目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具，如samtools、picard、vcftools、bcftools，但此类工具集成的大多是标准功能，在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活。

在使用与region参数相关的其它samtools命令时，需要创建索引。index命令格式如下

文章目录下载安装测试数据命令详解dictfaidxindexreheaderrmdupcatmergempileup查看参数mpileup生成的结果有参考序列的pileup使用生成一个简单的vcf文件sort查看用法主要参数释义：splitfastqfastabedcovdepthflagstatidxstatsstatsflagstviewviewbam文件转换为sam文件sam文件转换为bam

  SAM文件不但记录了reads详细的mapping信息，还记录了reads的原始信息，内容很是全面。这样很好，但也存在很多问题：1：比如我的原始FASTQ文件是100G，那么我的SAM文件一定是大于100G的，也就是占用了更多空间；2：mapping的结果是没有排序，无论是按reads的name排序还是按在基因组上的位置排序，都没有。所以默认的SAM输出文件是乱序的，处理很不方便；mappin

这一部分会用到samtools,emboss和entrez-direct,都可以通过conda安装用efecth下载参考基因组mkdir-pref

Samtools和Bcftools简介SAMtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有许多命令。BCFtools主要是用来操作vcf和BCF文件的工具合集，包含有许多命令。

文章目录简介使用add_subparsers()来创建子文档使用set_default()来管理各自功能的参数简介很多时候，我们的程序往往需要实现多个功能块，将这些功能块分开实现是一个好主意，而argparse可以帮助我们来实现易读的自命令和帮助文档。本文将介绍如何使用argparse来对具有多个功能的程序进行功能划分并写出各自子程序的帮助文档。参考文档为argparsehttps://docs.

1、概述samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。

很多地方都有这个连接：samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml但是连不上了，所以现在的地址为：http://www.htslib.org

1.指令：（1）samtoolsmpileup-vfHomo_sapiens_assembly19chr20.fastaNA12878_snp_A2G_chr20_225058.sorted.bam>NA12878_snp_A2G_chr20_225058.variants或者：samtoolsmpileup-vfHomo_sapiens_assembly19chr20.fastaNA12878_

bcftools是附属于samtools的程序，大多数用法是相同的，只是一些参数的变化，可以用bcftoolsmpileup来查看具体用法，或者看文档。

Samtools，虽然叫做samtools，但是其在人重分析中操作的对象主要是BAM文件，有点名不副实啊。现在每天记录一点samtools的命令，版本为1.3.1。

samtoolssort命令的功能描述：对bam文件进行排序，不能对sam文件进行排序。以leftmostcoordinates的方式对比对结果进行排序，或者使用-n参数以read名称进行排序。将会添加适当的@HD-SO排序顺序标头标签或者如果有必要的话，将会更新现存的一个排序顺序标头标签。sort命令的输出默认是标准输出写入，或者使用-o参数时，指定bam文件输出名。sort命令还会在内存不足时

samtools的mpileup命令是一个samtools中一个很重要的命令。它的主要功能主要是生成BCF、VCF文件或者pileup一个或多个bam文件。比对记录以在@RG中的样本名作为区分标识符。

samtoolsmerge命令的功能描述：当有多个样本的bam文件时，可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。

Ubuntu安装BWA和samtools时通常需要提前安装zlib.h而centos并不需要。

这俩软件直接去github就能下载，bwa：https://github.com/lh3/bwa，samtools：https://github.com/samtools/samtools，下载下来是个压缩包

开始接触ubuntu和生物信息分析，作为初学者，没有人带路，属于摸石头过河在用bwamem比对的时候，遇到过几次sam文件不能被samtools识别，后来也不知道是什么原因就又识别了，所以也没在意，最近又遇到了

前言本文介绍了SAM格式字段说明，以及相关术语解释详细介绍参见SAM标准说明http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf概念解释Linearalignment

第二章：生物信息分析第一节：解读sam格式文件1，SAM文件格式介绍SAM（TheSequenceAlignment/Mapformat）格式，即序列比对文件的格式，详细介绍文档：http://samtools.github.io

(base)luoyang@DESKTOP-AO2ICCR:/mnt/d/AAA-台式机-LY-WorkSpace$samtoolssort-@12-oaligned/105TRA/105TRA.sorted.bamaligned/105TRA/105TRA.sam[bam_sort_core]mergingfrom24filesand12in-memoryblocks...最后生成105TRA.

，Ballgown处理转录组数据本文总阅读量次2017-05-26HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据思路如下：数据质控将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对samtools

Charpter_14SequenceAlignmentMaps(SAM)SAM文件是由Tab(\t)分割，面向‘行’的文本格式文件，主要包括两部分：Header部分，包括@HD,@SQ,@PG等开头的基本信息。Alignment部分，包括reads比对的所有信息。sam是最常见的存放mapping数据的格式，各种组学分析只要存在mapping的步骤都会产生SAM格式文件用于后续进一步的下游分析。

https://www.jianshu.com/p/e8cd62ba14fe1、首先安装需要使用的软件：sratoolkit,fastqc,hisats,samtools,htseq-count,R,Rstudio2

samtools

起源用samtools生成bcf文件，命令如下samtoolsmpileup-ABufref.faL.bam>L.raw.bcf错误输出文件一直增大。

使用samtools来对sam/bam/cram相互转换1.sambamsamtoolsview-hNA12878.bam>NA12878_2.samsamtoolsview-b-SNA12878.sam

将原始fq文件通过FastQC-align-samtools||GATK等流程最终得到vcf文件，也就是记录某些位点变异的文本文件。

目录samtools和picard的排序问题SAM文件中FLAG值的理解SAM文件中那些未比对的reads为什么一条read会有多条比对记录？

接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图

豆豆也是在写一个重测序的操作流程，遇到了VCF文本，之前也是没有了解过，这次再多学一个格式官方最新说明文档https://samtools.github.io/hts-specs/VCFv4.3.pdf

samtoolsdepth命令简介depth命令计算每一个位点或者区域的测序深度并在标准显示设备中显示。使用此命令之前必须先index。命令格式：samtoolsdepth[options][in1.bam|in1.sam|in1.cram[in2.bam|in2.sam|in2.cram]…]参数：-a输出所有位点，包括零深度的位点；-a–a，--aa完全输出所有位点，包括未使用到的参考序列；-

一、首先需要知道以下几个知识点：详细内容请参考：http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf1.1-basedcoordinatesystemAcoordinatesystemwheretherstbaseofasequenceisone.Inthiscoordinatesystem

在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是VCF格式，和GATK的VCF格式有点差别。

在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是VCF格

samtools

RNA-seq学习路线进行生信入门，主要内容有：☆RNA-seq方法原理☆RNA-seq的生物信息分析1.数据获取测序数据下载与处理（SRAToolkit）测序数据质控与过滤（fastp）2.序列比对（SAMtools

用到的程序，samtools和bedtools，都用conda安装。目标是将第一次比对的bam中unmappedreads提取出来，并转换成fastq进行下次比对。

formatandSAMtools摘要1、SAM格式是一种通用的，用于储存比对后的信息，可以支持来自不同平台的read的比对结果2、SAM文件在格式上很灵活，易于压缩、可以高效获取以及是千人基因组计划中使用的比对格式3、SAMtools

测序数据比对结果BAM文件用samtools进行sort之后发现体积变小了...当时怀疑是不是sort过程中有一部分reads被丢弃了？

使用以下步骤安装:mkdir-p~/biosoft/samtoolsecho'exportPATH=/home/vip41/biosoft/samtools/bin:$PATH'>>~/.bashrcsource

Samtools常用命令的总结【samtools强大工具的几个功能】内容来自一下网址，感谢原作者。不是盗版，记录仅用于个人学习，有笔记可寻！！内容是原文作者写的，非原创！非原创！！非原创！！！

fastqc及multiqc，trim-galore或者很多其它软件trimmomatic,cutadapt比对的软件：star,hisat2,bowtie2,tophat,bwa,subread中间软件samtools

78712972第二章：生物信息分析第一节：解读sam格式文件1，SAM文件格式介绍SAM（TheSequenceAlignment/Mapformat）格式，即序列比对文件的格式，详细介绍文档：http://samtools.github.io

起因对于自学生物信息学的我真是作死的一天，还好我是打不死的小郑，反正服务器主机不能联网，做RNA-seq要用到samtools，我灵机一动，把sam文件传到mac电脑，然后在mac上安装samtools

参考文章：https://www.cnblogs.com/xiaofeiIDO/p/6805373.html1、view主要功能：sam和bam文件之间相互转换，针对bam文件进行相关操作。bam文件是sam文件的二进制格式，占据内存较小且运算速度快。-b：输出bam格式，用于后续分析-C：输出CRAM文件-1：快速压缩（需要-b）-u：输出未压缩的bam文件，节约时间，占据较多磁盘空间（需要-b

test.pngATAC-seq的insertsize怎么搞，来干的，直接套底下的。samtoolsviewP12.oLT.R1.trim.PE2SE.nodup.bam|awk'$9>0'|cut-f9|sort|uniq-c|sort-b-k2,2n|sed-e's/^[\t]*//'>./size_density/p12.oLT.sd.txt

hisat2-t-x~/rna_seq_analysis/reference/index/hg19/genome-1~/rna_seq_analysis/fastq/SRR5894154_1.fastq.gz-2~/rna_seq_analysis/fastq/SRR5894154_2.fastq.gz-S~/rna_seq_analysis/aligned/SRR5894154.sam之前出问题

Samtools的安装参考此链接https://www.jianshu.com/p/6b7a442d293f有大佬真好呀！

接着用samtools把它转为bam文件，