tcga

TCGA简易下载工具 SangerBox

208UnderstandingTCGAmRNALevel3analysisresultsfilesfromFireBrowsehttp://zyxue.github.io/2017/06/02/understanding-TCGA-mRNA-Level3
weixin_30315723·2020-07-05 20:44

R语言批量爬取NCBI基因注释数据

一般如果想批量从网页获取数据，有download或者API(之前推送过使用API提取TCGA数据)页面最好，没有的话可以考虑使用爬虫爬取。  本期使用R语言批量爬取NCBI基因注释信息，主
生信杂谈·2020-07-05 18:22

[NAR|2019] ChEA3转录因子富集分析

这个数据库整合了ENCODE；ReMap以及一些独立发表的CHIP-seq数据，同时还整合和GTEx；TCGA以及ARCHS4内的RNA-seq数据内的转录因子共表达数据。
xhog·2020-07-04 10:16

使用oncotator做突变注释

突变注释功能：vcf格式突变数据进一步注释成maf格式做过癌症数据分析的童鞋都知道，TCGA里面用maf格式来记录突变！
生信技能树·2020-07-01 18:15

整合多组学测序数据和TCGA数据鉴定胸腺瘤TETs肿瘤亚型

多组学分析，以其数据维度和工作量之大，一直经久不衰，在经过2019年的免疫热后，2020年生信要怎么玩呢？今天给大家提供一个思路，对就是多组学。话不多说，来看正文。TheIntegratedGenomicLandscapeofThymicEpithelialTumors.期刊：Cancercell日期：2018-02-12DOI：10.1016/j.ccell.2018.01.003文章背景：胸腺
生信狗·2020-07-01 15:18

找到TP53基因在TCGA数据库的乳腺癌数据集的表达量分组看其是否影响生存

使用http://www.oncolnc.org/1.打开网站，输入“favoritegene”2.选择cancer，P-K一下image.png3.输入percentileimage.png可见，高TP53表达影响BRCA患者的长期生存同样地，我们自己画一下吧1.导出数据image.png2.运行R代码options(stringsAsFactors=F)a=read.table('BRCA_7
Forest_Lee·2020-06-29 20:46

TCGA数据库下载，挖掘，Xena Browser可视化

1.数据库简介：癌症和肿瘤基因图谱（TheCancerGenomeAtlas,TCGA）于2006年启动，试图通过应用基因组分析技术，特别是采用大规模的基因组测序，将人类全部癌症的基因组变异图谱绘制出来
阿酒88·2020-06-29 09:02

文献翻译A 15-gene signature for prediction of colon cancer recurrence and prognosis based on SVM（1）

方法：从GeneExpressionOmnibus数据中收集5个结肠癌样本微阵列数据和癌症基因组图谱（TCGA）。
柳叶刀与小鼠标·2020-06-29 01:06

Oncomine 数据库

Oncomine整合了GEO、TCGA和已发表的文献来源的RNA和DNA-seq数据。Oncomine的使
weixin_30906425·2020-06-28 02:25

TCGA-16.任意基因的任意分组比较

花花写于2020-01-29这个仍然是TCGA课程里的内容，但图是箱线图的美化版，可以用在任何领域，不局限于TCGA。
小洁忘了怎么分身·2020-06-27 10:26

TCGA数据下载方法简介

TCGA数据，指癌症测序数据，TCGA的全称为TheCancerGenomeAtlas,癌症基因组图谱（TCGA）是美国国家癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所（NHGRI）已生成的33种癌症的基因组的关键变化全方位
Bioconductor·2020-06-27 01:08

【论文笔记】Weakly supervised multiple instance learning histopathological tumor segmentation

创新贡献点在于：1）从WSI（wholeslideimage）二进制值（binaryvalues）生成标签，用来训练分割模型2）通过只训练二进制值WSI标注来生成实例级别的预测模型3）公开可用的肿瘤标注库TCGA
MC.zeeyoung·2020-06-26 12:22

TCGAbiolinks下载TCGA数据（更新版本）

TCGAbiolinks数据下载下载TCGA数据的方法有很多，但比较好用的包我认为就是TCGAbiolinks,TCGAbiolinks是一个可用于检索，下载，并准备TCGA数据用于下游分析的R包，该包发表在著名的核酸研究杂志上
白介素2·2020-06-25 11:48

ChIP-seq基本分析流程

那次培训内容比较杂，还有关于TCGA、ICGC、ProteinAtlas等数据库的使用,前面已经分享过，链接如下：UCSCXENA-集大成者(TCGA,ICGC)ICGC数据库使用TCGA数据库在线使用下面步入正题
生信宝典·2020-06-24 21:49

TCGA各种肿瘤数据的20多种不同玩法/挖掘方法

肿瘤基因组图谱(TheCancerGenomeAtlas，TCGA)计划是由美国国家癌症研究院（NationalCancerInstitute，NCI）和美国国家人类基因组研究所（NationalHumanGenomeResearchInstitute
dikuangzhong6068·2020-06-23 04:34

TCGA癌症缩写、癌症中英文对照

TCGA数据库中含有的癌症名称，简写和中文名称Cohort英文名称中文名称ACCAdrenocorticalcarcinoma肾上腺皮质癌BLCABladderUrothelialCarcinoma膀胱尿路上皮癌
生信义博·2020-06-22 04:51

TCGA下载RNA-seq数据的区别

现UCSCxena已经将TCGA数据汇总整理得很好了，连表达矩阵都已转换完成。
白介素2·2020-06-22 00:52

运用limma对基因进行差异分析

在之前的三篇TCGA的数据采集文章中，我们已经采集到了所需要的所有数据，具体见下：那么接下来我们就要对这些数据进行差异分析，采用的工具为R语言，所需要的包有limma、edgeR。
FightingBob·2020-06-21 20:44

TCGA各种肿瘤数据的20多种不同玩法/挖掘方法

肿瘤基因组图谱(TheCancerGenomeAtlas，TCGA)计划是由美国国家癌症研究院（NationalCancerInstitute，NCI）和美国国家人类基因组研究所（NationalHumanGenomeResearchInstitute
AIPuFu·2020-06-21 16:26

#TCGA系列#TCGA样本中的注释文件处理

前面几期已经完成了从TCGA表达谱/临床数据下载处理整合,本次对样本中的有annotations.txt的进行分析处理在之前下载的表达文件中,可能已经有人注意到有些样本文件夹中还有个annotations.txt
生信杂谈·2020-06-21 04:52

TCGA数据库单基因批量筛选

这是很多学员面对的问题，正是因为学员有这样的烦恼，生信自学网录制了《TCGA单基因批量化筛选》的课程。很多学员在做单基因研究的时候，发现很难找到合适的基因。
生信自学网·2020-06-21 02:00

ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图（oncoplot）

8kz2oKvUQrCR2_HWYXQT4g如果有maf格式的文件，可以直接oncoplot包绘制瀑布图，有多种展示和统计maftools|从头开始绘制发表级oncoplot（瀑布图）和maftools|TCGA
生信补给站·2020-06-17 18:00

TCGA数据下载

一丶利用R语言GDCRNATools包进行下载安装GDCRNATools包首先在Rstudio里设置清华镜像。BiocManager::install("GDCRNATools")#有可能一次装不成功，需要安装许多依赖包#我的例子a<-c('rjson','DESeq2','clusterProfiler','DOSE','survminer','pathview','gplots','Genom
蜡笔小生信·2020-06-16 10:33

2020-05-30 学习maftools : 可视化分析SNV

只要数据为MAF格式，此R包将尝试以高效的方式汇总、分析、注释和可视化来自TCGA来源或任何内部研究的MAF文件。1.1引用如果你
程凉皮儿·2020-05-31 21:05

了解下载的TCGA数据的临床情况

TCGA数据库不仅仅存储了测序数据，更为珍贵的是TCGA数据库也存储了相关的临床信息，有了这些临床信息，后续可以进行多种分析，可以进行某个基因和临床预后的相关性分析，根据临床数据进行建模预测。
生信小鹏·2020-05-31 17:25

CNV拷贝数变异分析（GISTIC、maftools）

贴一段TCGA官网的介绍"Thecopynumbervariation(CNV)pipelineusesAffymetrixSNP6.0arraydatatoidentifygenomicregionsthatarerepeatedandinferthecopynumberoftheserepeats.Thispipelineisbuiltontotheexisting
好吃懒做的大白猫·2020-05-29 18:57

整理从TCGA下载的数据

如果从TCGA官网网页下载数据，或者使用gdc-client工具下载的数据，都是以单个的文件夹形式存储，并且文件夹中的为压缩文件，所以，下载数据后，第一步就是如何把这些文件复制在同一个文件夹中，以利于后续的数据读入
生信小鹏·2020-05-27 12:48

TCGA数据官网网页下载及gdc-client下载

下载TCGA数据时，可以采用多种方式进行下载，有使用R相关的packags进行下载，最新的数据最好是从TCGA官网进行下载。
生信小鹏·2020-05-26 18:15

TCGA数据库下载整理FPKM格式数据

第一步：进入TCGA官网下载数据网址：https://portal.gdc.cancer.gov进入官网数据下载界面后，点击RepositoryTCGA数据下载界面在Files和Cases两个界面中选择自己需要的数据
勤劳的管道工·2020-05-21 13:25

GDCRNATools简介

4917355首先，这个R包的功能还是比较强大的，GDC是GenomicDataCommons的简写，这个包的主要功能是可以分析ceRNA的调节网络其次这个包可以分析RNA-seq的基本流程这个包常用于TCGA
小潤澤·2020-05-21 12:56

基于Seurat结果推断单细胞群肿瘤纯度之ESTIMATE

所以肿瘤样本的单细胞转录组就不只是无监督地分个群那么简单，基于我们对肿瘤样本已经积累起来的生物学背景（如TCGA），我们可以从更多侧面来反映和说明肿
周运来就是我·2020-05-09 21:47

TCGA文章复现——LncRNA-CRC预后

Title:AnIntegratedThree-LongNon-codingRNASignaturePredictsPrognosisinColorectalCancerPatients文章思路本文的内容是用GDC下载并整理表达矩阵和临床信息数据。1.从网页选择数据，下载manifest文件数据存放网站：https://portal.gdc.cancer.gov/在Repository勾选自己需要
猪莎爱学习·2020-05-01 16:13

变异数据

变异数据处理的总体思路如下：思维导图1.数据下载TCGA的突变数据有4个软件得到的不同版本：这个可以在gdc的官网上找到，case选择KIRC，文件类型选择maf即可获得。
猪莎爱学习·2020-04-30 23:47

Tidyverse|数据列的分分合合，爱恨情仇

Tidyverse|数据列的分分合合，爱恨情仇本文首发于“生信补给站”Tidyverse|数据列的分分合合，一分多，多合一TCGA数据挖掘可做很多分析，前期数据“清洗”费时费力但很需要。
生信补给站·2020-04-28 23:00

TCGA_12

【警告⚠这两天笔记乱糟糟的，还没来的及好好整理，不要看不要看没啥好看的】写在前面：本文为微信公众号:生信星球的数据挖掘线上班的随堂笔记，感谢小洁老师的付出！样本ID长，病人ID短前12位为病人ID根据表达矩阵，差异基因能做的：PCA/热图/韦恩图1.数据下载：TCGAbiolinks。非官方，较便捷。all()#全为T则为T，否则为Fany()#有一个为T则为T，全为F才为F模型评估C-index
沈住氣·2020-04-26 22:23

TCGA_11

写在前面：本文为微信公众号:生信星球的数据挖掘线上班的随堂笔记，感谢小洁老师的付出！TCGATCGA能做的0.准备工作0-1TerminalTerminal操作系统分为两个部分，一部分称作内核，另一部分成为用户交互界面。终端就是连接内核与交互界面的这座桥，它允许用户在交互界面上打开一个叫做「Terminal终端」的应用程序，在其中输入命令，系统会直接给出反馈。Git软件：方便管理命令行。使用时右击
沈住氣·2020-04-23 19:19

TCGA_09

写在前面：本文为微信公众号:生信星球的数据挖掘线上班的随堂笔记，感谢小洁老师的付出！GEO0.背景火山图就是ggplot2点图KEGG富集分析BgRatio（background）：该通路总基因/收录KEGG的总基因GeneRatio：输入的差异基因数中属于该通路的/输入的所有差异基因人与动物geneid转换：bioconductor1.数据下载getGEO函数的功能：下载文件（.txt.gz）并
沈住氣·2020-04-18 10:47

TCGA_08

写在前面：本文为微信公众号:生信星球的数据挖掘线上班的随堂笔记，感谢小洁老师的付出！GEO-1.热图：数值是数值型矩阵/数据框-2.箱线图：输入数据是一个数值型向量（数据）和一个有重复值的字符串向量（分组）差异分析：p值：越小差异越显著P值越小，-log10(Pvalue)越大，差异越显著logFC：实验组/对照组表达量差异倍数的log值。logFC>0，基因表达量上调logFC1,P<0.01-
沈住氣·2020-04-17 23:20

TCGA_07

写在前面：本文为微信公众号:生信星球的数据挖掘线上班的随堂笔记，感谢小洁老师的付出！tidyr_dplyr1.tidyverse-清空所有变量rm(list=ls())扁变长：gather(data=test,key=需合并的列_nm,value=exp,-无需合并的列)#不把长变扁：spread(data=，key=samle_nm，value=exp)报错直接搜索gather没问题但sprea
沈住氣·2020-04-17 18:07

TCGA数据库的利用（三）—做差异分析的三种方法！

今天更新TCGA数据库的利用系列第三篇文章，在对TCGA数据进行挖掘时，通常会筛选出来一些表达量显著异常的基因，作为后续研究的对象，这个筛选过程叫做差异分析；本篇文章将分为三大模块对差异分析进行介绍关于差异分析的官方解释
zeroingi·2020-04-14 12:21

TCGA_06

写在前面：本文为微信公众号:生信星球的数据挖掘线上班的随堂笔记，感谢小洁老师的付出！ggplot2作图绘图分面时如果需要制定行数：facet_wrap(~列名,nrow=行数)查询某包的所有函数：ls("package:ggplot2")#返回的是一个字符串为什么有时ggplot2代码在控制台会有两个加号：1控制台如代码未写完则第二行自动补+；2ggplot2用+连接表示是同一张图内的代码几何对象
沈住氣·2020-04-14 00:25

通过整理TCGA数据，探索某癌症的癌组织和正常组织的差异基因。

试验设计:通过TCGA获取乳腺癌的RNA-seq表达数据，筛选出三阴性乳腺癌的样本，通过比较癌症和正常组织的表达差异。
superqun·2020-04-13 11:24

TCGA数据下载R包-RTCGAToolbox说明

安装#安装与加载R包source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("RTCGAToolbox")library(RTCGAToolbox)getFirehoseDatasets()#查看可选的组织类型[1]“ACC”“BLCA”“BRCA”“CESC”“CHOL”“COADREAD”[7]“COAD”“DLBC”“ESCA”“FPPP”
yangk75·2020-04-12 10:04

生信干货丨TCGA数据库挖掘 发5分文章

数据挖掘的非编码RNA的“五分以上”文章，标题：IdentificationofaRNA-SeqbasedprognosticsignaturewithfivelncRNAsforlungsquamouscellcarcinoma。为了方便理解，小博简单的为本文梳理了一个流程图：看了这个流程图，是不是瞬间感觉自己也能做呢？那么下面咱们一起来解读一下这篇文章的思路吧。1、首先文章共分离出了7589个
南博屹生物医学·2020-04-11 01:44

TCGA数据挖掘（一）：TCGAbiolinks包介绍

肿瘤基因组图谱（TCGA）计划是由美国NationalCancerInstitute（NCI）和NationalHumanGenomeResearchInstitute（NHGRI）于2006年联合启动的项目
木林老师·2020-04-09 07:38

聊UCSC xena的数据下载问题

TCGAhubPan-CancerAtlasHubICGChubUCSCToilRNAseqRecomputeTreehouseHubGDCHubhttps://atacseq.xenahubs.netGDCHub与TCGAhub我们经常会使用UCSCxena下载TCGA
白介素2·2020-04-08 16:09

TCGA—STAD免疫细胞浸润（CIBERSORT）

-#00R包安装~~~Rrm(list=ls())if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks)~~~##1.1、临床数据下载和整理##~~~Rcancer_type=pa
养猪场小老板·2020-04-05 13:24

实战（五）模仿一篇曾经10+胃癌亚型预后相关的文章

2014年，TCGA数据库研究人员基于体细胞突变数据、mRNA表达谱数据、miRNA表达谱数据、拷贝数（CNV）改变数据以及蛋白质表达谱数据，采用决策树的方法将胃癌分成i）Epstein–Barrvirus
生信狗·2020-04-05 13:21

TCGA数据分析系列（二）：数据库之GEPIA2

公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程：生物信息学教学所谓工欲善其事，必先利其器，从今天开始，我们来介绍TCGA数据库的使用。
生信小课堂·2020-04-04 21:59

TCGA-17.表达矩阵中任意两个基因的相关性分析和绘图

花花写于2020-01-311.输入数据和R包rm(list=ls())library(ggpubr)library(stringr)load(file="for_boxplot.Rdata")这里面有三个数据：expr和meta是miRNA的表达矩阵和临床信息，由GDC下载整理得到。mut是突变信息，读取maf得到的数据框筛选了几列得到。在生信星球公众号回复“box”即可获得。也可参照前面的笔记
小洁忘了怎么分身·2020-03-31 01:54
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