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TCGA的28篇教程-整理GDC下载的xml格式的临床资料

TCGA的28篇教程-整理GDC下载的xml格式的临床资料临床资料因为一直在更新，很多朋友可能需要去下载最新版的，所以不得不使用GDC官网下载的方式。
生信技能树·2020-03-29 23:53

TCGA视频课程笔记（上）

TCGA-101-课程介绍-需要哪些背景知识基于TCGA28篇教程掌握以下基础知识：概念、研究范围、数据来源、数据存储、数据格式、癌症相关背景知识数据挖掘前提：R语言编程基础TCGA-102-课程导读-
小梦游仙境·2020-03-29 13:11

TCGA——数据整理（FPKM到TPM）

0.安装包rm(list=ls())if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("dplyr")BiocManager::install("rtracklayer")BiocManager::install("SummarizedExperi
养猪场小老板·2020-03-28 14:39

R实战 | TCGA数据挖掘复现--BRCA篇

本文写于观看生信技能树公众号（vx:biotrainee）的七步走纯R代码通过数据挖掘复现一篇实验文章（第1到6步）一文后，感觉生信技能树优秀学徒的工作十分吸引人，就自己动手复现了一次。Step00.问题概述本文的任务是全代码复现一篇paper，标题为：Co-expressionnetworksrevealedpotentialcorelncRNAsinthetriple-negativebrea
尘世中一个迷途小书僮·2020-03-27 17:01

肿瘤基因组数据的解读-转载

首先，在进入正题之前，有必要介绍一下TCGA（TheCancerGenomeAtlas）数据库的建立，和它带给肿瘤学研究的历史性变革（PS：用四个碱基的缩写来命名这个项目真是不能再妙了！）。
酷睿_1991·2020-03-27 15:42

[文献解读]8分的肿瘤大数据挖掘是怎样炼成的？

摘要文章内容ER单阳性乳腺癌预后不良基因与表观遗传改变导致的PR丢失IHC找出ER单阳性组中的非luminal亚型总结image摘要2018年12月发表了上海复旦肿瘤医院的基于TCGA,METABRIC
白介素2·2020-03-27 08:30

TCGA数据库中的TNBC病人，lncRNA和mRNA分开做的差异分析，还是要折腾一番呢

文章里面是自己测了8个TNBC病人的转录组然后分析，这里借助TCGA数据库，所以可以复现。这篇文章主要是基于TCGA的数据下载和基因的ID转换的理解。
小梦游仙境·2020-03-25 19:28

TCGA数据库-肿瘤基因组图谱

参考来源：生信菜鸟团一、简介肿瘤基因组图谱(TheCancerGenomeAtlas,TCGA)计划由美国NationalCancerInstitute(NCI)和NationalHumanGenomeResearchInstitute
weixinsuoxian·2020-03-25 13:13

清洗TCGA数据

续上一节从官网上下载TCGA数据https://www.jianshu.com/p/406bcb11411c，我们得到了如下文件夹，每个文件夹是一个测序数据1.获得并读取路径下所有的测序数据的表达谱path
PriscillaBai·2020-03-25 06:55

好用的TCGA可视化网站

如果我们想看某基因在某癌症中表达量变化，就不需要费那么大劲清洗数据了，直接找一个好用的可视化网站就可以了。GEPIA：http://gepia.cancer-pku.cn/index.html这个网站亲测好用，上几张图大家感受下。我想看一下MGAT3在哪些癌症中异常表达：还可以做相关性分析，生存分析，PCA，差异表达基因等。如果是做湿实验，也完全不用担心不会编程。如果你不知道癌症的缩写都是什么，你
PriscillaBai·2020-03-25 01:28

文献翻译Complex integrated analysis of lncRNAs-miRNAs-mRNAs in oral squamous cell carcinoma(2)

材料和方法获取微阵列数据和选择数据集头颈部鳞状细胞癌的基因表达数据（HNSCC）从CancerGenomeAtlas下载（TCGA）数据库（https://gdc-portal.nci.nih.gov/
柳叶刀与小鼠标·2020-03-24 21:31

5分的生信数据挖掘文章全部图表复现

作者用分析出的”STROMALSCORE“和”IMMUNESCORE“对TCGA数据进行了重新分组，并进行了一系列后续的下游分析。P值0.05界限为什么不好(纯R代码复现一篇数
华联科生物·2020-03-24 15:01

TCGA数据下载：R包TCGAbiolinks介绍

昨天介绍了TCGA2STAT这个R包，今天来继续根据博文TCGA数据下载方法简介中的顺序来介绍R包TCGAbiolinks包，其下载数据类型类似于TCGA2STAT，但是又比它难懂。
Bioconductor·2020-03-22 00:03

2019-12-23

12/2学习内容（TCGA）整理了之前的笔记，然后再操作一下关于TCGA的数据下载，刚好用上次老师完成的对24篇文献的处理进行处理，通过看了健明老师发的视频。TCGA数据下载下载安装包if(!
Clouddong·2020-03-21 09:39

写R包的长篇使用文档vignette

剧透一下，线上的数据挖掘课要加上TCGA了，我表示鸭梨山大。
小洁忘了怎么分身·2020-03-20 23:50

2018-03-10 multiprocessing 多线程

importsys,os,timeimportmultiprocessingasmpbamfile=sys.argv[1]#desDir='/public0/nong/tcga_luad/bedgraph_test'desDir
国产在读博士·2020-03-09 09:57

TCGA数据库的利用（一）—— 数据下载！

前序还有1个多月就要毕业了，而在此之前需要顺利完成自己的毕设，因为对纯生物方向一点也不感兴趣，所以课题方向选的是生信—TCGA数据的利用，虽说本科专业与生物相关，但在整个大学期间基本就是在不挂科的情况下尽可能地与生物对着干
zeroingi·2020-03-06 18:10

TCGA数据库的利用（二）—— 数据处理！

上一篇文章介绍的是关于TCGA数据的下载，如果不太清楚怎么下载数据的读者请参考这篇文章：TCGA数据库的利用（一）——数据下载！
zeroingi·2020-03-06 15:16

鳞癌型非小细胞肺癌的进展更依赖糖

研究数据来自癌症基因图谱项目（TCGA）。研究人员分析了NSCLC患者的肿瘤样本、异种移植小鼠模型和细胞株
亨利福特健康·2020-03-04 13:57

关于TCGA（癌症基因组数据集）使用指南

Thecancergenomeatlas(TCGA)数据库储存20多种癌症的基因组数据，作为生信喵少不了要下载上面的数据来分析。写篇文章介绍一下，也加深自己的印象。
小一_Sherry·2020-03-02 12:27

TCGA数据库介绍以及下载方式小结

美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱（CancerGenomeAtlas，TCGA）计划，试图通过应用基因组分析技术，特别是采用大规模的基因组测序，将人类全部癌症（近期目标为50种包括亚型在内的肿瘤）的基因组变异图谱绘制出来
柳叶刀与小鼠标·2020-03-01 23:05

【r<-高级|方案|生信】怎么分析和展示RNAseq基因表达数据中基因的相关性

介绍TCGA是癌症基因组分析中相当流行的数据库，针对里面数据的挖掘结果、软件工具发表了许多CNS文章，不过现在已经被整合进GDC数据平台了。
王诗翔·2020-03-01 23:39

Identification of breast cancer candidate genes using gene co-expression and protein-protein interaction information

TCGA数据库中据乳腺癌的基因表达数据怎么获得？共表达网络是什么，根据2中
Stone_Stan4d·2020-03-01 09:55

手把手学会TCGA数据分析

在windows系统上进行TCGA数据的自定义分析，需要：1，gdc-client，TCGA官网的下载工具专门用来下载TCGA中的数据；2，RStudio，因为代码就是用R写的；3，gdc_manifest.txt
fqiang1024·2020-03-01 02:01

TCGA数据库简介

TCGA全称如下TheCancerGenomeAtlas是由NationalCancerInstitute(NCI,美国国家癌症研究所)和NationalHumanGenomeResearchInstitute
生信修炼手册·2020-02-29 02:54

TCGA数据库简介

原文来自这里TCGA是美国（画外音，又是美国，而且又是免费）国家癌症研究所(NationalCancerInstitute)和美国人类基因组研究所(NationalHumanGenomeResearchInstitute
Stone_Stan4d·2020-02-25 04:47

（文献翻译）一篇多芯片生信分析（meta）

方法：我们通过GeneExpressionOmnibus（GEO），相关文献，癌症基因组图谱（TCGA）和RT-qPCR收集的数据，研究了miR-144-3p表达与临床特征之间的相
柳叶刀与小鼠标·2020-02-25 04:29

#TCGA系列#TCGA基因/miRNA表达谱数据整合(二)

上期(#TCGA系列#TCGA基因/miRNA表达谱数据整合)使用shell对多样本表达谱文件整合,实现方式是将1881个miRNA和425个样本直接存入一个"awk二维表"然后输出,全部在内存中运行,
生信杂谈·2020-02-24 21:31

基本突变情况热图绘制

基本热图绘制安装R包complexheatmap导入数据mat=read.table(paste0(system.file("extdata",package="ComplexHeatmap"),"/tcga_lung_adenocarcinoma_provisional_ras_raf_me
生信技能树·2020-02-24 14:26

使用gdc-client批量下载TCGA数据

GDC的在线下载功能只适用于下载小的数据集，当需要下载数据量较大的TCGA数据时，必须借助于GDC官方提供的客户端工具gdc-client。
生信修炼手册·2020-02-21 18:13

R包——maftools 可视化神器

只要数据采用MAF格式，该软件包就会尝试从TCGA源或任何内部研究中有效地汇总，分析，注释和可视化MAF文件.准备使用前要先将文件转换为maf格式,对于VCF格式文件，可以使
oddxix·2020-02-21 04:40

一文解决TCGA任意肿瘤的差异lncRNA，miRNA，mRNA

解读文献题目：TCGAbasedintegratedgenomicanalysesofceRNAnetworkandnovelsubtypesrevealingpotentialbiomarkersfortheprognosisandtargettherapyoftonguesquamouscellcarcinoma这是一篇2019年发表在plosone的纯生信文章。摘要目的该研究旨在研究舌鳞状细
柳叶刀与小鼠标·2020-02-21 01:16

GEPIA2&cBioPortal数据库介绍

GEPIA2是GEPIA的更新版本，用于分析来自TCGA和GTEx项目的9736个肿瘤和8587个正常样本的==RNA测序表达数据==。
小梦游仙境·2020-02-19 07:22

TCGA 数据库

TCGA全称如下TheCancerGenomeAtlas是由NationalCancerInstitute(NCI,美国国家癌症研究所)和NationalHumanGenomeResearchInstitute
thinkando·2020-02-16 14:41

【r<-方案】TCGA表达矩阵长宽格式变换

这里介绍实际处理TCGA表达矩阵数据（同样适用于其他相同格式的数据）时的一个问题，如何把类似矩阵的数据快速变换为支持ggplot2绘图的长格式。
王诗翔·2020-02-16 03:30

TCGA-CESE（早期宫颈癌）临床信息数据下载

1）打开bing搜索https://cn.bing.com，输入GDCTCGA回车https://portal.gdc.cancer.gov，跳转到TCGA数据库的官网；bing_GDCTCGA.pngTCGA
养猪场小老板·2020-02-15 19:38

【生信训练营-1】用R玩转TCGA大数据

其实，早在“精准医疗”口号响起之前，美国人已经做了很多癌症基因组测序的工作，鼎鼎大名的就属TCGA（TheCancerGenomeAtlas）。
Rapp·2020-02-15 16:37

第40周-多组学数据探索乳腺癌细胞系药物敏感性-1

多组学数据探索乳腺癌细胞系药物敏感性也是公共数据的挖掘，但是不是对TCGA数据库的挖掘，不过其整合的多组学又恰好是TCGA计划纳入的7种数据。
小梦游仙境·2020-02-14 06:31

胆管癌的整合基因组分析确定了不同的IDH突变分子谱

IntegrativeGenomicAnalysisofCholangiocarcinomaIdentifiesDistinctIDH-MutantMolecularProfiles简介：Farshidfar等人提出了TCGA
Forest_Lee·2020-02-14 01:43

计算MiRNA–mRNA表达相关性

计算MiRNA–mRNA表达相关性看到一篇文章提到了这个分析，作者下载了TCGA数据库的OV的AffymetrixHTHG-U133Aarrays,n = 598表达矩阵和Agilent8 × 15 KHumanmiRNA-specificmicroarray
生信技能树·2020-02-14 01:36

如何下载TCGA数据/TCGA数据下载小教程

1.什么是TCGA？TCGA中有哪些数据？TCGA的全称是TheCancerGenomeAtlas,这个项目始于2005年，它旨在使用基因测序和生物信息学编目与癌症有关的基因突变。
Cherie_Lee·2020-02-13 20:01

如何批量下载TCGA里的数据（gdc-client方法）

上一篇文章简单的探索了一下怎么在TCGA数据库里找到自己想要的数据，也具体的说明了一下如何下载少量的数据。那么问题来了，如果我想下载的文件有几十个，甚至上百上千怎么办？
生信start_site·2020-02-12 20:17

TCGA和GEO套路文章解说

文章，重在研究思路。有好的思路，才能有精彩的故事。很多时候，我们想找一个好点子，比如性状，疾病相关的关键分子，需要设计实验，做大量的分子筛选的工作，对于土豪实验室可以可以大把的花钱做芯片或者高通量测序做前期的筛选工作。但是如果你所处的实验室或者科室经费少，样本也不多，而无法开展研究，而又想发SCI文章，此时我们最经济有效的方法就是：分析一下别人的数据，筛选出一些有价值的分子（mRNA，miRNA，
组学大讲堂·2020-02-11 09:32

TCGA-204-使用firehose网页工具

TCGA-204-使用firehose网页工具ucsc中的xena整理的数据非常全，但这个浏览器只能做感兴趣的一个一个基因，当我们没有感兴趣的基因怎么办呢？
小梦游仙境·2020-02-11 08:45

PCAWG计划-原发肿瘤的WGS数据整合分析

TCGA的Pan-Cancer早在2013就系统性提出来并且规划好了，见Nat.Genet.201345:1113)，因为TCGA计划涉及到数据类型比较多，仅仅是DNA层面就有WGS、WES、SNP6.0
生信技能树·2020-02-08 02:31

细说GEPIA2

今天跟大家分享的是一个在线TCGA基因表达和生存分析的工具（GEPIA2），2019年发表在NAR上，目前已更新到2.0版本，访问网址是http://gepia2.cancer-pku.cn/#index
呆呆聊生信·2020-02-07 20:04

38种癌症、2659份样本，举全球之力破解癌症全基因组密码

得到顶级期刊如此大规模礼遇的正是近年来备受关注癌症基因组研究，更准确地说，是以全球癌症基因组协会（ICGC）和癌症基因组图谱计划（TCGA）工作为基础的全基因组泛癌分析（PCAWG）。
itwriter·2020-02-07 09:00

【r<-包|数据集|公开数据库】UCSCXenaTools包用法介绍——搜索与下载TCGA、GDC、ICGC等公开数据库数据集

UCSCXenaTools包提供了一个UCSCXena接口，可以获取一些UCSCXena存储的信息，包括GDC、TCGA、ICGC、GTEx、CCLE等近10个数据库的上千个数据集。
王诗翔·2020-02-07 03:36

从官网上下载TCGA数据

不知从TCGA下了多少次数据了，每次都像失忆了一样重新研究……果然凡事都该动笔记下来TAT本次以肝癌数据为例操作系统：MACOS1.登陆TCGA网站https://portal.gdc.cancer.gov2
PriscillaBai·2020-02-06 22:41

一文重复一篇四分SCI------基于TCGA和geo的circRNA研究（2）

一文重复一篇四分SCI------基于TCGA和geo的circRNA研究（1）背景环状RNA（circRNAs）是广泛表达的无5′端和3′端的RNA，形成共价封闭的RNA环。
柳叶刀与小鼠标·2020-02-06 06:15
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