row.names

clusterprofiler包进行GO与KEGG富集分析

/DEGs_filter.csv',header=T,row.names=1)gene<-DEG$Entrezidgenelist<-data.frame(DEG$Entrezid,DEG$log2FoldChange
twistti·2023-03-29 04:28

clusterProfiler进行GSEA富集分析

1.载入包，读入数据rm(list=ls())setwd("your_dir")#readthefilemydata<-read.csv("your_diff_expr_file",row.names=
qq_27390023·2023-03-29 04:38

2019-11-2R语言-day3-数据输出

write.table(x,file="",append=FALSE,quote=TRUE,sep="",eol="\n",na="NA",dec=".",row.names=TRUE,col.names
Courage_c2bc·2023-03-26 15:18

【单细胞转录组】获取 monocle2 branchpoints

cores=4)BEAM_res<-BEAM_res[order(BEAM_res$qval),]my_branched_heatmap<-plot_genes_branched_heatmap(cds1[row.names
XuningFan·2023-03-18 10:54

如何轻松绘制基因表达聚类趋势图

加载所需的R包library(ggplot2)library(pheatmap)library(reshape2)#读取测试数据data<-read.table("test.txt",header=T,row.names
Davey1220·2023-03-16 00:02

2022-05-25如何绘制转录组指定基因的热图

进入到数据文件所在的文件夹路径下setwd("E:/shengwuxinxi/基因组重测序数据操作步骤/作业")#导入数据文件mat=read.table("tumorous_v_survive.txt",header=TRUE,row.names
麦冬花儿·2023-03-13 14:33

如何用R语言从数据集中提取列名中带有特定字符的列？

1.首先导入数据data<-read.table("haplotype.1",header=T,sep='\t',row.names=1)数据框里的内容如下image.png2.提取列名中含有特定字符的列
宗肃書·2023-02-17 12:45

excel行列转置

library(tidyverse)X<-read.csv(file="data_RNA_Seq_v2_mRNA_median_Zscores.csv",sep="\t",header=T,row.names
梦幻天堂_ccd5·2023-02-06 11:00

R、主成分分析（PCA）、ggplot2

a=read.csv("D:/wykt/sp.csv",header=T,row.names=1)library(vegan)library(ggplot2)library(ggrepel)dd=r
吴苏·2023-02-06 07:50

根据RNA-seq差异基因进行GSEA分析

GSEAanalysissteps#得到差异分析结果DESeq2_DEG=as.data.frame(read.table("路径/DESeq2_result.txt",sep="\t",header=T,row.names
没有猫但是有猫饼·2023-02-04 19:37

2020-09-28 当行名有雷同者 可以这样设置行名

rt<-read.csv("genes.csv",header=T,check.names=F)row.names(rt)<-make.names(rt[,1],TRUE)rt<-rt
知音小小·2023-01-27 14:35

R语言 随机森林 Random Forest 交叉验证 error.cv Gini指数画图

#可以直接复制到R运行#加载包library(randomForest)#加载数据data=read.csv("L6_filter.csv",row.names=1,header=T)#设置随机种子数，
qsub·2023-01-12 00:28

rstudio 导出结果_R语言基础-数据的导入与导出

其导入R中的数据格式为：mydataframefile:csv文件header:逻辑值，首先是否包括变量名sep:分隔符"delimiter"row.names:指定一个或多
weixin_39636717·2022-12-19 17:20

R实现K-means

课堂笔记一定要记住系统聚类和k-means的流程图K-means又叫做快速聚类>health=read.csv("2011社会发展数据.csv",row.names=1)>km=kmeans(scale
司马平雋·2022-12-06 12:14

R语言-数据导出

1、导出文本文件1）write.table函数语法：write.table(x,file="",sep="",row.names=TRUE,col.names=TRUE,quote=TRUE)x：需要导出的数据
hs6605015·2022-11-25 15:36

R语言 主成分分析 代码

主成分分析getwd()library(factoextra)install.packages("psych")library(psych)df<-read.csv("1.csv",header=T,row.names
曹县第一Hadoop·2022-11-23 02:34

R语言之数据统计

我们常常会遇到一个问题，比如说给我们一个表格，需要统计满足某一条件的个数，一、介绍一个table函数首先看一下数据data<-read.table('1.txt',sep='\t',header=T,row.names
木之如水·2022-11-22 03:19

解决R语言报错:Error in y + 1:non-numeric argument to binary operator

non-numericargumenttobinaryoperator报错原因：数据不是可计算的numeric或integer类型原代码：a=read.table(file=study.txt",sep="\t",header=T,row.names
·2022-11-08 10:11

R语言聚类分析

基本过程读数据数据标准化计算距离分类library('flexclust')#导入数据集data(nutrient)#加载数据row.names(nutrient)<-tolower(row.names
沈帅杰·2022-03-29 07:43

R语言 聚类分析代码 系统聚类 K均值聚类 可视化

R语言进行聚类分析1.系统聚类代码#系统聚类getwd()xt1<-read.csv("1.csv",header=T,row.names=1)xt<-scale(xt1)xthead(xt)distance
曹县第一Hadoop·2022-03-29 07:49

r生成新的dataframe_R 语言的Dataframe常用操作

这节我们具体来看一下Dataframe的操作首先，数据框的创建函数为data.frame()，参考R语言的帮助文档，我们来了解一下data.frame()的具体用法：Usagedata.frame(...,row.names
weixin_39624367·2022-03-23 08:28

代码文件备份 | 3-10：对arraymatrix数据进行初步筛选与分组差异表达分析

Foldchange))filename=paste(region,"diffresult.csv",sep="_")write.csv(diffresult,file=filename,col.names=T,row.names
今天也是个妖精头子呀·2022-03-12 13:11

根据基因间相关性系数R进行GSEA富集分析

根据rawdata算出来FPKM，然后进行单个基因与其他基因之间相关性的计算mutwt=read.csv("路径wtmut12-fpkm.csv",row.names=1,header=T)#转置一下mutwt_t
没有猫但是有猫饼·2021-12-15 16:45

去除空白行和na，duplicate 'row.names'的处理

去除空白行image.pngdf=df[-which(df$start_pc==""),]去除na行df<-df[-which(is.na(df$start_pc)),]同时去除两者df[!(is.na(df$start_pc)|df$start_pc==""),]想要给数据重新命名，但是有的行具有重复值即：多个探针ID对应一个同一个基因。目的：为了去掉这些重复的基因，将数据处理成每一行为不重复的
哇珍·2021-10-27 13:49

九. R语言作图--pheatmap（热图）

1.热图及分组library(pheatmap)#加载库test=read.table('abc.txt',header=T,sep=',')#导入数据row.names(test)=test[,1]#
小飞虎·2021-10-21 00:37

R语言-读取文件

制表符等；一个文件使用统一的分隔符文件的扩展名一般为.txt;若文件中分隔符为逗号，则扩展名为.csvread.table()函数read.table(file,header=FALSE,sep=“”,row.names
weixin_51077152·2021-08-30 17:14

R语言的Dataframe常用操作使用

这节我们具体来看一下Dataframe的操作首先，数据框的创建函数为data.frame()，参考R语言的帮助文档，我们来了解一下data.frame()的具体用法：Usagedata.frame(...,row.names
·2021-07-27 18:30

学习小组Day5笔记--蓝天

R语言的基本函数数据读取read.table()读取以空格分割的文件read_csv()读取以逗号分隔的文件数据导出write.table(,sep="\t",header=T,,row.names=1
蓝天_乎乎·2021-06-26 23:59

R语言：有关差异分析的检验方法

1读取，计算均值，箱图观察##data=read.table("data.txt",header=T,sep="\t",row.names=1)##Y=input[input$Diabetes=="Y"
小白菜学生信·2021-06-20 15:21

从PDF文件中提取表格

library(tabulizer)library(tidyverse)##文件路径&名称f%data.frametab1%>%write.csv(file="tab1.csv",quote=F,row.names
董八七·2021-05-17 11:05

（二）基本数据处理

read.table()常用参数如下:参数描述header是否将文件首行作为数据框列名row.names用于指定行名称col.names用于指定列名称，使用此参数时需指定header=FALSE，若header
井底蛙蛙呱呱呱·2021-05-06 02:08

R语言实现导出矩阵

首先，百度了一下，数据导出的代码为：write.table(x,file="",sep="",row.names=TRUE,col.names=TRUE,quote=TRUE)其中：x：需要导出的数据file
·2021-04-19 15:59

RNA-seq下游分析（1）-数据预处理及分组整合

library(stringr)#处理字符串需要的包library(dplyr)#清洗数据需要的包rawcount<-read.table("all.id.txt",#读入文件header=T,#第一行为列名row.names
灵活胖子的进步之路·2021-04-13 06:44

R语言学习指南(5) ggplot2绘制终极版热图

pacman::p_load(tidyverse,reshape2,aplot,ggtree)heatmap%scale(center=F)%>%as.data.frame()%>%mutate(mtxars=row.names
益民厂老厂长·2021-04-13 01:07

forestplot R 森林图绘制

COX和多因素COXclinical.txtlibrary(survival)rt=read.table("clinical.txt",header=T,sep="\t",check.names=F,row.names
医学小白学生信·2021-04-12 23:27

R语言绘制heatmap(热图)

另外强力推荐ComplexHeatmaplibrary(pheatmap)rt<-read.csv("yourdir/liver_cpm_1_all.csv",header=T,row.names=1,
落寞的橙子·2021-03-12 10:54

R入门Day7：数据类型6---数据框

数据框可以看成是矩阵的推广，也可看作一种特殊的列表对象1.数据框的建立data.frame()data.frame(…,row.names=NULL,check.rows=FALSE,check.names
甜心嘎的大草莓·2021-01-30 23:25

RBP AS生信流程（N）RBP与AS相关性

RBP=read.table("RBPexp.txt",row.names=1,header=T,sep="\t",check.names=F)AS=read.table("AS.txt",row.names
cHarden13·2021-01-24 17:22

r语言导入spss数据_如何将excel表格数据导入到r语言中-如何从excel把数据导入到r中...

语言中的表格数据输出为Excel文件需要导入包rJava和xlsx运用write.xlsx格式：write.xlsx(x,file,sheetName="Sheet1",col.names=TRUE,row.names
史愿·2021-01-17 19:43

中位数±四分位数表达_R语言|连续性变量转为分类变量，界值可为均数、中位数、上下四分位数，非常方便...

一读入数据读入TCGA的表达量数据，截取部分数据进行示范#TCGA的表达量数据#setwd()datadatadata[1:4,1:4]row.names=1：读入数据的第一列作为行名check.names
眠或者恩三·2021-01-12 05:23

ggplot2绘制聚类树加堆砌条形图

list=ls())pacman::p_load(tidyverse,reshape,RColorBrewer,ggtree,aplot)colors%mutate(sum=rowSums(.),ID=row.names
R语言数据分析指南·2021-01-10 14:00

R语言读文件防止行名、列名中有的字符变成点号

Excel打开长这样：image(3).png我用R的read.table功能读取该表格：e<-read.table("TCGA-LAML.htseq_counts.tsv",header=TRUE,row.names
灵魂工具人·2020-12-23 11:52

GEO数据库的id转换

probeMatrixprobeMatrixclass(probeMatrix)[1]"data.frame">row.names(probeMatrix)=probeMatrix[,1]>probeMatrix
yugoohot·2020-11-22 16:34

R语言：以第一行为列名、第一列为行名读取数据框画热图

一、数据框读取关键参数：header=T#第一行为列名/表头/变量名row.names=1#第一列为行名data=read.table("bin_abundance_table.tab",header=
小白菜学生信·2020-11-09 21:04

Deseq2分析代码

control","treat","control","treat"),levels=c("control","treat"))countData<-dat[,1:6]colData<-data.frame(row.names
黄思源_3a22·2020-10-11 07:01

（数据科学学习手札07）R在数据框操作上方法的总结（初级篇）

：数据框的构成向量的变量名，顺序即为生成的数据框列的顺序row.names：对每一行命名的向量stringAsFactors：是否将数据
weixin_30615767·2020-09-17 13:14

read.table() | read.csv() | read.csv2() | read.delim() | read.delim2() of R

read.table(file,header=FALSE,sep=“”,quote=“”’",dec=“.”,numerals=c(“allow.loss”,“warn.loss”,“no.loss”),row.names
BHHANt·2020-09-17 12:26

使用R语言画火山图详细步骤

1.导入数据包：library(ggplot2)2.读取csv文件：data=read.table(file="c:\\PPV-vs-PPV_TVMV.csv",header=T,row.names=1
飘羽·2020-09-16 16:39

2020-09-04

write.table(wt4count,"/home/bioinfor312/桌面/hanchumiao/1111/wt组/wt4.csv",row.names=TRUE,col.names=NA,sep
qq_39306047·2020-09-16 15:32

R：写文件(输入与输出)

参数和选项：write.table(x,file="",append=FALSE,quote=TRUE,sep="",eol="\n",na="NA",dec=".",row.names=TRUE,col
thoixy·2020-09-16 03:36
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