Ubuntu1404下freesurfer6.0.0及补丁的安装

FreeSurfer System Requirements

Summary of Requirements:
Operating System: Linux, macOS
Processor Speed: 2GHz at least
RAM: 8GB recommended
Graphics card: 3D graphics card with its own graphics memory & accelerated OpenGL drivers
Size of installation package: 10GB
Typical size of a processed subject: 300MB
Other requirements: Matlab (only needed to run FS-FAST, the fMRI analysis stream)

1. 安装依赖包

安装Ubuntu1404系统（Ubuntu1604也可以），此处略过。

安装tcsh（不确定是否是依赖包，我的系统已经装了）：

sudo apt-get install tcsh

完成后输入tcsh，不报错的话就没问题了。

2. 下载freesurfer6.0.0

下载方式1：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstall，下载Linux系统下对应的6.0.0文件。

下载方式2：https://github.com/freesurfer/freesurfer/releases，通过github进行下载。

3. 解压缩安装包

方法1：在Terminal中输入（替换路径为对应的源文件路径和目标路径）：

tar -xzvf /tmp/packages/freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz -C /usr/local

方法2：也可以先解压缩：

tar -xzvf /tmp/packages/freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz

然后移动解压缩后的文件夹到想要安装的路径，通常为/usr/local/下。

4. 申请并放置license

freesurfer需要在官方网站填写信息免费获取license，然后新建包含license信息的license.txt文件放置到freesurfer路径即可。

a. 在https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html中填写信息，注意e-mail地址一定不要填错，license信息会通过邮件发送。

b. 打开上一步填写的e-mail邮箱查看收件箱（或者垃圾箱），基本内容如下：

复制邮件中两个 CUT HERE 中间的字段（我涂掉的部分），新建license.txt并粘贴保存，然后移动到第3步中解压缩的freesurfer路径下。

5. 配置环境变量

将freesurfer的路径设置到环境变量中，就可以在Terminal中直接调用相应指令。

a. 打开自己home目录下的.bashrc文件，在Terminal中输入：

vim ~/.bashrc

这里使用vim进行编辑，如果没有权限的话建议用sudo vim ~/.bashrc进行编辑。不会用vim的话可以先安装gedit然后利用gedit ~/.bashrc进行编辑（类似于windows记事本）。

b. 在.bashrc文件最后加入两行：

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

记得修改第一行中的路径为自己的freesurfer路径，以及等号(=)前后没有空格。

c. 保存并退出，然后在Terminal中输入：

source ~/.bashrc

如果配置成功，Terminal中会出现类似于下图的显示：

6. 测试

可以参考官方网站提供的样例进行测试http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstall，也可以分别在Terminal中输入：

tkregister2 --help
tkmedit --help
tksurfer --help
recon-all --help

没有报错的话，就说明基本安装成功了，也可以自己尝试运行其它指令。

以下为补充说明：

7. 下载并安装freesurfer 6.0.0的patch包

由于6.0.0版本部分指令运行时存在bug，因此先打好补丁避免遇到类似问题。

a. 下载freesurfer6.0.0 patch：ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/6.0.0-patch/

如果需要其他版本补丁的下载，也可以在这个网站去查询对应版本是否发布patch包：ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer

b. 根据readme文件的说明，分别备份freesurfer下这些指令的文件，然后将补丁文件复制过去覆盖即可，Terminal下输入（根据你自己的文件路径以及下载到的补丁文件进行修改）：

cp $FREESURFER_HOME/bin/mri_glmfit-sim $FREESURFER_HOME/bin/mri_glmfit-sim.backup
cp yourpatchpath/mri_glmfit-sim $FREESURFER_HOME/bin/mri_glmfit-sim

cp $FREESURFER_HOME/bin/make_average_subject $FREESURFER_HOME/bin/make_average_subject.backup
cp yourpatchpath/make_average_subject $FREESURFER_HOME/bin/make_average_subject 

cp $FREESURFER_HOME/bin/make_average_surface $FREESURFER_HOME/bin/make_average_surface.backup
cp yourpatchpath/make_average_surface $FREESURFER_HOME/bin/make_average_surface

cp $FREESURFER_HOME/bin/mri_aparc2aseg $FREESURFER_HOME/bin/mri_aparc2aseg.backup
cp yourpatchpath/mri_aparc2aseg $FREESURFER_HOME/bin/mri_aparc2aseg

c. 重新运行相应命令即可。