r语言随机森林第89页

【原创】R语言实战：AnnoProbe安装和使用笔记 2020-11-21

想要给一个转录组测序结果添加注释信息，尤其是“转录本类型”信息，这样便于我之后分析时重点关注“proteincoding”的转录本。于是就搜索发现了建明老师开发的这个神奇的包AnnoProbe。看了一下笔记很好安装的样子，结果遭遇了很多问题。首先安装devtoolsinstall.packages('devtools')library(devtools)然后install_github('jmze

酷睿_1991·2023-03-15 07:47

网络不好，如何通过本地安装R包

在集群服务器上使用R语言，经常会碰到很抓狂的事情，那就是服务器没连因特网，而我们要安装一些第三方的R包。

Bio_zouxudong·2023-03-15 07:15

R语言：超强的Table-2代码---绘制任意数据的单因素合并多因素Cox回归三线表！

欢迎大家关注我的公众号：一只勤奋的科研喵有没有一次性输出单因素和多因素Cox回归结果的代码？？一般情况下，我们取单因素Cox结果中p<0.05的变量进行多因素分析。这样可能就导致了单因素和多因素分析的变量数目不一致。因此，按照通常做法是很难实现合并的。参考文献：LewisGD,etal.Prognosisoflymphotropicinvasivemicropapillarybreastcarci

小毛竹_mxd·2023-03-15 03:55

跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2画热图展示基因表达量

论文Theflyingspider-monkeytreeferngenomeprovidesinsightsintofernevolutionandarborescencehttps://www.nature.com/articles/s41477-022-01146-6#Sec44数据下载链接https://doi.org/10.6084/m9.figshare.19125641今天的推文重复一

小明的数据分析笔记本·2023-03-15 02:04

在搭载Apple Silicon (M1)芯片的电脑上安装原生支持的R和python

小光amateur·2023-03-14 19:54

R语言查看已加载包、卸除加载包及安装包与卸载包

1、查看已加载的包(.packages())注意外面的括号和前面的点不能省。包被安装后，在使用前需要加载。加载包使用命令library(包名)，比如library(codetools)查看有哪些包是被加载的，使用命令(.packages())，注意小括号和点号不能省略。2、卸除已加载的包如卸除RMySQL包detach(“package:RMySQL”)注意是卸除，不是卸载，也就是说不是把包从R运

天涯清水·2023-03-14 14:09

如何学习R语言

强大的数据分析工具及各种扩展包高通量的数据处理能力Rstudio（强大的R编辑器，极大降低了R语言学习难度）安装R&RstudioR镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn

茶思饭·2023-03-14 12:37

扩散模型[译]

扩散是如何工作的通过去噪声来绘制图像速度提升：在压缩(潜在)数据上扩散而非在像素数据上文本编码器：一个Transformer语言模型CLIP如何训练将文本信息喂给图像生成过程Unet噪声预测器的隐层（不包括文本

于建民·2023-03-14 12:16

学习小组-day5笔记-htt1996

表格在R语言中改名叫数据框查看帮助文档：?

Htt_1996·2023-03-14 11:46

R语言删除矩阵指定列

删除第1列到第5列data<-data[,-(1:5)]也可使用dplyr包中函数进行操作library(dplyr)按索引删除data<-select(data,-3)删除多列，指定列号即可data<-select(data,-1,-2,-3,-4,-5)按列名删除单列data<-select(data,-lieming)按列名删除多列data<-select(data,-c(lieming1,

M78_a·2023-03-14 09:30

R语言ggplot2画个月饼送给你，祝你中秋节快乐！

祝福关注公众号的老师教师节/中秋节快乐！，祝福关注公众号的同学们中秋节快乐！今天的推文就简单画一个月饼吧，没有想到太好的办法，基本的逻辑就是用ggplot2添加已经做好的图片实现代码library(ggimage)library(ggplot2)library(patchwork)ggplot()+geom_image(aes(x=1,y=1),image="https://www.emojial

小明的数据分析笔记本·2023-03-14 04:55

R ---专职数据分析

1.R语言的介绍R语言是为数学研究工作者设计的一种数学编程语言，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘R语言特点R语言环境软件属于GNU开源软件，兼容性好、使用免费语法十分有利于复杂的数学运算数据类型丰富，包括向量

幼姿沫·2023-03-14 01:05

for循环的T-TEST数据输出结果用数据集容纳

使用r语言自带的数据集iris`data(iris)setosa<-iris[which(iris$Species=='setosa'),]#提取setosa类的鸢尾花versicolor<-iris[

阿刷刷·2023-03-14 00:21

跟着 Cell 学作图 | 4.小提琴图

“复现是学习R语言的最好办法。”2021.4.12_1DOI:10.1016/j.cell.2020.05.032这篇2020年发表在cell上关于新冠的组学文章里面有大量的生信内容。

木舟笔记·2023-03-13 16:41

认真的聊一聊决策树和随机森林

随机森林是一种简单又实用的机器学习算法。“随机“表示2种随机性，即每棵树的训练样本、训练特征随机选取。

叶琛_·2023-03-13 15:32

2022-05-25如何绘制转录组指定基因的热图

方法一1、准备数据图片.png2、利用R语言中的pheatmap包进行热图的制作#载入pheatmaplibrary(pheatmap)#进入到数据文件所在的文件夹路径下setwd("E:/shengwuxinxi

麦冬花儿·2023-03-13 14:33

R语言之书笔记：数据可视化基础

条形图和饼图：可视化基于频率的分类变量条形图barplot()mtcars[1:5,]cyl.freq<-table(mtcars$cyl)cyl.freqbarplot(cyl.freq)根据其他分类变量进一步分割每一条频率cyl.freq.matrix<-table(mtcars$am,mtcars$cyl)cyl.freq.matrixbarplot(cyl.freq.matrix,besi

七七师姐·2023-03-13 11:35

R语言——数据分析工具软件R和RStudio的下载安装

RStudio是一款R语言的集成开发环境(IDE)，R自带的环境操作起

生信大碗·2023-03-13 11:30

代做MSc/ICY、代写Java设计、代写Software、代做Java程序设计代做SPSS|帮做R语言编程

cManfredKerberSchoolofComputerScienceAlexandrosEvangelidisUniversityofBirminghamWorksheet8Wednesday21November2018MSc/ICYSoftwareWorkshopAssessedWorksheet:2%ofthemodulemark.SubmissionDeadlineisThursday

vvggn87·2023-03-13 08:03

python-客户流失预警预测建模分析（实战）

chfing·2023-03-13 01:57

截断图

本息分享间其归纳到[R语言可视化-精美图形绘制系列]。是小杜好友的可以直接和小杜索要源代码和实例数据，我希望的是：交流（Communication）！！

小杜的生信筆記·2023-03-12 18:44

R语言主成分分析（PCA）加置信椭圆

使用R语言为PCA散点图添加置信区间，可以使用ggplot2，ggord去绘制。使用R自带数据集iris的前4列进行主成分分析，主要使用R的prcomp()基础函数。

灰常不错·2023-03-12 16:09

机器学习自问总结-1

1、随机森林是怎样计算各变量重要性的？随机森林进行特征重要性评估的思想其实很简单，就是看每个特征在随机森林中的每颗树上做了多大的贡献，然后取个平均值，最后比一比特征之间的贡献大小。

DT0203·2023-03-12 14:07

Day4-Weno

今天开始R语言的学习啦准备工作安装R（基础）和Rstudio下面是一些安装截图2.png4.pngRstudio的界面介绍和基本操作进行了解下面是生信星球的教程(其实是一些基本操作，但是得多练习才能熟能生巧

Weno·2023-03-12 12:48

学习小组Day5笔记--昌

R语言进阶前言：函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。

姨妈为何这样红·2023-03-12 10:41

python randomforest_随机森林random forest及python实现

引言想通过随机森林来获取数据的主要特征1、理论根据个体学习器的生成方式，目前的集成学习方法大致可分为两大类，即个体学习器之间存在强依赖关系，必须串行生成的序列化方法，以及个体学习器间不存在强依赖关系，可同时生成的并行化方法

weixin_39661345·2023-03-12 07:44

Python实现随机森林(Random Forest)

文章目录前言一、基于原生Python实现随机森林(RandomForest)二、Bagging算法原理介绍三、随机森林的算法原理四、算法实现4.1导包4.2定义随机数种子4.3定义随机森林模型4.3.1

༺࿈ 海洋༒之心 ࿈༻·2023-03-12 07:30

什么？你能在rstudio里写python？折腾reticulate 5分钟后，我逐渐了解了一切

IhaveaR,Ihaveapython如果说R语言对新人最友好的编译器那一定是rstudio，在python上嘛……不好说，我用过了pycharm，spyder和jupyter后。

邵扬_Barnett·2023-03-12 05:32

3D轨迹动画 R语言rayshaderanimate包

2D预览.gifvideo_animation3D轨迹动画R语言rayshaderanimate包R语言读取gpx文件#FriOct2911:50:582021edit#字符编码：UTF-8#R版本：R4.1.1x64forwindow11

youmigo·2023-03-12 02:17

【R语言】给富集分析的气泡图加个好看的配色

写在前面ggplot2是一款风靡全球的绘图R包，可惜的是，我对它的理解只能到入门的水平，本着在实战中学习的理念，我就搜索一下往后可能用得到的图，进行揣摩和优化，然后我发现了一个师兄的公众号，遂跟着这个师兄学习R绘图。公众号在文末。1.读入数据dat%filter(Corrected.P.Valuedat01#这里为了减少计算量，根据P值进行了过滤dim(dat01)dim(dat)library(

巩翔宇Ibrahimovic·2023-03-11 20:21

逼真，特别逼真的决策树可视化

，没想到最近又发现了一个更惊艳的，而且更逼真，话不多说，先看效果图↓imageimage直接绘制随机森林也不在话下image下面就向大家介绍一下这个神器——pybaobabdt的极简入门用法安装GraphVizpybaobabdt

统计学家·2023-03-11 18:32

【R实战】批量绘制ROC曲线，复现figure

前面给大家介绍了ROC曲线的基因概念☞ROC曲线简介也给大家讲解了☞【R语言】pROC绘制ROC曲线今天我们来实战一下，用我们前面学到的知识来复现下面这篇科研文章中的图4。

生信交流平台·2023-03-11 13:03

2021-01-07 火山图R代码

使用R语言作图，下载ggpubr、ggthemes两个包。

陶子不淘气·2023-03-11 11:54

学习小组Day5笔记-陶*

常用R语言x<-c(1,2,3)回车后出现12

陶子不淘气·2023-03-11 10:20

R语言：mean函数之trim参数

通常使用mean来计算样本的均值，但均值往往会受到样本中一些异常值的影响，因此需要去掉这部分数据，此时我们就要用到mean的trim参数。trim的取值范围为0到0.5之间，表示在计算均值前需要去掉的异常值的比例。下面通过具体实例说明：a<-c(1,2,520,660,526,623,862,753,720,890,12568)x<-mean(a)y<-mean(a,0.1)z<-menu(a,0

明明就_faf8·2023-03-11 09:38

Nomogram绘制-基于R语言rms包的经典方法

作者：白介素2文章内容简介：应用R语言中的rms包绘制经典列线图，构建基于logistic模型，及cox风险比例模型，计算C-index的多种方法演示。

医科研·2023-03-11 07:23

模型融合-集成学习-boosting-bagging-随机森林

模型融合1.个体学习器2.集成学习(ensemblelearning)3.boosting和bagging①boosting②bagging4.结合策略①平均法②投票法③学习法5.随机森林思想6.随机森林的推广

Guoliang Li·2023-03-11 07:13

Seurat中默认颜色配方提取

好早之前就收藏了，没有整理，打算开个R语言代码的合集，记录下每次学习到的小技能。开心参考的文章是如何从已知的ggplot对象中提取颜色等信息1.Di

Aji·2023-03-11 07:41

生物信息学常用的R语言包

org.Hs.eg.dbThisisapackageforgenome-wideannotationforhuman,haveentrezID,ensembleIDandgenesymbolIDs.Donothavespecificversionsincedonotincludetheactualcoordinatesofthegenebutthelocusofthegene,e.g.19q13.

傅小潇·2023-03-11 05:22

数据分析：基于随机森林(RFC)对酒店预订分析预测

数据分析：基于随机森林(RFC)对酒店预订分析预测作者：AOAIYI作者简介：Python领域新星作者、多项比赛获奖者：AOAIYI首页如果觉得文章不错或能帮助到你学习，可以点赞收藏评论+关注哦！

AOAIYII·2023-03-10 22:59

第1课–使用R进行数据分析的简介

他们基于R语言，该语言基于1970年代贝尔实验室较早开发的S语言。一段时间后，他们将R用作开源GNU项目。现在，全世界都有非常活跃的R社区。R被认为是一种领域特定语

cxygs5788·2023-03-10 19:35

学习小组-晓光-Day4

R语言初上手下载及安装R及Rstudio了解Rstudio了解Rstudio的界面及字体设置用plot及boxplot画两个简单的图plot(rnorm(50))boxplot(iris$Sepal.Length

晓光_2507·2023-03-10 17:23

R语言陆胖的数据分析之旅

从Excel文件中加载数据问题如何从Excel文件中加载数据方法xlsx包中的函数read.xlsx()可以读取Excel文件，使用如下代码可以读取Excel文件中第一个工作表，其他工作表中数据以此类推：#只需要安装一次install.packages("xlsx")library(xlsx)data<-read.xlsx("datafile.xlsx",1)#datafile就是你Excel文件

Larrylu007·2023-03-10 16:13

机器学习笔记3_Adaboost

随机森林就是DT的bagging。在相同的深度下，随机森林并不会比决策树好很多，但会让分类的结果更平滑3.2Boostingboos

cuiyr123·2023-03-10 15:35

FAPROTAX预测16s扩增子群落功能信息以及R语言可视化

FAPROTAX是一款适用于对环境样本（如海洋、湖泊等）的生物地球化学循环过程（特别是碳、氢、氮、磷、硫等元素循环）进行功能注释预测的软件。我们知道微生物与土壤养分的循环利用密切相关，许多养分被植物利用过程中离不开微生物的作用，比如，氮降解途径中的亚硫酸盐呼吸。FAPROTAX原理首先作者先根据文献资料手动构建了联系物种分类与功能注释的FAPROTAX数据库；后又编写了联系OTU分类表与FAPRO

小三的后一位小四·2023-03-10 12:20

XML file代写、XQuery query代做、代写SQL设计、SQL编程调试代做数据库SQL|代做R语言编程

Homework41.Considerthefollowingrelationaldata:Products:pidNamePriceDescription---------------------------------------------------------------------p123gizmo22.99greatp231gizmoPlus99.99morefeaturesp312

weichangbu·2023-03-10 10:27

Ubuntu16.4安装R 4.0.4和Rstudio Server 1.4.1106 2021-03-13

RstudioServer：通过在服务器安装该软件，可以在远端通过web访问R语言执行窗口、图片实时预览等功能的软件一、安装R4.0.4参考：https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN

什锦小沐·2023-03-10 09:12

JAMA Oncology 文献解读 | 使用随机森林预测肿瘤类型

众所周知，2020年的今天，纯数据库发文章已经越来越困难，不少杂志已经明确拒绝利用单一的纯数据库资源（如TCGA等）进行研究的稿件。在之前的推文里，大可已经给大家说过，机器学习结合生物信息学，也许是未来生物信息学发表的新出路。今天，大可给大家带来一篇19年年末发表在JAMAOncology（IF=22.4）的利用数据库资料的机器学习文章-“DevelopmentofGenome-DerivedTu

医科研·2023-03-10 08:18

[R语言可视化-精美图形绘制系列]--组内相关性分析

本期内容为[R语言可视化-精美图形绘制系列]--组内相关性分析--我们在前面分享过[R语言可视化-精美图形绘制系列--组间相关性分析]，组内的相关性分析是比较容易的，使用corrplot包就可以直接获得

小杜的生信筆記·2023-03-10 07:55

学习小组54期 4th day-R语言基础--忍冬

2020-04-20今天的内容除说明外均引自：微信公众号生信星球R语言基础1.R与RStudio的安装之前已安装并且运行无误，目前使用的是腾讯云的RStudio 1.1norm>getwd()[1]"/

忍冬_a284·2023-03-10 07:12

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