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2021-04-29 TCGA与GTEX数据下载

数据库背景介绍TCGA，全称：Thecancergenomealtas官网：https://cancergenome.nih.gov/是由NationalCancerInstitute(NCI,美国国家癌症研究所

学习生信的小兔子·2021-05-21 16:55

初步认识TCGA

转自生信笔记http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/271肿瘤基因组图谱（TCGA）计划是由美国NationalCancerInstitute（NCI）和NationalHumanGenomeResearchInstitute

又是一只小菜鸟·2021-05-20 08:44

Aspera数据下载快速应用

所以秋天要泡澡啊！本来下载数据用的是NCBI官方指定的sratool-kit里面带的prefetch，本来实验室网速快还没啥问题，但是这次碰到了一个硬茬，压缩后数据15G，下载数次中断，后来转为使用aspera进行下载，快速入手记录。该教程基于Linux环境安装conda熟练手都懂的condainstall-chccaspera-cli配置参数-vverbosemode唠叨模式，能让你实时知道程序

面面的徐爷·2021-05-18 20:57

文献：Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-expression Network Analysis

使用GSE1561数据集来进行分析，TCGA的数据来进行验证。通过平均连接层次聚类的方法鉴定了18个模块。显著性模块（）中共发现48个网络节点基因。

康君爱上了蕊酱·2021-05-16 18:29

MODIS遥感影像数据Earthdata中批量下载多张图像方法

而较之Landsat、Sentinel等遥感数据，MODIS影像数据下载略嫌麻烦，更重要的是其下载方法经常失效，网络访问有时也不太稳定。这里介绍一种基于Earthdata的MODI

疯狂学习GIS·2021-05-15 20:48

一文重复一篇四分SCI------基于TCGA和geo的circRNA研究（3）

方法基于GEO和TCGA数据的5个miRNAs表达基于GEO和TCGA微阵列数据集的miRNA表达验证，提供了HCC中miRNA表达文件，这些数据来自GEO和癌基因组图谱（TCGA）。

柳叶刀与小鼠标·2021-05-15 20:26

吴恩达机器学习课后作业——线性回归（Python实现）

作业及数据下载网址：吴恩达机器学习课程2.单变量线性回归单变量的线性回归的作业主要包含两个任务：进行拟合函数的绘制以及展示梯度下降的过程。下面附上代码，有详细的注释，这里就不一一解释了。

XHHP·2021-05-15 18:28

股票数据的网站抓取（4.3）代码优化

进一步优化使用phantomjs替代firefox，实现无浏览器界面，加快速度去除上版对于浏览器布局部分代码优化后的结果基本上可以在5分钟内搞定上海的股票数据下载比过去确实有大进步#coding=utf

明慢慢·2021-05-13 14:00

TCGA数据下载：R包TCGA2STAT介绍

上期介绍了若干种获取TCGA数据的方法，今天这期会落点于TCGA2STAT这个R包的介绍上，一步步的来说明下载方法，哪些数据是可以下载到的。

Bioconductor·2021-05-13 03:06

R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素)

原文:R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素)目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R

天道昭然·2021-05-12 05:55

原子搜索算法优化BP神经网络回归预测的算法设计-附代码

代码实现文章目录原子搜索算法ASO优化BP神经网络回归预测模型以及MATLAB代码实现1.算法描述2.ASO优化BP神经网络预测的步骤与流程图3.模型介绍4.ASO-BP预测结果与图像5.MATLAB代码与数据下载地址

wishes61·2021-05-11 22:22

导入jieba库提取字词特征，使用分类模型解决多新闻分类

导入jieba库提取字词特征，使用xgboost模型解决多新闻分类新闻总体分成了8类：结构大致如下：news.png导入训练、测试数据数据下载train=pd.read_csv("true_train.csv

追风少年1899·2021-05-10 19:51

文献翻译Identiﬁcation of potential cancer-related pseudogenes in lung adenocarcinoma based on ceRNA h...

在这里，我们将我们的方法应用于来自TCGA的肺腺癌（LUAD）RNASeq数据并鉴定了33个候选假基因。我们描述了候选假

柳叶刀与小鼠标·2021-05-10 11:37

TCGA RPPA下载

1.ucscXENAimage.pngimage.png2.cioprotalimage.png

一路向前_莫问前程_前程似锦·2021-05-08 19:07

麻雀搜索算法优化BP神经网络预测以及MATLAB代码实现

MATLAB代码实现1.麻雀搜索算法SSA原理1.1算法灵感来源1.2算法模型描述2.SSA优化BP神经网络预测算法流程3.SSA优化BP回归预测的MATLAB实现步骤4.运行结果与图像5.MATLAB代码与数据下载地址

wishes61·2021-05-07 20:13

爬虫效率怎么提高，怎么完成企业需求，真正体验到企业级数据下载！

队列多任务批量下载斗图吧前言目标站点开发环境效果预览正式教程创建队列提交页数url到page队列创建解析网页类创建保存图片类启动线程完整代码前言本文纯技术角度出发，教你如何用Python爬虫获取企业级数据下载

柏汌不是百川·2021-05-06 16:09

SRA数据(1)------SRA数据下载

一.prefetch下载：安装SRAToolkit：1.下载Toolkit：进入下面的网址，选择适合自己电脑的版本下载，网速不好的推荐挂后台，80M左右，不大。https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software2.解压安装：tar-zxvf文件名$tar-zxvfsratoolkit.2.10.0-centos_linux

护旗小能手·2021-05-06 15:57

基于DNA甲基化的分子亚型构建发5+分

5.515)的一篇文章，“MolecularsubtypesbasedonDNAmethylationpredictprognosisincolonadenocarcinomapatients”，文章作者基于TCGA-COAD

科研菌·2021-05-05 13:56

Algorithms (4th-Edition) Reading Notes: Fundamentals

booksite:http://algs4.cs.princeton.edu/home/用Java语言描述用到的第三方库下载地址:algs4.jar用到的所有数据下载地址:algs4-data.zip导入库时

虾米小华·2021-05-02 22:57

数据库汇总-2

oddxix·2021-04-30 22:32

你还在为基因芯片表达差异分析发愁吗？这个方法带你飞！

这些芯片数据下载下来干嘛呢？下载必然是为了挖数据啦！指不定什么有意思的东西我就发现了呢？指不定老天爷眼睛一闭让我发了文章了呢？

组学大讲堂·2021-04-29 10:31

遗传算法优化BP神经网络预测MATLAB代码实现（含优化前对比）

含优化前对比）1.BP神经网络预测原理简介2.遗传算法GA优化BP神经网络原理3.GA-BP模型建立3.1模型与数据介绍3.2GA与BP参数设置3.3遗传算法优化BP的设计4.测试结果5.MATLAB代码与数据下载地址

wishes61·2021-04-29 01:58

2019-12-22 Day10-14-学习 TCGA数据库单基因文章套路

IF4.5分左右套路：TCGA数据下载，选择想要研究的基因，然后对基因ID进行转换，提取矩阵中基因表达量，然后做差异表达分析-散点图-疾病和正常或肿瘤与癌旁比较，配对的差异分析-肿瘤与癌旁，然后对TCGA

卅衣·2021-04-28 20:58

170110-罗辑思维春节前最后一次周例会

得到周例会脱不花公布运营数据下载安装用户数：450万日活用户数：45万春节附近的产品安排：年底不断电，持续和大家一起学习《卓老板聊科技》的作者卓克，上线一个节目《今年》讲给小朋友听历史上的今天VOVO搞活动

勇哥在进化·2021-04-28 11:00

「r<-包」UCSCXenaTools v1.2.7

GDC数据下载问题的修复详情见ht

王诗翔·2021-04-28 00:22

ELMAN神经网络及其matlab代码实现讲解

代码4.ELMAN程序运行结果4.1各层的神经元个数的确定过程4.2预测值和真实值的误差计算（SSE、MAE、MSE、RMSE、MAPE）4.3Elman网络预测的分析图像5.小结6.MATLAB代码与数据下载地址

wishes61·2021-04-26 18:47

入门5：使用太乐地图服务快速搭建离线地图应用

下载：太乐地图下载器太乐地图下载器是一款集地图类数据下载（谷歌/百度/天地图/海图/专题图/E都市等）、矢量类数据下载（高程/DEM/等高线/三维地形、兴趣点POI、建筑轮廓、路网/水系/绿地等），地图服务发布

太乐地图·2021-04-25 16:10

三分文章思路-1

三分文章思路-1这篇3分文章思路记录下来，其实前面没有展示生信的图图，但是文章introduction部分，描述了通过TCGA数据库TCGA_CESC_exp_HiSeqV22015-02-24数据集，

小梦游仙境·2021-04-24 23:20

自然语言处理简单应用---预测文章获得的赞同数量

数据下载地址：https://github.com/arnauddri/hn数据集中存储了从HackerNews上爬取的内容，我们的目的是通过对每篇文章的headline进行分析，预测文章获得的赞同数量

来个芒果·2021-04-24 16:38

Landsat数据下载的那些坑

1网址目前，Landsat数据下载地址处于新老交替中，主要有三个网址可以下载：老版本glovis的为：http://glovis.usgs.gov/，需要装Java，动不动就死给你看，选择数据费劲。

JimRunner·2021-04-23 07:09

异朽阁作品使用说明动图合集

目录小婵简介小婵_00功能简介.gif调试04.调试-申请模拟账户.gif03.调试-数据下载.gif05.调试-填写注册信息.gif06.调试-绑定多个账号.gif小婵_错误自检.gif使用小婵_01

killnight·2021-04-22 12:49

NCBI-SRA数据下载的3种方法

SRA数据库，为SequenceReadArchive的缩写。主要存储高通量测序的原始数据，来自四个测序平台，分别为：Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，下载SRA数据的方法也有很多，这里来简单总结一下。方法一：SRATookit下载SRATookit是NCBI提供的下载软件，我们需要下载安装，下载地址：

组学大讲堂·2021-04-22 01:21

R语言配色方案02-RcolorBrewer包

语言生存分析03-Cox比例风险模型R语言生存分析-02-ggforestR语言生存分析-01ggpubr-专为学术绘图而生（二）ggstatsplot-专为学术绘图而生(一)生存曲线R语言GEO数据挖掘01-数据下载及提取表达矩阵

医科研·2021-04-21 11:43

R语言|TCGAbiolinks 包系列（1）——检索并获取数据

TCGA数据库相信大家都耳熟能详了，它是美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱（CancerGenomeAtlas，TCGA）计划，试图通过应用基因组分析技术，特别是采用大规模的基因组测序，将人类全部癌症（近期目标为

珠江肿瘤·2021-04-21 07:34

IF=4.848|缺氧因子+免疫微环境+预后模型

在文章中作者作者基于缺氧因子家族成员在胶质瘤患者中构建了一个预后风险模型，通过TCGA/ICGC数据集来验证模型

科研风暴·2021-04-21 00:55

R生成临床信息统计表

关于TCGA中临床数据的获取，前面小编已经讲解过，还不熟悉的小伙伴可以观看下方的视频。TCGA临床信息获取，复现科研文章或者参考玩转TCGA临床信息。

生信交流平台·2021-04-20 01:48

R语言ggboxplot-一文掌握箱线图绘制所有细节

语言生存分析03-Cox比例风险模型R语言生存分析-02-ggforestR语言生存分析-01ggpubr-专为学术绘图而生（二）ggstatsplot-专为学术绘图而生(一)生存曲线R语言GEO数据挖掘01-数据下载及提取表达矩阵

医科研·2021-04-19 21:40

SRA数据下载

http://zhaohuanan.cc/2020/04/15/11.bioinfo/bioinfo-SRA%E6%95%B0%E6%8D%AE%E4%B8%8B%E8%BD%BD/应用场景：如果自己没有测序数据，比如Pacbio数据，nanopore数据等，想要测试一些软件，或者想重复文章的内容，就需要从SRA数据库下载数据。SRA数据库介绍https://www.ncbi.nlm.nih.go

RachaelRiggs·2021-04-19 20:14

甲基化纯生信分析套路复发和免疫治疗的CpG甲基化标志物

今天，咱们来看一篇7月末发表在Aging-US(IF=4.831)杂志上的一篇文章，作者基于TCGA中的NSCLC(非小细胞肺癌)数据，识别出了4个预测复发的CpG甲基化markers，并验证了这一特征与

呆呆聊生信·2021-04-19 13:05

R语言之生信（12）一分钟学会绘制cox/meta森林图

目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R语言之生信⑥TCGA生存分析3R语言之生信⑦Cox

柳叶刀与小鼠标·2021-04-19 13:04

TCGA数据整合后进行DESeq2差异表达分析和基于R的多种可视化

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】其他文章系列：ggplot2作图篇：（1

ZZZZZZ_XX·2021-04-19 12:29

TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】其他文章系列：ggplot2作图篇：（1

ZZZZZZ_XX·2021-04-19 11:34

R语言GEO数据挖掘01-数据下载及提取表达矩阵

解决一个探针对应多个基因的问题GEO数据下载-GEOquery安装GEOquery包options(stringsAsFactors=F)##避免将character转换为因子if(!

医科研·2021-04-19 11:18

TCGA学习04：建模预测-lasso回归

TCGA学习01：数据下载与整理-TCGA学习02：差异分析-TCGA学习03：生存分析-TCGA学习04：建模预测-cox回归-TCGA学习04：建模预测-lasso回归-TCGA学习04：建模预测-

小贝学生信·2021-04-19 09:23

植物RNA-seq (Salmon)从软件安装到下游分析(纯Mac) 4.8更完

写在前面：整个流程是首次从软件安装-数据下载-上游分析-下游分析。代码没毛病，奇怪的是salmon比对后，mapping～15%（不正常），一般来说期望mapping应该是70-90%。

dandanwu90·2021-04-19 07:07

等了好久的B站TCGA笔记（1-2章）

from=search&seid=17709076368945641839特此致谢：生信技能树101需要了解的内容：TCGA的研究范围、数据来源、数据格式、数据储存、基本的生物学概念、肿瘤学知识、熟悉使用

寥廓江天万里霜·2021-04-19 07:31

GDCRNATools的安装与使用---TCGA数据下载与分析工具

lncRNA，mRNA和miRNA数据介绍TheGenomicDataCommons(GDC，基因组数据库)保存有美国国家癌症研究所（NCI）计划的标准化基因组，临床和生物样本数据，包括癌症基因组图谱（TCGA

养猪场小老板·2021-04-18 23:43

R语言GEO数据挖掘03-limma分析差异基因

limma分析差异基因在经过了前两期中的数据下载，数据基本处理之后，解决了一个探针对应多个基因数的以及多个探针对应一个基因求平均值，在此基础上运用limma包分析差异基因除此以外，包括绘制火山图，热图，

医科研·2021-04-18 16:10

老酒新装！6+miRNA纯生信也能这样做

文章中作者基于TCGA数据库根据RNA-seq和miRNA测序数据，发现七个miRNA是HNSCC患者的独立预后因素，这七个mi

科研风暴·2021-04-18 12:52

生存分析-黑、白、许多灰

1.TCGA数据库patient_barcode--那些需要了解的“暗号”在TCGA数据库中，相同的参与者可能既有肿瘤组织也有正常组织的数据，生存分析时需要将肿瘤数据选出来，进行下一步分析；如果是做差异分析

Juan_NF·2021-04-18 11:46

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