tcga数据下载

基因组版本与注释

usefulwebsitesgencodewebsiteGencode数据库ensemblftp如何下载人类的参考基因组和注释文件参考基因组及注释下载人类基因组各种版本对应关系不同基因组版本坐标转换方法TCGA
东方不赞·2023-01-29 01:35

python 分析单细胞数据教程 scanpy---初探

python分析单细胞数据scanpy数据下载流程分析参考数据下载#!mkdirdata#!
毒鸡蛋·2023-01-28 10:25

CNCB原始数据下载

CNCB（ChinaNationalCenterforBioinformation，国家生物信息中心），对标的NCBI，对国内研究者来说，数据上传跟下载方便的多，现在国内越来越多的数据都上传到该数据库。该数据库有自主开发的下载软件Edgeturbo，支持linux版本，小编试了一下，下载速度达到10Mb/s。系统要求Linux内核版本：3.10.0及以上，推荐使用4.15以上的版本；操作系统版本：
geneonto·2023-01-28 02:09

讲一下关于下载源的切换相关nvm插件和node版本管理（n）

首先，大家都知道的，我们国家对于网络安全这一块做了一个墙，至于好坏，这个小编就不多做论述了（ps:接下来就是重点划线内容了；）首先关于切换npm数据下载源有多个方法；这里我就不一一说明了，就说一下我用的切换工具
原罪_欲望·2023-01-27 06:36

手写字体识别(1) 准备数据集

目录数据下载及提取数据下载ubyte文件及提取csv文件及提取数据集预处理github地址：https://github.com/Huyf9/mnist_pytorch/数据下载及提取为了规范代码与数据集
lambda99·2023-01-26 22:12

安利我的毕业论文-关于生物信息学分析、多组学分析、机器学习的应用

附件中相关代码的内容：附录A本研究纳入研究的数据下载与整理基因芯片数据下载、整理TCGA数据的下载、整理GTEx数据下载、整理ICGC数据下载、整理CCLE数据下载、整理GTF注释文件下载、整理批次效应矫正
研平方·2023-01-26 18:47

TCGA数据分析（3）

由于下载的TCGA数据，都是独立文件夹。即每个样本，一个文件夹，文件夹下是压缩数据，还需要将所有的数据进行解压，然后将所有的数据进行合并，并提取分组信息，再进行后续的分析。
dming1024·2023-01-26 14:14

利用TCGA数据库发表的文章都是哪些杂志？

大家好，今天和大家分享一下TCGA从2017年到现在发表文章的情况；做这个整理的目的呢？是因为很多小伙伴都在群里或者是后台问我们，TCGA的生信分析往哪里投？
科研菌·2023-01-26 01:17

2020-09-15 急性粒细胞白血病预后代谢风险模型的系统构建和验证

方法：从GEO，TCGA和TARGET数据库下载AML的数据。通过LASSO分析鉴定预后代谢基因以建立代谢模型。通过与时间有关的接收器工作特性曲线和曲线下面积（AUC）量化模型的预后准确性。
卅衣·2023-01-25 22:25

基因表达量高低分组的cox和连续变量cox回归计算的HR值差异太大? km cox生存分析 多因素生存分析

我已经在生信技能树多次介绍过生存分析，目录如下集思广益-生存分析可以随心所欲根据表达量分组吗生存分析时间点问题寻找生存分析的最佳基因表达分组阈值apply家族函数和for循环还是有区别的（批量生存分析出图bug）TCGA
YoungLeelight·2023-01-22 18:27

大疆无人机航测实测教程：航线规划、像控点布设、刺点、成图（附航测练习数据下载）

本篇的主要目的是为了帮助初学者，简单易懂的学习大疆无人机航测的具体流程和操作方法。将真实案例，实测数据提供给大家用来研究。无人机航测具有机动灵活、高效快速、作业成本低、适用范围广、生产周期短等特点。近年来，无人机行业发展迅猛，随之衍生的新兴行业对传统行业产生强大冲击。在农林植保、电力巡线、空中监察、影视航拍、航空测绘、公安反恐、高速巡检、无人机编队表演等广泛应用。作为传统测绘从业者，深知测绘行业之
GIS前沿·2023-01-22 14:49

ArcGIS生态敏感性分析制作（附练习数据下载）

生态环境敏感性是指生态系统对区域内自然和人类活动干扰的敏感程度，它反映区域生态系统在遇到干扰时，发生生态环境问题的难易程度和可能性的大小，并用来表征外界干扰可能造成的后果。即在同样干扰强度或外力作用下，各类生态系统出现区域生态环境问题可能性的大小，研究生态敏感性对保护生态系统及其重要。按照下列要求，进行生态敏感性评价。1数据说明DEM数据文件夹：存放所需的DEM数据。遥感影像数据文件夹：存放所需的
GIS前沿·2023-01-22 14:49

ArcGIS生态服务敏感性网格化计算并空间可视化（附练习数据下载）

一、数据来源介绍土地利用数据来源于中国科学院资源环境科学与数据中心（https://www.resdc.cn/）。二、数据预处理1.栅格类型转换我们从中国科学院资源环境科学与数据中心官网上下载下来的土地利用栅格数据是整型的，我们可以利用Reclassify（栅格重分级）工具来将它变为浮点型。2.栅格重分类在这里我们发现，土地利用栅格数据里的像元被赋值为一些不连贯的数，我们通过官网上的相关介绍得知其
GIS前沿·2023-01-22 14:18

win10+python3.6+tensorflow-gpu+FasterRCNN环境搭建及运行

目录代码环境配置cudacudnnanacondapycharm导入代码下载数据下载训练好的vgg16运行train.py运行demo.py小白，第一次搭这个环境，花了很长时间，先是搭的cpu版本的，后来又尝试了
@zzz·2023-01-22 07:36

citespace：分析wos数据时显示“the timing slicing setting is outside the range of your data”解决方案

数据下载正确了，所有的图都可以做了；
张小瘦娃·2023-01-21 16:31

生信&数据挖掘——人工神经网络篇(2)GEO数据下载及注释

目录序言GEO数据下载GEO数据注释序言基因组学是一门研究基因组的科学，它涉及到基因组的结构，功能，表达，进化和疾病相关性等方面。基因组学的研究需要大量的基因数据，而这些数据可以从公共数据库中获得。
heart_6662·2023-01-21 10:05

ArcGIS地形图配准并生成三维模型（附练习数据下载）

01前言由于这个是第9届全国大学生GIS技能大赛上午的试题，都是一些很重要的基本操作，但是综合性要求还是比较高，小编默认练习这个试题的都是大佬啦，所以我会把一些要注意的东西给点一下，大概操作步骤是给出了，但是没有像之前的文章一样一个点击就给出一个步骤图，毕竟一些简单的步骤各位小伙伴也是熟记于心，放出来也是画蛇添足，让大家不厌其烦。02数据说明topo_map.jpg：雷尼尔山国家公园的扫描地形图。
GIS前沿·2023-01-20 20:00

【跟着SCI学作图】Matplotlib&Seaborn绘制散点密度图&直方图

论文中提供的数据如下图所示：数据下载地址：【https://www.nature.com/a
森气笔记·2023-01-20 12:47

使用EasyExcel将MySQL中查询出来的数据下载到Excel文件中

使用EasyExcel将MySQL中查询出来的数据下载到Excel文件中文章目录使用EasyExcel将MySQL中查询出来的数据下载到Excel文件中一，目标描述二，代码实现（一）代码目录图（二）文件代码及说明三
程序员小小何·2023-01-20 06:01

RNA 28 SCI 文章中基于RNA-seq数据反褶积揭示肿瘤免疫结构的分子和药理学 (quanTIseq)...

转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事--基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之DESeq2RNA4.SCI文章中基于
桓峰基因·2023-01-19 15:03

GLUE基准数据下载

官方链接：https://gluebenchmark.com/tasks官方下载数据脚本：https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/nyu-mll/jiant/blob/master/scripts/download_glue_data.py脚本：'''ScriptfordownloadingallGLUEdata.Note:forle
phily123·2023-01-19 10:51

Qlib教程——基于源码（二）本地数据保存与加载

从上一章中我们知道，源码中与数据相关的，主要是以下两个文件夹：scripts脚本文件，用于外部数据下载与保存data数据缓
RicardoOzZ·2023-01-19 10:55

SCI 文章中基于TCGA 差异表达基因之 DESeq2

前言上期我们介绍了基于limma来做差异表达基因，那么这期来讲一下DESeq2，那么这两款软件有什么区别吗？区别主要在于一个是计算芯片探针给出来的结果，而DESeq2是基于NGS测序结果中Readcounts来计算差异表达，根据输入数据的不同，我们对比一下做法。在比较高通量测序分析中，一项基本任务是分析计数数据，如RNA-seq中每个基因的Readcount，以获得跨实验条件的系统性变化的证据。离
桓峰基因·2023-01-19 08:17

学学习笔记：利用TCGA Assembler工具下载及处理数据

下载包的作者提供的下载地址：https://github.com/compgenome365/TCGA-Assembler-2文献引用：TCGAassembler2:softwarepipelineforretrievalandprogressingofTCGA
Eric's blog·2023-01-19 08:43

CPTAC蛋白质差异分析详细步骤

CPTAC蛋白质差异分析文章目录CPTAC蛋白质差异分析@[toc]1.CPTAC数据下载2.数据补缺校正3.数据分组4.蛋白质组差异分析1.CPTAC数据下载根据自己的需求选择对应的癌症，然后下载，这里就不展开讲了
涂apple·2023-01-19 08:43

python多元线性回归预测法,Python-Tensorflow2.3.0-多元线性回归预测(学习笔记)

多元线性回归预测(学习笔记)Python-Tensorflow2.3.0-多元线性回归预测(学习笔记)编译器环境：win10-Anaconda3-python3.6-tensorflow2.3.0预测数据下载地址
北鸮·2023-01-18 22:46

RNA-seq——学习路线、学习经验、实战项目、学习总结

1.参考课程和博客B站：RNA-seq转录组数据分析入门实战【生信技能树】转录组测序数据分析简书：RNA-seq(1):用conda安装RNA-seq所需要的工具-简书RNA-seq(2)-1:原始数据下载的几种方法
Dzfly..·2023-01-18 18:09

网络安全模拟题----软考高项的走过来

1、某公司技术人员利于自己的技术入侵了某电商数据库，将其中的用户数据下载后在暗网中进行售卖，该行为的处置最适用的是以下那部法律?
香水有毒吖·2023-01-18 16:26

二手房数据的分析与挖掘（三）-- 描述性分析2D

实验步骤一、数据来源数据下载：https://download.csdn.net/download/qq_35809147/11176627二、代
极地星光·2023-01-18 01:33

pandas数据清洗实例-apply|applymap

pandas数据清洗实例-apply|applymap*pandas数据清洗*apply()函数、applymap()函数应用*正则表达式前言从某网中爬取了上海浦东地区的房价数据【数据下载】，如下所示，
liuyunfeng_c·2023-01-17 21:52

GeoDa绘制地图

下载地址：GeoDaonGithub、GeoDaonGiteeGeoDa绘制地图1.获取地图数据下载json格式的地图数据在阿
思想在拧紧·2023-01-17 14:05

生信人的20个R语言习题

上学期在学校跟练了GEO数据挖掘，看了TCGA数据挖掘有关知识，还没来得及实操。
你真的不能替我学吗·2023-01-17 09:36

筛选数据库_筛选TCGA数据库中低级神经胶质瘤微环境中的预后基因

AnnTranslMedIF:3.297Publishedin2020.3.8Introduction肿瘤微环境(TME)是肿瘤灶所在的细胞环境。它由内皮细胞，炎性介质，间充质细胞以及免疫细胞和基质细胞组成。其中，免疫细胞和基质细胞是两个主要的非肿瘤成分，在癌症的诊断和预后中具有重要意义。LGG肿瘤细胞形成了肿瘤微环境的复杂环境，最终促进了肿瘤细胞转录组的适应性和疾病进展。另一方面，研究表明TME
glow law·2023-01-17 09:47

NeurIPS 2020 | 近期必读目标检测精选论文

系统2006年上线，吸引了全球220个国家/地区1000多万独立IP访问，数据下载量230万次，年度访问量超过1100万，成为学术搜索和社会网络挖掘研究的重要数
AMiner学术搜索和科技情报挖掘·2023-01-17 08:45

ArcGis10.5+ENVI5.3处理Landsat-8数据24景影像水体提取得到shp图层总结心得

目录数据介绍数据的预处理水体处理数据介绍：http://glovis.usgs.gov/Landsat-8Collection1Level1数据下载的时候，可以选择官网下载（可以下载任何年限，需要咳血上网
莫顾尔在·2023-01-16 10:20

[转载]OpenStreetMap中各类OSM数据多种下载渠道及方式对比

原链接OpenStreetMap中各类OSM数据多种下载渠道及方式对比介绍本文对OpenStreetMap（OSM）网页与各类OSM数据的多种下载方式加以详细介绍，并对不同数据下载方式加以对比。
斯汤雷·2023-01-14 15:02

最新最全论文合集——知识图谱推理

系统2006年上线，吸引了全球220个国家/地区1000多万独立IP访问，数据下载量230万次，年度访问量超过1100万，成为学术搜索和社会网络挖掘研究的重要数
AMiner学术搜索和科技情报挖掘·2023-01-14 10:22

DeepSig RadioML 2018.01A 处理为单信噪比单调制数据

原数据下载网址：RFDatasetsForMachineLearning|DeepSig该数据集包含24种调制样式：'OOK','4ASK','8ASK','BPSK','QPSK','8PSK','16PSK
Mola_ya·2023-01-14 08:22

hive随机抽取100条数据_使用TCGA数据随机抽取基因形成虚拟panel计算TMB

为了完成这个小探索，遇到了一个以前从来没有注意的问题，就是不同数据库对基因注释的记录差异问题。https://mp.weixin.qq.com/s/2QJvQxVECcxpJIsId1pHYAhttps://mp.weixin.qq.com/s/MDpX3tWQ7dojy84WjGuoZg前些天朋友圈被刷屏的一个研究(https://mp.weixin.qq.com/s/aKt0RRNFo9Nyd
坑货两只·2023-01-14 08:17

数据库生存曲线_又双叒一款生存分析数据库: LOGpc

但同一基因可能在不同数据库中产生相反的结论，这主要是由不同的数据来源和不同的cutoff值而致，有用TCGA的，有用GEO的，有综合多个数据集的。
希望阳光下·2023-01-12 23:55

表达矩阵任意两个基因相关性分析 批量相关性分析 tcga geo 矩阵中相关性强的基因对 基因相关性

2.我们的注释方法依赖于TCGA大样本，既然他可以注释基因，那么任何跟肿瘤相关的基因都可以被注释，包括长链非编码RNA下面操作开始：1.加载已经整理好的癌症数据load(file="exprSet_arrange.Rdata
YoungLeelight·2023-01-12 23:24

8秒完成2万个基因的生存分析 运行速度太慢怎么办 批量单基因生存回归 tcga geo数据分析策略

https://blog.csdn.net/qq_52813185/article/details/127588907?csdn_share_tail=%7B%22type%22%3A%22blog%22%2C%22rType%22%3A%22article%22%2C%22rId%22%3A%22127588907%22%2C%22source%22%3A%22qq_52813185%22%7D
YoungLeelight·2023-01-12 23:51

【线性回归_案例代码（kaggle房价预测）】

一、提取数据我已经将数据下载到了本地，大家可以按照我之前的这篇文章来进行数据的下载~1、提取数据importnumpyasnpimportpandasaspdfrompandasimportDataFrameasdfimportseabornassnspath
数据分析修炼手册·2023-01-12 20:50

Python 解析风云四A卫星L1级别数据以及绘制卫星云图

绘制出来的卫星云图全圆盘真彩图:全圆盘单通道红外图:数据准备数据格式说明:http://fy4.nsmc.org.cn/data/cn/data/realtime.html数据下载地址:http://satellite.nsmc.org.cn
Mr . zhang·2023-01-12 20:45

pandas常用数据处理函数整理

pandas数据处理常用函数整理参考：《joyfulpandas》数据下载：https://www.heywhale.com/mw/dataset/625d2653e22b670017093353/file
路新航·2023-01-12 10:17

AMiner 会议论文推荐第十九期

系统2006年上线，吸引了全球220个国家/地区1000多万独立IP访问，数据下载量230万次，年度访问量超过1100万，成为学术搜索和社会网络挖掘研究的重要数据和实验平台。
AMiner学术搜索和科技情报挖掘·2023-01-12 07:44

李宏毅2022机器学习hw3

目录MachineLearningHW3任务数据下载结果改进方法2.1Simpleline(acc>0.50099)
梦想的小鱼·2023-01-12 06:11

如何获取页面指定区域数据存入html、excel文档？

某网站，进入后如下，有很多数据分类：进入某个分类后有很多小分类，如电阻器中的页面：而每个小类又有很多数据，那我们就是要把这些数据下载下来进行保存：3设计分析根据以上【需
·2023-01-11 11:20

如何获取页面指定区域数据存入html、excel文档？

某网站，进入后如下，有很多数据分类：进入某个分类后有很多小分类，如电阻器中的页面：而每个小类又有很多数据，那我们就是要把这些数据下载下来进行保存：3设计分析根据以上【需
·2023-01-11 11:46

Python案例分析——阿里巴巴股票行情数据分析

阿里巴巴股票行情数据分析1、简单分析#阿里股票历史数据下载：https://www.nasdaq.com/symbol/baba/historical#也可以抓取雪球等股票app的数据#阿里股票走势图：
Ylin_1112·2023-01-11 10:28
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