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TCGA数据生存分析

本文参考文章：1.使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据2.TCGA的28篇教程-对TCGA数据库的任意癌症中任意基因做生存分析3.TCGA之生存分析（1）基本概念与操作4.TCGA之生存分析（2）之前我写过利用
生信start_site·2020-08-09 04:35

整合gdc-client批量下载的文件

在我前面写过的如何批量下载TCGA里的数据（gdc-client方法）文章里，只涉及了如何批量下载TCGA数据，但是对于下载下来的那些文件没有整理。为什么呢？因为我懒。。。
生信start_site·2020-08-09 04:17

TCGA的差异基因分析

在分析TCGA数据库里的RNA-seq数据之前，先了解一下TCGA样本的id名称里的小秘密：参考文章：TCGA的样本id里藏着分组信息根据文章里的内容，我查看了前一篇文章里我下载的count文件（利用R
生信start_site·2020-08-09 04:14

TCGA数据库的初次了解

对于研究cancer相关的小伙伴们，相信你们在看文献的过程中，经常可以看到有些作者利用TCGA数据库里的数据进行分析、整合，得到很多有意思的思路。那么TCGA数据库是个啥？里面有写什么东西？
生信start_site·2020-08-09 04:04

用RTCGA包下载TCGA数据

所有的学习都是从模仿开始的，所以我又开始跟着小洁老师继续学习了。知识是日积月累的，希望自己走的每一步都是扎实的。1.下载包及引用数据#下载包和引用包if(!require(RTCGA))BiocManager::install("RTCGA")if(!require(RTCGA.miRNASeq))BiocManager::install("RTCGA.miRNASeq")if(!require(
数据控的迷妹·2020-08-06 10:38

GEO数据快速下载

因此，众多的公共数据（如：GEO、TCGA、ICGC）成了生信小白训练技能，快速掌握学习生信
xw_欢乐豆·2020-08-06 09:50

【r<-方案】TCGA barcode（样本ID）以及重名过滤

TCGAbarcode接触和分析过TCGA数据的朋友肯定会经常处理TCGAbarcode的前15位（有时12位），实际从上图可以看出TCGA的barcode设计总共有28位之多。
王诗翔·2020-08-01 03:53

TCGA-数据下载整理（二）

加入我们用TCGAbiolinks下载之后我们可以看一下另外一种操作image.pngdata_download_from_gdc打开后发现是1208个文件夹，为什么是1208个，这跟我当时学的数据有关系，可以不用管让每个文件夹里面还有个压缩文件，我们现在的任务就是，如何把每个文件夹里面的压缩文件放置在统一的文件夹中假设我们的文件夹是这个,首先设置工作目录到这一文件夹下：00_data_read_
一路向前_莫问前程_前程似锦·2020-08-01 02:06

TCGA数据挖掘二：基因差异分析

load(file=file.path(Rdata_dir,'TCGA-KIRC-miRNA-example.Rdata'))dim(expr)dim(meta)#可以看到是537个病人，但是有593个样本
mayoneday·2020-07-31 19:45

TCGA数据挖掘三：针对不同因素和不同方法的生存分析

#load(file=file.path(Rdata_dir,'TCGA-KIRC-miRNA-example.Rdat
mayoneday·2020-07-29 13:23

突变负荷纯生信分析套路 肿瘤新抗原突变负荷分析

FrontiersinBioengineeringandBiotechnology杂志（IF：3.644）上的一篇文章CharacterizationofNeoantigenLoadSubgroupsinGynecologicandBreastCancers，文章主要讲的是对TCGA
概普生信·2020-07-29 09:26

TCGA|GEO可视化分析第2篇---KEGG|GO分析大全

导读：之前讲了如何用筛选出的差异基因做做相关性分析。那今天我和各位小伙伴深入的讲一下：（1）如何用clusterProfiler做KEGG|GO富集条形图，气泡图；（2）如何用enrichplot做gene-GOterms|gene-KEGGpathways网络图；（3）如何用GOplot绘制gene-GOterms|gene-KEGGpathways和弦图；（4）如何用heatplot绘制gen
科研君·2020-07-28 22:18

TCGA|GEO可视化分析第1篇---相关性分析

TCGA|GEO可视化分析第1篇---相关性分析导读正文：导读今天有小伙伴问我，筛选完差异基因后，想看自己关注的基因和其他基因的关系，应该怎么做？那当然要先做一下相关性分析了！
科研君·2020-07-28 22:18

TCGA phenotype各列的含义

PropertynameDescriptionkindTheresourcetype.aliquots[]Listofbarcodesofaliquotstakenfromthisparticipant.clinical_dataTheclinicaldataabouttheparticipant.clinical_data.ParticipantBarcodeParticipantbarcode
weixin_33842304·2020-07-28 18:25

TCGA学习1--下载level3 level4数据

1、使用firehose_get下载level3level4数据https://confluence.broadinstitute.org/display/GDAC/Downloadexample:firehose_getanalyseslatestRetrieves:everyresult,foreverydiseasecohort,inthelatestGDACFirehoserunfireh
weixin_33826609·2020-07-28 17:10

R Notes

查看当前位置getwd()getwd()[1]"/media/albert/0E3711AB0E3711AB/Research/TCGA/GSE1323"使用getwd函数来显示当前工作目录，使用setwd
浩瀚之宇·2020-07-28 08:26

TCGA的ensmbl怎么转换？

我用Biolinks包下载好TCGA的RawCounts数据之后。
Stone_Stan4d·2020-07-28 07:15

TCGA样本命名详解

在TCGA中，一个患者可能会对应多个样本，如TCGA-A6-6650可以得到3个样本数据：TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07TCGA-A6
Mr番茄蛋·2020-07-28 07:13

TCGA数据库下载：多种方法及优缺点介绍

在TCGA数据库下载文件有很多种方法：一.利用R语言下载（本文重点介绍这个）R语言有很多不同的包可以用于下载TCGA文件（意思就是不同的代码实现下载TCGA数据的同一目的）方法1：TCGAbiolinks
mayoneday·2020-07-28 05:05

TCGA数据库下载：多种方法及优缺点介绍

在TCGA数据库下载文件有很多种方法：一.利用R语言下载（本文重点介绍这个）R语言有很多不同的包可以用于下载TCGA文件（意思就是不同的代码实现下载TCGA数据的同一目的）方法1：TCGAbiolinks
mayoneday·2020-07-28 05:04

TCGA数据挖掘五：突变数据画图

一.整理并加载数据（这里没有把整理数据步骤放进去，直接加载的已经整理好的maf文件）rm(list=ls())options()$reposoptions()$BioC_mirroroptions(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua
mayoneday·2020-07-28 01:06

TCGA癌症中英文及缩写名称对应表

最近一直在做生物信息有关的数据库，需要到TCGA上下载数据，就把TCGA和SangerBox上可以看到的癌症型的中英文以及缩写全部查找翻译对应列了出来，可能不太口语化或者专业，就简单理解吧。
Taylent·2020-07-27 17:02

#TCGA系列#利用perl处理肺癌多样本miRNA表达谱

我们利用第三方工具下载TCGA数据时，可能下载到的是单个样本的miRNA表达谱，如图：前面的序号是样本id每个文本文档里的数据如图所示：现在我们想把它的RPM取出来并为矩阵，如图：这里我们利用perl处理
Talini·2020-07-27 15:54

2020-07-26 脂质代谢+胶质瘤+生信=4分

在这里，使用来TCGA和CGGA）数据库的RNA测序数据对脂质代谢相关基因进行了分析。
卅衣·2020-07-27 13:57

分清TCGA中的冷冻切片和福尔马林固定-石蜡包埋切片

TCGA提供两种类型的载玻片，即快速冷冻和福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）1）其中带有“TS＃”或“BS＃”的文件（其中＃是整数）是冻结的幻灯片，如下所示：TCGA-CH-5765-11A-01-TS1.2a1faf76
东吴西蒙·2020-07-27 12:55

TCGA及CRN数据库疾病缩写

TCGA数据库疾病缩写ACCAdrenocorticalcarcinoma肾上腺皮质癌BLCABladderUrothelialCarcinoma膀胱尿路上皮癌BRCABreastinvasivecarcinoma
解琪琪·2020-07-18 09:32

TCGA数据下载整理

姊妹篇：《TCGA数据下载整理二》TCGA数据下载GDC提供了工具，当然我没用过，我用过它提供的pythonapi下载，算是简单的方法，自己先下载好样品信息表(samplesheet)再根据api写个python
BeeBee生信·2020-07-17 16:53

TCGA / 组织来源编码 / Tissue Source Site Codes

TissueSourceSiteCodesTSSCodeSourceSiteStudyNameBCR01InternationalGenomicsConsortiumOvarianserouscystadenocarcinomaIGC02MDAndersonCancerCenterGlioblastomamultiformeIGC04GynecologicOncologyGroupOvarians
生信义博·2020-07-17 09:23

医学生物信息学文献第4期：挖掘TCGA数据库中对胶质母细胞瘤微环境预后有价值的基因

在TCGA数据库中，根据全球基因表达谱，GBM最初分为四种亚型:proneural、neural、classical和mesenchymal。
木林老师·2020-07-16 07:53

Python DICOM文件读取 以食道癌CT为例（含示例图片）

项目代码：https://download.csdn.net/download/lly1122334/11616573内含实例图片一、数据集TCGA-ESCA癌症CT影像–贝式计算https://hyper.ai
XerCis·2020-07-16 02:12

TCGA突变数据挖掘：把样本整理为突变型或野生型

一从TCGA下载突变信息这里下载的是maf文件rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(maftools)#下载maf文件记录的突变信息。
mayoneday·2020-07-15 14:04

【r<-芯片处理】入门GEO表达芯片数据分析该读一读的一些文章

刚参加完生信技能树TCGA挖掘培训回来，里面内容有不少涉及GEO数据分析方面。下面整理一些非常值得一读都一些文章，帮助初学者掌握一些基本概念，基本流程。
王诗翔·2020-07-15 09:38

感恩冥想～170225～陈明利～DAY17

6.感恩车子安全的抵达TCGA,也准时到达会场布置会场，感谢老妈一直在那里陪伴。
九分钟陈·2020-07-15 07:38

TCGA子集做一个生存分析

想拿TCGA-HNSC的数据集做一个生存分析。TCGA-HNSC的肿瘤类型较多。
Stone_Stan4d·2020-07-14 10:11

基于TCGA及SEER等癌症公共数据库的深度挖掘和科研设计会议

基于TCGA及SEER等癌症公共数据库的深度挖掘和科研设计培训通知各事业单位：身处大数据时代，对于从事肿瘤研究的临床医生或基础科研人员，有没有一种可以既不做实验又不查病史，直接调用公共数据撰写发表SCI
SZKXHJY·2020-07-14 05:54

TCGAbiolinks包下载数据

近期在整理毕业论文代码，同时也看到身边很多师弟师妹对TCGA数据的下载存在疑惑，所以将本文分享给大家，有需要的可以看看！
研平方·2020-07-13 16:34

使用TCGAbiolinks查询与下载TCGA数据

#installpackageif(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks)lib
Oliver-nana·2020-07-12 19:58

找到TP53基因在TCGA数据库的肝癌数据集的表达情况

使用http://www.cbioportal.org/index.do背景1.cBioPortal提供大规模癌症基因组学数据集的可视化，分析和下载。2.TP53是肝癌最常见的基因突变之一，与不良预后密切相关。1.打开http://www.cbioportal.org/index.do2.选择livercancer，输入TP53geneimage.png3.submit一下，我们要可视化，所以pl
Forest_Lee·2020-07-12 09:13

TCGA-命名小介

#TCGA是生信或者医学行业常见的公共数据库，在TCGA中，一个患者可能会对应多个样本，如TCGA-A6-6650可以得到3个样本数据：TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07TCGA-A6
super_he_pi·2020-07-12 00:43

TCGA数据挖掘（二）：数据下载与整理

管于TCGA数据库中的数据下载，我们之前有介绍过R语言下载包：R语言TCGA-Assembler包下载TCGA数据，同时在介绍数据库的使用教程中也介绍了在线下载以及官方下载工具下载：TCGA数据库使用教程
木林老师·2020-07-10 21:49

难道我一直没理解segmentation文件的拷贝数计算？

一个比较典型的segmentationfile格式如下：>head(segfile)#Atibble:6x6SampleChromosomeStartEndNum_ProbesSegment_Mean1TCGA-DK-A1A6
王诗翔·2020-07-08 19:21

#TCGA系列#TCGA临床数据处理

前面已经通过TCGA官方API下载了肝癌373个cases的临床信息(如days_to_death,state等),还下载了425个样本的类型(是tumor还是normal)数据,这次我们从这两个文件提取关键信息并进行整合
生信杂谈·2020-07-07 02:42

用R包TCGA-Assembler下载TCGA数据

今天师兄发给我一个TCGA网址，让我想办法把胰腺癌的所有RNA-Seq数据下载下来，可是界面是这样的：这么多样本有各自的测序数据，甲基化数据，突变数据和临床数据等，不可能一个个去点开下载，那么批量下载就可以借助
JiangQ_1996·2020-07-06 23:35

TCGA数据库的利用（三）——基因注释！

最近做了跟TCGA相关的项目，借此机会也认识了zeroing说的作者，参考了他的两篇文章：TCGA数据库的利用（一）——数据下载！TCGA数据库的利用（二）——数据处理！
FightingBob·2020-07-06 21:20

第44周-KRAS下游固有免疫和MEK双通路抑制疗法的耐药性及其克服机制

OvercomingResistancetoDualInnateImmuneandMEKInhibitionDownstreamofKRAS.主要探究的是耐药性，用的是细胞系，但是这篇文章我最关心的是研究团队对转录组和表观数据的结合，还有对CCLE和TCGA
小梦游仙境·2020-07-06 21:18

使用python得到TCGA表格

我们需要提取下面的表格到本地，具体图片如下:tcga1.png我们首先先点击表格右上角的JSON下载为JSON格式(假设保存的为data.json格式)，打开可以发现其数据与表格上的数据是有差别的，我们用如下代码进行处理
生信杂谈·2020-07-06 05:24

TCGA数据库的利用（一）—— 数据下载！

前序还有1个多月就要毕业了，而在此之前需要顺利完成自己的毕设，因为对纯生物方向一点也不感兴趣，所以课题方向选的是生信—TCGA数据的利用，虽说本科专业与生物相关，但在整个大学期间基本就是在不挂科的情况下尽可能地与生物对着干
zeroingzm·2020-07-06 04:53

TCGA数据库的利用（三）—做差异分析的三种方法！

今天更新TCGA数据库的利用系列第三篇文章，在对TCGA数据进行挖掘时，通常会筛选出来一些表达量显著异常的基因，作为后续研究的对象，这个筛选过程叫做差异分析；本篇文章将分为三大模块对差异分析进行介绍关于差异分析的官方解释
zeroingzm·2020-07-06 04:53

TCGA数据库的利用（二）—— 数据处理！

上一篇文章介绍的是关于TCGA数据的下载，如果不太清楚怎么下载数据的读者请参考这篇文章：TCGA数据库的利用（一）——数据下载！
zeroingzm·2020-07-06 04:53

TCGA数据下载分析(1-1):RTCGA包gene获取表达值并可视化

写在前面：方法：下载处理TCGA数据的R包很多，数据来源也不一样，这一部分开始对几个包分别进行使用，写出心得。
Y大宽·2020-07-05 23:33
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