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row.names
clusterprofiler包进行GO与KEGG富集分析
/DEGs_filter.csv',header=T,
row.names
=1)gene<-DEG$Entrezidgenelist<-data.frame(DEG$Entrezid,DEG$log2FoldChange
twistti
·
2023-03-29 04:28
r语言
数据库
clusterProfiler进行GSEA富集分析
1.载入包,读入数据rm(list=ls())setwd("your_dir")#readthefilemydata<-read.csv("your_diff_expr_file",
row.names
=
qq_27390023
·
2023-03-29 04:38
r语言
生物信息学
2019-11-2R语言-day3-数据输出
write.table(x,file="",append=FALSE,quote=TRUE,sep="",eol="\n",na="NA",dec=".",
row.names
=TRUE,col.names
Courage_c2bc
·
2023-03-26 15:18
【单细胞转录组】获取 monocle2 branchpoints
cores=4)BEAM_res<-BEAM_res[order(BEAM_res$qval),]my_branched_heatmap<-plot_genes_branched_heatmap(cds1[
row.names
XuningFan
·
2023-03-18 10:54
如何轻松绘制基因表达聚类趋势图
加载所需的R包library(ggplot2)library(pheatmap)library(reshape2)#读取测试数据data<-read.table("test.txt",header=T,
row.names
Davey1220
·
2023-03-16 00:02
2022-05-25如何绘制转录组指定基因的热图
进入到数据文件所在的文件夹路径下setwd("E:/shengwuxinxi/基因组重测序数据操作步骤/作业")#导入数据文件mat=read.table("tumorous_v_survive.txt",header=TRUE,
row.names
麦冬花儿
·
2023-03-13 14:33
如何用R语言从数据集中提取列名中带有特定字符的列?
1.首先导入数据data<-read.table("haplotype.1",header=T,sep='\t',
row.names
=1)数据框里的内容如下image.png2.提取列名中含有特定字符的列
宗肃書
·
2023-02-17 12:45
excel行列转置
library(tidyverse)X<-read.csv(file="data_RNA_Seq_v2_mRNA_median_Zscores.csv",sep="\t",header=T,
row.names
梦幻天堂_ccd5
·
2023-02-06 11:00
R、主成分分析(PCA)、ggplot2
a=read.csv("D:/wykt/sp.csv",header=T,
row.names
=1)library(vegan)library(ggplot2)library(ggrepel)dd=r
吴苏
·
2023-02-06 07:50
R语言
根据RNA-seq差异基因进行GSEA分析
GSEAanalysissteps#得到差异分析结果DESeq2_DEG=as.data.frame(read.table("路径/DESeq2_result.txt",sep="\t",header=T,
row.names
没有猫但是有猫饼
·
2023-02-04 19:37
2020-09-28 当行名有雷同者 可以这样设置行名
rt<-read.csv("genes.csv",header=T,check.names=F)
row.names
(rt)<-make.names(rt[,1],TRUE)rt<-rt
知音小小
·
2023-01-27 14:35
R语言 随机森林 Random Forest 交叉验证 error.cv Gini指数画图
#可以直接复制到R运行#加载包library(randomForest)#加载数据data=read.csv("L6_filter.csv",
row.names
=1,header=T)#设置随机种子数,
qsub
·
2023-01-12 00:28
r语言
统计学
机器学习
rstudio 导出结果_R语言基础-数据的导入与导出
其导入R中的数据格式为:mydataframefile:csv文件header:逻辑值,首先是否包括变量名sep:分隔符"delimiter"
row.names
:指定一个或多
weixin_39636717
·
2022-12-19 17:20
rstudio
导出结果
R实现K-means
课堂笔记一定要记住系统聚类和k-means的流程图K-means又叫做快速聚类>health=read.csv("2011社会发展数据.csv",
row.names
=1)>km=kmeans(scale
司马平雋
·
2022-12-06 12:14
R
R语言-数据导出
1、导出文本文件1)write.table函数语法:write.table(x,file="",sep="",
row.names
=TRUE,col.names=TRUE,quote=TRUE)x:需要导出的数据
hs6605015
·
2022-11-25 15:36
R语言 主成分分析 代码
主成分分析getwd()library(factoextra)install.packages("psych")library(psych)df<-read.csv("1.csv",header=T,
row.names
曹县第一Hadoop
·
2022-11-23 02:34
r语言
开发语言
数据分析
R语言之数据统计
我们常常会遇到一个问题,比如说给我们一个表格,需要统计满足某一条件的个数,一、介绍一个table函数首先看一下数据data<-read.table('1.txt',sep='\t',header=T,
row.names
木之如水
·
2022-11-22 03:19
R语言
解决R语言报错:Error in y + 1:non-numeric argument to binary operator
non-numericargumenttobinaryoperator报错原因:数据不是可计算的numeric或integer类型原代码:a=read.table(file=study.txt",sep="\t",header=T,
row.names
·
2022-11-08 10:11
R语言聚类分析
基本过程读数据数据标准化计算距离分类library('flexclust')#导入数据集data(nutrient)#加载数据
row.names
(nutrient)<-tolower(
row.names
沈帅杰
·
2022-03-29 07:43
R语言统计分析
r语言
聚类
开发语言
R语言 聚类分析代码 系统聚类 K均值聚类 可视化
R语言进行聚类分析1.系统聚类代码#系统聚类getwd()xt1<-read.csv("1.csv",header=T,
row.names
=1)xt<-scale(xt1)xthead(xt)distance
曹县第一Hadoop
·
2022-03-29 07:49
聚类
r语言
均值算法
r生成新的dataframe_R 语言的Dataframe常用操作
这节我们具体来看一下Dataframe的操作首先,数据框的创建函数为data.frame(),参考R语言的帮助文档,我们来了解一下data.frame()的具体用法:Usagedata.frame(...,
row.names
weixin_39624367
·
2022-03-23 08:28
r生成新的dataframe
代码文件备份 | 3-10:对arraymatrix数据进行初步筛选与分组差异表达分析
Foldchange))filename=paste(region,"diffresult.csv",sep="_")write.csv(diffresult,file=filename,col.names=T,
row.names
今天也是个妖精头子呀
·
2022-03-12 13:11
r语言
根据基因间相关性系数R进行GSEA富集分析
根据rawdata算出来FPKM,然后进行单个基因与其他基因之间相关性的计算mutwt=read.csv("路径wtmut12-fpkm.csv",
row.names
=1,header=T)#转置一下mutwt_t
没有猫但是有猫饼
·
2021-12-15 16:45
去除空白行和na,duplicate '
row.names
'的处理
去除空白行image.pngdf=df[-which(df$start_pc==""),]去除na行df<-df[-which(is.na(df$start_pc)),]同时去除两者df[!(is.na(df$start_pc)|df$start_pc==""),]想要给数据重新命名,但是有的行具有重复值即:多个探针ID对应一个同一个基因。目的:为了去掉这些重复的基因,将数据处理成每一行为不重复的
哇珍
·
2021-10-27 13:49
九. R语言作图--pheatmap(热图)
1.热图及分组library(pheatmap)#加载库test=read.table('abc.txt',header=T,sep=',')#导入数据
row.names
(test)=test[,1]#
小飞虎
·
2021-10-21 00:37
R语言-读取文件
制表符等;一个文件使用统一的分隔符文件的扩展名一般为.txt;若文件中分隔符为逗号,则扩展名为.csvread.table()函数read.table(file,header=FALSE,sep=“”,
row.names
weixin_51077152
·
2021-08-30 17:14
R语言
r语言
R语言的Dataframe常用操作使用
这节我们具体来看一下Dataframe的操作首先,数据框的创建函数为data.frame(),参考R语言的帮助文档,我们来了解一下data.frame()的具体用法:Usagedata.frame(...,
row.names
·
2021-07-27 18:30
学习小组Day5笔记--蓝天
R语言的基本函数数据读取read.table()读取以空格分割的文件read_csv()读取以逗号分隔的文件数据导出write.table(,sep="\t",header=T,,
row.names
=1
蓝天_乎乎
·
2021-06-26 23:59
R语言:有关差异分析的检验方法
1读取,计算均值,箱图观察##data=read.table("data.txt",header=T,sep="\t",
row.names
=1)##Y=input[input$Diabetes=="Y"
小白菜学生信
·
2021-06-20 15:21
从PDF文件中提取表格
library(tabulizer)library(tidyverse)##文件路径&名称f%data.frametab1%>%write.csv(file="tab1.csv",quote=F,
row.names
董八七
·
2021-05-17 11:05
(二)基本数据处理
read.table()常用参数如下:参数描述header是否将文件首行作为数据框列名
row.names
用于指定行名称col.names用于指定列名称,使用此参数时需指定header=FALSE,若header
井底蛙蛙呱呱呱
·
2021-05-06 02:08
R语言实现导出矩阵
首先,百度了一下,数据导出的代码为:write.table(x,file="",sep="",
row.names
=TRUE,col.names=TRUE,quote=TRUE)其中:x:需要导出的数据file
·
2021-04-19 15:59
RNA-seq下游分析(1)-数据预处理及分组整合
library(stringr)#处理字符串需要的包library(dplyr)#清洗数据需要的包rawcount<-read.table("all.id.txt",#读入文件header=T,#第一行为列名
row.names
灵活胖子的进步之路
·
2021-04-13 06:44
R语言学习指南(5) ggplot2绘制终极版热图
pacman::p_load(tidyverse,reshape2,aplot,ggtree)heatmap%scale(center=F)%>%as.data.frame()%>%mutate(mtxars=
row.names
益民厂老厂长
·
2021-04-13 01:07
forestplot R 森林图绘制
COX和多因素COXclinical.txtlibrary(survival)rt=read.table("clinical.txt",header=T,sep="\t",check.names=F,
row.names
医学小白学生信
·
2021-04-12 23:27
R语言绘制heatmap(热图)
另外强力推荐ComplexHeatmaplibrary(pheatmap)rt<-read.csv("yourdir/liver_cpm_1_all.csv",header=T,
row.names
=1,
落寞的橙子
·
2021-03-12 10:54
R入门Day7:数据类型6---数据框
数据框可以看成是矩阵的推广,也可看作一种特殊的列表对象1.数据框的建立data.frame()data.frame(…,
row.names
=NULL,check.rows=FALSE,check.names
甜心嘎的大草莓
·
2021-01-30 23:25
RBP AS生信流程(N)RBP与AS相关性
RBP=read.table("RBPexp.txt",
row.names
=1,header=T,sep="\t",check.names=F)AS=read.table("AS.txt",
row.names
cHarden13
·
2021-01-24 17:22
r语言导入spss数据_如何将excel表格数据导入到r语言中-如何从excel把数据导入到r中...
语言中的表格数据输出为Excel文件需要导入包rJava和xlsx运用write.xlsx格式:write.xlsx(x,file,sheetName="Sheet1",col.names=TRUE,
row.names
史愿
·
2021-01-17 19:43
r语言导入spss数据
中位数±四分位数表达_R语言|连续性变量转为分类变量,界值可为均数、中位数、上下四分位数,非常方便...
一读入数据读入TCGA的表达量数据,截取部分数据进行示范#TCGA的表达量数据#setwd()datadatadata[1:4,1:4]
row.names
=1:读入数据的第一列作为行名check.names
眠或者恩三
·
2021-01-12 05:23
中位数±四分位数表达
ggplot2绘制聚类树加堆砌条形图
list=ls())pacman::p_load(tidyverse,reshape,RColorBrewer,ggtree,aplot)colors%mutate(sum=rowSums(.),ID=
row.names
R语言数据分析指南
·
2021-01-10 14:00
R语言读文件防止行名、列名中有的字符变成点号
Excel打开长这样:image(3).png我用R的read.table功能读取该表格:e<-read.table("TCGA-LAML.htseq_counts.tsv",header=TRUE,
row.names
灵魂工具人
·
2020-12-23 11:52
GEO数据库的id转换
probeMatrixprobeMatrixclass(probeMatrix)[1]"data.frame">
row.names
(probeMatrix)=probeMatrix[,1]>probeMatrix
yugoohot
·
2020-11-22 16:34
R语言:以第一行为列名、第一列为行名读取数据框画热图
一、数据框读取关键参数:header=T#第一行为列名/表头/变量名
row.names
=1#第一列为行名data=read.table("bin_abundance_table.tab",header=
小白菜学生信
·
2020-11-09 21:04
Deseq2分析代码
control","treat","control","treat"),levels=c("control","treat"))countData<-dat[,1:6]colData<-data.frame(
row.names
黄思源_3a22
·
2020-10-11 07:01
(数据科学学习手札07)R在数据框操作上方法的总结(初级篇)
:数据框的构成向量的变量名,顺序即为生成的数据框列的顺序
row.names
:对每一行命名的向量stringAsFactors:是否将数据
weixin_30615767
·
2020-09-17 13:14
python
read.table() | read.csv() | read.csv2() | read.delim() | read.delim2() of R
read.table(file,header=FALSE,sep=“”,quote=“”’",dec=“.”,numerals=c(“allow.loss”,“warn.loss”,“no.loss”),
row.names
BHHANt
·
2020-09-17 12:26
R
-
Biostatistics
r语言
统计学
生物学
使用R语言画火山图详细步骤
1.导入数据包:library(ggplot2)2.读取csv文件:data=read.table(file="c:\\PPV-vs-PPV_TVMV.csv",header=T,
row.names
=1
飘羽
·
2020-09-16 16:39
R语言
2020-09-04
write.table(wt4count,"/home/bioinfor312/桌面/hanchumiao/1111/wt组/wt4.csv",
row.names
=TRUE,col.names=NA,sep
qq_39306047
·
2020-09-16 15:32
R
R:写文件(输入与输出)
参数和选项:write.table(x,file="",append=FALSE,quote=TRUE,sep="",eol="\n",na="NA",dec=".",
row.names
=TRUE,col
thoixy
·
2020-09-16 03:36
R
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