tcga

如何从cBioPortal批量下载TCGA数据

cBioPortal对癌症基因组数据集做了比较好的整合，为了进行数据集的下载、分析和可视化。可以用网页工具或者它们提供的R包"cgdsr"对几个目标基因进行分析，或者下载他们从BroadInstituteFirehose下载整理的数据集。cBioPortal的数据集下载页面如下，可以直接点击下载按钮下载单个数据集,如果要批量下载，就需要一点网络爬虫的小知识。网页内容使用Chrome浏览器的检查功能
xuzhougeng·2018-11-27 13:34

TCGA_甲基化

甲基化芯片450k甲基化芯片可以检测人全基因组近450000个甲基化位点，具有单碱基的分辨率。全面的覆盖了96%的CpG岛，并根据需求加入了CpG岛以外的CpG位点信息，人类干细胞非CpG甲基化位点，正常组织与肿瘤（多种癌症）组织差异甲基化位点，编码区以外的CpG岛，miRNA启动子区域和GWAS疾病相关区域的位点，同时覆盖270的90%的位点。CpG位点（英语：CpGsites，或称为CG位点）
一路向前_莫问前程_前程似锦·2018-11-19 16:05

GEPIA：点点鼠标分析TCGA数据-超高自由度

随着公共数据库的建立和开放，越来越多的研究者可以接触到测序数据，非常适合想我们这种“三无”研究者（无课题，无经费，无文章）运用公共数据找点事情干，可以是另辟蹊径从某个独特的视角重新分析已有的数据发发文章，也可以在没钱做测序的情况下看看自己研究的基因在别人的数据里是什么样子，积攒一些研究基础。不过想玩转生信大数据，面前总是隔着一座计算机编程的高山，门槛太高让众多小白望而却步。今天就来介绍一个非常友好
墨墨如·2018-11-15 10:14

差异表达分析

贝叶斯t-testsetwd("E:/TCGA-mRNA/new/merged_tpm/")data0.5)>=2genelist.filted<-genelist[keep,,keep.lib.sizes
白云梦_7·2018-10-07 18:47

第二天

今天我肯定会学其他的，但是在这之前，我先说一下TCGA数据库data下载的问题。关于下载的方法，我稍微了解了一下，有很多种，但是我还是觉得以下的方法最简单。就是在UCSCXena上下载。
天秤座的机器狗·2018-07-13 13:48

Python脚本下载TCGA大数据，非常简单，开放源代码

前言使用TCGA官方的gdc-client下载工具有时候很慢，经常会挂掉，那干脆自己写一个下载小程序。于是使用TCGA的API写了个下载TCGA数据的脚本，脚本也是需要下载manifest文件的。
Mr番茄蛋·2018-07-10 21:31

TCGA数据下载教程：使用官方gdc-client软件下载

前言本教程涉及内容：TCGA网页数据下载，检索方式gdc-client软件安装和配置使用gdc-client下载TCGA数据[补充]怎么根据TCGA官方的API下载数据？
Mr番茄蛋·2018-07-02 13:20

Python实现读取多个/批量txt文件合并成一个txt（示例为tcga数据处理）

本程序功能：将tcga数据的批量txt文件合并成一个txt原始的第一个txt（代表一个病人）的数据内容合并之后的txt数据，基因名不变，只是把病人的表达量收集到一起操作说明：本人测试通过的运行环境：Python2.7Windows764bitcmd
iin729·2018-06-03 15:32

#TCGA系列#使用HGNC数据库对miRNA名称ID进行转换

上期我们已经从GTEx下载提取了Liver的119个样本的表达谱文件，本期转换miRNAID并将TCGA的样本与GTEx的进行合并.PS:文末有福利.我们已经得到的GTEx的表达谱文件部分内容如下：GTEx
生信杂谈·2017-06-15 16:47

学习——测序数据整理工作

数据内容：在肿瘤测序数据中，发现血系变异与体细胞变异的叠加数据来源：TCGA数据理解：①TCGA数据产生过程：②主要数据的分析:数据操作规则（均只对一条数据的描述）：数据描述为XXY-XXY-XXXX-XX
union0402·2017-06-04 20:58

TCGA数据下载：R包RTCGA介绍

根据博文TCGA数据下载方法简介中的顺序J继续来介绍R包RTCGA包。
Bioconductor·2016-10-24 14:56
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