tcga

TCGA转录组数据及临床数据下载及整理

一、TCGA转录组数据下载及整理①进去先看cart是否为空，没有要清空。
萍智医信·2021-08-06 20:48

单基因的肿瘤细胞系表达怎么看？CCLE告诉你

泛癌的基因表达量一般可以用TCGA和GTEx实现，但是肿瘤细胞系一般用CCLE临床生信之家是一个很好的在线工具，目前上架了CCLE的功能，出的图见下，可以实现单基因在泛癌和单病种的可视化，但是这个网址什么都好
欧阳松·2021-08-03 11:14

如何只下载TCGA肿瘤或正常标本的count

其实有很多教程指导怎么下载count，最简单当然还有xena，但是我们知道TCGA的肿瘤样本中包括了肿瘤了正常样本，而且有些样本还是重复的，所以需要去重，还需要把肿瘤和正常过滤，现在推荐一下我自己摸索的一个办法使用的是
欧阳松·2021-07-02 00:26

TCGA_miRNA

示例KIRC_miRNA1、具体下载教程见链接TCGA下载教程2、整理表达矩阵#整理表达矩阵options(stringsAsFactors=F)x=read.table("expdata/000c6bb3
养猪场小老板·2021-07-01 14:18

（免费课程转载）R入门与临床三线表绘制

从今天起，MedGo干货课堂上线啦首次分享课讲的是TCGA数据分析，探究某一因素与肿瘤临床数据之间的关系，并自动生成可以用于SCI发表的三线表，如下图所示：MedGo干货课题课程链接：https://m.qlchat.com
柳叶刀与小鼠标·2021-06-27 01:29

TCGA学习01：数据下载与整理

TCGA学习01：数据下载与整理-TCGA学习02：差异分析-TCGA学习03：生存分析-TCGA学习04：建模预测-cox回归-TCGA学习04：建模预测-lasso回归-TCGA学习04：建模预测-
小贝学生信·2021-06-26 03:57

GDCRNATools的安装与使用---TCGA数据下载与分析工具

TCGA数据下载和整理工具----GDCRNAToolsGDCRNATools的安装与使用---TCGA数据下载与分析工具
土豆学生信·2021-06-26 03:45

如何合并TCGA表达谱数据

前面通过两期视频如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一)如何从TCGA数据库下载miRNA数据(二)给大家详细介绍了如何从TCGA数据库下载某一个肿瘤的RNAseq数据和miRNA-seq
生信交流平台·2021-06-25 14:53

2020-03-1 3分文章套路-鉴别可作为肝细胞癌总生存率预后指标的六个关键基因

材料和方法：在癌症基因组图谱肝肝细胞癌（TCGA-LIHC）中获得了3级mRNA表达谱和临床病理数据。下载了来自基因表达综合数据库（GEO）的GSE14520数据集，以进一步验证TCGA中的结果。
卅衣·2021-06-22 06:31

TCGA生存分析

这次是真的批量做TCGA的生存分析》,作者果子大神。
此号停更·2021-06-21 08:13

USCS Xena

UniversityOfCingiforniaSishaCruz，UCSC)维护的数据库，前身是癌症基因组浏览器CancerBrowser,CancerBrowser目前已经不再更新.imageUCSC官方网址：UCSCXenaXena收录了TCGA
NoviceWitch·2021-06-16 10:53

玩转TCGA临床信息

相信很多做科研的同学刚步入科学殿堂的时候，都是从学习和模仿他人的研究开始的，小编当年也是这样的。俗话说他山之石可以攻玉，这也是一种不错的学习方法。但是，有时候却很难重现原作者的结果，甚至有时候连作者的实验数据如何获取，样本如何分类都很难搞清楚。前些日子有位同学follow一篇宫颈癌的文章，对作者是如何从307个early-stagecervicalcancer(CESC)病人中根据临床信息挑选出1
生信交流平台·2021-06-14 20:45

TCGA学习04：建模预测-cox回归

TCGA学习01：数据下载与整理-TCGA学习02：差异分析-TCGA学习03：生存分析-TCGA学习04：建模预测-cox回归-TCGA学习04：建模预测-lasso回归-TCGA学习04：建模预测-
小贝学生信·2021-06-13 20:15

TCGA学习04：建模预测-随机森林&向量机

TCGA学习01：数据下载与整理-TCGA学习02：差异分析-TCGA学习03：生存分析-TCGA学习04：建模预测-cox回归-TCGA学习04：建模预测-lasso回归-TCGA学习04：建模预测-
小贝学生信·2021-06-11 23:16

04-IF8+ 免疫加缺氧纯生信分析构建头颈癌预后分子亚型和预后模型

HNC：头颈癌（headandneckcancer）HPV：人类乳头状病毒（humanpapillomaviruses）TCGA：癌症基因组图谱（TheCancerGenomeAtlas）FFPE：福尔马林固定
AAA肿瘤信息学王协·2021-06-11 02:31

TCGA-各类数据下载总结

TCGAbiolinks最新版的TCGA是比对到hg38基于RNAseq的测序count文件下载query<-GDCquery(project="TARGET-AML",data.category="TranscriptomeProfiling
一路向前_莫问前程_前程似锦·2021-06-10 05:39

子宫内膜癌TCGA分子分型

我们对373例子宫内膜癌样本进行了全方位的全外显子测序，对基因的突变图谱进行了全方位描述，基于芯片对肿瘤拷贝数变化进行全方位描述，基于RNA测序对基因表达进行全方位描述，基于甲基化芯片和蛋白质芯片对重要的蛋白质通路进行多层次描述。之后我们发现在突变层面上，第一组是超高突变，引起超高突变的主要原因是聚合酶epsilon（POLE）突变，第二组是由微卫星高度不稳定（MSI-H）造成的高突变组，另外两个
半夏长安·2021-06-08 01:46

从TCGA数据库下载并整合清洗高通量肿瘤表达谱-临床性状数据

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】其他文章系列：ggplot2作图篇：（1
ZZZZZZ_XX·2021-06-07 15:35

TCGA学习02：差异分析

TCGA学习01：数据下载与整理-TCGA学习02：差异分析-TCGA学习03：生存分析-TCGA学习04：建模预测-cox回归-TCGA学习04：建模预测-lasso回归-TCGA学习04：建模预测-
小贝学生信·2021-06-06 23:00

将ICGC的基因表达数据处理成表达矩阵（perl）

小程序的目的最近在搞ICGC的数据库，想作为TCGA数据挖掘的验证集，然后发现ICGC下下来的数据不能够直接用于分析，于是写个小的perl处理了一下，能够分别输出标准化过的表达矩阵和rawreadcounts
547可是贼帅的547·2021-06-06 19:57

TCGA工具-GDCRNATools学习笔记

介绍GDCRNATools是一个R包，提供标准的，易于使用和全面的管道，用于下载，组织和综合分析GDC门户中的RNA表达数据，重点是解读癌症中lncRNA-mRNA相关的ceRNA调控网络。许多分析可以使用GDCRNATools，包括差异基因表达分析（limma（Ritchie等人2015），edgeR（Robinson，McCarthy和Smyth2010）和DESeq2（Love，Huber和
土豆学生信·2021-06-04 04:23

TCGAbiolinks获取癌症临床信息

#加载TCGAbiolinks包library(TCGAbiolinks)#下载TCGA-CHOL这个项目相关的临床信息，这个项目是胆管癌clinicaldim(clinical)[1]51158一共得到
生信交流平台·2021-06-04 02:44

下载并预处理TCGA数据

本文为TCGA数据的下载，并整理为行名为基因名的数据结构方法一#数据下载的网站，下载下来并命名为HNSC_RSEM_genes_normalized.txt#http://gdac.broadinstitute.org
落寞的橙子·2021-06-04 01:11

2021-04-29 TCGA与GTEX数据下载

数据库背景介绍TCGA，全称：Thecancergenomealtas官网：https://cancergenome.nih.gov/是由NationalCancerInstitute(NCI,美国国家癌症研究所
学习生信的小兔子·2021-05-21 16:55

初步认识TCGA

转自生信笔记http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/271肿瘤基因组图谱（TCGA）计划是由美国NationalCancerInstitute（NCI）和NationalHumanGenomeResearchInstitute
又是一只小菜鸟·2021-05-20 08:44

文献：Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-expression Network Analysis

使用GSE1561数据集来进行分析，TCGA的数据来进行验证。通过平均连接层次聚类的方法鉴定了18个模块。显著性模块（）中共发现48个网络节点基因。
康君爱上了蕊酱·2021-05-16 18:29

一文重复一篇四分SCI------基于TCGA和geo的circRNA研究（3）

方法基于GEO和TCGA数据的5个miRNAs表达基于GEO和TCGA微阵列数据集的miRNA表达验证，提供了HCC中miRNA表达文件，这些数据来自GEO和癌基因组图谱（TCGA）。
柳叶刀与小鼠标·2021-05-15 20:26

TCGA数据下载：R包TCGA2STAT介绍

上期介绍了若干种获取TCGA数据的方法，今天这期会落点于TCGA2STAT这个R包的介绍上，一步步的来说明下载方法，哪些数据是可以下载到的。
Bioconductor·2021-05-13 03:06

R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素)

原文:R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素)目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R
天道昭然·2021-05-12 05:55

文献翻译Identification of potential cancer-related pseudogenes in lung adenocarcinoma based on ceRNA h...

在这里，我们将我们的方法应用于来自TCGA的肺腺癌（LUAD）RNASeq数据并鉴定了33个候选假基因。我们描述了候选假
柳叶刀与小鼠标·2021-05-10 11:37

TCGA RPPA下载

1.ucscXENAimage.pngimage.png2.cioprotalimage.png
一路向前_莫问前程_前程似锦·2021-05-08 19:07

基于DNA甲基化的分子亚型构建发5+分

5.515)的一篇文章，“MolecularsubtypesbasedonDNAmethylationpredictprognosisincolonadenocarcinomapatients”，文章作者基于TCGA-COAD
科研菌·2021-05-05 13:56

数据库汇总-2

一、TCGA相关数据库数据库名网址备注计算机$16005手机$1212管线$1234数据库名网址备注TCGA-GDChttps://portal.gdc.cancer.gov/TCGA官网GEPIAhttp
oddxix·2021-04-30 22:32

2019-12-22 Day10-14-学习 TCGA数据库单基因文章套路

IF4.5分左右套路：TCGA数据下载，选择想要研究的基因，然后对基因ID进行转换，提取矩阵中基因表达量，然后做差异表达分析-散点图-疾病和正常或肿瘤与癌旁比较，配对的差异分析-肿瘤与癌旁，然后对TCGA
卅衣·2021-04-28 20:58

三分文章思路-1

三分文章思路-1这篇3分文章思路记录下来，其实前面没有展示生信的图图，但是文章introduction部分，描述了通过TCGA数据库TCGA_CESC_exp_HiSeqV22015-02-24数据集，
小梦游仙境·2021-04-24 23:20

R语言|TCGAbiolinks 包系列（1）——检索并获取数据

TCGA数据库相信大家都耳熟能详了，它是美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱（CancerGenomeAtlas，TCGA）计划，试图通过应用基因组分析技术，特别是采用大规模的基因组测序，将人类全部癌症（近期目标为
珠江肿瘤·2021-04-21 07:34

IF=4.848|缺氧因子+免疫微环境+预后模型

在文章中作者作者基于缺氧因子家族成员在胶质瘤患者中构建了一个预后风险模型，通过TCGA/ICGC数据集来验证模型
科研风暴·2021-04-21 00:55

R生成临床信息统计表

关于TCGA中临床数据的获取，前面小编已经讲解过，还不熟悉的小伙伴可以观看下方的视频。TCGA临床信息获取，复现科研文章或者参考玩转TCGA临床信息。
生信交流平台·2021-04-20 01:48

甲基化纯生信分析套路 复发和免疫治疗的CpG甲基化标志物

今天，咱们来看一篇7月末发表在Aging-US(IF=4.831)杂志上的一篇文章，作者基于TCGA中的NSCLC(非小细胞肺癌)数据，识别出了4个预测复发的CpG甲基化markers，并验证了这一特征与
呆呆聊生信·2021-04-19 13:05

R语言之生信（12）一分钟学会绘制cox/meta森林图

目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R语言之生信⑥TCGA生存分析3R语言之生信⑦Cox
柳叶刀与小鼠标·2021-04-19 13:04

TCGA数据整合后进行DESeq2差异表达分析和基于R的多种可视化

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】其他文章系列：ggplot2作图篇：（1
ZZZZZZ_XX·2021-04-19 12:29

TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】其他文章系列：ggplot2作图篇：（1
ZZZZZZ_XX·2021-04-19 11:34

TCGA学习04：建模预测-lasso回归

TCGA学习01：数据下载与整理-TCGA学习02：差异分析-TCGA学习03：生存分析-TCGA学习04：建模预测-cox回归-TCGA学习04：建模预测-lasso回归-TCGA学习04：建模预测-
小贝学生信·2021-04-19 09:23

等了好久的B站TCGA笔记（1-2章）

from=search&seid=17709076368945641839特此致谢：生信技能树101需要了解的内容：TCGA的研究范围、数据来源、数据格式、数据储存、基本的生物学概念、肿瘤学知识、熟悉使用
寥廓江天万里霜·2021-04-19 07:31

GDCRNATools的安装与使用---TCGA数据下载与分析工具

lncRNA，mRNA和miRNA数据介绍TheGenomicDataCommons(GDC，基因组数据库)保存有美国国家癌症研究所（NCI）计划的标准化基因组，临床和生物样本数据，包括癌症基因组图谱（TCGA
养猪场小老板·2021-04-18 23:43

老酒新装！6+miRNA纯生信也能这样做

文章中作者基于TCGA数据库根据RNA-seq和miRNA测序数据，发现七个miRNA是HNSCC患者的独立预后因素，这七个mi
科研风暴·2021-04-18 12:52

生存分析-黑、白、许多灰

1.TCGA数据库patient_barcode--那些需要了解的“暗号”在TCGA数据库中，相同的参与者可能既有肿瘤组织也有正常组织的数据，生存分析时需要将肿瘤数据选出来，进行下一步分析；如果是做差异分析
Juan_NF·2021-04-18 11:46

TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】其他文章系列：ggplot2作图篇：（1
ZZZZZZ_XX·2021-04-18 06:57

不换分析套路换个研究的治疗方式也发了6+分！

6.162)上的一篇文章，“Pan-CancerAnalysisofRadiotherapyBenefitsandImmuneInfiltrationinMultipleHumanCancers”，作者对TCGA
科研菌·2021-04-18 02:03

纯生信分析系列 转录因子预后，自建数据库，五分稳了

TranscriptionalnetworkmodulatedbytheprognosticsignaturetranscriptionfactorsandtheirlongnoncodingRNApartnersinprimaryprostatecancer，该工作首先基于TCGA
呆呆聊生信·2021-04-17 20:37
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