利用UCSC Xena做TCGA数据库的生存曲线分析

利用UCSC Xena做TCGA数据库的生存曲线分析

UCSC的分析入口

打开UCSC Xena网站：UCSC Xena。（网页速度可能不太稳定）
点击界面的GET STARTED，在打开的界面右上角点Launch Xena Browser，界面如图，进入分析界面。

利用UCSC分析TCGA数据库中乳腺癌样品

1. 在serch a study中选择TCGA Breast Cancer (BRCA)，Done。
2. Select Data Type中选择Genomic。
3. Add Gene or Position中输入目的基因的名字。
4. Assay Type中按照需要选择。如，Gene Expression。
5. 可以继续选择Assay Type，如,Copy Number。
   
6. 在栏目中点击左上角菜单图标，选择Kaplan Meier Plot。
   结果如图
   

2019/1/11