tcga

TCGA-COAD-svs-3

https://storage.googleapis.com/isb-cgc-open/NCI-GDC/legacy/TCGA/TCGA-COAD/Other/Tissue_slide_image/03f8c117
kezhao·2020-02-05 12:53

数据库汇总

故本章首先介绍常用的参考基因组和注释文件，然后介绍生物信息常用的数据库资源如：NCBI，Ensembl，UCSC，ENCODE，GENCODE，TCGA，1000GENOME。
oddxix·2020-02-05 10:50

TCGAbiolinks下载表达谱数据及临床数据

library(dplyr)library(DT)library(SummarizedExperiment)下载临床数据clinical_data<-GDCquery_clinic(project="TCGA-LIHC
PriscillaBai·2020-02-02 16:55

R语言之生信②差异基因分析2

目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R语言之生信⑥TCGA生存分析3R语言之生信⑦Cox
柳叶刀与小鼠标·2020-01-08 10:37

【科研猫·出品】TCGA超大批量生存分析教程

上一期的教程【科研猫】生存分析的正确姿势（1）视频+R代码分享，给大家讲解了批量对TCGA中的基因进行生存分析的第一步。
科研猫·2020-01-07 03:33

TCGA数据库挖掘-肾细胞癌相关biomiarker筛选案例解析

数据来源从TCGA数据库下载嫌色细胞癌样品相关数据，共获取66/25个相关样品的表达谱数据，同时得到临床性状。同时利用GEO数据库下载数据（GSE15641）后期筛选和验证分析
组学大讲堂·2020-01-07 02:43

Broad GDAC:TCGA数据分析中心

BroadGDAC对TCGA的结果进行了整理和深入分析，相关的原始数据和分析结果可以通过网页的方式进行查看和下载，网址如下http://gdac.broadinstitute.org/点击Cases可以查看对应的样本信息
生信修炼手册·2020-01-07 02:35

人类癌症数据库TCGA-差异表达基因挖掘课程

身处大数据时代，没钱做实验没关系，无数人正在帮你做实验积累数据；是吗？是的！不信接着往下看！1.目前公开的数据非常之多之前我们介绍了NCBI的SRA数据库(SequenceReadArchive用于存储二代测序的原始数据)中数据在快速的增长，目前已经积累了14P的数据，大量的数据等待着被进一步的挖掘。2.大量数据很少被挖掘虽然公开的数据非常的多，但是基本上只有数据提交者对数据进行了一次分析，很少有
组学大讲堂·2020-01-06 23:27

TCGA数据下载 (Windows)

近来对生信分析着迷，使用学习GEO，TCGA数据，可作为小白，在Baidu，Google等各大网站搜索，不得其法。值得慢慢尝试，终于摸索出一条道来！
bucai11112·2020-01-06 14:38

#TCGA系列#肝癌组织多样本miRNA差异表达分析(二)

399个miRNA样本的肿瘤VS正常的差异表达分析.但样本质量控制时我们发现样本差距过大,生物变异系数过高.部分正常组织和肿瘤组织聚在一起,本期我们对这399个样本进一步分析.先将样本信息从头梳理一遍,TCGA
生信杂谈·2020-01-06 06:15

TCGA的28篇教程之CNV那点事

TCGA的28篇教程之CNV那点事拷贝数变异情况可以由SNP6.0等比较基因组杂交芯片得到，也可以由WES测序得到，当然了，WGS测序会更好，不过很大概率上选择什么样的实用技术，往往受限于资金和设备。
生信技能树·2020-01-06 00:41

m6A调节因子在肾透明细胞中的基因特征和预后价值：一项使用TCGA数据库的回顾性研究

（1）背景知识真核生物RNA可以携带100多种化学修饰，其中RNA甲基化修饰约占60%，而N6-甲基腺嘌呤（m6A）在甲基化修饰中最为普遍，占有率高达80%。从2017年至今，RNAm6A研究热度不减，已有7篇在《Nature》、2篇在《Cell》、2篇在《Cancercell》上发表。概念m6A是腺苷酸上第六位N上发生甲基化，主要存在于mRNA的CDS区与3’UTR区，影响mRNA的稳定性、翻译
柳叶刀与小鼠标·2020-01-05 11:31

R语言之生信④TCGA生存分析1

目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R语言之生信⑥TCGA生存分析3R语言之生信⑦Cox
柳叶刀与小鼠标·2020-01-05 07:29

使用coxph 回归和logrank test对TCGA数据做批量生存分析

###Create:JianmingZeng###Date:2019-04-0221:59:01###Email:jmzeng1314@163.com###https://github.com/jmzeng1314/GEO/blob/master/GSE11121/step5-surivival.Rrm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)Rdata_dir=
Forest_Lee·2020-01-05 05:58

组学大讲堂/丁香园合办《GEO/TCGA 数据挖掘实操培训班》邀您参加！

其实利用GEO、TCGA等公共数据库里的海量资源，分析一下，你也能发自己的文章，虽然只有三分，但堪称性价比最高的套路！3天掌握发文技能！
组学大讲堂·2020-01-05 02:57

使用kmplot在线进行生存分析

进行生存分析，对应的文章发表在scientificreports上，链接如下https://www.nature.com/articles/s41598-018-27521-y.pdf数据库构建的过程如下从TCGA
生信修炼手册·2020-01-02 10:13

使用不同R包获取TCGA的DEGs

###Create:JianmingZeng###Date:2019-04-0221:59:01###Email:jmzeng1314@163.comrm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)Rdata_dir='../Rdata/'Figure_dir='../figures/'#加载上一步从RTCGA.miRNASeq包里面提取miRNA表达矩阵和对应的样
Forest_Lee·2020-01-01 03:31

TCGA年度（共4年）研讨会资料分享

TCGA年度（共4年）研讨会资料分享最近搜索很多资料，都跳转到TCGA年度（共4年）研讨会PPT了，觉得有必要再次分享，第一次分享在：http://www.bio-info-trainee.com/958
生信技能树·2020-01-01 00:55

生物信息数据库的使用

在case选项卡中选择primary->Bronchusandlung;Program->TCGA;roject->TCGA-LUAD;在Gene选项卡搜索kras，选择了202例kras突变的点击ViewFilesin
superqun·2019-12-31 18:10

R语言可视化学习笔记之基因组数据可视化

本文主要利用ggpubr包来探索基因组数据,主要是可视化TCGA基因组数据的基因表达谱。
taoyan·2019-12-30 20:54

#TCGA系列#使用GTEx的数据进行差异表达分析

#上期我们比较了TCGA肝癌组织vs正常组织的差异表达分析.但由于它的正常样本也来自于肝癌病人可能导致样本聚类混乱.本期开始使用GTEx的正常Liver样本数据来代替TCGA的正常样本数据进行差异表达分析
生信杂谈·2019-12-29 14:24

GSCALite：联合多数据库，研究癌症基因组学必备神器

今天给大家介绍一个研究基因组学癌症分析的在线科研工具，里面包含了33种癌症数据以及GTEX正常组织数据，平时在进行癌症分析时，正常组织的数据相比较少，比如TCGA数据库中乳腺癌数据有1200多个数据，其中有
vegene·2019-12-29 11:45

2019-12-28学习内容

学习内容（WCGNA）之前在GEO数据挖掘的时候出现了问题，所以就去跑了一遍，又熟悉了一下流程，刚好现在来学习一下TCGA基本概念WGCNA其译为加权基因共表达网络分析。
Clouddong·2019-12-28 23:18

使用RTCGA等包获取TCGA数据

###Create:JianmingZeng###Date:2019-04-0221:59:01###Email:jmzeng1314@163.comrm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)#注意，并不是说使用RTCGA.miRNASeq包的数据是最佳选择，只是因为这个演示起来最方便。#因为GDC官网下载数据具有一定门槛，也不是每个人都必须学会的。getwd
Forest_Lee·2019-12-27 15:49

这篇五分多的signature建模文章有点机智啊

本文整体思路简单锊了锊，大概如下：1、下载ICGC数据库的甲基化数据和TCGA数据库的RNAseq数据2、分别筛选差异甲基化位点和差异基因3、紧接着使
vegene·2019-12-27 12:22

TCGA数据库里面的乳腺癌样本RNA-seq数据配对的

灵感来自于2008和2009年Venables做的工作，用传统的RT-PCR来分析可变剪切Recently,Venablesetal.usedRT-PCRtoscreen600cancer-associatedgenes[18]and2168alternativelysplicedexons(ASEs)[19]inhumanbreasttumorsversusnormalbreasttissues
生信技能树·2019-12-27 11:38

GEO和TCGA数据挖掘生物信息文章解读（宫颈癌） TCGA GEO

这篇文章是利用GEO和TCGA数据挖掘宫颈癌预后相关的关键基因，2019年发表在JournalofCellularPhysiology影响因子：4.52左右。
组学大讲堂·2019-12-27 10:01

使用cBioPortal查看TCGA肿瘤数据

cBioPortal整合了来自TCGA,CCLE以及几个独立的大型肿瘤研究项目的数据，构建了一个易于使用的网站，不需要有深厚的计算机功底，也可以通过该网站查询，分析，可视化肿瘤的相关结果。
生信修炼手册·2019-12-27 09:26

安装TCGA挖掘所需R包

###Create:JianmingZeng###Date:2019-04-0221:59:01###Email:jmzeng1314@163.com###Blog:http://www.bio-info-trainee.com/###Forum:http://www.biotrainee.com/thread-1376-1-1.htmlrm(list=ls())#清空当前工作空间变量option
Forest_Lee·2019-12-27 07:50

TCGA临床资料的下载和整理

RNAseqcounts数据推荐用生信人TCGA小工具下载，这里放一个传送门：https://www.shengxin.ren/article/95。言归正传，讲cBioPortal。
Stone_Stan4d·2019-12-27 05:24

Lasso法构建多基因预测模型-01

本文内容简介：包括应用TCGA数据预处理，应用LASSO回归筛选变量，构建多基因预测模型，绘制风险因子关联图，时间依赖ROC曲线评估模型。
白介素2·2019-12-27 02:55

TCGA-识别哪些是lncRNA，各种类型的RNA差异分析

GDCRNATools-Part2在Part1部分，我们已经对GDCRNATools的基本功能有了一定的了解，这次来做一个完整的分析案例。本文内容本文为笔者个人的学习笔记，包括以下内容TCGAcount数据下载count数据预处理，标准化差异mRNA,miRNA,lncRNA绘制热图,火山图ceRNA网络分析，输出文件到cytoscape识别出哪些基因是lncRNA,miRNA,mRNA,pseu
白介素2·2019-12-26 11:24

Python groupby

Enhancer_TCGA_ATAC_1000.bed图片.png#-*-coding:utf-8-*-"""CreatedonTueApr1619:38:322019@author:Administrator
清晨起床满满正能量_Go·2019-12-26 04:34

GEO、TCGA多数据库联合挖掘胰腺导管腺癌预后关键基因

数据来源基于GEO数据库获取GSE62452数据（69癌症样本/61癌旁样本）进行共表达分析，借助TCGA数据库下载的146个样本数据、GEO数据库下载的GSE62165涉及的131个
组学大讲堂·2019-12-25 12:57

挖掘TCGA数据库中对GBM微环境预后有价值的基因

原文题目：MiningTCGAdatabaseforgenesofprognosticvalueinglioblastomamicroenvironment摘要：胶质母细胞瘤(GBM)是最致命的脑肿瘤之一。已有研究表明，肿瘤微环境细胞、免疫细胞和基质细胞浸润程度对预后有重要影响。基于ESTIMATE算法的免疫评分和基质评分的计算可以方便地对肿瘤中的免疫和基质单元进行量化。根据它们的免疫/基质分数分
Forest_Lee·2019-12-25 03:32

R语言之生信⑦Cox比例风险模型(单因素)

目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R语言之生信⑥TCGA生存分析3R语言之生信⑦Cox
柳叶刀与小鼠标·2019-12-23 04:45

R语言之生信⑥TCGA生存分析3

目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R语言之生信⑥TCGA生存分析3R语言之生信⑦Cox
柳叶刀与小鼠标·2019-12-23 04:30

使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据

TCGA数据源R包RTCGA的简单介绍首先安装及加载包指定任意基因从任意癌症里面获取芯片表达数据绘制指定基因在不同癌症的表达量区别boxplot更多boxplot参数指定任意基因从任意癌症里面获取测序表达数据用全部的
生信技能树·2019-12-22 14:49

UCSC xena 浏览器才是最简单的TCGA数据下载途径

网站；https://xenabrowser.net/datapages/全部根据癌症种类整理好了，直接点击链接即可下载。同时也提供相应的可视化工具：https://xenabrowser.net/heatmap/癌症种类列表如下：GDCTCGAAcuteMyeloidLeukemia(LAML)GDCTCGAAdrenocorticalCancer(ACC)GDCTCGABileDuctCanc
生信技能树·2019-12-21 22:35

R语言之生信③差异基因分析3

目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R语言之生信⑥TCGA生存分析3R语言之生信⑦Cox
柳叶刀与小鼠标·2019-12-20 03:27

使用官方gdc-client软件下载TCGA数据

要是有gdc-client软件下载数据，需要以下三步才能完成：1、GDC筛选检索下载需要数据的Manifest文件TCGA改版后，下载方式变得大为不同，数据都整合在GDC（GenomicDataCommons
组学大讲堂·2019-12-18 20:49

病毒与肿瘤

Genomiccharacterizationofsixvirus-associatedcancersidentifieschangesinthetumormicroenvironmentandalteredgeneticprogramming这篇文章主要讲的是作者想要利用TCGA
呆呆聊生信·2019-12-17 19:26

R语言之生信⑤TCGA生存分析2

目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R语言之生信⑥TCGA生存分析3R语言之生信⑦Cox
柳叶刀与小鼠标·2019-12-16 20:26

TCGA-mRNA的生存分析

工具：TCGA的数据通过library(TCGAbiolinks)下载：癌症的clinical数据、miRNA/mRNA的表达量数据生存分析由library(sirvival)完成分析过程中问题：参考脚本
Minka__·2019-12-15 22:57

文献报告总结2019.03.14

OncoBase:aplatformfordecodingregulatorysomaticmutationsinhumancancers图片.png笔记：TCGA、ICGC、COSMICsomatic
清晨起床满满正能量_Go·2019-12-15 06:46

#TCGA系列#TCGA基因/miRNA表达谱及临床数据下载

这段时间在分析TCGA(CancerGenomeAtlas,癌症和肿瘤基因图谱)的数据,官网提供的下载途径极不友好.使用了一些第三方工具下载下来的并不能保证是最新的(比如使用官网推荐的GDCcBIOPortal
生信杂谈·2019-12-13 15:13

对TCGA数据做生存分析、PCA分析

###Create:JianmingZeng###Date:2019-04-0221:59:01###Email:jmzeng1314@163.com###https://github.com/jmzeng1314/GEO/blob/master/GSE11121/step5-surivival.Rrm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)Rdata_dir=
Forest_Lee·2019-12-13 00:44

一文重复一篇四分SCI------基于TCGA和geo的circRNA研究（1）

这是一篇发表在4分左右sci的环状RNA文章摘要摘要背景：环状rna（circRNAs）在人类肿瘤研究中越来越受到重视。然而，仍有大量未知的环状rna需要被研究。本研究旨在探索新的环状rna及其在肝细胞癌（HCC）中的作用机制。方法：采用大数据挖掘、逆转录-定量聚合酶链反应（RT-qPCR）和计算生物学相结合的方法，对肝癌相关基因进行研究，探讨其可能的作用机制。采用CMap分析，探讨肝癌的潜在治疗
柳叶刀与小鼠标·2019-12-12 19:49

TCGA下载系列教程终章

TCGA的28篇教程往期目录如下：使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据（cBioPortal）TCGA的28篇教程-使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据（离线打包版本）TCGA的28篇教程-使用
生信技能树·2019-12-12 12:59

R语言之生信①差异基因分析1

目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R语言之生信⑥TCGA生存分析3R语言之生信⑦Cox
柳叶刀与小鼠标·2019-12-08 01:53
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