")#环境设置library(limma)#加载差异分析包limma#将分组文件加载到环境中，分组信息第一列为样本名，第二列为分组信息如“high”“low”targets<-read.csv("group.csv")#将表达矩阵加载到环境中，行为基因，列为样本，这里应该注意去除重复项。eset<-read.csv("expreset-basal1.csv",r
麦子菇娘·2023-04-11 18:26

数据分析：麦当劳食品营养数据探索并可视化

专栏案例：数据分析数据分析：某电商优惠卷数据分析数据分析：旅游景点销售门票和消费情况分析数据分析：消费者数据分析数据分析：餐厅订单数据分析数据分析：基于随机森林(RFC)对酒店预订分
i阿极·2023-04-11 17:48

t检验算法及其在R语言中的实现

定义及分类在进行t检验之前让我们先看看它的定义：t检验法就是在假设检验时利用t分布进行概率计算的检验方法。那问题来了，什么是t分布呢？在概率论和统计学中，学生t-分布（Student'st-distribution）可简称为t分布，用于根据小样本来估计呈正态分布且方差未知的总体的均值。如果总体方差已知（例如在样本数量足够多时），则应该用正态分布来估计总体均值[1]。所以我们在进行t检验之前，应该对
研究僧小蓝哥·2023-04-11 17:33

使用Rserve远程执行R脚本

Rserve介绍Rserve是一个基于TCP/IP协议的，允许R语言与其他语言通信的C/S结构的程序，支持C/C++,Java,PHP,Python,Ruby,Nodejs等。
Liam_ml·2023-04-11 16:47

跟着Plos Biology学作图：R语言ggplot2散点图并添加误差线和带置信区间的拟合曲线

论文Largevariationintheassociationbetweenseasonalantibioticuseandresistanceacrossmultiplebacterialspeciesandantibioticclasses数据代码链接https://github.com/orgs/gradlab/repositories今天的推文重复一下论文中的Figure1Bimage.
小明的数据分析笔记本·2023-04-11 14:52

Coding and Paper Letter（二十一）

1Coding：1.R语言包psychmeta，用于心理学方面的的Meta分析。
weixin_34302798·2023-04-11 14:08

集成学习方法之随机森林

scikit-learn随机森林调参1.scikit-learn随机森林类库概述在scikit-learn中，RF的分类类是RandomForestClassifier，回归类是RandomForestRegressor
吃肉的小馒头·2023-04-11 14:37

CART分类树算法与随机森林

CART分类树算法与随机森林对于一个复杂的分类问题，训练一个复杂的分类模型通常比较耗时，同时为了能够提高对分类问题的预测准确性，通常可以选择训练多个分类模型，并将各自的预测结果结合起来，得到最终的预测。
ggwcr·2023-04-11 14:04

【R语言】dplyr对数据分组取各组前几行

前面我们介绍过GO富集分析和结果可视化1.GO和KEGG富集分析视频讲解2.GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图3.GO和KEGG富集结果如何显示基因symbol4.GO和KEGG富集倍数（FoldEnrichment）如何计算我们知道GO又可以进一步划分成BP，MF和CCBP:biologicalprocess,生物学过程。MF:molecularfunction,分子功能。CC:cel
生信交流平台·2023-04-11 13:15

基于R语言BIOMOD2模型的物种分布模拟

随着生物多样性全球大会的举办，不论是管理机构及科研单位、高校都在积极准备，根据国家林草局最新工作指示，我国将积极整合、优化自然保护地，加快推进国家公园体制试点，构建以国家公园为主体的自然保护地体系。针对我国目前已有自然保护区普遍存在保护目标不明确、保护成效低下和保护空缺依然存在等问题，科学的鉴定生物多样性热点保护区域与保护空缺显得刻不容缓。BIOMOD2提供运行多达10余种物种分布模拟模型，模拟特
思考的小猴子·2023-04-11 11:53

R语言|plot和par函数绘图详解，绘图区域设置 颜色设置 绘图后修改及图像输出

plot()函数plot()函数是R中最基本的绘图函数，其实最简单、最基础的函数，这也就意味着其具有更多的可操作性。plot(x,y,...)在plot函数中，只需指定最基本的x和y轴对应数据即可进行图像的绘制，x和y轴数据分别为两个向量或者是只有两列的数据框（第一类为x轴，第二列为y轴）。require(stats)plot(cars)plot绘图默认为散点图，可以通过type参数修改绘图的类型
cyd20161117·2023-04-11 11:47

跟着Nature学作图：R语言ggplot2频率分布直方图/堆积柱形图/散点图

论文Graphpangenomecapturesmissingheritabilityandempowerstomatobreedinghttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8s41586-022-04808-9.pdf没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分做图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推
小明的数据分析笔记本·2023-04-11 11:44

四大机器学习编程语言对比：R、Python、MATLAB、Octave

更多机器学习相关内容图源：Pixabay.comR语言R是一种用于统计计算和图的语言及环境。它是一个GNU项目，与贝尔实验室的JohnChambers及其同事开发的S语言及环境类似。
程序员面试吧·2023-04-11 09:51

Mac M1芯片 RStudio中无法显示x轴坐标、y轴坐标

MacM1芯片RStudio中无法显示x轴坐标、y轴坐标1.问题描述在RStudio中使用R语言绘图时，图中的坐标轴无法显示，如下图所示：2.解决方法2.1fontBookAPP使用command+空格键
CL_Meng77·2023-04-11 09:50

R语言 字符串拼接

1.paste{base}语法：paste(...,sep="",collapse=NULL)paste0(...,collapse=NULL)两个参数：sep字符串内的拼接符；collapse字符串间的拼接符。paste与paste0的区别：paste0参数sep默认为空字符，paste的参数sep默认为空格。示例：paste("1st","2nd","3rd",collapse=",")[1]
唐伯虎点蚊香7·2023-04-11 07:31

【R语言入门与数据分析-1】 R 基础变量类型

使用过程中发现自己的R语言基础太差了，回头补课。P15-P27所学视频：https://www.bilibili.com/video/BV19x411X7C6?
森尼啊·2023-04-11 06:03

生信必备技巧之R语言基础教程--导入和导出

  R语言是数学研究工作者设计的一种数学编程语言，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。R语言是解释运行的语言（与C语言的编译运行不同），它的执行速度比C语言慢得多，不利于优化。
生信师兄·2023-04-11 06:42

Linux基础：软件安装技巧--conda

微信公众号：猪猪生信生信技能树粉丝，不断更新生树学徒作业，以及R语言和Linux学习笔记配置conda频道#一：官方频道conda config --add channels bioconda conda
鲸鱼不是鱼592·2023-04-11 06:05

大气环境相关模型WRF、MCM/OBM、PMF源解析、WRF/Chem、CMAQ、SOLAR、Hydro、SMOKE模式、 NCL、FLEXPART、Calpuff、未来大气污染、cmip6数据处理等

推荐一些大气环境相关的实用模型：WRF模式、MCM模型、PMF源解析、EKMA曲线、WRF/Chem模式、WRF-CMAQ模式、camx模式、CLM陆面过程模式、SMOKE及EDGAR/MEIC清单制作、WRF-Hydro、R语言水文
xiao5kou4chang6kai4·2023-04-11 05:33

R语言Logistic回归模型验证及Nomogram绘制

本文转自易学统计R语言Logistic回归模型深度验证以及Nomogram绘制研究背景本章将常用的基于R语言实现二元Logistic回归模型临床预测模型的构建和验证，以及诺曼图的绘制记录下来，更为复杂的生存分析中的
小易学统计·2023-04-11 05:49

R语言|plot和par函数绘图详解，绘图区域设置 颜色设置 绘图后修改及图像输出

plot()函数plot()函数是R中最基本的绘图函数，其实最简单、最基础的函数，这也就意味着其具有更多的可操作性。plot(x,y,...)在plot函数中，只需指定最基本的x和y轴对应数据即可进行图像的绘制，x和y轴数据分别为两个向量或者是只有两列的数据框（第一类为x轴，第二列为y轴）。require(stats)plot(cars)plot绘图默认为散点图，可以通过type参数修改绘图的类型
Teacher.chenchong·2023-04-11 04:25

Day6R包学习-谢大飞

R语言相关的包一般存储安装目录下对"library"目录安装和加载R包1.镜像设置file.edit(‘~/.Rprofile’)#编辑一个文件options("repos"=c(CRAN="https
谢大飞7698·2023-04-11 04:35

代做SCC 120、代写C/C++编程、代做C/C++语言、代写BJTU/LU帮做Haskell程序|代做R语言编程

SCC120FundamentalsofComputerScienceTerm1CourseworkDeadlineforsubmission:Friday16thNovember,2018,at20:00(week10)SubmissioniselectronicasPDFfileonMoodle.Thiscourseworkisworth20%forbothBJTUandLUcredits.P
oowfmv5·2023-04-11 03:33

回归预测1：机器学习处理共享单车数据集

目录1介绍2导入工具箱3数据探索3.1分析数据相关系数3.2分析时间和数量的关系4数据预处理4.1日期拆分，将datetime拆分为年月日等4.2windspeed列有0值，使用随机森林对0值进行填充4.3
王小葱鸭·2023-04-11 03:41

python葡萄酒数据集_利用python分析红葡萄酒数据

在本次分析中，我使用了随机森林回归，并涉及数据标准化和超参数调优。在这里，我使用随机森林分类器，对好酒和不太好的酒进行二元分类。
遇虹ZHU·2023-04-11 02:08

Python利用线性回归、随机森林等对红酒数据进行分析与可视化实战（附源码和数据集 超详细）

需要源码和数据集请点赞关注收藏后评论区留言私信~~~下面对天池项目中的红酒数据集进行分析与挖掘实现步骤1：导入模块2：颜色和打印精度设置3：获取数据并显示数据维度字段中英文对照表如下然后利用describe函数显示数值属性的统计描述值显示quality取值的相关信息显示各个变量的直方图如下显示各个变量的盒图酸性相关的特征分析该数据集与酸度相关的特征有’fixedacidity’,‘volatile
showswoller·2023-04-11 02:59

R语言字符串处理——一列中多种特殊字符的替换和拆分

删除一列中多种字符串需求1需要把图中的多位数字保留，去掉特殊符号和单个数字经观察，除了多位数字外，其余数字左边为”：“，右边为”，“，根据这个规律进行正则替换。代码library(dplyr)library(tidyr)dat%data.frame()##删除符号wordstoremove%as_tibble()%>%separate_rows(cleanaggregation,sep="")##
小八四爱吃甜食·2023-04-11 02:35

R语言ggplot2可视化：自定义设置X轴上的时间间隔（以日、月、年为单位）

需求用ggplot2简单绘制了一个散点图，x轴为时间。但是时间刻度太密集了，所以x轴是下面这样的：因此需要修改x轴标签的密度。代码如下：#重点是下面这句trendsData$date<-as.Date(trendsData$date)ggplot(data=trendsData,#MakeaplotusingourFOIandGDPdataaes(x=date,#withFOIonthex-axi
小八四爱吃甜食·2023-04-11 02:35

R语言 4.2.2安装包下载及安装教程

[软件名称]:R语言4.2.2[软件大小]:75.6MB[安装环境]:Win11/Win10/Win7[软件安装包下载]:https://pan.quark.cn/s/b6f604930d04R语言软件的
办公软件行家·2023-04-11 02:35

R语言处理数据——多组元素排列组合（全排列）

多组元素排列组合有多组character需要进行排列组合，例如，我有多个基因，每个基因有三种基因型（aa,ab,bb），需要对它们进行排列组合，来计算组合后的基因型带来的风险值等等。代码如下：require(utils)library(permutations)Sys.setlocale(category="LC_ALL",locale="Chinese")all_data<-expand.gri
小八四爱吃甜食·2023-04-11 02:05

R语言处理数据——查看某列重复元素及重复次数

查看某列重复元素及重复次数#查看某列大于1的元素library(tidyfst)count_dt(g,POS)%>%filter_dt(n>1)
小八四爱吃甜食·2023-04-11 02:35

R语言处理数据——ggplot2去掉网格线和背景色

ggplot2去掉网格线和背景色#ggplot2去掉网格线和背景色+theme_bw()+theme(panel.grid.major=element_line(colour=NA),panel.background=element_rect(fill="transparent",colour=NA),plot.background=element_rect(fill="transparent",
小八四爱吃甜食·2023-04-11 02:35

R语言处理数据——删除指定列

删除指定列##R语言删除某列library(dplyr)##按索引删除data<-select(data,-3)##按列名删除单列data<-select(data,-lieming)##按列名删除多列
小八四爱吃甜食·2023-04-11 02:05

R语言处理数据——删除文件某列中包含某元素的行

删除文件某列中包含某元素的行代码：#挑选出列名为col中元素为delete的行数del<-which(data$col=="delete")#删除这些行data_del<-data[-del,]
小八四爱吃甜食·2023-04-11 02:04

R语言处理数据——筛选某列中元素为特定值的行

筛选某列中元素为特定值的行举个例子，我想要筛选出文件中chr列为1-10的行时，可以这样处理：library(dplyr)data_chr<-filter(data,CHROM%in%1:10)当然可以按之前发过的帖子，删除chr列为11的行：https://blog.csdn.net/weixin_46605479/article/details/119894195
小八四爱吃甜食·2023-04-11 02:04

R语言处理数据——janitor包的介绍及使用

janitor功能介绍janitor可以检查并清理脏数据，适用于R语言用户。
小八四爱吃甜食·2023-04-11 02:29

机器学习基础——数据集与估计器、k近邻算法

1、sklearn数据集与估计器2、分类算法-k近邻算法3、k-近邻算法实例4、分类模型的评估5、分类算法-朴素贝叶斯算法6、朴素贝叶斯算法实例7、模型的选择与调优8、决策树与随机森林1、sklearn
咸鱼2K·2023-04-11 01:19

跟着Cell学作图：R语言ggplot2做散点图并添加拟合曲线和文字标签

论文https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867421008916#da0010Ancientandmoderngenomesunraveltheevolutionaryhistoryoftherhinocerosfamilyimage.png犀牛本地论文1-s2.0-S0092867421008916-main.pdf数据和
小明的数据分析笔记本·2023-04-11 01:52

R语言的ggplot2做平滑的折线图简单小例子

之前的图文跟着NatureGenetics学画图~ggplot2画折线图并在指定区域添加灰色背景画折线图的遇到的一个问题是：ggplot2默认的折线图画出来基本都是带尖的，有没有办法将折线图变得平滑一点呢？在文章的留言区给出了两种答案一种是增加作图用到的数据的数量，可以实现折线图变平滑另外一种是使用ggplot2的扩展包ggalt中的geom_xspline()函数，更贴心的是还给出了参考推文链接
小明的数据分析笔记本·2023-04-11 01:11

GSEA和GSVA，再也不用去下载gmt文件咯

前言我是在y蜀黍的书里(搜索clusterProfilerbook即可找到)看到了一个叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R语言化了。
小洁忘了怎么分身·2023-04-11 00:43

【图数据库】Neo4j与Java调用

目录1.Neo4j的安装2.Neo4j简介3.使用Java调用Neo4j3.1Java环境要求3.2Neo4jJava架构3.3Neo4jDrivers4.Cypher语言4.1CREATE1.N
喵木木·2023-04-10 23:15

[R语言可视化-精美图形绘制系列]--主成分分析（PCA）

本期内容为[R语言可视化-精美图形绘制系列]--主成分分析（PCA）主成分分析：PCA（PrincipalComponentAnalysis）是一种常用的数据分析方法。
小杜的生信筆記·2023-04-10 20:42

数据挖掘-随机森林

随机森林（RandomForest）是一类专门为决策树分类器设计的组合方法，关于组合方法可以参考https://www.jianshu.com/p/9e4db2759866中提到的组合方法相关内容。
花讽院_和狆·2023-04-10 19:58

R语言~绘制对半小提琴图

最近，众多学术期刊上开始出现一些让人眼前一亮的高颜值小提琴图。在网上搜罗一番，发现，规范的称呼应该是splitviolin。直译有点太抽象了，暂且译为对半小提琴吧。该功能来自网址https://stackoverflow.com/questions/35717353/split-violin-plot-with-ggplot2。其中列举了两种方法，一种是建立了一个功能geo_split_violi
Oodelay·2023-04-10 18:49

2020-05-13 R语言常用代码

rm(list=ls())stringsAsFactors=FALSEoptions(warn=-1)#turnoffwarningmessagegloballysuppressMessages(library(Seurat))计算时间start_time<-Sys.time()end_time<-Sys.time()end_time-start_timewrite.table(pbmc.data
Seurat_·2023-04-10 17:39

R语言apply()函数

apply()函数是一种很强大的机制。apply()可把函数应用到数组的某个维度上其函数的的一般格式为：apply(x,MARGIN,FUN,...)其中，x为数据对象，MARGIN是维度的下标，FUN是由你指定的函数，而...则包括了任何想传递给FUN的参数。在矩阵或数据框中，MARGIN=1表示行，MARGIN=2表示列。请看以下例子。#求矩阵每一行或者每一列的均值，可以使用apply()函数
梦理实·2023-04-10 17:43

ggplot箱线图之如何添加最大值最小值线(whisker-ends)

ggplot作为R语言画图的瑞士军刀，相比于基础的R包，语法更加易于理解和掌握，不需要掌握很多的命令就能画出整洁美观的图表。
风过无归处·2023-04-10 17:33

r语言中的或怎么表示什么不同_R语言中$是什么意思

展开全部$是S3类的引用方32313133353236313431303231363533e58685e5aeb931333431353430式，@是S4类的引用方式。$比较常用，@比较少用。通常我们的data.frame,list.向量等用$就可以。S4也有例如，有个维恩包Vennerable：S4类型，想取得里面IntersectionSets，信息必须用@符号。当一个函数里需要返回多个值(比
weixin_39860583·2023-04-10 17:42

c语言apply函数,R语言apply函数家族详解

applyApplyFunctionsOverArrayMargins对阵列行或者列使用函数apply(X,MARGIN,FUN,...)lapplyApplyaFunctionoveraListorVector对列表或者向量使用函数lapply(X,FUN,...)sapplyApplyaFunctionoveraListorVector对列表或者向量使用函数sapply(X,FUN,...,s
weixin_39989862·2023-04-10 17:42
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