Xena

一个实用的利用TCGA数据的网页工具

如果你不懂代码，不懂网站规则，那么最简单的就是UCSC+xena+浏览器啦！！！https://xenabrowser.net/全部根据癌症种类整理好了，直接点击链接即可下载。
刘大帅1·2024-02-13 04:41

TCGA的ID转换可以一步到位了

0.背景知识TCGA或TCGA+GTEx的表达矩阵，行名都是ensambleid，因为TCGA数据的参考基因组版本是genecodeV22，xena重新分析的TCGA+GTEx数据参考基因组版本则是genecodeV23
小洁忘了怎么分身·2024-01-30 22:58

五、生存分析前的数据整理

生存分析只需要tumor数据，不要normal，将其去掉，新表达矩阵数据命名为exprSet；GTEX可得到正常样本做补充（xena将GTEX和TCGA数据对应起来了）clinical信息需要进一步整理
白米饭睡不醒·2024-01-29 06:35

疑问1：Xena数据库下载的counts数据和TCGA 下载的counts一致性

1、下载xena中LIHCcounts表达量数据注意：数据是经过log2标准化的，需要你转换image.png
韦巍_e3f3·2023-10-12 00:53

kolla---openstack(Xena)----skyline部署体验

kolla部署openstack（Xena）之Skyline模块体验P0.基础环境双节点（controller+node）kolla部署openstackXena版本(venv)root@controller
Paniling·2023-10-02 08:29

TCGA|根据somatic mutation绘制突变景观图（oncoplot）和基因词云

使用XENA**的TCGA-LAML.mutect2_snv.tsv文件绘制基因词云和突变景观图。
Seurat_Satija·2023-09-29 15:55

聚焦112Gb/s SerDes芯片的AN/LT端口自协商和链路学习，评估验证高速链路的信号质量并分析调优（400/800G高速以太网互联接口，AI加速卡网络RDMA性能测试，交换背板接口性能评估）

BasePageandNextPagesDME基础页（IEEE802.3第73条）下一页(IEEE802.3)下一页（以太网技术联盟）AN过程优先表决链路训练训练帧链路训练过程如何使用AN和LT结论Freya-Xena
Xena_Networks·2023-09-25 18:14

Xena Valkyrie以太网测试仪，如何手动去获取QSFPxx光模块的温度数据

在ValkyrieManager软件界面上，有2个温度信息，一个是测试仪板卡的温度监控，另一个是光模块/TCVR的温度，针对光模块信息，还提供其功耗，LaserPower的监控信息//之前一直以为这些信息是可有可无的，但在一次交流中，用户提出他们目前测试用的这颗光模块属于试验阶段，担心温度过高会导致损毁，所以希望能够不间断的去查询这个温度ValkyrieManager软件UI显示的光模块温度信息等
Xena_Networks·2023-09-25 18:44

“XENA VE系列，为云而生”，针对虚拟化和云化的网络环境提供高效可靠的测试解决方案，将物理测试仪表与虚拟测试仪表无缝结合提供全方位的测试案例覆盖

XenaVE虚拟化测试仪表延续了其在物理测试仪表的高效稳定经济性表现，为云化环境和虚拟化基准测试带来新的拳头产品，为全方位保障网络性能稳定和网络安全提供技术支撑。覆盖支持了ValkyrieL23物理测试仪特性，含RFC2544，RFC2889，RFC3918，Y.1564特性覆盖支持了VulcanL47物理测试仪特性，含RFC3511，RFC6349，协议和应用仿真覆盖支持了Chimera物理网络
Xena_Networks·2023-09-25 18:13

TCGA癌症成对样品分析（待补充）

##########################################################1.TCGA表达数据与导入##https://xenabrowser.net/首先从xena
xmu_zhang_lab·2023-09-08 07:23

firehose网页工具

在这个网页得到的数据可到前面介绍的xena网站重复一下。可以作为一个小论证。
刘大帅1·2023-08-19 03:13

2022-04-25 TCGA下载(XENA)、ID转化等问题

GDC）下面（如TCGA-LUAD.htseq_fpkm.tsv.gz，实际下载的是log(FPKM+1)，这种参考基因组是gencode.v22.annotation.gene.probeMap，注意到XENA
青蒿素2·2023-04-18 19:28

TCGA数据下载与整理-TCGAbiolinks包

2、UCSC—xena:UCSCXena,强推，压缩版，为tsv文件。
young5100·2023-03-28 19:01

UCSC Xena数据下载后的后续分析代码——转载自麦麦大人

#已有UCSCXena数据，进行后续分析rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)##可以直接读没有解压的数据，mRNA-SEQ数据mRNA_HiSeqV2=read.table(“HiSeqV2”,header=T,sep=‘t‘)dim(mRNA_HiSeqV2)mRNA_HiSeqV2[1:4,1:4]#查看NA的数据na.omit(mRNA_HiSeq
whykm·2023-03-28 19:57

UCSC xena数据下载教程

UCSCxena网站点击进去界面选择DATASETS选择一个数据中心以及数据集选中个TCGA-CHOL数据集的具体情况临床信息phenotype是指临床信息下面看下count数据界面数据预览该数据已经经过log了由于我们下载的数据，已经是经过log了。加上，我们需要的count数据，我们只能将下载的数据反log处理得到count数据做差异分析，我们只要count就足够了。下面看一下，生存信息生存信
养猪场小老板·2023-03-09 21:32

单基因TCGA的Cox森林图怎么画才好看

首先调取Xena网页的TCGA数据做Cox生存分析，数据可以通过hiplot官网自主研发的ucsc-xena-shiny直接在线获取访问https://hiplot.com.cn/advance/ucsc-xena-shiny
欧阳松·2023-02-03 15:15

5. 生信技能树——GEO转录组RNA_seq_GSE162550

和生信技能树GEO转录组“GSE150392“分析类似，唯一区别就是在数据处理和ID转换这一环节略微有区别1.数据下载最方便的是xena。可以网页下载，也可以用代码下载。
一指流年，一纸沙·2022-12-25 23:10

单基因泛癌表达箱线图和配对箱线图展示

先上效果图：image.png1.单基因泛癌表达箱线图本首先是从xena下载泛癌矩阵。下载地址：https://xenabrowser.net/datapages/?
小熊_wh·2022-11-24 17:26

利用UCSC Xena做TCGA数据库的生存曲线分析

利用UCSCXena做TCGA数据库的生存曲线分析UCSC的分析入口打开UCSCXena网站：UCSCXena。（网页速度可能不太稳定）点击界面的GETSTARTED，在打开的界面右上角点LaunchXenaBrowser，界面如图，进入分析界面。利用UCSC分析TCGA数据库中乳腺癌样品在serchastudy中选择TCGABreastCancer(BRCA)，Done。SelectDataTy
super_qun·2022-11-02 11:25

处理tcga突变数据一点思考

TCGAbiolinks下载数据TCGA关于maf的注释代码文件夹命名最好还是以英文命名，中文命名经常会出现错误GTF文件有的以、t，有的以；分割perl一行式基因命名方式未解决问题写在前面大概是在利用xena
愿航·2022-09-13 18:39

XENA GTEx整理

首先我们看一下简介TCGAbiolinks:AnR/BioconductorpackageforintegrativeanalysiswithGDCdata最近新加一个Mounir，Mohamed，Lucchetta，Marta，Silva，CT，Olsen，Catharina，Bontempi，Gianluca，Chen，XI，Noushmehr，Houtan，Colaprico，Antonio
sayhello1025·2022-09-13 18:01

TCGA数据下载和整理的三种方法

TCGA数据下载方法：gdc-client，Xena和gdcRNAtoolsTCGA癌症类型需要下载的数据组学信息（样本）：（存储单个病人表达数据，需整理为表达矩阵）+（存储样本文件的详细信息，可以为RNA-seq
Hayley笔记·2022-06-30 09:18

HiPlot: bioinformatics analysis cloud platform

我们团队跟美国UCSCXena研究团队达成初步合作将Xena数据镜像到中国。同时跟中国国家基因数据库CNGB团队达成初步开发合作。如今，使用者遍布全球98+国家，注
benben_miao·2022-03-17 23:23

大数据的读取

大数据的读取因为从Xena上下载的甲基化数据太大，在读取时遇到点麻烦，特定查了下有没有什么方法可以只读取一部分，整理如下大家有什么好的方法，敬请告知~SCANscan读取.txt文件比如读取下面文件的数据
NoviceWitch·2022-02-12 02:50

二、TCGA数据下载

TCGA癌症类型1.数据下载类型(1)gdc-client（TCGA官方渠道）(2)Xena（国外一学校提供的全但不好下，多尝试）(3)gdcRNAtools（gdc-client的衍生工具可能更新跟不上
FANZHIYU·2022-01-16 22:24

如何只下载TCGA肿瘤或正常标本的count

其实有很多教程指导怎么下载count，最简单当然还有xena，但是我们知道TCGA的肿瘤样本中包括了肿瘤了正常样本，而且有些样本还是重复的，所以需要去重，还需要把肿瘤和正常过滤，现在推荐一下我自己摸索的一个办法使用的是
欧阳松·2021-07-02 00:26

USCS Xena

数据下载专题|UCSCUCSCXena是由加州大学圣克鲁兹分校(UniversityOfCingiforniaSishaCruz，UCSC)维护的数据库，前身是癌症基因组浏览器CancerBrowser,CancerBrowser目前已经不再更新.imageUCSC官方网址：UCSCXenaXena收录了TCGA、GDC、ICGC、TARGET等多个数据库的公共数据，主页如下：image红框1-A
NoviceWitch·2021-06-16 10:53

TCGA视频第三章---GDC下载及数据整理

from=search&seid=17709076368945641839特此致谢：生信技能树关于数据下载，其实有好多种方法，有firhose,有XENA，甚至还有专门的R语言包比如TCGAbiolinks
寥廓江天万里霜·2021-04-17 18:57

Xena开启TCGA数据之旅

之前自己的课题一直不顺，TCGA的学习也就拖着，最近放假了终于可以重新跟着Jimmy大神学习公共数据库挖掘了（不过在家效率是真的低QAQ）step1:数据下载及差异分析第一步数据下载就很麻烦，因为下载方式太多了，对于选择恐惧症来说太难下手了，网上各种教程都有，我自己看了一圈，大致有4种方式比较好，但是都有坑。我跟着Jimmy的课程，所以下载的是LUAD的miRNA数据和临床信息。GDC-clien
张张只想发1_3分·2021-04-13 17:10

信雅纳网络（Xena Networks）携其TSN时间敏感网络及Automotive汽车以太网测试与测量解决方案参与AEC2020

本周AEC（AutomotiveEthernetCongress）慕尼黑汽车以太网展会完美收官，丹麦信雅纳网络（XenaNetworks）携其TSN时间敏感网络测试及Automotive汽车以太网测试与测量解决方案初次亮相，吸引了众多厂商驻足讨论。AEC会上信雅纳网络（XenaNetworks）与Microchip、NXP、TTTechPSA、BMW、Bosch、Intel、Marvell等诸多行
Xena_Networks·2020-09-15 14:04

XENA将在OFC 2020上展示其最新的400GE网络测试仪THOR PRO

丹麦仪表厂商，信雅纳网络（XenaNetworks）将在OFC2020展台上公开展示其领先的高速以太网400GEPAM4及NRZ，7速测试解决方案XenaThorPro雷神400GE二代将支持Auto－Negotaition＆Link－Training（AN＆LT自适应及链路学习）功能，能够为用户提供完整的400GE数据流量验证功能，构建更完善的测试解决方案。THOR-Pro模块支持#PAM4模式
Xena_Networks·2020-09-15 14:03

雷神焕新：400G ANEG<完整测试解决方案参考

Xena雷神400GE系列Thor-400G-7S-1P实现了10/25/40/50/100/200/400GE7速，同时支持PAM4&NRZ双模式，支持PRBS和IP数据测试。
Xena_Networks·2020-09-15 14:03

ECOC 2019展会：以太网联盟公开展示其下一代网络100/200/400G互通测试能力

以太网联盟组织EthernetAlliance在其公开展台演示了其下一代高速网络100G/200G/400G相关能力,其成员单位Cisco,Arista,Tekronix,EXFO,Teledyne,XENA
Xena_Networks·2020-09-15 14:03

以太网联盟成功验证了从10GbE到400GbE的多厂商互操作性（在OFC2020前，以太网联盟进行了多厂商集成互操作测试，涉及Teledyne力科，Xena信雅纳，Xilinx赛灵思等17个成员公司）

以太网联盟（EthernetAlliance）致力于推动以太网技术的持续成功与发展的全球联盟今天宣布，成功验证了跨越10GbE，25GbE，50GbE，100GbE，200GbE，400GbE的多厂商互操作性，来自17个以太网联盟成员公司的互连，交换机和路由器以及测试和测量仪表的厂商携100GbE/200GbE/400GbE技术和解决方案与会。为此次活动做准备而进行的以太网联盟多厂商集成展示了实时
Xena_Networks·2020-09-15 14:32

Western Science Center之行

WSC坐落于DiamondValleyLake附近的博物馆，它陈列了大量的美国原住民史前器物和冰河时代的化石，其中有叫“Max”的美国西部最大的乳齿象（Mastodon）和名叫“Xena”的哥伦比亚猛
我是希瑞2017·2020-07-07 18:14

TCGA数据库下载，挖掘，Xena Browser可视化

1.数据库简介：癌症和肿瘤基因图谱（TheCancerGenomeAtlas,TCGA）于2006年启动，试图通过应用基因组分析技术，特别是采用大规模的基因组测序，将人类全部癌症的基因组变异图谱绘制出来，并进行系统分析，旨在找到所有致癌和抑癌基因的微小变异，了解癌细胞发生、发展的机制，在此基础上取得新的诊断和治疗方法，最后可以勾画出整个新型“预防癌症的策略”。作为目前最大的癌症基因信息数据库，TC
阿酒88·2020-06-29 09:02

如何在Windows Server 2008 R2 上添加用户和组及权限问题

DavidFinancialDepartment(财务部)克克Noah文文Emily小迪EadisonSalesDepartment(销售部)思玲Mia小舟Jayden雪莉Shurley安迪Andy杰西卡Jessica吉娜Xena1
weixin_33978044·2020-06-28 09:45

金毛犬弟弟看到姐姐睡觉抽搐，弟弟的窝心举动，让人心头一暖

只见金毛姐姐Xena在午睡，而弟弟Finn则守候在旁。没想到姐姐突然身体抽搐并发出呻吟声，弟弟担心姐姐，于是上前做出了一个窝心的举动，让人心头一暖。
动物世界·2020-05-25 00:00

聊UCSC xena的数据下载问题

作者：白介素2UCSCxena数据存储中心总览UCSCxena的数据存储仓库主要包括的数据有以下这些：TCGAhubPan-CancerAtlasHubICGChubUCSCToilRNAseqRecomputeTreehouseHubGDCHubhttps://atacseq.xenahubs.netGDCHub与TCGAhub我们经常会使用UCSCxena下载TCGA数据,值得注意的是，其中包
白介素2·2020-04-08 16:09

TCGA-204-使用firehose网页工具

TCGA-204-使用firehose网页工具ucsc中的xena整理的数据非常全，但这个浏览器只能做感兴趣的一个一个基因，当我们没有感兴趣的基因怎么办呢？
小梦游仙境·2020-02-11 08:45

UCSC xena 浏览器才是最简单的TCGA数据下载途径

网站；https://xenabrowser.net/datapages/全部根据癌症种类整理好了，直接点击链接即可下载。同时也提供相应的可视化工具：https://xenabrowser.net/heatmap/癌症种类列表如下：GDCTCGAAcuteMyeloidLeukemia(LAML)GDCTCGAAdrenocorticalCancer(ACC)GDCTCGABileDuctCanc
生信技能树·2019-12-21 22:35

TCGA下载系列教程终章

）TCGA的28篇教程-使用R语言的RTCGAToolbox包获取TCGA数据（BroadInstituteFireBrowseportal）TCGA的28篇教程-批量下载TCGA所有数据（UCSC的XENA
生信技能树·2019-12-12 12:59

UCSC Xena和TCGAbiolinks的HNSC临床数据不一致

我们先加载数据，数据分别来自TCGAbiolinks（直接下载自TCGA-GDC）和UCSCXena，单看临床数据。library(TCGAbiolinks)library(dplyr)library(DT)library(stringr)library(SummarizedExperiment)rm(list=ls())load('E:/TCGA/TCGAbiolinks/rdata/step1
Stone_Stan4d·2019-10-31 03:08

案例一：利于Python调用JSON对象来实现对XENA流量测试仪的灵活发包测试，能够适应Pair，Rotate，1-to-Many等多种拓扑模型

硬件：XENAValkyrie或Vantage主机，测试板卡不限，本方法适用于其100M~400G所有速率端口环境配置：Python3实现功能：1.控制流量仪进行流量测试，预定配置的流量发送，报文统计，丢包率，延迟等信息的统计2.单个Python脚本配合不同的JSON对象文件，来实现不同端口数量，不同拓扑模型下的流量测试3.在发包测试前及运行过程中都对发包端口的链路状态进行监控100M/1G/2.
丹麦信雅纳网络·2019-09-24 16:00

ECOC 2019展会：以太网联盟公开展示其下一代网络100/200/400G互通测试能力，网络自动化测试能力再次被提出

以太网联盟组织EthernetAlliance在其公开展台演示了其下一代高速网络100G/200G/400G相关能力,其成员单位Cisco,Arista,Tekronix,EXFO,Teledyne,XENA
丹麦信雅纳网络·2019-09-24 14:00

「r<-包」从UCSC Xena 拉取数据做生存分析

这是最近赶的一个deadline作品，之前答应了rOpenSci投一个technote小博文。因为不能重复包Vignette的内容，所以本文我使用了生存分析这个科研大众需求的角度讲解如何使用UCSCXenaTools拉取UCSCXena的数据，并做生存分析。我就不拷贝到了，阅读点击《UCSCXenaTools:RetrieveGeneExpressionandClinicalInformation
王诗翔·2019-08-26 18:55

「R基础」如何读取大文件的部分内容

同理心在小丫画图交付的一个代码项目中，需要先从XENA下载一个表达量数据:https://toil.xenahubs.net/download/tcga_RSEM_gene_tpm.gz样本大概是10,5,35
xuzhougeng·2019-01-26 16:09

如何在Windows Server 2008 R2 上添加用户和组及权限问题

DavidFinancialDepartment(财务部)克克Noah文文Emily小迪EadisonSalesDepartment(销售部)思玲Mia小舟Jayden雪莉Shurley安迪Andy杰西卡Jessica吉娜Xena1
大大大大牛·2014-03-12 19:05

快捷添加和删除用户

先在开始菜单如图，在运行打“cmd”打开出现以下运行程序在C:\Users\Administrator>后打上netuser用户名/add 假设创建用户Xena如下图：显示命令成功完成，则说明添加成功
殓�y·2014-03-04 18:54

蓝光信息IT技术服说明

我们的服务项目:提供VmwarevsphereESXI虚拟化技术支持承接Vmware服务器虚拟化应用程序虚拟化及桌面虚拟化工程 承接CitrixXenDesktop及XenA
874732070·2013-01-29 10:18
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