rdkit 获取化合物.FindMolChiralCenters手性；化合物各位置坐标GetConformer().GetAtomPosition()

参考：https://blog.csdn.net/weixin_60737527/article/details/126083902

1、rdkit 获取化合物.FindMolChiralCenters手性

s='N[C@@](Br)(Cl)OCC[C@@](O)(N)C'
mol=Chem.MolFromSmiles(s)
p=Chem.FindMolChiralCenters(mol)
print(p)
'''-----------------------------------'''
>>>[(1, 'S'), (7, 'R')]

2、化合物各位置坐标GetConformer().GetAtomPosition()

mol= Chem.MolFromMol2File(r"C:\Users\Administrator\Downloads\ligand-sele-h.mol2")
atoms=mol.GetAtoms()
conformer=mol.GetConformer()
for atom in atoms:
    p=conformer.GetAtomPosition(atom.GetIdx())
    print(list(p))

另外： mol.GetAtomWithIdx(n)：获取索引为n的原子对象；mol.GetBondWithIdx(n)：获取索引为n的键对象；mol.GetAromaticAtoms()：获取芳香环中的原子；mol.GetNumHeavyAtoms()：获取除了氢原子的其它所有原子个数；mol.GetBondBetweenAtoms()：获取两个原子之间的键。