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TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】其他文章系列：ggplot2作图篇：（1

ZZZZZZ_XX·2021-04-18 06:57

ggpubr-专为学术绘图而生（二）

医科研·2021-04-18 05:27

不换分析套路换个研究的治疗方式也发了6+分！

6.162)上的一篇文章，“Pan-CancerAnalysisofRadiotherapyBenefitsandImmuneInfiltrationinMultipleHumanCancers”，作者对TCGA

科研菌·2021-04-18 02:03

纯生信分析系列转录因子预后，自建数据库，五分稳了

TranscriptionalnetworkmodulatedbytheprognosticsignaturetranscriptionfactorsandtheirlongnoncodingRNApartnersinprimaryprostatecancer，该工作首先基于TCGA

呆呆聊生信·2021-04-17 20:37

TCGA视频第三章---GDC下载及数据整理

from=search&seid=17709076368945641839特此致谢：生信技能树关于数据下载，其实有好多种方法，有firhose,有XENA，甚至还有专门的R语言包比如TCGAbiolinks

寥廓江天万里霜·2021-04-17 18:57

细菌全基因组测序数据构建SNP系统发育树

整个数据处理过程包括如下步骤：数据下载及转化：包括NCBI下载sra数据以及候选的参考基因组数据；数据预处理参考基因组选择callSNP

涤生生·2021-04-17 17:14

R语言绘制地图实例讲解

SHEEP_ROH")png("12.png",width=7000,height=5500,pointsize=170)par(mai=c(12,12,12,12),mgp=c(2.1,0.5,0))#地图数据下载

·2021-04-17 14:25

疫情监控脚本：实时追踪全国各地疫情地图

疫情情况实时监控完整代码0.结果演示1.获取实时数据2.可视化疫情数据拆解项目1.实时疫情数据来源省市数据定位省市数据下载省市数据解析2.可视化数据图表创建疫情地图新增趋势图确诊趋势图死亡趋势图分布图完整代码整个项目分成俩部分

Debroon·2021-04-16 19:19

scrapy框架

一、简介高性能的持久化存储，异步的数据下载，高性能的数据解析，分布式依赖：pipinstallscrapy二、基本使用创建工程：scrapystartprojectProjectName进入到工程目录中

ch_atu·2021-04-16 14:53

TCGA 数据挖掘+实验验证（老牌期刊非OA 准8分）

今天分享一篇TCGA数据挖掘+实验验证的文章，文章发表业内老牌期刊Oncogene上，影响因子：7.971，中科院最新分区：1区，非OA期刊。

SCI狂人团队·2021-04-15 11:56

没有外部数据验证，现在还能发四分的SCI吗？

IdentificationofPotentialKeyGenesforPathogenesisandPrognosisinProstateCancerbyIntegratedAnalysisofGeneExpressionProfilesandtheCancerGenomeAtlasGEO数据和TCGA

生信学霸·2021-04-15 10:28

R语言|TCGAbiolinks包系列（5）——绘制热图和火山图

引言：前面几期中，我们学习了如何下载TCGA数据、预处理和差异分析，那么今天我们继续来看看如何将利用差异分析的结果绘制热图和火山图。

珠江肿瘤·2021-04-15 07:45

R语言生存分析04-Cox比例风险模型诊断

语言生存分析03-Cox比例风险模型R语言生存分析-02-ggforestR语言生存分析-01ggpubr-专为学术绘图而生（二）ggstatsplot-专为学术绘图而生(一)生存曲线R语言GEO数据挖掘01-数据下载及提取表达矩阵

医科研·2021-04-14 21:01

看看SCI10分+的TCGA数据挖掘长什么样的？

本文来源于微信公众号：庆直登科研，SCI狂人团队已经获取原文作者授权，更多资料可以关注微信公众号：庆直登科研,点击阅读原文这篇文章跟之前的分享文章有着非常大的差别，之前分享的文章基本上很多零基础的朋友通过短时间的学习都能够作出来，但是这篇文章不一样，即使有钱有时间都很难搞出来，不信你可以试试。文章题目：Characterizationofthedualfunctionaleffectsofheat

SCI狂人团队·2021-04-13 21:38

按照这种思路，一个基因就可以发一篇SCI

今天分享一下一个基因就可以发一篇SCI的套路，文章主要思路就是利用TCGA数据挖掘出一个值得研究的基因，然后补充相关的实验验证。

SCI狂人团队·2021-04-13 20:09

LSTM进行时间序列预测

LSTM进行时间序列预测示例数据下载点击此处目标：预测国际航班未来1个月的乘客数数据如图所示image.pngimportnumpyimportmatplotlib.pyplotaspltfrompandasimportread_csvimportmathfromkeras.modelsimportSequentialfromkeras.layersimportDensefromkeras.lay

逍遥_yjz·2021-04-13 20:55

TCGA数据+lncRNA+耐药方向（2区SCI发文思路）

有人想看：通过TCGA数据挖掘找到一个lncRNA，然后用于后续实验研究的发文思路。

SCI狂人团队·2021-04-13 18:12

Xena开启TCGA数据之旅

之前自己的课题一直不顺，TCGA的学习也就拖着，最近放假了终于可以重新跟着Jimmy大神学习公共数据库挖掘了（不过在家效率是真的低QAQ）step1:数据下载及差异分析第一步数据下载就很麻烦，因为下载方式太多了

张张只想发1_3分·2021-04-13 17:10

SRA数据下载

追加评论：sratoolkit真垃圾！！！！！不要用了。不推荐，完全不推荐！！！！最近开始了参与另外一个方向，所以需要学习新东西啦。下载sratoolkit工具，用于从NCBI下载数据。第一次下载了最新版本（sratoolkit.2.10.9-centos_linux64），但是运行的时候报错：./fastq-dump:/lib64/libc.so.6:version`GLIBC_2.14'not

谢京合·2021-04-13 17:11

单基因纯生信3.9分，两个月接收

文章中作者使用TIMER、TCGA和GEO数据库共同分析了胃癌中BICC1mRNA的表达，通过基因组

科研风暴·2021-04-13 14:10

论文模板丨学习下这篇8分+基于免疫细胞特征预后模型！

文章利用了从TCGA数据库、GEO数据库等多种数据库以及最新文献中搜集的乳腺癌患者表达谱数据进行了免疫细胞特征的分析，开发了IRRS风险评分预后模型并从多方面证明了该模型的预后预测价值。

WOSCI沃斯编辑·2021-04-13 12:00

论文模板丨最基本的生信套路换了miRNA也能发6分+

文章利用了从TCGA数据库中搜集的头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）RNA测序数据和miRNA测序数据进行了综合分析，通过与临床数据结合，利用Cox回归分析，得到了7个与HNSCC相关的标志性miRNA，确定为用于头颈部鳞状细胞癌预后的新型

WOSCI沃斯编辑·2021-04-12 22:02

2021-03-22 转录组原始测序数据-ascp下载原始数据

因为GEO和SRA数据库互通，GEO不存fastq数据，只存别人定量好的下游的FPKM的值；TCGA原始的fastq数据需要有权限申请，但count数据是会有的；所以下载原始数据需要到SRA（美国的NCBI

乔帮主_d2ac·2021-04-11 00:10

TCGA数据挖掘笔记1

生信技能树2021数据挖掘线上课笔记，需要结合课程讲解服用TCGA下载数据的方法-gdc-client（软件名）：需要写命令运行，官方下载的数据，下载的数据是零散的，每个病人的每个样本单独组织GDC.pngxml

超级可爱的懂事长鸭·2021-04-09 19:35

文献阅读 Pan-cancer Immunogenomic Analyses Reveal Genotype-Immunophenotype Relationships and Predicto...

GraphicalAbstract通过TCGA癌症基因组数据研究免疫相关的三块内容：1.Tu

林枫bioinfo·2021-03-31 03:13

WGCNA

加权基因共表达网络分析(WGCNA,Weightedcorrelationnetworkanalysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度协同变化的基因集,image.png测试数据下载地址

生信编程日常·2021-03-30 14:41

转录组分析——一、工作目录搭建及SRA文件下载

mkdirrnacdrnamkdirbiosoftdatabasepiplineprojectproject_backup一句命令同时创建多个同级别文件夹，规律存放，方便溯源几个文件的作用分别为“软件安装，数据库存放，流程搭建目录，项目分析，数据备份”二、数据下载流程

A西方不亮东方亮·2021-03-29 10:07

TCGA数据库挖掘（1）TCGA准备

TCGAworkfolwimage.pngimage.pngRMD格式image.pngimage.pngimage.pngimage.pngR包安装options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))if(!require("BiocManager"))install.packages("BiocManager"

呆呱呱·2021-03-23 22:07

Pytorch训练表情识别之笑脸识别

Pytorch训练表情识别之笑脸识别一、数据下载首先是数据下载，话不多说，直接上百度云链接，这是一个只有笑脸和无表情的数据集：链接：https://pan.baidu.com/s/11K1C6nYfa9bbnsIWsvRGKg

机器视觉之眼·2021-03-22 17:03

TCGA 拷贝数变异（CNV）–使用maftools读取和汇总gistic输出文件（三）

读取和汇总gistic输出文件maftools:Summarize,AnalyzeandVisualizeMAFFilesrm(list=ls())library(tidyverse)#建议下载github最新版本的maftools包library(maftools)#读入GISTIC输出的文件laml.gistic=readGistic(gisticAllLesionsFile='./Gisti

庄小尽·2021-03-14 23:33

TCGA 拷贝数变异（CNV）--Gistic 2.0在线分析（二）

zhuang_gj3月-11-2021上一次分析讲了如何整理好CopyNumberSegment数据，这次我们使用GISTIC2.0来识别体细胞拷贝数改变（SCNA），然后找到这些拷贝数显著变化的多基因区域。GISTIC2.0facilitatessensitiveandconfidentlocalizationofthetargetsoffocalsomaticcopy-numberaltera

庄小尽·2021-03-11 22:18

T检验：两样本数据的差异性

带公式版本的，请浏览博客文章：T检验：两样本数据的差异性我最近在研究TCGA的RNAseq数据表达差异性的分析，常用的并且最简单的方法是统计量T检验。下面用一个例子来验证T检验的弊端问题所在。

Bioconductor·2021-03-11 22:38

使用xgboost多分类模型识别手写数字

使用xgboost多分类模型识别手写数字数据下载牛客网的手写数字识别当然啦！在许多网站上都有着类似的数据。

追风少年1899·2021-03-10 23:05

python爬虫实战之旅（第九章：scrapy框架（上））

scrapy的功能：高性能的持久化存储；异步的数据下载；高性能的数据解析，分布式。1.2scrapy环境的安装：pipinstallscrapy1.3scrapy的基本使用：1

KQ.·2021-03-08 17:21

Encode数据下载很慢怎么办？

最近我要下200个ChIP-seq的数据，在下载的过程中发现，有的数据下载非常的慢！就像下面这种，我排除了大型机网络的问题，那么我应该咋办。。。？

liu_ll·2021-03-06 17:44

vs2017配置LAStools+测试代码

之前已经配置好pcl（vs2017配置pcl），可以单独配置LAStools，也可以在原有pcl属性表的基础上继续配置目录1相关数据下载2LAStools配置步骤3测试代码1相关数据下载配置所需要的LAStools

借我十斤肉·2021-03-04 13:03

TCGA barcode -- TCGA ID 中每段字符代表什么？

开门见山，直接上图TCGAbarcodeTCGAbarcode是TCGA项目中生物样本数据的主要标识符，接触过TCGA数据的人想必对这一串由数字、字母和短横线所组成的字符并不陌生，那么这一串数字的每一部分到底代表着什么呢

生信摆渡·2021-02-25 17:43

pytorch 猫狗分类

数据下载地址：(1)https://www.kaggle.com/c/dogs-vs-cats-redux-kernels-edition/data(2)https://pan.baidu.com

Lucky_Ape·2021-02-25 02:30

使用插件轻松获取jenkins构建数据

使用插件获取Build数据下载插件https://github.com/jenkinsci/...下载这个插件，cd到下载目录下，编译插件，使用：mvninstall或者mvnpackage命令。

·2021-02-23 15:15

TCGA数据挖掘入门---数据下载工具gdc-client的环境变量配置

使用gdc-client下载数据为方便起见，需要对gdc-client环境变量的配置。首先需要下载官方下载工具「gdc-client」：链接地址：gdc-client下载工具，根据自己系统进行下载即可。我的是win10image.png工具下载完之后不需要安装就可以直接使用，但是下载数据是在命令行中进行的，为了方便需要把安装工具配置到系统中的「环境变量」下载工具的「环境变量」配置第一步，找到工具所

Seurat_Satija·2021-02-23 11:45

Day-1 xiaode

生信学习笔记—byxiaode数据下载与整理image.pnglinux系统简介基本命名规则image.png文件夹与文件管理命令image.png常见参数image.pnglinux操作流程准备工作：

1c9f38e0bb6b·2021-02-23 00:23

全球人工智能技术创新大赛 - 布匹疵点智能识别参赛笔记（win10采坑不断版本）

目录1.代码参考2.环境安装3.docker预备知识4.过程详述4.1数据下载和预处理4.2.训练模型4.3docker上传到阿里docker仓5.结果预览ref：1.代码参考参考的baseline-yolov5

熊猫小妖·2021-02-22 00:30

ElasticSearch查询（一）

1.准备测试数据，将数据下载到本地:https://github.com/elastic/el...数据结构:{"account_number":0,"balance":16623,"firstname

·2021-02-20 22:07

NATURE:组蛋白甲基转移酶NSD3异常活化可诱导肺鳞状细胞癌的发生

这篇文章主要通过TCGA数据库、小鼠模型、患者来源的肿瘤样本，揭示了LUSC（肺鳞状细胞癌）的关键驱动因子NSD3，证明了甲基转移酶NSD3的异常升高（突变体）可以促进

生信start_site·2021-02-11 08:47

TCGA数据下载与整理GDC tool

author:"Hannisal"date:"2020/10/4"【TCGA数据库简介】TCGA是美国国家癌症研究所(NationalCancerInstitute)和美国人类基因组研究所(NationalHumanGenomeResearchInstitute

Hannisal·2021-02-08 16:30

问题1--如何将Elasticsearch中千万数据保存到本地文件

问题:工作中,需要将Elasticsearch中几千万的数据下载到本地磁盘中,1.先借助游标,将所有结果数据存储到内存中2.然后将内存中结果数据写入到磁盘,也就是文件中3.因为几千万条数据过大,所以我们在处理的时候就需要先将缓存在内存中的数据写入到磁盘中

鬼古神月·2021-02-05 18:23

Python 量化分析——基本面选股模型

本文源码及数据下载：点击这，谢谢支持一环境准备1-Anaconda安装参考：https://ww

FreoStudio·2021-02-05 13:13

2021年美国大学生数学建模竞赛E题思路分析

文章目录下载链接原文翻译思路分析数据下载下载链接2021美赛题目下载：链接：https://pan.baidu.com/s/1yFdg3vBMS4MY7CnQ3PMG9Q提取码：6666原文翻译2021

不想赖床·2021-02-04 20:48

2021年美国大学生数学建模竞赛B题思路分析