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samtools
samtools
使用说明
samtools
的说明文档:http://
samtools
.sourceforge.net/
samtools
.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。
qq_38790244
·
2023-09-16 11:41
bioinformation
samtools
及bam文件的相关知识
linearalignment)和嵌合比对(chimericalignment)的概念Phredscale1-base和0-base文件bam文件的headerbam文件的主要内容本文主要记录了阅读http://
samtools
.github.io
卡西莫多的礼物
·
2023-09-16 11:41
bioinformatics
Samtools
应用指南-处理Sam与Bam文件
/configure--prefix=全路径/
samtools
-1.9makemakeinstall1.0之前的版本没有configure步骤下载后直接makeCOMMANDS1.viewview主要是将
hs6605015
·
2023-09-16 11:11
samtools
常见用法示例
samtools
是对SAM/BAM等格式进行各种相关操作的软件,功能最丰富。
qq_27390023
·
2023-09-16 11:11
生物信息学
生信技能23 -
Samtools
提取BWA比对的mapped reads
bwaindexref.fasta运行成功后会生成5个结果文件:ref.fasta.amb、ref.fasta.ann、ref.fasta.bwt、ref.fasta.pac、ref.fasta.sabwa比对+
samtools
辉光君Glow
·
2023-09-16 11:10
生信分析项目实战技能集合
数据挖掘
数据分析
bash
samtools
提取bam paired-end reads
解决方案通过指定samtoolsview的-f/-F/-G参数的FLAGS即可愉快的从bam中提取预期的reads-f/-F/-G参数介绍-fFLAG,--require-flagsFLAGOnlyoutputalignmentswithallbitssetinFLAGpresentintheFLAGfield.FLAGcanbespecifiedinhexbybeginningwith`0x'(
qq_21478261
·
2023-09-16 11:39
#
生物信息
生物信息
2022-10-21 报错记录
bwa+
samtools
,ERR:couldn'tallocatememoryforbam_memsamtools需要设置合适的-m参数或-@参数,它们的乘积应小于系统内存。
染山
·
2023-09-13 01:06
将bam文件转化成fastq文件
链接:https://www.metagenomics.wiki/tools/
samtools
/converting-bam-to-fastq
一只烟酒僧
·
2023-09-11 11:49
samtools
flagstat统计bam文件比对结果
$samtoolsflagstatUsage:samtoolsflagstat[options]--input-fmt-optionOPT[=VAL]SpecifyasingleinputfileformatoptionintheformofOPTIONorOPTION=VALUE-@,--threadsINTNumberofadditionalthreadstouse[0]$samtoolsfl
JeremyL
·
2023-09-11 04:56
day21ChIP-seq之sam转换为bam
都是用
samtools
这个工具。
meraner
·
2023-09-02 17:30
GATK4重测序数据怎么分析?上游分析标准流程
关键词:WGS、GATK4、
samtools
、vcftools、fastp、picard。什么是WGS重测序?重测序是指在基因组学研究中,通
生信分析笔记
·
2023-09-01 10:35
后端
samtools
sort Failed to open file问题
报错[bam_sort_core]mergingfrom2525filesand1in-memoryblocks...[E::hts_open_format]Failedtoopenfile"2_5_merged.sort.bam.tmp.1020.bam":Toomanyopenfiles原脚本samtoolssort-ow.sort.bamw.merged.bam排查原因:临时文件生成太多导致
SnorkelingFan凡潜
·
2023-08-26 17:29
2019-08-05 一行代码安装
Samtools
背景参照上好多人的方法安装
samtools
,git啊,安装包啊,一直出各种问题还是没解决。
老_Z
·
2023-08-13 21:58
2021-09-20libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory
这个报错很早之前就遇到过,当时是用自己安装的miniconda来下载安装
samtools
(非root用户),安装完成之后运行就这样报错了,但是其他的软件又可以正常运行,比如bwa。
__一蓑烟雨__
·
2023-08-09 21:40
植物重测序---变异检测(
samtools
+bcftools篇)
植物基因组重测序除了GATK的方法进行变异检测以外,还有
samtools
+bcftools去进行变异检测。
LiuYueRR
·
2023-08-07 00:24
网站服务器配置计算,服务器配置计算公式
HTSlib是
SAMtools
使用的核心库。HTSlib还提供了bgzip,htsfile和tabix实用程序。
许多的小兵器
·
2023-08-04 00:16
网站服务器配置计算
samtools
Bam文件常用操作
sam文件转bam文件-f有某个flag值的序列-F不含有某个flag值得序列-b输出BAM格式samtoolsview-Stest.sam-b>test.bam#比对到负链的readssamtoolsview-f16test.bam#比对到参考基因组的序列,flag值为4代表比对不上samtoolsview-F4test.bambam排序和建索引-@,--threads可以添加线程数samtoo
像鸟一样飞过你的高山
·
2023-08-03 13:34
2021-09-20解决
samtools
: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open share...
来源:https://blog.csdn.net/ET_April/article/details/111405941解决
samtools
:errorwhileloadingsharedlibraries
__一蓑烟雨__
·
2023-08-02 02:56
64.《Bioinformatics Data Skills》之BAM文件转换,排序与建立索引
一般来说除了查看文件,我们很少用到sam文件,大多数程序设计出来都是直接读取二进制的bam文件而不是sam文件字符串,例如
samtools
的子命令sort,index,depth,mpilup等为了效率都要求
DataScience
·
2023-08-01 21:33
2022.11.21【bug笔记】|bam文件报错:Cannot add sequence that already exists in SAMSequenceDictionary
经过
samtools
处理后得到的bam文件经常用于后续分析,比如RNA-seq分析时,可以统计序列的插入片段也可以做后续定量,WGS流程里比对后生产的bam文件也可以去冗余获取snp位点。
穆易青
·
2023-07-26 19:42
bug记录
RNA-seq
GWAS
bug
Samtools
命令详解
samtools
命令详解
samtools
常用命令总结samtoolsview重要参数释义:-b:输出bam格式,用于后续分析-C:输出CRAM文件-1:快速压缩(需要-b)-u:输出未压缩的bam文件,
超级无敌大蜗牛
·
2023-07-25 16:01
评估组装中的污染
##选取部分组装结果##bwa把原始数据比对到组装结果上,
samtools
比对排序bwaindex-prefpart.genome.facatsample.list|whilereada;doecho"bwamem-t8
涤生生
·
2023-07-24 08:50
已解决:
samtools
和sambamba报错
samtools
报错现在
samtools
的版本已经在1.9以上了,但是conda安装的
samtools
版本依然是1.7,这是出现问题的根本原因。
小狼小狼_e211
·
2023-07-22 13:13
samtools
软件从bam文件提取目标序列
可以使用samtoolsfastq命令从bam文件中提取特定的fastq序列。使用帮助samtoolsfastqUsage:samtoolsfastq[options...]Options:-0FILEwritereadsdesignatedREAD_OTHERtoFILE-1FILEwritereadsdesignatedREAD1toFILE-2FILEwritereadsdesignated
佳名
·
2023-07-21 11:22
R语言丨根据VCF文件设计引物,自动识别两样本差异SNP位点,调用
samtools
获取上下游参考序列
根据变异位点设计引物序列今天碰到一个新问题:假如有一个vcf文件储存了两个样品的变异位点基因型数据,每行代表一个位点,我现在想找出两样本差异的SNP位点,再把差异位点用[REF/ALT]的形式表示,然后将其在参考基因组上下游100bp的序列找出来放在差异位点前后位置,得到一个序列文本,用于设计引物。解决思路如何判断差异SNP?通过循环判断两个样品的基因型信息实现,相同时为same,不同时为diff
生信分析笔记
·
2023-07-15 02:21
程序人生
利用
samtools
将sam格式的文件与bam格式的文件进行相互转换
bowtie2是当今流行的序列比对软件,其输出结果为sam后缀名的文件sam格式是一种通用的比对格式,用来存储reads到参考序列的比对信息SAM是一种序列比对格式标准,由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果而bam格式文件可以理解为时sam格式文件的二进制保存在进行下一步的转录本组装时要用到cuff
邱俊辉
·
2023-06-07 19:04
2018-12-04 Hisat2 map 结果与
samtools
flagstat 结果不一致
如果用Hista2将原始的reads比对到参考基因组上,会产生一个log,这个log会显示你比对的结果,我的结果如下:[will@200serverArb-hisat]$hisat2-t-xE_coli-1SRR1770413_1.fastq.gz-2SRR1770413_2.fastq.gz-SRNA.samTimeloadingforwardindex:00:00:00Timeloadingr
小郑的学习笔记
·
2023-04-19 05:39
理解sam 与bam 文件
可以很好的对sam文件进行压缩;而cram则是bam的高压缩格式(相比于BAM有着更高的压缩率,能够节省30%-50%的空间),IO效率比原来的BAM要略差(同样慢30%左右),且CRAM和BAM可以通过
samtools
Peng_001
·
2023-04-19 04:50
转录组分析所需软件
Trimmomatic,Hisat2,
SAMtools
,Stringtie/Htseq,Deseq首先先下个conda,便于下载某些软件:1.先将这个链接中的命令跟着走一遍(安装的时候如果失败/出错,重新试一次就可以了
清珺
·
2023-04-19 00:54
我用到的
Samtools
介绍
记录一下我用到的
samtools
的用法。
小疯子笑
·
2023-04-18 21:22
打印bam文件比对后的碱基矩阵python脚本
脚本的初衷是想看多序列比对后的序列整齐度;但多序列比对往往是无监督学习,需要耗费大量的内存和时间,所以以下代码实现了:有参比对,然后使用pysam将比对后的bam文件打印成每个位置的对应的碱基文件,类似于多序列比对后的既视感,或者是
samtools
九月_1012
·
2023-04-16 19:14
IGV 自己加载或者导入参考基因组
fasta文件必须是纯文本文件,不能是压缩文件,且应当有一个通过
Samtools
软件生成的.fai格式的索引文件。如果载入的fasta文件没有索引,IGV会自动尝试对其进行index。
Weizhen_dd13
·
2023-04-16 00:25
IGV的使用
例如:拼接完成后的bam文件是WT-1.map.bam,使用
samtools
排序建立索引文件WT-1.map.bam.bai#上述例子实现的代码
[email protected]
wo_monic
·
2023-04-15 11:29
生信流程搭建之snakemake--模块化
input:"mapped/{sample}.bam"output:"mapped/{sample}.sorted.bam"params:"-m4G"threads:8wrapper:"0.2.0/bio/
samtools
chengchengSY
·
2023-04-15 09:00
samtools
: 安装
安装
samtools
1.方法一使用anaconda安装Note:使用anaconda安装的
samtools
不能使用tview功能2.方法二手动下载安装在https://github.com/
samtools
LET149
·
2023-04-15 08:38
(2021-12-25更新)
samtools
遇到libcrypto.so.1.0.0缺失的几种解决办法
2021-12-25update:更新了方法4方法1:升级
samtools
的版本.参考自:https://blog.csdn.net/zhangjunya/article/details/108235796
卖萌哥
·
2023-04-13 14:05
一个神奇的小软件bioawk
最高的两篇引用上万次的,分别是BWA和
SAMtools
对应的文章。曾发过的nature,他是
刘小泽
·
2023-04-12 05:47
bam 可视化:
samtools
tview 详细解释
bam可视化软件大家可能熟悉的是IGV,然而,IGV对于大多数linux用户来说并不友好,而samtoolstview可以很好满足该需求。话不多说直接上命令行:samtoolstview-pchr1:3128088NA12878.bamhg38.fasta-p指定染色体的位置,tview从指定的位置开始显示NA12878.bam比对结果bam文件,需要构建索引(NA12878.bam.bai)hg
心如止水-WTF
·
2023-04-11 21:07
c++
c语言
linux
生信人应该这样安装软件
/
samtools
-1.10/examples/ex1.sam.gz./
samtools
-1.10/test/mpileup/expected/1.out.f3-6.gz.
简boo
·
2023-04-10 11:21
rna-seq定量分析流程
从read比对结果中获取定量数据现在我手头已经有公司质控过后的rawdata,并且也已经通过hisat2和
samtools
拿到了bam文件,想进一步进行定量分析,首先需要对基因(转录本)的表达进行定量,
无人写诗的日落
·
2023-04-08 09:26
DESeq2做差异表达分析
DESeq2")directory1,]#PCA#rldlog2(1.5)&resOrdered$padj<0.01,]head(resOrdered)write.csv(resOrdered,"hisat2_
samtools
_htseq_DESeq2
njmujjc
·
2023-04-05 17:52
linux学习100篇118:
samtools
源代码安装
test)root15:14:31~$cdbiosoft/(test)root15:14:37~/biosoft$cdsamtools-1.12(test)root15:14:42~/biosoft/
samtools
Seurat_
·
2023-04-01 18:21
计算bam文件中比对上基因组的reads以及合并多个bam文件
参考文章:1.如何统计BAM文件中的reads数2.
Samtools
常用命令的总结当你有很多个bam文件时,想知道这些bam文件里有多少个比对上的reads,并且把它们输出的时候,应该怎么做?
生信start_site
·
2023-04-01 08:41
RNA-seq实战分析流程
,数据格式转换过程概述如下:sra↓FASTQ↓bam↓counts③质控处理的相关软件:•fastqc•cutadapt•TrimGalore二、比对①目的:•将打断测序的reads比回参考基因组•
samtools
ShanSly
·
2023-03-29 04:58
学习笔记-2-
samtools
的安装和使用
1.安装
samtools
环境sudoaptinstallsamtoolssamtoolssamtoolsview(安装完成)2.SAM格式转为BAM格式为参考基因组建立索引,生成了prefix.fai文件
福悦子
·
2023-03-29 02:41
samtools
markdup 的正确使用方式文档
NAMEsamtoolsmarkdup–markduplicatealignmentsinacoordinatesortedfileSYNOPSISsamtoolsmarkdup[-llength][-r][-s][-T][-S][-ffile][-ddistance][-c][-t][-m][--mode][--include-fails][--no-PG][-u][--no-multi-dup
陈光辉_花生所
·
2023-03-26 08:04
PePr识别组蛋白修饰ChIP-seq差异峰+bed文件注释
apeak-callinganddifferentialanalysistoolforreplicatedChIP-Seqdata提前安装的软件和文件:sratoolkit;fastq;bowtie2;
samtools
Apache_lin
·
2023-03-24 11:12
samtools
flagstat 统计结果的理解
比对结束后,需要了解比对结果的情况,可以采用samtoolsflagstat进行统计samtoolsflagstat统计bam文件比对后每一个参数的解释如下:14608455+0intotal(QC-passedreads+QC-failedreads)##reads总数37967+0secondary##出现比对到参考基因组多个位置的reads数0+0supplementary##可能存在嵌合的
静小沐
·
2023-03-20 07:17
samtools
merge命令
samtoolsmerge命令的功能描述:当有多个样本的bam文件时,可以使用
samtools
的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。
陈光辉_花生所
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2023-03-18 20:58
使用blast+
samtools
view+featurecounts对qpcr的靶序列在高通量结果中定量
背景我们在进行高通量测序后,会对筛选得到的差异基因进行qpcr验证。而在很多器官中,因为基因的特异性表达,有些外显子存在组织特异性。这就会导致qpcr的结果可能与高通量得到的结论不同。为了将qpcr与高通量的结果更好地结合,我们可以考虑将高通量结果中qpcr靶向的序列进行定量,这样可以更好地与qpcr的结果交互验证。思路1、使用blast确定primer比对到的序列,并获得靶序列在基因组/转录组上
一只烟酒僧
·
2023-03-17 20:28
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