UCSC

GenVisR 基因组数据可视化实战(三)

由于我的referencegenomebuild是hg38BiocManager::install(c("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene","BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38
11的雾·2024-09-16 05:47

使用pyGenomeTracks可视化hi-c数据

可视化是数据分析中非常重要的一个环节，对于NGS分析数据的可视化，最常用的就是各种基因组浏览器了，既有UCSC,GBrowse等基于web的基因组浏览器，也有igvtools等本地化的图形界面软件。
生信修炼手册·2024-08-29 16:16

一个实用的利用TCGA数据的网页工具

如果你不懂代码，不懂网站规则，那么最简单的就是UCSC+xena+浏览器啦！！！https://xenabrowser.net/全部根据癌症种类整理好了，直接点击链接即可下载。
刘大帅1·2024-02-13 04:41

UCSC Cell Browser：可视化你的单细胞数据 | 单细胞分析工具

随着单细胞技术应用的增长，对探索这些大型、复杂数据集工具的需求也越来越大。自2010年以来，单细胞转录组文章数量呈指数级增长。这种增长导致了对交互式工具的需求，这些工具让科研人员在与合作者更深入地进行计算分析之前，能够在高水平上探索和理解这些复杂的数据集。来自美国和英国的多机构研究团队共同开发了一个免费的单细胞数据可视化工具：UCSCCellBrowser。研究人员可直接在线使用UCSCCellB
尐尐呅·2024-02-11 17:03

表观遗传研究常用数据库

基本数据库1.UCSC数据库网站：http://genome.ucsc.edu/index.html简介：UCSC数据库给浏览基因组数据提供了可靠和迅速的方式；支持数据库检索和序列相似性搜索。
笺牒九州的怪咖·2024-02-07 11:40

UCSC的table_brower

ref：http://blog.genesino.com/2013/05/ucsc-usages/
苏牧传媒·2024-02-03 01:47

生物信息网站集合

NCBI)：https://www.ncbi.nlm.nih.gov欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)：https://www.ebi.ac.ukUCSCGenome：http://genome.ucsc.edu
庐山星晖·2024-01-30 16:27

GenTree：基因进化和功能分析

评估基因年龄用的是UCSC数据库的14个支系。转录组数据调用了HPA,BrainSpan,GTEx。蛋白质组调用了HPM。群体数据调用了GWASdb2,PopHuman。详细信息见下图。
橙子牛奶糖·2024-01-19 16:36

生物信息学软件：两种风格

基因组浏览器：NCBI,UCSC,Ensembl。GUI软件：MEGA,Rstudio,BioMart,IGV。生物信息学领域非常依赖于互联网来获取序列
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:52

Treehouse-一个10000+肿瘤sample的数据库

难道还是image.pngTreehouse儿童肿瘤研究是UCSC基因组学研究所的研究机构的一个研究目标，希望通过这些大规模的数据集来确定哪些药物可以更
医科研·2024-01-10 07:02

获取染色体上指定位置的序列

进入UCSC，在主菜单栏Genomes中选择Humanhg19在新界面的View菜单栏中选择DNA在搜索界面中按要求输入即可方法还有很多，这里提供一种以供参考。
TOP生物信息·2024-01-01 05:12

2020.9.15丨Chip-seq结果可视化之peak检测（上）

bam-fBAM-gmm-nK1-B-q0.01-t-c实验组和对照组结果-f输入文件格式-g参考基因组有效大小，人类选择hs，也可以根据基因组大小直接输入数值-n输出前缀-B输出bdg格式文件，可以上传到UCSC
穆易青·2023-12-29 19:43

人类基因组探索（1）

版本间转换UCSC上有展示历次人的基因组版本大致情况，其网址：http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQreleases.html部分内容截图如下：当然也有其它物种的基因组版本，此处未列出可
小学生笔记本·2023-12-06 22:56

blat下载与安装

wgethttps://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/blatSrc35.zip#下载unzipblatSrc35.zip1>/dev/nullrmblatSrc35.zipcdblatSrc
记号晴系·2023-12-05 16:04

基因组浏览器使用 (EPGG)

我们前面有测序数据可视化列举了4个常用的高通量数据可视化工具，详细介绍了IGV基因组浏览器可视化高通量测序数据和UCSC基因组浏览器的安装使用。最近几次将以华盛
生信宝典·2023-12-01 11:53

bed文件转换为gtf文件

参考自https://www.biostars.org/p/64346/方法：利用UCSC的bedToGenePred和genePredToGtf进行转换下载可以用conda下载bedToGenePredcombined.bed
今天没回家·2023-11-23 02:06

annovar对非模式生物建库注释

，显然不是，我们可以利用annovar进行自建库注释流程首先我们从ucsc上下载gtfToGenePred：wgethttp://hgdow
小潤澤·2023-11-22 03:04

2020.11.3【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第二章 序列数据的获取 下）

2.7基因组浏览器三个主流基因组浏览器：Ensemble、UCSC和NCBI基因组组装定义：所获得的一个物种DNA序列按照染色体的形式进行的一种组装。
穆易青·2023-11-14 01:10

blat下载和安装

wgethttps://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/blatSrc35.zipunzipblatSrc35.zipcdblatSrc/uname-aexportMACHTYPE
TheMoonAsaKite·2023-11-06 17:47

基因的正负链问题

花了一天的时间，证明这句话是对的：ucsc，ensembl等定义基因在正链上是指转录本序列与正链上该基因的序列一致。
weixin_30312563·2023-11-03 04:48

查询一个基因启动子区域的CpG岛

查询某一基因启动子区域的CpG岛，一般有两种方法：一种是查文献，看您关注的基因，别人做的CpG岛是哪些，这个对自己选择位点有指导作用；另一种是UCSC数据库中查找，这种方法可以直接将该基因启动子区域的CpG
weixinsuoxian·2023-10-31 19:09

基因组学5-利用faSomeRecords根据基因ID提取基因序列

安装从该网址下载其安装脚本：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/我一般都是保存在bin目录下，cd到该目录运行命令行：$chmod
blue_unique·2023-10-24 07:31

人类或小鼠染色体长度文件获取 hg19 mm10.chrom.sizes

在UCSC找到的，这里面的比较全面：人类hg19染色体长度链接人类hg38染色体长度链接小鼠mm9染色体长度链接小鼠mm10染色体长度链接比较懒的话我这里有现成的：单位bp，只需要常染色体长度的话，把chrX
Crayon小鱼干·2023-10-15 20:33

启动子预测软件汇总

启动子预测软件Softberry：http://linux1.softberry.com/all.htmUCSC:http://genome.ucsc.edu/EPD:http://www.epd.isb-sib.ch
天明豆豆·2023-10-10 06:47

2021-11-01

LipidStructureUnderstandingthediversityofmembranelipidcomposition这篇文章非常好,讲的非常系统2.USCSDatabaseUCSCGenomeBrowser是由UniversityofCaliforniaSantaCruz(UCSC
人字拖拖不下来·2023-09-29 14:18

gffread软件使用教程

相关database：最好在ucsc上下载。
11的雾·2023-09-25 20:47

从UCSC获得CpG island信息

从UCSC主页进去，点击tools，选择tablebrowser，按照下图选择参数，最后导出数据即可。image.png
超级无敌大蜗牛·2023-09-13 11:33

人类参考基因组

一、人类参考基因组的来源1、人类基因组计划1）2001年草图，绘制人类基因组图谱2、数据库的名称1）UCSC：hg19，hg382）NCBI：GRCH19，GRCH38二、如何下载参考基因组在linux
eating2020·2023-09-09 15:40

Ceph：一个 Linux PB 级分布式文件系统

Ceph最初是一项关于存储系统的PhD研究项目，由SageWeil在UniversityofCalifornia,SantaCruz（UCSC）实施。
天狐云通讯八度·2023-09-07 08:50

解读Genome Browser FAQ

https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQgenes.html#ensRefseq其实在做比对的时候，会有不少的reference.那么这些Ref有什么区别呢。是不是都通用呢。
felixhell·2023-09-06 15:43

encode eclip 数据分析流程

#准备：测序数据：fastq格式；RBFOX2HepG2测序数据-RBFOX2STAR的基因组索引：UCSC下载fasta格式STAR的重复元件索引：RepBase下载fasta格式barcodes文件
JeremyL·2023-08-27 01:03

【python】从Ensembl上，根据Array HumanMethylation450甲基化探针cg编号（比如cg13788592）获取位置

文章目录1.写在前面2.手动查找和探索过程从UCSC查找从Ensembl查找3.代码实现1.写在前面一篇专利1中提到多种癌种及对应的特异性CpG位点，想获取对应cg位点具体的位置或序列。
青灯照颦微·2023-08-24 08:48

生物信息学三大数据库NCBI-ENSEMBL-UCSC

NCBINCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation，美国国立生物技术信息中心）于1988年11月4日建立，是NIH（美国国立卫生研究院）的NLM（国立医学图书馆）的一个分支。目的是通过提供在线生物学数据和生物信息学分析工具来帮助人类更好的认知生物学问题。目前有将近40个在线的文库和分子生物学数据库，包括：PubMed,PubMedCentral,a
hyena_7·2023-08-07 15:17

R包的查看、卸除、安装与卸载

mypackages.csv")从存的文档中找到自己想要卸载的R包remove.packages(c("BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9","BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
Young.Dr·2023-08-01 19:44

wget批量下载http文件

eg:http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeAwgDnaseUniform/下载该路径下的所有文件wgethttp
F_U_N·2023-07-30 01:37

bowtie2使用记录

wgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz下载参考基因组tar-zxvfchromFa.tar.gz
shine_9457·2023-07-29 19:53

记录一些网址

bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml2.下载cytoBandIdeo（画circos图的染色体信息）https://hgdownload.cse.ucsc.edu
橙子榴莲巧克力·2023-07-29 12:04

数据库

https://academic.oup.com/nar/issuesanger英broadinstitue美UCSC美1.核酸数据库DNA数据库基因组数据库基因变异数据库基因表达数据库RNA数据库病毒数据库
洛洛洛洛洛啊·2023-07-25 02:20

人类不同版本参考基因组的坐标转换

这方面的应用场景不多，之前偶尔遇到，使用的是网页工具：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver一直没有出现什么问题，今天突然看到这个错误，暂时没有深究是什么导致的
TOP生物信息·2023-07-24 00:04

斑马鱼CUT&tag分析，全自动脚本

#注意修改filenames文件，改文件内容为本次实验分析的样本名##bowtie2tozebrafish#用bowtie2构建斑马鱼基因组索引#下载基因组在UCSC一定要在UCSC下载基因组信息，因为最后注释时用的
DrLyo·2023-07-23 12:24

生物信息学常见的数据下载，包括基因组，gtf，bed，注释

cd~/referencemkdir-pgenome/hg19&&cdgenome/hg19nohupwgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19
很酷的女超人s·2023-07-17 09:06

人类基因组hg19.fa和hg38.fa下载及基因注释下载

www.jianshu.com/p/3e545b9a3c68https://blog.csdn.net/leadingsci/article/details/82947869ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu
Dr家硕的科研之路·2023-06-11 19:20

生物信息学常见的数据下载，包括基因组，gtf，bed，注释

生物信息学常见的数据下载，包括基因组，gtf，bed，注释cd~/referencemkdir-pgenome/hg19&&cdgenome/hg19nohupwgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu
程凉皮儿·2023-06-10 23:48

bedtools统计窗口内平均覆盖深度

第一步：准备基因组文件假如需要划分的窗口的参考基因组为hg19，可参考bedtools说明中的方法远程连接UCSC的数据库，提取相应的染色体和长度得到的genome.txt：两列分别为染色体名称和对应长度
倒过来是圈圈·2023-04-21 02:27

使用transanno制作不同基因组版本坐标映射的chain 文件？

对于人类、小鼠等模式生物而言，UCSC已经提供了不同版本的chain文件。
Bioinfarmer·2023-04-14 06:54

全基因组关联分析GWAS

基础概念referencegenome,consensussequence"globalreferencegenometrackhub"(UCSC)（目前的序列比对算法需要考虑同一个位点有多种核苷酸的情况
雾雨Vik·2023-04-13 09:04

gtf格式的基因组注释文件转bed12格式（2018-05-30）

转自：http://weixin.niurenqushi.com/article/2017-07-01/4972977.html关于格式的详细说明链接:https://genome.ucsc.edu/FAQ
简单点lili·2023-04-05 07:10

NCBI官方基因组坐标转换工具(二)

不同版本基因组坐标的转换，常用的方法有：1.NCBI的Remap参见上一篇文章：https://www.jianshu.com/p/41e5280f59c32.UCSC的LiftOverhttps://
京古·2023-04-04 17:50

如何获取染色体长度

我们以人的为例，给大家介绍两种不同的方法，都要用到著名的公共数据库UCSC（https://www.genome.ucsc.edu/）方法一1.在UCSC的主页上，点击Genomics，2.然后点击human
生信交流平台·2023-04-03 02:43

2022-09-19 技能——gtf转为bed12

今天在使用RseQC时需要将参考基因组GTF文件转换为bed12文件，下面是记录下来的方法：用到的工具UCSC的gtfToGenePred和genePredToBed工具，下载安装：wget-chttp
白告2333·2023-04-01 19:49
上一页 1 2 3 4 5 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他