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samtools
samtools
的功能大全:查看bam文件外还能做什么
必须学习这篇英文:http://www.htslib.org/doc/
samtools
.html【继续更新ing】samtoolsview-h查看bam文件,包含头文件,去掉-h,不包含samtoolsview-hs.bam
Amy_Cui
·
2019-10-09 17:24
vcf和bed的位置信息区别
samtools
则是从1开始计数根据位置信息
raisok
·
2019-09-04 14:00
提取参考基因组序列
其中一个就是
samtools
。samtoolsfaidxref.fachr11:111-1111其中ref.fa为参考序列。
gtt儿_生物信息学习
·
2019-08-04 12:45
SNV分析软件/工具(持续更新中...)
Areviewofsomaticsinglenucleotidevariantcallingalgorithmsfornext-generationsequencingdata网址:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037017300946#bb0120GATK、
samtools
晓佥
·
2019-06-05 13:36
samtools
安装
samtools
安装1、找到
samtools
的地址
samtools
链接,查看当前版本。
天涯清水
·
2019-05-16 22:15
针对conda环境中,trinity调用align_and_estimate_abundance.pl脚本时
samtools
报错!
首先时报错的内容:(base)[root@localhostsamtools]#samtoolssamtools:errorwhileloadingsharedlibraries:libcrypto.so.1.0.0:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileordirectory可以按如下命令解决condainstall-cbiocondasamtoolsopen
多啦A梦的时光机_648d
·
2019-05-06 18:35
2019-04-28
samtools
samtools
的说明文档:http://
samtools
.sourceforge.net/
samtools
.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。
YX_Andrew
·
2019-04-28 19:22
Gene mutation analysis of cancer and targeted drug recommendation system
前期准备工作首先是搭建somaticSNP+indelcallingpipeline使用Trimmomatic进行reads过滤,BWA进行reads比对,
Samtools
进行b
a7c1cfdfca13
·
2019-04-18 15:18
收集 | 序列提取工具
1.BED格式相关的提取bedtools最知名的bed文件相关工具,但是和
samtools
并非出自一家http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/index.html
溪溪溪溪溪川
·
2019-04-09 10:01
生信小白——初学
samtools
使用conda下载
samtools
工具,过程参考《生信小白——初学bowtie2》。samtobam进入之前获得的read目录下,其中有待转化的sam文件。
阿阿阿阿阿藜
·
2019-04-01 19:36
常见生信操作
安装
samtools
:condainstallsamtools#srand:随机数发生器。
爱笑的小牙
·
2019-03-11 16:20
生物信息分析
软件版本过低,更换软件源相关问题
当我在进行生物信息学分析的时候,需要使用
samtools
这个软件的附带软件bcftools来进行文件格式的转换,首先我通过sudoaptinstallsamtools安装了
samtools
这个软件,但是当我使用
BioLearner
·
2019-02-13 09:56
一个神奇的小软件bioawk
最高的两篇引用上万次的,分别是BWA和
SAMtools
对应的文章。曾发过的nature,他是
刘小泽
·
2018-12-10 16:06
SNP位点寻找流程——傻瓜版
在我所用的服务器里,
samtools
,bwa,gatk都是预先构建好了全局变量。直接引用。如若没有设置好全局变量,请自行../../操作至软件目录下调用程序
対MS特技兵
·
2018-12-07 11:41
samtools
-faidx用法
faidx:samtoolsfaidxxxx.fa能够对fasta序列建立一个后缀为.fai的文件该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外,其他行的长度必须相同,>oneATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT>twoanotherchromosomeATGCATGCATGCAT
苏牧传媒
·
2018-10-24 11:15
10.18 bcftools下载使用
samtools
语句
https://github.com/
samtools
/bcftools/releases安装看readme共享目录出错,这个时候就要在/etc/ld.so.conf中加入xxx.so所在的目录。
KK_f2d5
·
2018-10-18 17:15
使用Python处理BAM的方法
在上一篇的文章里我详细介绍了BAM(SAM/CRAM)的格式和一些需要注意的细节,还说了该如何使用
samtools
在命令行中对其进行操作。
黄树嘉
·
2018-09-28 09:02
常见格式——VCF
完整的格式规范可以在
Samtools
/Hts-specs存储库中找到,以及其他有用的规范,如SAM/BAM。关于其说明,详
oddxix
·
2018-09-27 15:01
切割fasta的几种方法
1.
samtools
:samtoolsfaidxmm10.fachr1>chr1.fa2.awk:awk'/^>/{gsub(">","",$1)FILE=$1".fa"print">"$1>>FILEnext
苏牧传媒
·
2018-08-17 19:53
摘要
本论文主要研究内容是将传统的全基因组测序与Hadoop框架结合的大数据测序平台研发,通过Hadoop中的HDFS分布式存储系统来提供高可靠的存储服务,结合基因测序的一系列软件工具(如:BWA、
Samtools
gamedevv
·
2018-07-28 11:00
【我的项目】➣
[4]
Hadoop基因测序
使用Pysam操作BAM文件
Pysam操作BAM文件Pysam包是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3、
samtools
-1.3和bcftools-1.3的核心功能,能在编程时非常灵活的处理bam和bcf
Sakurag1
·
2018-07-27 16:09
samtools
常用命令及参数解读
samtools
的说明文档:http://
samtools
.sourceforge.net/
samtools
.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集,包含有许多命令。
tianzhanlan
·
2018-05-29 21:35
转录组学习七(差异基因分析)
转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与
samtools
排序)转录组学习六(reads计数与标准化
Dawn_天鹏
·
2018-03-29 20:47
转录组学习六(reads计数与标准化)
转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与
samtools
排序)转录组学习六(reads计数与标准化
Dawn_天鹏
·
2018-03-29 20:05
转录组学习五(reads比对)
转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与
samtools
排序)转录组学习六(reads计数与标准化
Dawn_天鹏
·
2018-03-29 20:16
转录组学习二(数据下载)
转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与
samtools
排序)转录组学习六(reads计数与标准化
Dawn_天鹏
·
2018-02-27 21:18
转录组学习一(软件安装)
转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与
samtools
排序)转录组学习六(reads计数与标准化
Dawn_天鹏
·
2018-01-17 14:33
C++使用htslib库读入和写出bam文件的实例
htslib可以用来处理SAM,BAM,CRAM和VCF文件,是
samtools
、bcftools的核心库。
ywliao
·
2017-11-16 08:28
个人基因组比对及其变异分析
b.进行比对)类似的建立索引的软件有bowtie,hisathttp://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/2.
samtools
(主要用途a.排序b.合并c.
Timothy飞
·
2017-10-29 21:51
生物信息学
linux
htseq-count的使用
*教程基于0.6.1p2版本基本用法(软件安装方法省略):htseq-count[options]输入::比对到基因组后得到的SAM文件(
SAMtools
包含一些perl脚本可以将大多数的比对文件转换成
高锦-生信
·
2017-10-17 10:20
NGS
生物基因数据文件——vcf格式详解
在GATK软件中得到最好的支持,当然
SAMtools
得到的结果也是VCF格式,和GATK的CVF格式有点差别。
高锦-生信
·
2017-09-29 16:32
转录组入门(5): 序列比对
接着用
samtools
把它转为bam文件,并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好,载入IGV,再截图
徐洲更hoptop
·
2017-07-19 12:03
学习——pindel,delly,GATK安装
(一)pindel安装1)安装htslib:gitclonehttps://github.com/
samtools
/htslibhttps://github.com/genome/pindel主要参考github
union0402
·
2017-06-04 20:09
SAM数据格式学习3之官方文档
SAM数据格式学习3之官方文档http://
samtools
.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf其他详细格式:https://github.com/
samtools
/hts-specs
bob601450868
·
2016-04-29 22:00
SAM数据格式学习3之官方文档
SAMtools
的常用指令
1.
Samtools
的help:hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/data_HDFS/adam$
samtools
--help Program:
samtools
bob601450868
·
2016-03-09 22:00
常用指令
samtool
Samtools
说明文档网址变更
很多地方都有这个连接:
samtools
的说明文档:http://
samtools
.sourceforge.net/
samtools
.shtml但是连不上了,所以现在的地址为:http://www.htslib.org
bob601450868
·
2016-03-09 15:00
Samtools
htslib和Samtool安装步骤
htslib和Samtool安装步骤(一)htslib安装:参考【1】1.下载:gitclonehttps://github.com/
samtools
/htslib.git 2.安装指令:autoconf
bob601450868
·
2016-03-09 14:00
htslib
samtool
perl 面向对象编程
今天看到一个perl面向对象编程的例子,充分体现了如何对数据进行封装;自己模仿写一个读取配置文件的例子,配置文件的内容如下
samtools
_binary=/usr/bin/
samtools
用=分隔,
庐州月光
·
2016-01-20 16:00
tophat安装
1 依赖软件:bowtie,bowtie2,
samtools
,boost c++ library 2 建立索引文件:  
·
2015-10-23 08:55
top
install tabix/bgzip
Block compression/decompression utilitytabix – Generic indexer for TAB-delimited genome position files
SAMtools
·
2015-06-14 10:00
Install
samtools
常用命令详解
samtools
的说明文档:http://
samtools
.sourceforge.net/
samtools
.shtml
samtools
是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。
·
2015-03-05 19:00
tools
linux下bwa和
samtools
的安装与使用
bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2)
Samtools
1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http
·
2015-03-05 19:00
linux
ubuntu igvtools bowtie2
samtools
buildfatoindex$alignitresultingasamfileIndexingareferencegenome$BT2_HOME/bowtie2-build$BT2_HOME/example/reference/lambda_virus.falambda_virusthecurrentdirectorywillcontainfournewfilesthatallstartwithl
Waste_Land
·
2015-01-17 13:19
VCF (Variant Call Format) version 4.1
Pleasenotethespecificationisnowbeingmaintainedingithubat https://github.com/
samtools
/hts-specs0.ExampleVCF
lj695242104
·
2014-07-02 19:00
格式
vcf
遗传数据
About RepeatExplorer
Galaxy的这个东东真是恶心: galaxy.tools.depsDEBUG2013-12-0514:33:01,693Buildingdependencyshellcommandfordependency'
samtools
_lhtk_
·
2014-04-24 11:00
bug
repeateexlorer
samtools
得到mapping中各个位置覆盖度情况程序,
samtools
tview的使用
usestrict; usewarnings; system'samtoolstview/home/blackstar/lastz/GRC/Yeast/share/02.assembly/00.novoalign/yeast_set1/H1_1/H1_1_Clean.S288C.novo.pe.dedup.bam/home/blackstar/lastz/GRC/Yeast/share/ref
gaorongchao1990626
·
2013-03-30 16:00
samtools
学习及使用范例,以及官方文档详解
本文章主要参考“菜鸟”的新浪博客,自己只是把自己操作的过程记录下来,供大家参考。#第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtoolsview-bSmap.sam>map.bam"; #第二步:sort一下BAM文件,得到map.sorted.bam system"samtoolssortmap.bammap.sorted"; #第三步:创建一个关于ba
gaorongchao1990626
·
2012-12-04 11:00
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