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将ICGC的基因表达数据处理成表达矩阵（perl）

小程序的目的最近在搞ICGC的数据库，想作为TCGA数据挖掘的验证集，然后发现ICGC下下来的数据不能够直接用于分析，于是写个小的perl处理了一下，能够分别输出标准化过的表达矩阵和rawreadcounts

547可是贼帅的547·2021-06-06 19:57

SAVER原理简介

Geneexpressionrecoveryforsingle-cellRNAsequencing》也就是通过SAVER使表达量升高一些，使基因表达量为0的情况减少主函数saver首先我们先读入文件，数据下载地址为

小潤澤·2021-06-06 10:56

Python爬虫(二十)_动态爬取影评信息

小七奇奇·2021-06-04 22:07

TCGA工具-GDCRNATools学习笔记

介绍GDCRNATools是一个R包，提供标准的，易于使用和全面的管道，用于下载，组织和综合分析GDC门户中的RNA表达数据，重点是解读癌症中lncRNA-mRNA相关的ceRNA调控网络。许多分析可以使用GDCRNATools，包括差异基因表达分析（limma（Ritchie等人2015），edgeR（Robinson，McCarthy和Smyth2010）和DESeq2（Love，Huber和

土豆学生信·2021-06-04 04:23

TCGAbiolinks获取癌症临床信息

#加载TCGAbiolinks包library(TCGAbiolinks)#下载TCGA-CHOL这个项目相关的临床信息，这个项目是胆管癌clinicaldim(clinical)[1]51158一共得到

生信交流平台·2021-06-04 02:44

下载并预处理TCGA数据

本文为TCGA数据的下载，并整理为行名为基因名的数据结构方法一#数据下载的网站，下载下来并命名为HNSC_RSEM_genes_normalized.txt#http://gdac.broadinstitute.org

落寞的橙子·2021-06-04 01:11

从零开始自己搭建RNN【Pytorch文档】1

char_rnn_classification_tutorial.html参考Blog：https://blog.csdn.net/iteapoy/article/details/106478462字母级RNN的分类任务数据下载

Navajo_c·2021-06-01 16:48

高级研发工程师必备技能：终端——服务器文件下载

那么如何将生产数据下载至本地呢？XShell/SecureCRT/Xftp 工具类，可作为跳板机/中控机访问服务器。那么在使用了XShell、Sec

魏小言·2021-05-31 12:54

特征工程之特征选择(1)----方差过滤

文章目录特征工程概述特征工程的三个步骤特征选择之前的注意事项方差过滤法示例数据下载导入相关模块加载数据特征标签分离删除方差为0的特征get_support()方法查看特征的删除情况设置阈值，删除特征方差过滤对模型的影响对随机森林的影响原始数据的运行时间与表现过滤后的运行时间与表现对

iostreamzl·2021-05-29 09:38

吴恩达机器学习课后作业——逻辑回归（Python实现）

作业及数据下载网址：吴恩达机器学习课程2.逻辑回归实现逻辑回归的作业主要包含两个任务：对决策边界进行可视化以及进行预测。下面附上代码，有详细的注释，这里就不一一解释了。

XHHP·2021-05-24 23:47

2021-04-29 TCGA与GTEX数据下载

数据库背景介绍TCGA，全称：Thecancergenomealtas官网：https://cancergenome.nih.gov/是由NationalCancerInstitute(NCI,美国国家癌症研究所

学习生信的小兔子·2021-05-21 16:55

初步认识TCGA

转自生信笔记http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/271肿瘤基因组图谱（TCGA）计划是由美国NationalCancerInstitute（NCI）和NationalHumanGenomeResearchInstitute

又是一只小菜鸟·2021-05-20 08:44

Aspera数据下载快速应用

所以秋天要泡澡啊！本来下载数据用的是NCBI官方指定的sratool-kit里面带的prefetch，本来实验室网速快还没啥问题，但是这次碰到了一个硬茬，压缩后数据15G，下载数次中断，后来转为使用aspera进行下载，快速入手记录。该教程基于Linux环境安装conda熟练手都懂的condainstall-chccaspera-cli配置参数-vverbosemode唠叨模式，能让你实时知道程序

面面的徐爷·2021-05-18 20:57

文献：Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-expression Network Analysis

使用GSE1561数据集来进行分析，TCGA的数据来进行验证。通过平均连接层次聚类的方法鉴定了18个模块。显著性模块（）中共发现48个网络节点基因。

康君爱上了蕊酱·2021-05-16 18:29

MODIS遥感影像数据Earthdata中批量下载多张图像方法

而较之Landsat、Sentinel等遥感数据，MODIS影像数据下载略嫌麻烦，更重要的是其下载方法经常失效，网络访问有时也不太稳定。这里介绍一种基于Earthdata的MODI

疯狂学习GIS·2021-05-15 20:48

一文重复一篇四分SCI------基于TCGA和geo的circRNA研究（3）

方法基于GEO和TCGA数据的5个miRNAs表达基于GEO和TCGA微阵列数据集的miRNA表达验证，提供了HCC中miRNA表达文件，这些数据来自GEO和癌基因组图谱（TCGA）。

柳叶刀与小鼠标·2021-05-15 20:26

吴恩达机器学习课后作业——线性回归（Python实现）

作业及数据下载网址：吴恩达机器学习课程2.单变量线性回归单变量的线性回归的作业主要包含两个任务：进行拟合函数的绘制以及展示梯度下降的过程。下面附上代码，有详细的注释，这里就不一一解释了。

XHHP·2021-05-15 18:28

股票数据的网站抓取（4.3）代码优化

进一步优化使用phantomjs替代firefox，实现无浏览器界面，加快速度去除上版对于浏览器布局部分代码优化后的结果基本上可以在5分钟内搞定上海的股票数据下载比过去确实有大进步#coding=utf

明慢慢·2021-05-13 14:00

TCGA数据下载：R包TCGA2STAT介绍

上期介绍了若干种获取TCGA数据的方法，今天这期会落点于TCGA2STAT这个R包的介绍上，一步步的来说明下载方法，哪些数据是可以下载到的。

Bioconductor·2021-05-13 03:06

R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素)

原文:R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素)目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R

天道昭然·2021-05-12 05:55

原子搜索算法优化BP神经网络回归预测的算法设计-附代码

代码实现文章目录原子搜索算法ASO优化BP神经网络回归预测模型以及MATLAB代码实现1.算法描述2.ASO优化BP神经网络预测的步骤与流程图3.模型介绍4.ASO-BP预测结果与图像5.MATLAB代码与数据下载地址

wishes61·2021-05-11 22:22

导入jieba库提取字词特征，使用分类模型解决多新闻分类

导入jieba库提取字词特征，使用xgboost模型解决多新闻分类新闻总体分成了8类：结构大致如下：news.png导入训练、测试数据数据下载train=pd.read_csv("true_train.csv

追风少年1899·2021-05-10 19:51

文献翻译Identiﬁcation of potential cancer-related pseudogenes in lung adenocarcinoma based on ceRNA h...

在这里，我们将我们的方法应用于来自TCGA的肺腺癌（LUAD）RNASeq数据并鉴定了33个候选假基因。我们描述了候选假

柳叶刀与小鼠标·2021-05-10 11:37

TCGA RPPA下载

1.ucscXENAimage.pngimage.png2.cioprotalimage.png

一路向前_莫问前程_前程似锦·2021-05-08 19:07

麻雀搜索算法优化BP神经网络预测以及MATLAB代码实现

MATLAB代码实现1.麻雀搜索算法SSA原理1.1算法灵感来源1.2算法模型描述2.SSA优化BP神经网络预测算法流程3.SSA优化BP回归预测的MATLAB实现步骤4.运行结果与图像5.MATLAB代码与数据下载地址

wishes61·2021-05-07 20:13

爬虫效率怎么提高，怎么完成企业需求，真正体验到企业级数据下载！

队列多任务批量下载斗图吧前言目标站点开发环境效果预览正式教程创建队列提交页数url到page队列创建解析网页类创建保存图片类启动线程完整代码前言本文纯技术角度出发，教你如何用Python爬虫获取企业级数据下载

柏汌不是百川·2021-05-06 16:09

SRA数据(1)------SRA数据下载

一.prefetch下载：安装SRAToolkit：1.下载Toolkit：进入下面的网址，选择适合自己电脑的版本下载，网速不好的推荐挂后台，80M左右，不大。https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software2.解压安装：tar-zxvf文件名$tar-zxvfsratoolkit.2.10.0-centos_linux

护旗小能手·2021-05-06 15:57

基于DNA甲基化的分子亚型构建发5+分

5.515)的一篇文章，“MolecularsubtypesbasedonDNAmethylationpredictprognosisincolonadenocarcinomapatients”，文章作者基于TCGA-COAD

科研菌·2021-05-05 13:56

Algorithms (4th-Edition) Reading Notes: Fundamentals

booksite:http://algs4.cs.princeton.edu/home/用Java语言描述用到的第三方库下载地址:algs4.jar用到的所有数据下载地址:algs4-data.zip导入库时

虾米小华·2021-05-02 22:57

数据库汇总-2

oddxix·2021-04-30 22:32

你还在为基因芯片表达差异分析发愁吗？这个方法带你飞！

这些芯片数据下载下来干嘛呢？下载必然是为了挖数据啦！指不定什么有意思的东西我就发现了呢？指不定老天爷眼睛一闭让我发了文章了呢？

组学大讲堂·2021-04-29 10:31

遗传算法优化BP神经网络预测MATLAB代码实现（含优化前对比）

含优化前对比）1.BP神经网络预测原理简介2.遗传算法GA优化BP神经网络原理3.GA-BP模型建立3.1模型与数据介绍3.2GA与BP参数设置3.3遗传算法优化BP的设计4.测试结果5.MATLAB代码与数据下载地址

wishes61·2021-04-29 01:58

2019-12-22 Day10-14-学习 TCGA数据库单基因文章套路

IF4.5分左右套路：TCGA数据下载，选择想要研究的基因，然后对基因ID进行转换，提取矩阵中基因表达量，然后做差异表达分析-散点图-疾病和正常或肿瘤与癌旁比较，配对的差异分析-肿瘤与癌旁，然后对TCGA

卅衣·2021-04-28 20:58

170110-罗辑思维春节前最后一次周例会

得到周例会脱不花公布运营数据下载安装用户数：450万日活用户数：45万春节附近的产品安排：年底不断电，持续和大家一起学习《卓老板聊科技》的作者卓克，上线一个节目《今年》讲给小朋友听历史上的今天VOVO搞活动

勇哥在进化·2021-04-28 11:00

「r<-包」UCSCXenaTools v1.2.7

GDC数据下载问题的修复详情见ht

王诗翔·2021-04-28 00:22

ELMAN神经网络及其matlab代码实现讲解

代码4.ELMAN程序运行结果4.1各层的神经元个数的确定过程4.2预测值和真实值的误差计算（SSE、MAE、MSE、RMSE、MAPE）4.3Elman网络预测的分析图像5.小结6.MATLAB代码与数据下载地址

wishes61·2021-04-26 18:47

入门5：使用太乐地图服务快速搭建离线地图应用

下载：太乐地图下载器太乐地图下载器是一款集地图类数据下载（谷歌/百度/天地图/海图/专题图/E都市等）、矢量类数据下载（高程/DEM/等高线/三维地形、兴趣点POI、建筑轮廓、路网/水系/绿地等），地图服务发布

太乐地图·2021-04-25 16:10

三分文章思路-1

三分文章思路-1这篇3分文章思路记录下来，其实前面没有展示生信的图图，但是文章introduction部分，描述了通过TCGA数据库TCGA_CESC_exp_HiSeqV22015-02-24数据集，

小梦游仙境·2021-04-24 23:20

自然语言处理简单应用---预测文章获得的赞同数量

数据下载地址：https://github.com/arnauddri/hn数据集中存储了从HackerNews上爬取的内容，我们的目的是通过对每篇文章的headline进行分析，预测文章获得的赞同数量

来个芒果·2021-04-24 16:38

Landsat数据下载的那些坑

1网址目前，Landsat数据下载地址处于新老交替中，主要有三个网址可以下载：老版本glovis的为：http://glovis.usgs.gov/，需要装Java，动不动就死给你看，选择数据费劲。

JimRunner·2021-04-23 07:09

异朽阁作品使用说明动图合集

目录小婵简介小婵_00功能简介.gif调试04.调试-申请模拟账户.gif03.调试-数据下载.gif05.调试-填写注册信息.gif06.调试-绑定多个账号.gif小婵_错误自检.gif使用小婵_01

killnight·2021-04-22 12:49

NCBI-SRA数据下载的3种方法

SRA数据库，为SequenceReadArchive的缩写。主要存储高通量测序的原始数据，来自四个测序平台，分别为：Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，下载SRA数据的方法也有很多，这里来简单总结一下。方法一：SRATookit下载SRATookit是NCBI提供的下载软件，我们需要下载安装，下载地址：

组学大讲堂·2021-04-22 01:21

R语言配色方案02-RcolorBrewer包

语言生存分析03-Cox比例风险模型R语言生存分析-02-ggforestR语言生存分析-01ggpubr-专为学术绘图而生（二）ggstatsplot-专为学术绘图而生(一)生存曲线R语言GEO数据挖掘01-数据下载及提取表达矩阵

医科研·2021-04-21 11:43

R语言|TCGAbiolinks 包系列（1）——检索并获取数据

TCGA数据库相信大家都耳熟能详了，它是美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱（CancerGenomeAtlas，TCGA）计划，试图通过应用基因组分析技术，特别是采用大规模的基因组测序，将人类全部癌症（近期目标为

珠江肿瘤·2021-04-21 07:34

IF=4.848|缺氧因子+免疫微环境+预后模型

在文章中作者作者基于缺氧因子家族成员在胶质瘤患者中构建了一个预后风险模型，通过TCGA/ICGC数据集来验证模型

科研风暴·2021-04-21 00:55

R生成临床信息统计表

关于TCGA中临床数据的获取，前面小编已经讲解过，还不熟悉的小伙伴可以观看下方的视频。TCGA临床信息获取，复现科研文章或者参考玩转TCGA临床信息。

生信交流平台·2021-04-20 01:48

R语言ggboxplot-一文掌握箱线图绘制所有细节