tcga数据下载

生物信息学竞赛：糖尿病数据挖掘

数据下载：http
Debroon·2021-10-27 20:05

恒源云_训练指引

从本地上传压缩包到平台个人数据把平台个人数据下载到实例内进行训练与自动上传结果并关机操作流程大概如下：本地上传个人数据在本地首先将训练的数据打成zip、tar.gz常用格式的压缩包。
·2021-10-25 19:44

LIBSVM安装和使用实验(Windows 10)

目录1.概要2.LIBSVM安装2.1下载2.2python安装3.第一个实验3.1数据下载3.2基于原始数据直接训练和预测3.3对数据进行scaling后再做训练和预测3.4自动化的参数搜索3.5全流程自动化
笨牛慢耕·2021-10-23 17:28

wget命令8种实用用法

这实际上也是大家所使用的浏览器所做的，例如Firefox或Chrome，其实在内部也是调用了wget程序进行数据下载。本文介绍8个wget命令常见使用方式，希望对小伙伴们有所帮助。
·2021-10-22 12:48

wget命令8种实用用法

这实际上也是大家所使用的浏览器所做的，例如Firefox或Chrome，其实在内部也是调用了wget程序进行数据下载。本文介绍8个wget命令常见使用方式，希望对小伙伴们有所帮助。
良许Linux·2021-10-22 12:06

TCGA肿瘤数据预处理与分组

inputFile="tcgaRBPexp.txt"library(limma)library(stringr)#读取输入文件，并对输入文件整理,多个基因取平均为一个基因表达rt=read.table(inputFile,sep="\t",header=T,check.names=F)rt=as.matrix(rt)rownames(rt)=rt[,1]exp=rt[,2:ncol(rt)]dim
萍智医信·2021-10-20 13:43

特征选择 | MATLAB实现RF(随机森林)变量重要度分析

特征选择|MATLAB实现RF(随机森林)变量重要度分析目录特征选择|MATLAB实现RF(随机森林)变量重要度分析基本介绍理论回顾多元回归模型随机森林模型数据下载程序设计参考资料致谢基本介绍本文分析自变量因素对因变量的影响
机器学习之心·2021-10-16 15:15

回归预测 | MATLAB实现RF(随机森林)多输入单输出

回归预测|MATLAB实现RF(随机森林)多输入单输出目录回归预测|MATLAB实现RF(随机森林)多输入单输出基本介绍模型原理数据下载程序设计参考资料致谢基本介绍将随机森林回归原理应用到了预测领域，构建了基于随机森林的预测模型
机器学习之心·2021-10-16 14:06

时序预测 | MATLAB实现时间序列回归之交叉验证及损失函数

时序预测|MATLAB实现时间序列回归之交叉验证及损失函数目录时序预测|MATLAB实现时间序列回归之交叉验证及损失函数基本介绍数据下载程序设计环境准备交叉验证损失函数模型比较参考资料致谢基本介绍本文介绍
机器学习之心·2021-10-14 12:19

时序预测 | MATLAB实现时间序列回归之逐步回归及信息标准

时序预测|MATLAB实现时间序列回归之预测选择目录时序预测|MATLAB实现时间序列回归之预测选择基本介绍数据下载程序设计环境准备逐步回归信息标准参考资料致谢基本介绍为多元线性回归模型选择一组具有高统计显着性的简约预测变量是值得研究的问题
机器学习之心·2021-10-14 12:02

关于ArcGIS模型构建器的使用

ArcGIS模型构建器批量操作：批量提取转角点坐标（附工具下载）ArcGIS模型构建器使用：矢量要素按规则进行排序（附工具下载）ArcGIS模型构建器使用：掩膜提取（附练习数据下载）ArcGIS模型构建器
GIS前沿·2021-10-07 18:36

nuScenes数据集在OpenPCDet中的使用及其获取

注意：如果觉得数据下载或者创建datainfos有难度的，可以参考本
Jonah_Mao·2021-09-30 15:07

1.常用肿瘤相关数据库

1.综合性肿瘤数据库TCGATheCancerGenomeAtlas(TCGA)TCGA是由美国国立癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所资助，关注与癌症的发生和发展相关的分子突变图谱。
安笙依萍·2021-09-29 10:44

sofa竞赛：公共自行车使用量预测

数据下载：数据文件（三个）：train.csv训练集，文件大小273kbtest.csv预测集,文件大小179kbsample_submit.csv
兔兔耳朵竖起来·2021-09-26 22:04

linux025 SRA数据下载工具ascp的安装及使用

参考链接http://bioinfostar.com/2017/12/23/How-to-download-SRA-data-zh_CN/1NCBI-SRA和EBI-ENA数据库SRA数据库:SequenceReadArchive：隶属NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)，它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据(metadata
caoqiansheng·2021-09-13 11:09

省,市,区县行政区Shp数据下载

第一步、数据下载。在规划云网站搜索要下载的区域，然后点击下载json数据；或者在点击此处跳转至新页面选择行政区下载geoJson数据；第二步：json转shp。
帅帅哒主公·2021-09-02 14:38

TCGA数据的一致性聚类实战和可视化

通过不同的聚类算法，依据不同的基因或指标给样本聚类，是数据挖掘文章里面经常出现的操作咯。接下来要写写不同聚类方法的介绍和代码实现啦。1.输入数据目前从网上找到的代码大多是帮助文档的示例数据ALL，是个log过后的表达芯片数据，作者取了mad最大的5000个基因，并且把每个基因的表达量减去了中位数，使数据分布范围在0上下。芯片数据，就照这个样子处理。那RNA-seq数据呢，是应该用log2后的FPK
小洁忘了怎么分身·2021-08-28 14:35

学徒复现【综合】

来源：【别处】#学徒作业【01生信技能书：完整】#学徒作业【01】学徒数据挖掘代码打包数据差异分析TCGA数据差异分析整理言语治疗师Siyang的博客-CSDN博客【PCA图片更美观】GEO数据挖掘-第二期
医只蜗牛·2021-08-24 20:41

12.GEO数据集的R语言差异分析和代码解析—1.数据下载和整理

二、差异分析举例：###第一步：GEO数据下载>setwd("D:\\Rfile")#设置工作目录为D盘的Rfile文
NiKasu·2021-08-23 20:40

TCGA数据下载(2)：Downloading Dataset from TCGA via TCGAbiolinks

前言上一章TCGA数据下载：DownloadingDatasetfromTCGAviaTCGAbiolinks简单介绍了如何下载数据，这一章是更为全面的下载和预处理TCGA数据。
华仔少年·2021-08-17 14:05

TCGA数据下载：Downloading Dataset from TCGA via TCGAbiolinks

前言肿瘤的多组学分析过程，我们常需要从TCGA下载相关的数据，这里我们介绍使用TCGAbiolinks包下载数据的流程。最后数据分装成SummerisedExperiment格式。
华仔少年·2021-08-17 14:02

Python下载TCGA数据-1（自己捣鼓版本）

现在用python下载和处理（文件名对应TCGAbarcode），主要是通过任务带一下自己对python的学习；准备说明一共3个脚本，分别为var.py,fu.py和total.py;这里其实主要参考了，TCGA
Juan_NF·2021-08-14 09:10

TCGA数据库介绍

转载：https://biozx.top/TCGA-introduce.html简介肿瘤基因组图谱(TCGA)计划由美国NationalCancerInstitute(NCI)和NationalHumanGenomeResearchInstitute
我是爱哭虫小鱼·2021-08-13 11:09

TCGA肿瘤微环境分析（免疫和基质评分）2.0

(一)、TCGA_STAD_FPKM数据下载1)下载表达数据第一步：
养猪场小老板·2021-08-12 01:08

TCGA转录组数据及临床数据下载及整理

一、TCGA转录组数据下载及整理①进去先看cart是否为空，没有要清空。
萍智医信·2021-08-06 20:48

MaxCompute跨境访问加速解决方案

背景信息MaxCompute的大量出海客户，由于开发人员所在地和数据源地域不一致，经常需要进行跨境互访，在使用IDEA/ODPSCMD/SDK进行管控类作业提交、数据下载等请求时，网络抖动比较大，可能会出现被
·2021-08-05 12:58

下载公共测序数据的另一种姿势（kingfisher）

下载数据时，往往会遇到网速限制或下载链接不可用等因素，当某个数据库的目标数据下载不来时，可以去其他公共数据库下载，因为这三者的数据是共享的。
老饕_Ljw·2021-08-03 16:21

单基因的肿瘤细胞系表达怎么看？CCLE告诉你

泛癌的基因表达量一般可以用TCGA和GTEx实现，但是肿瘤细胞系一般用CCLE临床生信之家是一个很好的在线工具，目前上架了CCLE的功能，出的图见下，可以实现单基因在泛癌和单病种的可视化，但是这个网址什么都好
欧阳松·2021-08-03 11:14

50.《Bioinformatics Data Skills》之获取启动子区域

本节数据下载地址上一节使用rtracklayer包加载了小鼠的1号染色体的基因注释数据（如下）。
DataScience·2021-07-27 18:29

GeoServer+PostgreSQL+OpenStreetMap（二）OSM数据导入

osm2PGSQL下载：https://ci.appveyor.com/project/openstreetmap/osm2pgsql（从git上拉）（要有default.style文件）（二）osm数据下载中国数据下载
索菲亚_sofia·2021-07-16 17:58

时间序列预测 | Python实现LSTM时间序列数据预测

目录LSTM神经网络LSTM原理LSTM数据下载LSTM程序设计导入Python包时序数据处理LSTM模块定义模型训练模型评估参数设定运行结果参考资料致谢LSTM神经网络长短期记忆网络——通常简称为“LSTM
数据分析与算法实践·2021-07-15 19:33

m6A图文复现02-数据下载和质控

上一篇文章我们提到作者有非常好的代码资源，但是数据没有权限下载。因此，我又重新找了一篇文献，使用这个文章的数据来进行m6A图文复现。数据相关文献简要介绍如下：例子来自于发表exomePeak这个软件的文献中提供，相应文献为：doi:10.1038/nn.3449，于30June2013发表在natureNEUROSCIENCE上，比较老的数据了。现在m6A的实验方法也早已经更新迭代，得到的测序数据
_十三·2021-07-14 00:33

如何只下载TCGA肿瘤或正常标本的count

其实有很多教程指导怎么下载count，最简单当然还有xena，但是我们知道TCGA的肿瘤样本中包括了肿瘤了正常样本，而且有些样本还是重复的，所以需要去重，还需要把肿瘤和正常过滤，现在推荐一下我自己摸索的一个办法使用的是
欧阳松·2021-07-02 00:26

TCGA_miRNA

示例KIRC_miRNA1、具体下载教程见链接TCGA下载教程2、整理表达矩阵#整理表达矩阵options(stringsAsFactors=F)x=read.table("expdata/000c6bb3
养猪场小老板·2021-07-01 14:18

（免费课程转载）R入门与临床三线表绘制

从今天起，MedGo干货课堂上线啦首次分享课讲的是TCGA数据分析，探究某一因素与肿瘤临床数据之间的关系，并自动生成可以用于SCI发表的三线表，如下图所示：MedGo干货课题课程链接：https://m.qlchat.com
柳叶刀与小鼠标·2021-06-27 01:29

Seurat3 学习笔记

cellresearch(IF17+)文章的一张图3.Seurat包学习笔记（一）：GuidedClusteringTutorial4.2019-10-22R语言Seurat包下游分析-1image.png目录1.数据下载
caokai001·2021-06-26 23:22

TCGA学习01：数据下载与整理

TCGA学习01：数据下载与整理-TCGA学习02：差异分析-TCGA学习03：生存分析-TCGA学习04：建模预测-cox回归-TCGA学习04：建模预测-lasso回归-TCGA学习04：建模预测-
小贝学生信·2021-06-26 03:57

GDCRNATools的安装与使用---TCGA数据下载与分析工具

TCGA数据下载和整理工具----GDCRNAToolsGDCRNATools的安装与使用---TCGA数据下载与分析工具
土豆学生信·2021-06-26 03:45

ArcGIS批量裁剪遥感影像

使用arcpy的方式importarcpyfromarcpyimportenv#栅格文件路径env.workspace="D:/研究数据/MODIS数据下载/论文数据集/LST2003_2016"#获取文件下所有
两只cows·2021-06-26 01:50

如何合并TCGA表达谱数据

前面通过两期视频如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一)如何从TCGA数据库下载miRNA数据(二)给大家详细介绍了如何从TCGA数据库下载某一个肿瘤的RNAseq数据和miRNA-seq
生信交流平台·2021-06-25 14:53

一次fori循环的优化

背景某项目上上传46条excel记录总是报超时的问题，把相关数据下载到测试环境测试，秒传；自己又写了个550条的excel记录上传在开发环境验证，秒传；查看前端限制了10秒，如果10秒都没传完说明太影响用户性能了
MagnetoGo·2021-06-25 13:55

吴恩达机器学习课后作业——偏差和方差

作业及数据下载网址：吴恩达机器学习课程2.偏差和方差偏差和方差的作业内容比较多，主要有以下几项：可视化训练集数据利用一元线性回归进行拟合，可视化并绘制学习曲线利用多项式回归进行拟合，可视化并绘制学习曲线绘制
XHHP·2021-06-24 10:42

NCBI 子数据库SRA/EMBL子数据库ENA的高级检索及数据下载

参考：https://www.jianshu.com/p/cf0a7b937413NCBI子数据库SRA是存储高通量原始测序数据的数据库，发测序类文章，审稿人都会要求你在NCBI提交原始测序数据，有助于后续有人继续分析，因为基因注释是不断更新的，也就是说不断有新的基因被发现，特别是非模式物种。一、检索1.1SRA数据库SequenceReadArchivehttps://www.ncbi.nlm.
佳名·2021-06-23 03:06

FPKM数据该怎么分析？

1.数据下载a=read.table("GSE115422_BM_EC_9GY_fpkms.txt.gz",sep='\t',quote="",fill=T,comment.char="!"
天涯清水·2021-06-22 12:01

2020-03-1 3分文章套路-鉴别可作为肝细胞癌总生存率预后指标的六个关键基因

材料和方法：在癌症基因组图谱肝肝细胞癌（TCGA-LIHC）中获得了3级mRNA表达谱和临床病理数据。下载了来自基因表达综合数据库（GEO）的GSE14520数据集，以进一步验证TCGA中的结果。
卅衣·2021-06-22 06:31

TCGA生存分析

这次是真的批量做TCGA的生存分析》,作者果子大神。
此号停更·2021-06-21 08:13

Task01: 计算机视觉赛题理解

零基础入门CV赛事-街景字符编码识别赛事报名页面数据下载链接来自SVHN数据集filesizelinkmchar_train.zip345.91MBhttp://tianchi-competition.oss-cn-hangzhou.aliyuncs.com
英文名字叫dawntown·2021-06-20 17:05

Python爬虫基础讲解之scrapy框架

解析数据当一个数据下载完成后，对数据中的
·2021-06-18 21:18

USCS Xena

数据下载专题|UCSCUCSCXena是由加州大学圣克鲁兹分校(UniversityOfCingiforniaSishaCruz，UCSC)维护的数据库，前身是癌症基因组浏览器CancerBrowser
NoviceWitch·2021-06-16 10:53

“达观杯”文本智能处理挑战赛

比赛链接数据介绍：数据*注:报名参赛或加入队伍后，可获取数据下载权限。数据包含2个csv文件：train_set.csv：此数据集用于训练模型，每一行对应一篇文章。
敬标·2021-06-15 17:13
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