sitk

影像组学学习笔记(28)-ROI/病灶体积的计算

importSimpleITKassitkimportnumpyasnp将文件读入程序中maskFilePath="C:/Users/RONG/Desktop/ROI_calculation/lung1_label.nrrd"reader=sitk.ImageFileR
北欧森林·2024-01-15 16:45

医学图像灰度值转CT值的权重

CT值=slope*灰度值+interceptimportSimpleITKassitkdicom_name='1.dcm'dicom=sitk.ReadImage(dicom_name)intercept
明月下·2023-10-17 19:52

Li‘s 影像组学视频学习笔记(28)-ROI/病灶体积的计算

importSimpleITKassitkimportnumpyasnp2、将文件读入程序中maskFilePath="C:/Users/RONG/Desktop/ROI_calculation/lung1_label.nrrd"reader=sitk.ImageF
有Li·2023-10-12 19:12

simpleitk 读数据 图像 dicom nii 处理数据

序列医学图像中一个CT序列包含很多张图片，即一个case包含许多slice，使用SimpleITK可以直接读取一个序列importSimpleITKassitkimportnumpyasnpreader=sitk.ImageSeriesReader
恋恋西风·2023-10-10 10:44

python read()读取图片_可以python sitk.ReadImage读取列表/系列图像吗？

我不明白sitk.ReadImage是否可以读取或不读取图像列表？我没有设法找到一个示例显示如何列出图像应该输入到函数。
teacher.dio·2023-10-05 12:02

SimpleITK，三维膨胀与腐蚀，python实现

腐蚀：importSimpleITKassitk#读取输入图像input_image=sitk.ReadImage("input_image.nii")#创建腐蚀过滤器erode_filter=sitk.BinaryErodeImageFilter
Teng-Sun·2023-09-25 19:15

【医学图像预处理(一)】之SimpleITK的介绍及使用代码

Channels2.3空间域变换/Transforms2.4重采样/Resampling2.5图像配准/RegistrationOverview3，SimpleITK的基本使用3.1安装与常见属性3.1.1sitk
Alexa2077·2023-07-20 17:23

ITK读mhd文件报错RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK ReadImage......

python下使用sitk读取mhd文件时提示：RuntimeError:ExceptionthrowninSimpleITKReadImage:/tmp/SimpleITK-build/ITK/Modules
liqiang12689·2023-07-19 01:51

python将医学图像dicom文件批量转换为avi视频格式

首先，导入以下库，比如opencv、SimpleITK、numpy等利用os库读取选择的文件夹下的dicom文件，然后用sitk对文件进行操作，获取图像的变量。
帅帅帅.·2023-06-23 14:17

python通过SimpleITK库预览.mha格式图片

importSimpleITKassitkimportmatplotlib.pyplotaspltfrompathlibimportPathdefread_and_display_mha(file_path):#使用SimpleITK库读取MHA文件image=sitk.ReadImage
Mark White·2023-06-20 16:54

dicom批量转Nii格式

importSimpleITKassitkimportnumpyasnpimportpydicomimportos'''功能：读取filepath下的dcm文件返回值：读取得到的SimpleITK.SimpleITK.Image类其他说明：file=sitk.ReadImage
大风的blog·2023-04-20 11:55

已解决ImageFileReader_Execute:D:la1sitk\CodeI0srcsitkImageReaderBase.cxx:105:

return_SimpleITK.ImageFileReader_Execute(self)RuntimeError:ExceptionthrominSimplelTkImageFileReader_Execute:D:la1sitk
袁袁袁袁满·2023-04-10 07:37

已解决sitk::ERROR: Unable to determine ImageIO reader for “D:zuj\fx05(IOSUDA-master datasetsretinal_dat

return_SimpleITK.ImageFileReader_Execute(self)RuntimeError:ExceptionthrominSimplelTkImageFileReader_Execute:D:la1sitk
袁袁袁袁满·2023-04-10 07:37

【SimpleITK】CT数据的3D space归一化

ds=sitk.ReadImage(exaple_file)img_array=sitk.GetArrayFromImage(ds)print(np
是Billy呐~·2023-02-23 21:56

python---之sitk中的Getspacing,origin,direction

itk_img=sitk.ReadImage(img_file)img_array=sitk.GetArrayFromImage(itk_img)#indexesarez,y,x(noticetheordering
zxyhhjs2017·2023-02-01 13:51

医学图像格式转换 -- .dcm转为.nii.gz

8importSimpleITKassitkdefdcm2nii(dcms_path,nii_path):#1.构建dicom序列文件阅读器，并执行（即将dicom序列文件“打包整合”）reader=sitk.ImageSeriesReader
dreamandgo·2023-02-01 13:19

dcm转换为nii

dicom的文件路径path_save:保存nii的文件路径defdcm2nii(path_read,path_save):#GetGDCMSeriesIDs读取序列号相同的dcm文件series_id=sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesIDs
一..一·2023-02-01 13:19

python 常用自定义函数整理

---------持续更新1.3D图像处理defnumpy2sitk(arr,sitk_ori_img):#numpy转换为sitksitk_img=sitk.GetImageFromArray(arr
kevinoop·2022-12-30 07:08

SimpleITK读写nii.gz文件

nii.gz文件2、对于神经网络输出概率生成二值图保存1、读写nii.gz文件##usingsimpleITKtoloadandsavedata.importSimpleITKassitkitk_img=sitk.ReadImage
落花逐流水·2022-12-23 07:33

SimpleITK常用指令

SimpleITKSphinxDocumentation—SimpleITK2.0rc2documentationimportSimpleITKassitk1、数据类型1）查看img_itk.GetPixelIDTypeAsString()img_itk.GetPixelID()2）修改sitk.Cast
emergency_rose·2022-12-17 22:53

ITK学习笔记（十二） SimpleITK获取二值图像bbox

ITK学习笔记（十二）SimpleITK获取二值图像bboxsitk_seg_img=sitk.ReadImage(m)bbox=get_bbox_frommask(sitk_seg__img)defget_bbox_from_mask
落花逐流水·2022-12-17 21:22

SimpleITK图像基础（三）——SimpleITK学习笔记

SimpleITK学习笔记前言1sitk中的常见属性值2读取和保存图像3像素类型4SimpleITK图像数据和Numpy矩阵数据之间的转换5访问像素和切片6图像重采样7图像分割8图像的形态学操作9连通域分析
Jiaxxxxxx·2022-12-17 21:21

SimpleITK写入数据

1.问题如果直接用sitk.GetImageFromArray(),然后sitk.WriteImage(),会使得生成的数据spacing,Origin等属性都变成默认的，比如spacing会变成[1,1,1
zhangjipinggom·2022-12-16 07:50

SimpleITK Dicom序列数据读取

importsysimportosimportnumpyasnpimportSimpleITKassitkdefsitk_dcms_read2(dcm_dir):reader=sitk.ImageSeriesReader
mikeyNa·2022-12-16 07:20

关于SimpleITK 使用函数sitk.WriteImage报错‘ERROR (nifti_image_write_hdr_img2): cannot open output file ‘

报错**ERROR(nifti_image_write_hdr_img2):cannotopenoutputfile'/XXX/XXX/XXXXX.nii.gz'1.首先判断路径是否存在，发现没问题。2.其次查看磁盘空间是否不足，发现已经不够用了。解决参考：https://github.com/taigw/brats17/issues/24
镜中隐·2022-12-16 07:47

ITK对应python中SimpleITK库的常用函数举例

在医学图像上经常使用的一个库-SimpleITK，很多处理都只懂个大概或者只会简单的读取，保存图像，这里对常用的一些操作进行总结：importSimpleITKassitk1、sitk.Cast(sitk.ReadImage
jancis·2022-12-16 07:14

Python中SimpleITK库的常用函数

在医学图像上经常使用的一个Python库SimpleITK，下面介绍其常用的函数:importSimpleITKassitk#1.读取图像，如.mhd.nii.nrrd等sitk.ReadImage(图像路径
Joker 007·2022-12-16 07:11

使用plt和Slider滑块展示.nii格式三维切片图

importmatplotlib.pyplotaspltfrommatplotlib.widgetsimportSlider#处理nii格式的包importSimpleITKassitkitk_img=sitk.ReadImage
师大云帆·2022-12-09 02:20

ITK入门教程（17）nii,mhd,stl之间的相互转换

你会做这样的事情：importSimpleITKassitkimg=sitk.ReadImage("input.mhd")sitk.WriteImage(img,"output.nii")如果python
求则得之，舍则失之·2022-11-27 22:33

【记录】python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件

nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式，python中可用nibabel和sitk来读取保存。
脆鲨Nana7mi·2022-11-26 03:58

python中一些算法总结

utils\connect_domain.py实现包：SimpleITK#膨胀importSimpleITKassitkdefdilate(nrrd_data):#nrrd转换成ImageImage=sitk.GetImageFromArray
挨打且不服66·2022-11-22 19:14

医学图像nii重采样

"defresampleVolume(outspacing,vol):"""将体数据重采样的指定的spacing大小\nparas：outpacing：指定的spacing，例如[1,1,1]vol：sitk
敏敏的猪猪虾·2022-11-22 04:49

dcm图片到nrrd的格式转换（二维到三维）

调用sitk库的writeImage成为nrrd文件importSimpleITKassitkimportos#直接用hndata里的ct图像dcm变成nrrddefdcmtonrrd(pp,cpa,nb
just-run·2022-11-19 03:56

dcm2nii.多张dcm 文件转换成nii等其他格式的存储。

importSimpleITKassitkreader=sitk.ImageSeriesReader()dicom_names=reader.GetGDCMSer
skyfengye·2022-11-19 03:24

SimpleITK读取并显示单张dcm文件

importSimpleITKassitkimportnumpyasnpimportmatplotlib.pyplotaspltimage=sitk.ReadImage(r"D:\Data\LIDC-IDRI
PKnotnull·2022-11-19 03:17

python 常用模块 医学图像_Python可视化mhd格式和raw格式的医学图像并保存的方法...

importcv2importSimpleITKassitkimportmatplotlib.pyplotaspltimportnumpyasnpimage=sitk.ReadImage(path)image
weixin_39689819·2022-06-09 07:04

nii图像读取

SimpleITK读取和保存nii图像注意SimpleITK读取的图像，顺序为(z,y,x)importSimpleITKassitkitk_img=sitk.ReadImage('./***.nii.gz
snowpigppp·2021-06-15 03:01

SimpleITK保存Nii文件与错误处理

/xxx.nii'ct=sitk.ReadImage(filename)ct_array=sitk.GetArrayFromImage(ct)origin=ct.GetOrigin()direction
HuiYu-Li·2020-09-11 20:11

mha.文件和nii文件的读取与写入应注意的问题spacing

importSimpleITKassitkfile=sitk.ReadImage(file_path)file=sitk.GetArrayFromImage(file)nibabe
长风破浪时·2020-09-11 20:35

用SimpleITK查看医学图像大小与通道数

importSimpleITKassitkfrommatplotlibimportpyplotaspltdefshowNii(img):foriinrange(img.shape[0]):plt.imshow(img[i,:,:],cmap='gray')plt.show()itk_img=sitk.ReadImage
hamimelon2020·2020-09-11 20:45

python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件

nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式，python中可用nibabel和sitk来读取保存。
小鹿学长·2020-09-11 20:45

使用SimpleITK读取NII格式三维图像注意事项

读取NII格式的图像#读取并显示NII图像文件frommatplotlibimportpyplotaspltimportSimpleITKassitkimg_path='res.nii.gz'I=sitk.ReadImage
脉望虫·2020-09-11 19:49

使用SimpleITK读取和保存NIfTI文件

##usingsimpleITKtoloadandsavedata.importSimpleITKassitkitk_img=sitk.ReadImage('./***.nii.gz')img=sitk.GetArrayFromImage
张筱竼·2020-09-11 19:35

SimpleITK 的学习一

#SimpleITK在dcm图像的应用importSimpleITKassitkimportnumpyasnpdcm_file='dir_path/test.dcm'#获取图像的tag信息image=sitk.ReadImage
qq_31325495·2020-09-11 19:02

python使用SimpleITK读取nii格式文件

importSimpleITKassitk#读取的nii的压缩包itk_img=sitk.ReadImage('2804506.nii.gz')img_array=sitk.GetArrayFromImage
temperamentalkj·2020-09-11 19:17

simpleITK读取nii文件并显示

importSimpleITKassitkfrommatplotlibimportpyplotaspltdefshowNii(img):foriinrange(img.shape[0]):plt.imshow(img[i,:,:],cmap='gray')plt.show()itk_img=sitk.ReadImage
Mr_zhuzj·2020-09-11 19:47

python 用SimpleITK+pydicom 将4dnii图像转为单张dicom，并重新添加图像头信息

首先，可以用sitk.ReadImage读取4dnii图像，如下：itk_img=sitk.ReadImage('E:/cardic_data/training/patient009/p
hear~·2020-08-18 01:35

Python可视化mhd格式和raw格式的医学图像并保存

importcv2importSimpleITKassitkimportmatplotlib.pyplotaspltimportnumpyasnpimage=sitk.ReadImage(path)image
Darlewo·2020-08-01 08:29

python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件实例

nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式，python中可用nibabel和sitk来读取保存。
·2020-07-01 12:40

使用SimpleITK读取和保存NIfTI/DICOM文件实例

我就废话不多说了，大家还是直接看代码吧~##usingsimpleITKtoloadandsavedata.importSimpleITKassitkitk_img=sitk.ReadImage('.
·2020-07-01 12:05
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