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TCGA视频第三章---GDC下载及数据整理

B站视频地址：https://www.bilibili.com/video/av49363776?from=search&seid=17709076368945641839特此致谢：生信技能树关于数据下载，其实有好多种方法，有firhose,有XENA，甚至还有专门的R语言包比如TCGAbiolinks等等。当然GDC-client是官方软件下法，所以，我就选择了官方下载。这个在发表文章的时候应该
寥廓江天万里霜·2021-04-17 18:57

TCGA 数据挖掘+实验验证（老牌期刊非OA 准8分）

今天分享一篇TCGA数据挖掘+实验验证的文章，文章发表业内老牌期刊Oncogene上，影响因子：7.971，中科院最新分区：1区，非OA期刊。
SCI狂人团队·2021-04-15 11:56

没有外部数据验证，现在还能发四分的SCI吗？

IdentificationofPotentialKeyGenesforPathogenesisandPrognosisinProstateCancerbyIntegratedAnalysisofGeneExpressionProfilesandtheCancerGenomeAtlasGEO数据和TCGA
生信学霸·2021-04-15 10:28

R语言|TCGAbiolinks包系列（5）——绘制热图和火山图

引言：前面几期中，我们学习了如何下载TCGA数据、预处理和差异分析，那么今天我们继续来看看如何将利用差异分析的结果绘制热图和火山图。
珠江肿瘤·2021-04-15 07:45

看看SCI10分+的TCGA数据挖掘长什么样的？

本文来源于微信公众号：庆直登科研，SCI狂人团队已经获取原文作者授权，更多资料可以关注微信公众号：庆直登科研,点击阅读原文这篇文章跟之前的分享文章有着非常大的差别，之前分享的文章基本上很多零基础的朋友通过短时间的学习都能够作出来，但是这篇文章不一样，即使有钱有时间都很难搞出来，不信你可以试试。文章题目：Characterizationofthedualfunctionaleffectsofheat
SCI狂人团队·2021-04-13 21:38

按照这种思路，一个基因就可以发一篇SCI

今天分享一下一个基因就可以发一篇SCI的套路，文章主要思路就是利用TCGA数据挖掘出一个值得研究的基因，然后补充相关的实验验证。
SCI狂人团队·2021-04-13 20:09

TCGA数据+lncRNA+耐药方向（2区SCI发文思路）

有人想看：通过TCGA数据挖掘找到一个lncRNA，然后用于后续实验研究的发文思路。
SCI狂人团队·2021-04-13 18:12

Xena开启TCGA数据之旅

之前自己的课题一直不顺，TCGA的学习也就拖着，最近放假了终于可以重新跟着Jimmy大神学习公共数据库挖掘了（不过在家效率是真的低QAQ）step1:数据下载及差异分析第一步数据下载就很麻烦，因为下载方式太多了
张张只想发1_3分·2021-04-13 17:10

单基因纯生信3.9分，两个月接收

文章中作者使用TIMER、TCGA和GEO数据库共同分析了胃癌中BICC1mRNA的表达，通过基因组
科研风暴·2021-04-13 14:10

论文模板丨学习下这篇8分+基于免疫细胞特征预后模型！

文章利用了从TCGA数据库、GEO数据库等多种数据库以及最新文献中搜集的乳腺癌患者表达谱数据进行了免疫细胞特征的分析，开发了IRRS风险评分预后模型并从多方面证明了该模型的预后预测价值。
WOSCI沃斯编辑·2021-04-13 12:00

论文模板丨最基本的生信套路换了miRNA也能发6分+

文章利用了从TCGA数据库中搜集的头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）RNA测序数据和miRNA测序数据进行了综合分析，通过与临床数据结合，利用Cox回归分析，得到了7个与HNSCC相关的标志性miRNA，确定为用于头颈部鳞状细胞癌预后的新型
WOSCI沃斯编辑·2021-04-12 22:02

2021-03-22 转录组原始测序数据-ascp下载原始数据

因为GEO和SRA数据库互通，GEO不存fastq数据，只存别人定量好的下游的FPKM的值；TCGA原始的fastq数据需要有权限申请，但count数据是会有的；所以下载原始数据需要到SRA（美国的NCBI
乔帮主_d2ac·2021-04-11 00:10

TCGA数据挖掘笔记1

生信技能树2021数据挖掘线上课笔记，需要结合课程讲解服用TCGA下载数据的方法-gdc-client（软件名）：需要写命令运行，官方下载的数据，下载的数据是零散的，每个病人的每个样本单独组织GDC.pngxml
超级可爱的懂事长鸭·2021-04-09 19:35

文献阅读 Pan-cancer Immunogenomic Analyses Reveal Genotype-Immunophenotype Relationships and Predicto...

GraphicalAbstract通过TCGA癌症基因组数据研究免疫相关的三块内容：1.Tu
林枫bioinfo·2021-03-31 03:13

TCGA数据库挖掘（1）TCGA准备

TCGAworkfolwimage.pngimage.pngRMD格式image.pngimage.pngimage.pngimage.pngR包安装options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))if(!require("BiocManager"))install.packages("BiocManager"
呆呱呱·2021-03-23 22:07

TCGA 拷贝数变异（CNV）–使用maftools读取和汇总gistic输出文件（三）

读取和汇总gistic输出文件maftools:Summarize,AnalyzeandVisualizeMAFFilesrm(list=ls())library(tidyverse)#建议下载github最新版本的maftools包library(maftools)#读入GISTIC输出的文件laml.gistic=readGistic(gisticAllLesionsFile='./Gisti
庄小尽·2021-03-14 23:33

TCGA 拷贝数变异（CNV）--Gistic 2.0在线分析（二）

zhuang_gj3月-11-2021上一次分析讲了如何整理好CopyNumberSegment数据，这次我们使用GISTIC2.0来识别体细胞拷贝数改变（SCNA），然后找到这些拷贝数显著变化的多基因区域。GISTIC2.0facilitatessensitiveandconfidentlocalizationofthetargetsoffocalsomaticcopy-numberaltera
庄小尽·2021-03-11 22:18

T检验：两样本数据的差异性

带公式版本的，请浏览博客文章：T检验：两样本数据的差异性我最近在研究TCGA的RNAseq数据表达差异性的分析，常用的并且最简单的方法是统计量T检验。下面用一个例子来验证T检验的弊端问题所在。
Bioconductor·2021-03-11 22:38

TCGA barcode -- TCGA ID 中每段字符代表什么？

开门见山，直接上图TCGAbarcodeTCGAbarcode是TCGA项目中生物样本数据的主要标识符，接触过TCGA数据的人想必对这一串由数字、字母和短横线所组成的字符并不陌生，那么这一串数字的每一部分到底代表着什么呢
生信摆渡·2021-02-25 17:43

TCGA数据挖掘入门---数据下载工具gdc-client的环境变量配置

使用gdc-client下载数据为方便起见，需要对gdc-client环境变量的配置。首先需要下载官方下载工具「gdc-client」：链接地址：gdc-client下载工具，根据自己系统进行下载即可。我的是win10image.png工具下载完之后不需要安装就可以直接使用，但是下载数据是在命令行中进行的，为了方便需要把安装工具配置到系统中的「环境变量」下载工具的「环境变量」配置第一步，找到工具所
Seurat_Satija·2021-02-23 11:45

NATURE:组蛋白甲基转移酶NSD3异常活化可诱导肺鳞状细胞癌的发生

这篇文章主要通过TCGA数据库、小鼠模型、患者来源的肿瘤样本，揭示了LUSC（肺鳞状细胞癌）的关键驱动因子NSD3，证明了甲基转移酶NSD3的异常升高（突变体）可以促进
生信start_site·2021-02-11 08:47

TCGA数据下载与整理GDC tool

author:"Hannisal"date:"2020/10/4"【TCGA数据库简介】TCGA是美国国家癌症研究所(NationalCancerInstitute)和美国人类基因组研究所(NationalHumanGenomeResearchInstitute
Hannisal·2021-02-08 16:30

如何将TCGA文件ID（UUID）转换为TCGA 样本ID（Barcode)

所以我们要实现根据表达矩阵的UUID找到对应的样本名，我搜索到的一些中文教程（比如从TCGA数据库下载并整合清洗高通量肿瘤
生信摆渡·2021-02-01 16:30

中位数±四分位数表达_R语言|连续性变量转为分类变量，界值可为均数、中位数、上下四分位数，非常方便...

一读入数据读入TCGA的表达量数据，截取部分数据进行示范#TCGA的表达量数据#setwd()datadatadata[1:4,1:4]row.names=1：读入数据的第一列作为行名check.names
眠或者恩三·2021-01-12 05:23

药物基因组学_个体化实验分析_实验报告

文章目录一、实验目的1、（学会）收集特定癌种特定药物的包含药物响应与否相关的基因表达谱数据（TCGA/GEO）2、（掌握）根据响应信息将样本划分为耐药或者敏感两类3、（掌握）构建分类器4、（学会）利用构建的分类器实现个体化耐药预测二
唯有学习才能拯救世人·2021-01-02 15:37

R语言读文件防止行名、列名中有的字符变成点号

我有一个TCGA的表达谱文件，用Excel打开长这样：image(3).png我用R的read.table功能读取该表格：e<-read.table("TCGA-LAML.htseq_counts.tsv
灵魂工具人·2020-12-23 11:52

生物信息学【3】：相关理论方法

2.DESeq2详细用法3.TCGA+biomarker——风险因子关联图4.ROC曲线，混淆矩阵，开集闭集等概念5.非负矩阵分解NMF6.ceRNA网络结构7.starBase数据库的使用8.STRING
Stormzudi·2020-12-22 21:34

TCGA数据下载与ID转换

image今天继续我们的TCGA数据分析系列。TCGA数据下载TCGA数据下载的方式有很多，本次我们利用UCSCXena数据库下载数据，网址是：https://xenabrowser.net/。
生信小课堂·2020-11-26 12:30

TCGA 癌种对应关系

TCGA数据库中含有的癌症名称，简写和中文名称。
静小沐·2020-10-14 13:03

用RNA-SeQC得到表达矩阵RPKM值

尤其是TCGA计划里面的都是用它算的一、程序安装直接在官网下载java版本软件即可使用：http://www.broadinstitute.org/cancer/cga/tools/rnaseqc/RNA-SeQC_v1.1.8
生信技能树·2020-10-10 20:47

TCGA数据库copy number variation数据分析（第二部分：利用maftools进行可视化）

上一篇文章，我们从TCGA数据库下载了cnv数据，进行了数据的预处理，并使用GISTIC在线软件生成了19个文件。这篇笔记是用我们得到的这些文件进行CNV可视化。还是使用maftools包来画图。
生信start_site·2020-10-10 07:00

TCGA数据挖掘四：coxh生存模型做森林图

rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)load("D:/R/RTCGA/survival_input.Rdata")load("D:/R/RTCGA/TCGA-KIRC-miRNA-example.Rdata
mayoneday·2020-10-09 13:03

TCGA: 如果不了解数据，何以读取数据？

在上篇文章中1.在TCGA中找到并下载意向数据我们提到为数据下载做准备工作时，我们一共下载了四个文件如下：prepare心想假如没有人告诉你要下载这么多，而你也是一片空白，你该如何去开展下面的工作？
冻春卷·2020-10-08 22:09

在TCGA中找到并下载意向数据

听说过别人用生信分析“空手套白狼”的故事吧想做吗好想学哦~或多或少都知道GEO和TCGA这些公共数据库吧！那么你知道怎么在数据库上找到意向数据，并且成功下载呢？这第一步要难倒一大票人。
冻春卷·2020-10-08 11:38

TCGA数据库copy number variation数据分析（第一部分：从数据下载到GISTIC输出文件）

在上一篇笔记里，学习了利用maftools分析TCGA数据库里的simplenucleotidevariation数据，现在来学习一下copynumbervariation数据的分析。
生信start_site·2020-10-08 09:41

TCGA数据库MAF文件的分析以及可视化（maftools包的使用）

这里我自己去TCGA网站上随便挑了一个maf文件来做练习（用示例数据来练习就不知道哪里会报错、哪一步需要注意了，事实证明在练习过程中，有许多步骤都需要根据你的MAF里包含的信息进行参数修
生信start_site·2020-10-08 08:53

用TCGAbiolinks从TCGA数据下载到下游分析的学习笔记

前言之前一直在用RTCGA包下载数据，看着永不更新的数据，心里总觉得怪怪的，于是下定决心重新学习一个好用的包——TCGAbiolinks。这个包调用GDC的API，应该是最新的数据。主要参考：TCGAbiolinks:TCGAbiolinks:AnR/BioconductorpackageforintegrativeanalysiswithGDCdata下载数据直接上代码#if(!requireN
547可是贼帅的547·2020-08-25 03:17

TCGAbiolinks数据下载

TCGA系列教程下载TCGA数据的方法有很多，但比较好用的包我认为就是TCGAbiolinksTCGAbiolinks是一个可用于检索，下载，并准备TCGA数据用于下游分析的R包，该包发表在著名的核酸研究杂志上
白介素2·2020-08-24 14:34

TANRIC:肿瘤相关lncRNA数据库

TANRIC整合了来自TCGA,CCLE等大型肿瘤研究项目的数据，对多种肿瘤的lncRNA表达量进行分析，差异分析，并对lncRNA与临床信息，基因组等数据进行相关性分析，文章发表在CancerResearch
生信修炼手册·2020-08-24 11:26

2016-TCGA数据挖掘系列文章之癌症男女有别

这是TCGA数据挖掘系列文章之一，是安德森癌症研究中心的HanLiang主导的，纯粹的生物信息学数据分析文章。
生信技能树·2020-08-24 00:16

TCGA数据挖掘系列文章之-pseudogene假基因探究

这是TCGA数据挖掘系列文章之一，是安德森癌症研究中心的HanLiang主导的，纯粹的生物信息学数据分析文章。
生信技能树·2020-08-23 07:47

挖掘结直肠癌免疫预后特征基因

2、方法和结果2.1差异免疫基因筛选作者从TCGA数据库收集了结直肠癌的癌组织和
博士苑·2020-08-21 12:21

TCPA:肿瘤RPPA蛋白芯片数据中心

蛋白组学数据的分析是肿瘤病理生理学领域常用的手段之一，在TCGA项目中，广泛使用了反相蛋白芯片reverse-phaseproteinarrays(RPPA)技术来进行肿瘤蛋白质组的研究。
生信修炼手册·2020-08-21 01:50

GEO TCGA公共数据挖掘培训

TCGA数据库包含11,000个病人的33种肿瘤的7个不同层面的基因数据(包括基因表达、CNV，SNP，DNA甲基化，miRNA，外显子组等)和临床数据，意在解析癌症发生的分子机制、肿瘤的亚型和治疗靶点等
生信宝典·2020-08-21 01:38

TCGA Barcode

Source:https://docs.gdc.cancer.gov/Encyclopedia/pages/TCGA_Barcode/DescriptionTheTCGAbarcodeistheprimaryidentifierofbiospecimendatawithintheTCGAproject.Acopyofthecontentformerlyfoundathttps
浩瀚之宇·2020-08-20 01:21

ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图（oncoplot）

8kz2oKvUQrCR2_HWYXQT4g如果有maf格式的文件，可以直接oncoplot包绘制瀑布图，有多种展示和统计maftools|从头开始绘制发表级oncoplot（瀑布图）和maftools|TCGA
生信补给站·2020-08-18 12:23

maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总，分析和可视化

本文首发于公众号“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/WG4JHs9RSm5IEJiiGEzDkg之前介绍了使用maftools|从头开始绘制发表级oncoplot（瀑布图）R-maftools包绘制组学突变结果（MAF）的oncoplot或者叫“瀑布图”，以及一些细节的更改和注释。本文继续介绍maftools对于MAF文件的其他应用，为更易理解和重现，本次使用TC
生信补给站·2020-08-18 12:22

Nomogram（诺莫图） | Logistic、Cox生存分析结果可视化

数据准备使用TCGA-LIHC队列的临床数据，简单处理
生信补给站·2020-08-18 12:22

Tidyverse|数据列的分分合合，爱恨情仇

本文首发于“生信补给站”Tidyverse|数据列的分分合合，一分多，多合一TCGA数据挖掘可做很多分析，前期数据“清洗”费时费力但很需要。
生信补给站·2020-08-18 12:22

TCGA数据 ENSG编号转为Symbol（基因名称）

当想查看对应的差异基因对应的Symbol（基因名称）的时候，发现基因为编码为ENSG开头的一串数字，Ensembl基因的ID#安装包source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("AnnotationDbi")biocLite("org.Hs.eg.db")#加载包library(stats4)library(BiocGenerics)
一只可爱的栗子·2020-08-17 03:16
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