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TMB计算是否要去除驱动突变

TMB计算为什么要去除驱动突变1、什么是TMB2、TMB测序方法2.1panel大小、测序深度2.2影响TMB结果因素2.3TMB阈值分析3、TMB计算规则3.1WES3.2Panel4、为什么要去除驱动突变
S_AGZX·2023-01-14 08:12

不合适的人类参考基因组使mapping质量为0

在测试某赢给的标准品时，发现有一个经他们wes检验的位点，我这边无法call出。其实对于gatk这些疑似bug，我也见怪不怪了，之前查过gatk论坛，发现这情况不在少数，官方维护者似乎也给
无话_·2023-01-02 16:56

RNA 1. SCI 文章中读取 GEO 数据

依稀记得10年前一个样本的RNA-SEQ费用还是蛮高的，而现在就是洒洒水啦，所以这种转录组的数据也已经成为文章的主流，基本上就是WES结合RNA，但是个人感觉，真的能关联到突变基因和表达的水平上去的，还是很困难的
桓峰基因·2022-12-24 08:36

signature=92d08d60591c2b8d2a6d565e0f20dde7,Pan-cancer image-based detection of clinically actionable...

Molecularalterationsincancercancausephenotypicchangesintumorcellsandtheirmicroenvironment.Routinehistopathologytissueslides,whichareubiquitouslyavailable,canreflectsuchmorphologicalchanges.Here,wes
MgmmmmgM·2022-11-29 09:08

Numpy报错解决办法

modulecompiledagainstAPIversion0xcbutthisversionofnumpyis0xbTraceback(mostrecentcalllast):File"/home/hcguo/miniconda3/envs/wes
搞视觉的张小凡·2022-11-19 05:46

云计算以及云计算安全相关的中文概述

id=1729806805373396301&wfr=spider&for=pc云计算面临的安全问题及防护措施https://news.wes
woshiwu6666·2022-09-25 00:09

全基因组测序数据分析--导

WES/WGS了解遗传变异，例如单核苷酸多态性(SNP)、小插入缺失(InDels)、多核苷酸多态性(MNP)和拷贝数变异(CNV)，有助于揭示基因型和表型之间的关系。
亦是旅人呐·2022-09-20 14:18

我的申请季总结

WES认证的timeline2021-07-11提交美国WES2021-07-12提交学信网成绩验证申请2021-07-13成绩单验证未通过被退回，重新提交2021-07-14成绩单验证未通过被退回，于
蒜香法棍蘸咖喱·2022-04-11 07:06

如何向上管理

[cp]一篇很有价值的关于向上管理的推文twitter.com/wes_kao/status/1451926441239719947《向上管理：如何给老板需要的并且获得你想要的》告诉你一个秘密：你的老板已经厌倦了做你的经理
·2022-03-24 12:00

【JS30-Wes Bos】30天原生JS挑战——总结

title:【原生javascript项目】JS30-总结date:2022-03-1221:47:12tags:JS30;30个原生javascript项目categories:30个原生javascript项目作者：©iaineisalsoyan简介：Atypicalfrond-enddeveloper.非典型前端开发者。完整指南在GitHub，喜欢请Star哦♪(^∇^*)Havefunwi
·2022-03-14 15:20

【JS30-Wes Bos】字符序列检测 12

title:【原生javascript项目】Secretcodesequence12date:2022-01-2015:41:16tags:原生javascript项目categories:30个原生javascript项目作者：©Iaine万一简介：30DayChallenge是WesBos设计的一个30天原生js编程挑战。项目免费提供了30个视频教程、30个挑战的起始文档和30个挑战解决方案源
·2022-03-14 15:19

【JS30-Wes Bos】自定义视频播放器 11

title:【原生javascript项目】Videoplayer11date:2022-01-1813:58:54tags:原生javascript项目categories:30个原生javascript项目作者：©Iaine万一简介：30DayChallenge是WesBos设计的一个30天原生js编程挑战。项目免费提供了30个视频教程、30个挑战的起始文档和30个挑战解决方案源代码。本项目为
·2022-03-12 18:29

【JS30-Wes Bos】待办清单 10

title:【原生javascript项目】Golist10date:2022-01-0920:27:51tags:原生javascript项目categories:30个原生javascript项目作者：©Iaine万一简介：30DayChallenge是WesBos设计的一个30天原生js编程挑战。项目免费提供了30个视频教程、30个挑战的起始文档和30个挑战解决方案源代码。本项目为第10天的
·2022-03-11 14:47

【JS30-Wes Bos】HTML5 画板 06

title:【原生javascript项目】Canvas08date:2022-01-0720:13:07tags:原生javascript项目categories:30个原生javascript项目作者：©Iaine万一简介：30DayChallenge是WesBos设计的一个30天原生js编程挑战。项目免费提供了30个视频教程、30个挑战的起始文档和30个挑战解决方案源代码。本项目为第8天项目
·2022-03-10 22:11

【JS30-Wes Bos】异步操作实现的小字典

title:【原生javascript项目】Fundictionary06date:2022-01-0600:20:45tags:原生javascript项目categories:30个原生javascript项目作者：©Iaine万一简介：30-dayvanillajscodingchallenge(30DayChallenge)是WesBos设计的一个30天原生js编程挑战。项目免费提供了30
·2022-03-09 21:31

【JS30-Wes Bos】Flex容器实现的画廊特效

title:【原生javascript项目】FlexPanel05date:2021-11-1720:10:40tags:原生javascript项目categories:30个原生javascript项目引言本文介绍一个动态放映网页，知识点主要涉及到flex容器，以及元素点击事件。效果网站：https://janice143.github.io/f...正文一、html部分主要为5个div元素将
·2022-03-07 17:44

【JS30-Wes Bos】数组操作 04

title:【原生javascript项目】数组操作04date:2021-11-1519:30:39tags:原生javascript项目categories:30个原生javascript项目引言本文介绍一下数组操作的一些常用方法。正文1创建数组constpeople=['Bernhard,Sandra','Bethea,Erin','Becker,Carl','Bentsen,Lloyd',
·2022-03-05 15:49

【JS30-Wes Bos】利用CSS变量实现图像处理 03

title:【原生javascript项目】ImageProcessionwithJavascipt03date:2021-11-1311:43:56tags:原生javascript项目categories:30个原生javascript项目引言本文利用javascripts更新css变量，实现一个简易的图像处理网页。对于图像处理部分，本网页可调节图像的边框宽度、模糊度以及边框颜色值。网址为(h
·2022-03-04 19:34

【JS30-Wes Bos】实时显示的时钟网页 02

title:【原生javascript项目】Realtimeclock02date:2021-11-1214:46:15tags:原生javascript项目categories:30个原生javascript项目引言本文利用javascript写一个实时显示时间的时钟特效网页。网址为(https://janice143.github.io/r...)正文1网页布局与功能网页主体为一个时钟，具有表
·2022-03-03 16:44

【JS30-Wes Bos】钢琴琴键 01

title:【原生javascript项目】Piano-Kit-01date:2021-11-0719:44:12tags:原生javascript项目categories:30个原生javascript项目作者：©iaineisalsoyan简介：30DayChallenge是WesBos设计的一个30天原生js编程挑战。项目免费提供了30个视频教程、30个挑战的起始文档和30个挑战解决方案源代
·2022-03-02 20:19

WES2Neoantigen Pipeline

Part3Samtoolsviewview命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam（默认的）格式。bam文件优点：bam文件为二进制文件，占用的磁盘空间比sam文本文件小；利用bam二进制文件的
_linun_·2022-02-17 19:25

WES2Neoantigen Pipeline

Part5VEP简介VEP(VariantEffectPredictor)是ENSEMBL制作的一个专门对突变数据添加注释信息的工具，但它是基于perl语言的，所以会有模块的依赖性(实际上我按照官网教程来安装VEP一直没有成功，一直显示缺少需要的模块，这里我推荐用conda安装，完全没有权限问题困扰，唯一的瑕疵就是版本更新不及时，大概是官网更新几个月之后才会有最新版)。跟snpEFF一样，也是对遗
_linun_·2022-02-16 10:54

一款计算亲缘关系和祖先分析的软件-AKT

对大样本的WGS和WES分析，亲缘关系和祖先分析是一个非常重要的质控点，可以用来保证实验的稳定性。
生信阿拉丁·2022-02-12 09:01

3 wes测序质量的控制

原视频6:测序质量的控制首先建立文件夹$cd~/project/wes/$mkdir{raw,clean,align,mutation,qc}这部分包括fastqc和multiqc两个软件查看测序质量，
Y大宽·2022-02-10 09:47

全外显子测序(wes)数据分析详细流程(小样本)

如果想看大样本的数据处理分析流程请移步总目录:三阴性乳腺癌全外显子分析(wes)(大样本727个)分析流程目录如下：1wes相关软件下载与安装并添加环境变量2下载GATK需要的参考基因组文件3wes测序质量的控制
Y大宽·2022-02-09 09:26

WES 分析（从下载数据到IGV）

1.数据下载SRP077971选取其中三个wes下载cat>list.txtSRR5943131SRR5943132SRR5943133下载sra数据，每个耗时～25mincat>download.shcatlist.txt
dandanwu90·2022-02-09 07:20

学习小组Day7笔记--纸心

各代测序各代测序原理介绍以下引自美格基因第一代测序（Sanger测序）第二代测序第三代测序各代测序对比以下引自生信星球生信星球最后是各组学的介绍（引自生信星球）1.基因组学（核酸序列分析）（1）全基因组测序（WGS）（2）全外显子组测序（WES
纸心_67f1·2022-02-05 06:57

2022-01-20 文献-Cell-三阴性乳腺癌化疗耐药进化

image.pngimage.png一、WES结果第一个角度：突变有无image.png化疗获益的患者外显子突变从右到无化疗耐药的患者外显子突变没有完全消失第二个角度：突变丰度image.pngMAF，
徐添添·2022-01-23 18:14

BSA 操作实战

bwamem-t24-M-P-R'@RG\tID:2447-20\tSM:2447-20\tLB:WES\tPL:Illumina'zm437../origin/fastp_ou
牛牛_4b27·2021-11-02 10:36

工具安装及试用总结：对WES数据做germline的CNV calling（非癌症的疾病研究）（未完。。。）

所以想把自己遇到的报错贴出来，方便后人debug1、EXCAVATOR2原理及软件介绍：使用EXCAVATOR2检测WES的CNVhttps://mp.weixin.qq.com/s/WcbCXq9Y7FGtvZXS7
Olivia阿仪_鸦雀·2021-08-30 15:42

变异探测算法深度解析

一、somatic与germline区别image胚系突变（GermlineMutation）和体细胞突变（SomaticMutation）在WGS、WES、GenePanel检测时常常遇到，二者最大的区别是胚系突变本质上是遗传性
基因组分析·2021-08-22 12:43

ilus: 这是我写的一个轻量级全基因组（WGS）和全外显子（WES）最佳实践分析流程生成器

pexels-photo-262577.jpeg不知觉间，距离我写下第一篇关于WGS数据分析系列的文章已经过去了三年多（WGS系列文章），时间真的快啊。很多朋友从当时的文章中得到了启发，对此我也很开心。在后来的日子里，我又合作完成了多个大规模的人类基因组学科研项目，在这个过程中关于大规模的WGS数据分析（数量从数千到十万、乃至百万级别）已经是家常便饭。我自己也积累了更多属于大数据基因组学研究的分析
黄树嘉·2021-07-29 20:06

利用Python进行数据分析——中文翻译笔记

我也直接联系过了Wes本人，这个笔记不会有任何版权问题，当然，也不会用于任何商业用途。这本书自2013年第一版发行后，就广受好评。
一个路过的youngman·2021-06-23 19:07

使用HLAscan进行HLA分型

HLAScan是由韩国的科研团队开发的一款HLA分型工具，可以处理WGS,WES和目标区域捕获测序的数据，将reads与IMGT/HLA数据库中的reads进行比对，然后确定HLA的基因型信息。
生信修炼手册·2021-06-14 11:56

2018.7.4.Wes.五月廿一

路灯是昏黄的，是朦胧的，有特意做旧了的走马灯式的外观，射程并不远，四周浅浅的水洼里有柔和的光。由厨房望去，窗外挤挤攘攘的房子和围墙，被那条变了形的小路生生劈开来。落雨的夜，小路有最美的样子。终究还是读的书太少，那种美或许是我穷尽一生都难以贴切形容的。在西安的出租屋，连下了几天的雨，却一直没有凭窗远眺的闲情逸致，是麻木又堕落了吧。拉上窗帘的一瞬，楼下学校操场入口处的灯，泛着迷蒙的白，有莫名的情绪涌起
芝麻栗·2021-06-12 18:00

2019年10月week2 PNAS 宫颈癌HPV的WES

Whole-exomesequencingofcervicalcarcinomasidentifiesactivatingERBB2andPIK3CAmutationsastargetsforcombinationtherapy来自耶鲁提出合用HER(afatinib/neratinib)和PIK3CA(copanlisib)抑制剂Significance为晚期/复发性宫颈癌患者开发新的、有效的治
aprilllm·2021-06-10 08:13

WES世电通证注册地址

1分钟了解区块链大事：WES世电通证【主变量】中国区联盟节点详情咨询微信号：wes87wes，索取操作教程：WES世界电竞约战平台（中国区）节点联盟暨WES上线酒会在中国深圳满圆成功，当晚酒会盛况空前！
哥伦布挖矿·2021-05-17 12:32

第45周-多点取样的WES看肿瘤内部异质性文章合辑

多点取样的WES看肿瘤内部异质性文章合辑肿瘤内部异质性问题已经是老生常谈了，在NGS如日中天的这些年，已经有非常多的多位点取样进行WES测序探索肿瘤异质性的（不同癌症研究的列表见文末），但是这个技术的可靠性并没有进行系统的评价
小梦游仙境·2021-05-14 19:24

一款可爱的恋爱游戏，带你走进末日之后人们的爱情世界

玩家要控制一名名叫威斯（Wes）的男青年，并试图回到故乡重新谋生。威斯的家是一个不起眼的小村庄，坐落在一片充斥着辐射的废土之上。村落里的老
每日热点精选·2021-05-13 04:20

利用Python进行数据分析 2017 第二版 （Python for Data Analysis, 2nd Edition）中文翻译笔记

我也直接联系过了Wes本人，这个笔记不会有任何版权问题，当然，也不会用于任何商业用途。这本书自2013年第一版发行后，就广受好评。
Seurat_·2021-05-04 11:41

痛苦的5大根源

2016年的最后一天，我在新加坡，Wes在纽约。快整点的时候，收到来自他的消息，「新年快乐，婷婷！」「新年快乐，Wes！」
嘿名单TheBlackList·2021-04-29 21:28

利用luigi建立流程化的分析脚本

正如WGS或WES的Germline位点calling流程所说到的一系列的处理方法，从生信人一般来说接触到的最原始的fastq文件一直生成到vcf位点文件的流程。
栽生物坑里的信息汪·2021-04-28 04:49

WES(全外显子)分析(上)

感悟：软件不看帮助文档，不阅读说明书，就只能抄代码，却不知道错在哪里。不想要成为代码搬运工。1.分析前工作准备1.1创建环境：condacreate-nwespython=2condainfo--envssourceactivatewes1.2需要软件：ascp,samtools,vcftools,bcftools,fastqc,multiqc,trim_galore,bwa,sra-tools,
dandanwu90·2021-04-19 22:00

关于肿瘤突变负荷（TMB）与panel设计--part2

再加上最近国内有研究报道肺癌上150gene的panel，其tTMB与WES数据以及bTMB与tTMB之间均能达到很好的相关性
星尘_ec92·2021-04-19 00:17

R绘图(2): 离散/分类变量如何画热图/方块图

先构造一个练习数据集，假设有15个病人，每个病人有年龄、性别、症状、是否有RNA-seq和WES测序等信息。libr
TOP生物信息·2021-01-05 09:24

【WES 01】结题报告阅读

参考：生信技能树；百迈克生物科技；晶能生物；华大基因；千年基因image.png一、外显子组测序技术简介外显子测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后，再进行高通量测序的基因组分析方法。外显子组序列仅占全基因组序列的1%左右，与人类85%致病基因突变相关。与全基因组测序相比，外显子组测序不仅费用较低，而且测序覆盖度更深，数据准确性更高。二、外显子组测序流程image.png2
呆呱呱·2020-12-15 10:41

12月份月计划（改）--全外显子测序分析方法构建

参考流程：生信技能树(全）WES（全外显子测序）分析流程WES流程文件解读1http://userweb.eng.gla.ac.uk/cosmika.goswami/snp_calling/SNPCalling.htmlxxx
一只烟酒僧·2020-10-16 17:16

使用gatk检测WES数据中的cnv

gatk的cnv流程对环境依赖较高，需要调用许多python包，推荐在dockerhub里找官方镜像，或者用conda来配置环境。1、dockerhub在本地的docker环境中直接拉取镜像，如果没有root权限就用conda安装。dockerpullbroadinstitute/gatk:4.1.6.02、conda先下载一个miniconda或者anaconda，然后下载好gatk的安装包解压
Q.1·2020-09-16 17:38

关于Realtek HD Audio声卡在WES2009及XPE SP3上安装问题的解决方案

我们在WindowsEmbeddedStandard2009或者XPESP3上安装RealtekHighDefinitionAudio声卡驱动的时候，经常会遇到驱动无法安装的问题。这个问题的原因是因为RealtekHighDefinitionAudio的声卡驱动在安装的时候会判断操作系统的版本，如果是SP2以下的版本就可以安装。因为RealtekHighDefinitionAudio的声卡驱动是在
a332897696·2020-09-16 14:36

十大虚拟化最佳实践（转自Wes Miller的文章）

原文地址http://technet.microsoft.com/zh-cn/magazine/gg131921.aspx虚拟化：十大虚拟化最佳实践虚拟化技术越来越成熟，应用过程中的最佳实践同样如此。如果您的虚拟基础结构不能满足要求，请仔细阅读此检查表。WesMiller虚拟化已经从测试实验室技术逐步转变为数据中心和虚拟桌面基础结构中的主流组件。在此过程中，虚拟化偶尔会获得“免罪金牌”，但还没有同
weixin_34148456·2020-09-16 00:53
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