tcga

#TCGA系列#TCGA基因/miRNA表达谱及临床数据下载

这段时间在分析TCGA(CancerGenomeAtlas,癌症和肿瘤基因图谱)的数据,官网提供的下载途径极不友好.使用了一些第三方工具下载下来的并不能保证是最新的(比如使用官网推荐的GDCcBIOPortal
生信杂谈·2019-12-13 15:13

对TCGA数据做生存分析、PCA分析

###Create:JianmingZeng###Date:2019-04-0221:59:01###Email:[email protected]###https://github.com/jmzeng1314/GEO/blob/master/GSE11121/step5-surivival.Rrm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)Rdata_dir=
Forest_Lee·2019-12-13 00:44

一文重复一篇四分SCI------基于TCGA和geo的circRNA研究（1）

这是一篇发表在4分左右sci的环状RNA文章摘要摘要背景：环状rna（circRNAs）在人类肿瘤研究中越来越受到重视。然而，仍有大量未知的环状rna需要被研究。本研究旨在探索新的环状rna及其在肝细胞癌（HCC）中的作用机制。方法：采用大数据挖掘、逆转录-定量聚合酶链反应（RT-qPCR）和计算生物学相结合的方法，对肝癌相关基因进行研究，探讨其可能的作用机制。采用CMap分析，探讨肝癌的潜在治疗
柳叶刀与小鼠标·2019-12-12 19:49

TCGA下载系列教程终章

TCGA的28篇教程往期目录如下：使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据（cBioPortal）TCGA的28篇教程-使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据（离线打包版本）TCGA的28篇教程-使用
生信技能树·2019-12-12 12:59

R语言之生信①差异基因分析1

目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R语言之生信⑥TCGA生存分析3R语言之生信⑦Cox
柳叶刀与小鼠标·2019-12-08 01:53

#本月回顾#基因组分析方法教程汇总

TCGA数据分析:TCGA基因/miRNA表达谱及临床数据下载TCGA基因/miRNA表达谱数据整合TCGA基因/miRNA表达谱数据整合(二)TCGA临床数据处理TCGA样本中的注释文件处理肝癌组织多样本
生信杂谈·2019-12-07 18:07

100篇泛癌研究文献解读之使用EXPANDS和PyClone量化肿瘤内部异质性

TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。
生信技能树·2019-12-07 16:49

TCGA癌症类型和样本代号解析

之前分析TCGA数据都是直接匹配barcode，其规则懂的不多。相信有不少同志也有这方面困惑。
王诗翔·2019-12-07 13:06

R语言之生信⑧Cox比例风险模型(多因素)

目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R语言之生信⑥TCGA生存分析3R语言之生信⑦Cox
柳叶刀与小鼠标·2019-12-06 22:29

R语言之生信（9）R语言多个生存分析曲线比较

目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R语言之生信⑥TCGA生存分析3R语言之生信⑦Cox
柳叶刀与小鼠标·2019-12-06 09:58

#TCGA系列#肝癌组织多样本miRNA差异表达分析

本期使用R的edgeR包对去除了有注释样本的miRNA表达谱进行差异表达分析.之前已经做了以下几期:#TCGA系列#TCGA基因/miRNA表达谱及临床数据下载#TCGA系列#TCGA基因/miRNA表达谱数据整合
生信杂谈·2019-12-02 03:26

医学生信(一) TCGA和GEO介绍

TCGA是什么？
haifeng1924·2019-12-01 23:45

TCGA差异表达分析流程文章汇总

应该是比较全面的TCGA癌症基因差异表达分析流程如果想自己实践一下，完全可以按照本系列文章的内容一步一步来，如果有不成功的地方，不妨共同探讨TCGA基因差异表达分析流程(1)：https://www.jianshu.com
ZJCLucasC22·2019-12-01 04:16

R语言之生信（10）多个探针对应一个基因的处理方法

目录R语言之生信①差异基因分析1R语言之生信②差异基因分析2R语言之生信③差异基因分析3R语言之生信④TCGA生存分析1R语言之生信⑤TCGA生存分析2R语言之生信⑥TCGA生存分析3R语言之生信⑦Cox
柳叶刀与小鼠标·2019-11-30 16:21

【12.6-8 北京】 GEO/TCGA 数据挖掘案例实操培训班

听说利用GEO、TCGA数据库就能挖掘大量数据，发自己的文章，虽然只有三分，但堪称性价比最高的套路！那么到底如何做GEO、TCGA数据挖掘呢？
丁香园·2019-11-25 00:00

GEO/TCGA 数据挖掘实战线下培训课来啦！

听说利用GEO、TCGA数据库就能挖掘大量数据，发自己的文章，虽然只有三分，但堪称性价比最高的套路！那么到底如何做GEO、TCGA数据挖掘呢？
丁香园·2019-11-21 00:00

TCGA数据下载：R包RTCGAToolbox介绍

前面介绍了3种获取TCGA数据的方法：使用TCGA2STAT、TCGAbiolinks、RTCGA。
Bioconductor·2019-11-08 07:40

#TCGA系列#TCGA基因/miRNA表达谱数据整合

上期(#TCGA系列#TCGA基因/miRNA表达谱及临床数据下载)介绍了使用TCGA的API下载肿瘤表达谱及临床数据,本期来处理上期下载的表达谱文件.还是以肝癌的miRNA表达谱为例.我们上次已经下载了
生信杂谈·2019-11-07 05:24

【r<-包】使用GenomicDataCommons包下载和处理TCGA数据

R社区已经有不少下载和处理TCGA数据的包，但目前能获取最新GRch38的应该只有TCGAbiolinks和本包，本包也是TCGA开发的官方R包，值得信赖。比较麻烦的就是文件，样本ID的转换。
王诗翔·2019-11-06 14:43

UCSC Xena和TCGAbiolinks的HNSC临床数据不一致

我们先加载数据，数据分别来自TCGAbiolinks（直接下载自TCGA-GDC）和UCSCXena，单看临床数据。
Stone_Stan4d·2019-10-31 03:08

Nomogram（诺莫图） | Logistic、Cox生存分析结果可视化

数据准备使用TCGA-LIHC队列的临床数据，简单处理后
生信补给站·2019-09-25 09:00

TCGA各种肿瘤数据的20多种不同玩法/挖掘方法

肿瘤基因组图谱(TheCancerGenomeAtlas，TCGA)计划是由美国国家癌症研究院（NationalCancerInstitute，NCI）和美国国家人类基因组研究所（NationalHumanGenomeResearchInstitute
AIPuFu·2019-09-21 20:00

TCGA metadata.json中注释信息的提取

TCGA数据库中各类癌症的类型缩写，可参考这篇同学的文章：https://www.jianshu.com/p/3c0f74e85825当我们通过gdc-tools下载得到TCGA数据库中RNA，miRNA
dming1024·2019-09-19 22:41

船新版本 DESeq2 处理大量样本速度显著提升

太长不看版本DESeq最新版本（v1.25.9）针对大样本分析的速度和之前相比有了质的飞越，果子老师的1215个TCGA样本差异分析时间从1200分钟缩短到单线程20分钟，使用多线程的情况下最快6分钟搞定
思考问题的熊·2019-09-17 20:16

船新版本 DESeq2 处理大量样本速度显著提升

太长不看版本DESeq最新版本（v1.25.9）针对大样本分析的速度和之前相比有了质的飞越，果子老师的1215个TCGA样本差异分析时间从1200分钟缩短到单线程20分钟，使用多线程的情况下最快6分钟搞定
思考问题的熊·2019-09-17 20:16

maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总，分析和可视化

本文首发于公众号“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/WG4JHs9RSm5IEJiiGEzDkg之前介绍了使用maftools|从头开始绘制发表级oncoplot（瀑布图）R-maftools包绘制组学突变结果（MAF）的oncoplot或者叫“瀑布图”，以及一些细节的更改和注释。本文继续介绍maftools对于MAF文件的其他应用，为更易理解和重现，本次使用TC
生信补给站·2019-09-16 23:00

ggalluvial|TCGA临床数据绘制桑基图（Sankey）

本文首发于”生信补给站“，https://mp.weixin.qq.com/s/yhMgkST-rVD6SaQS7R-eoA桑基图（Sankeydiagram），是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。因1898年MatthewHenryPhineasRiallSankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命
生信补给站·2019-09-10 23:00

硬着头皮往下走PCA|GSEA

TumorEvolutionandDrugResponseinPatient-DerivedOrganoidModelsofBladderCancerFigures:PCAssGSEA其实，是很简单的处理：差异分析后提取top1000进行PCA，要表达的意思是，tumor和TCGA
Juan_NF·2019-08-28 10:25

学好统计，我10秒就完成了别人服务器通宵才完成的分析

昨天收到洲更的投稿，是因为上次我用Deseq2处理了一个TCGA的1222个样本。不同于6个样本5分钟这种随心所欲的状态，这些样本处理了两次，最终还是挂在服务器上才完成了分析，前后花掉了几十个小时。
果子学生信·2019-08-26 14:55

学好统计，我10秒就完成了别人服务器通宵才完成的分析

昨天收到洲更的投稿，是因为上次我用Deseq2处理了一个TCGA的1222个样本。不同于6个样本5分钟这种随心所欲的状态，这些样本处理了两次，最终还是挂在服务器上才完成了分析，前后花掉了几十个小时。
果子学生信·2019-08-26 14:55

学好统计，我10分钟就完成了别人服务器通宵才完成的分析

果子老师做过一个非常惊人的举动，用DESeq2处理1225例样本的TCGA数据，在没有使用DESeq多线程参数parallel的情况下，跑了将近40个小时。
徐洲更hoptop·2019-08-25 14:29

学好统计，我10分钟就完成了别人服务器通宵才完成的分析

果子老师做过一个非常惊人的举动，用DESeq2处理1225例样本的TCGA数据，在没有使用DESeq多线程参数parallel的情况下，跑了将近40个小时。
徐洲更hoptop·2019-08-25 14:29

善用公共数据库，从TCGA的乳腺癌多组学数据说起

前天是全网第一个单细胞转录组视频课程的收官阶段，第四单元我们复现了单细胞转录组数据的结论是如何使用TCGA等公共数据库来验证的，这里值得重点分享一下。当然，使用TCGA数据库的前提是了解它！
生信技能树·2019-08-21 14:19

批量读入TCGA的miRNA数据(注意细节)

我们已经下载到了数据，在rawdata文件夹，总共1207个1.文件合并每个文件夹里面都有一个文本文件，现在需要把他们批量读入R语言，先分解一下，新建文件夹data_in_one，先把所有文本放在一个文件夹里面。如果是用的命令行，就一行cprawdata/*/*.txtdata_in_one如果用R语言，这个for循环可以搞定。每一个R语言初学者都应该掌握for循环！###使用for循环来批量做，
果子学生信·2019-08-17 20:34

批量读入TCGA的miRNA数据(注意细节)

我们已经下载到了数据，在rawdata文件夹，总共1207个1.文件合并每个文件夹里面都有一个文本文件，现在需要把他们批量读入R语言，先分解一下，新建文件夹data_in_one，先把所有文本放在一个文件夹里面。如果是用的命令行，就一行cprawdata/*/*.txtdata_in_one如果用R语言，这个for循环可以搞定。每一个R语言初学者都应该掌握for循环！###使用for循环来批量做，
果子学生信·2019-08-17 20:34

# 花5分钟给你的Paper加几张Figure， TCGA蛋白数据这样挖！！

TCGA蛋白数据挖掘神器来了作者：白介素2TCGA的神器这么多，据白介素同学所知，能够做TCGA蛋白数据挖掘目前寥寥无几，好用的暂时木有发现，原因是啥，也不清楚。
医科研·2019-08-17 11:26

肿瘤研究不能不知道的TCGA数据库挖掘工具大全，TCGA再也不愁

TCGA数据库的挖掘工具层出不穷，从数据下载到数据挖掘，这里小编给大家整理一份官网的数据挖掘工具大全：广而告之说一个事，鉴于平台在信息传播方面有不足之处，应粉丝要求，白介素2的个人微信平台已经开启，继续聊临床与科研的故事
医科研·2019-08-17 11:52

TCGA数据库中miRNA数据如何平稳下载 ？

之前，我们讲过TCGA的miRNA数据如何区分5p和3p，然而我们手上并没有数据，所以，这次讲如何获取数据。TCGA数据的下载都差不多，有通用的方法。我们以前讲过转录组数据的下载。
果子学生信·2019-08-16 08:13

TCGA数据库中miRNA数据如何平稳下载 ？

之前，我们讲过TCGA的miRNA数据如何区分5p和3p，然而我们手上并没有数据，所以，这次讲如何获取数据。TCGA数据的下载都差不多，有通用的方法。我们以前讲过转录组数据的下载。
果子学生信·2019-08-16 08:13

获取TCGA中miRNA的ID转换文件(区分5p和)

TCGA中的micoRNA，他的ID是这个样子的，看起来很不和谐，但是，这种ID是可以区分出3p和5p的miRNA的。他的转换文件在这里。
果子学生信·2019-08-14 23:55

获取TCGA中miRNA的ID转换文件(区分5p和)

TCGA中的micoRNA，他的ID是这个样子的，看起来很不和谐，但是，这种ID是可以区分出3p和5p的miRNA的。他的转换文件在这里。
果子学生信·2019-08-14 23:55

TCGA的maf文件开始控制下载了

TCGA的maf文件开始控制下载了大家都知道maf文件记录着肿瘤患者的somatic突变情况，通常我们可以根据这个信息来在同一个肿瘤内部进行分组挖掘数据，比如：如果你还不了解maf格式，请看：https
生信技能树·2019-08-05 00:09

脑干胶质瘤能治好吗？国际前沿新疗法有哪些？

诸如癌症基因组图谱（TCGA）等努力已经全面地记录了胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤中发生的一连串体细胞改变，从而导致发现诸如IDH1突变在低级别胶质瘤和继发性胶质母细胞瘤的发展中的重要性。
INC国际神经外科·2019-07-17 18:07

TCGA数据挖掘九：lasso回归

load(file=file.path(Rdata_dir,'TCGA-KIRC-miRNA-example.Rdata'))d
mayoneday·2019-07-15 20:14

TCGA数据挖掘七：timeROC曲线

）加载数据rm(list=ls())Sys.setenv(R_MAX_NUM_DLLS=999)library(survival)library(survminer)load(file='Rdata/TCGA_KIRC_m
mayoneday·2019-07-14 22:01

网页工具大全

1.TCGA网页分析工具文章WebsitenoteLastupdatedR-indextutorialGEOhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoGEOdatasetandsimpleanalysisc-Bioportalhttp
xmu_zhang_lab·2019-07-04 08:54

TCGA 突变信息转置0，1 （机器学习输入）

下载多个TCGAmaf文件每个肿瘤都有4个maf文件，是用不同的软件找出的突变信息，所以只要挑出一个就好。然后合并多个肿瘤的maf文件，直接文件追加就行。MutSigCV进行突变负荷分析寻找DriverGenehttps://www.jianshu.com/p/c86fadbff4c3这个文章里讲的很详细，生成的sig_genes.txt文件，里边有基因和p值，代表基因为驱动基因的可信度。补充：T
上校的猫·2019-06-08 20:39

100篇泛癌研究文献解读之原位癌症和转移癌症的区别

TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。
生信技能树·2019-05-10 17:52

Subtype data__TCGA

bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinksGUI/inst/doc/data.htmlTheCancerGenomeAtlas(TCGA
浩瀚之宇·2019-04-25 13:02

FGFR的4个基因在TCGA数据库的BRCA里面的生存情况

名词解释：Casescompletelynegative(lessthan1%staining)forFGFR1immunostainingH-scoreof100ormoreimmunostainingFGFRisareceptortyrosinekinasewithfourkeymembers(FGFR1toFGFR4)disease-freesurvival(DFS)andoverallsu
Forest_Lee·2019-04-24 12:38
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