Freesurfer学习笔记——TRACULA tutorial（2） 11/13

Running TRACULA

export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/diffusion_recons
cd $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial

## bash
export FREESURFER_HOME=/path/to/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
export TUTORIAL_DATA=
export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/diffusion_recons
cd $SUBJECTS_DIR

## tcsh
setenv FREESURFER_HOME /path/to/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
setenv TUTORIAL_DATA 
setenv SUBJECTS_DIR $TUTORIAL_DATA/diffusion_recons
cd $SUBJECTS_DIR

使用TRACULA处理单个主题涉及三个步骤：

• Pre-processing

• FSL's bedpostX

• Reconstructing white-matter pathways

必须使用命令trac-all按此顺序运行三个步骤。

Martinos Center用户：不要使用pbsubmit在集群中将trac-all作为作业提交。 而是直接在命令行上运行trac-all。 如果在群集上运行，trac-all将提交配置文件中列出的每个主题，作为群集上的单独作业。 将-jobs <文件名>添加到trac-all命令行将处理配置文件，为其中包含的所有主题设置分析，但实际上不会运行分析。 而是将需要运行的命令写入。 然后，用户负责将这些作业提交为要在群集上并行运行的作业。

Pre-processing

在TRACULA可以重建白质路径之前，需要对扩散图像数据进行一些预处理。 该预处理包括：

• Eddy-current compensation    涡流补偿
• Computing measures of head motion during the DWI scan 在DWI扫描期间计算头部运动的量度
• Intra-subject registration (individual DWI to individual T1)  受试者内注册（个人T1到个人T1）
• Inter-subject registration (individual T1 to a common template space) 主题间注册（单个T1到公共模板空间）

• Creation of cortical and white-matter masks from FreeSurfer reconstructions  从FreeSurfer重建中创建皮质和白色物质面罩

• Tensor fitting for extraction of tensor-based measures (FA, MD, etc)  张量拟合以提取基于张量的量度（FA，MD等）
• Computing anatomical priors for white-matter pathways from the TRACULA atlas  从TRACULA地图集计算白色物质通路的解剖先验

可以通过将-prep命令行选项传递给trac-all来运行上述所有预处理步骤，如下所示：

trac-all -prep -c $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial/dmrirc.tutorial

-c命令行选项的参数是配置文件，可以在其中指定这些预处理步骤的首选项。

Ball-and-stick model fit 球棒模型拟合

TRACULA使用球棒扩散模型从DWI数据重建路径。 FSL的bedpostX将球棒模型与DWI数据拟合，从而估计该模型参数在每个体素上的概率分布。 bedpostx只能在具有强大计算能力的计算机上运行，有关bedpostx的更多信息，请单击此处。 该命令将对配置文件中指定的所有主题的预处理数据运行bedpostX：

trac-all -bedp -c $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial/dmrirc.tutorial

Reconstructing white-matter pathways 重建白质途径

最后一步是为您在配置文件中指定的每个白质束生成概率分布。 这是通过同时使每个路径的形状与从上方扩散的球棒模型的结果以及由TRACULA图集中的一组手动标记的训练对象所给出的路径解剖结构的先验知识同时进行来完成的。 以下命令将重建路径的概率分布：

trac-all -path -c $TUTORIAL_DATA/diffusion_tutorial/dmrirc.tutorial

TO CHECK THAT ALL FILES WERE GENERATED  检查是否已生成所有文件

有关-bedp和-path步骤的正确输出的列表，请参见全部描述页面。