Paratope和Epitope

Paratope和Epitope分别指的是抗体结合的区域以及抗原结合的区域（Paratope是抗体的一部分，Epitope是抗原的一部分）。一个抗原分子可能有多个抗原决定簇也就是指多个抗原表位。

关于epitope

抗体识别抗原的时候并不是需要对整个抗原分子进行识别，而是对抗原分子上一些特征部位进行识别，就像是我们认出来一个人，只看脸即可，而不需要把整个人都看一遍才知道是谁。这些特征的部位就是我们的抗原表位（epitope）。一个蛋白可以有多个表位，同时抗体作为蛋白也是一种抗原。
目前有两种类型的表位：连续型表位和非连续型表位，连续型表位是一个连续的线性的氨基酸（就如同只通过看脸就可以找到人）。非连续型的表位则是依赖于蛋白的空间结构的（就好像我们通过一个人的上衣和鞋子判断我们要找的人）。
抗原的类型决定了抗体的类型，一个常规的单克隆抗体一般仅能识别一个表位，但是多克隆抗体可以识别多个表位。
对于蛋白抗原，对于那些能够在PDB数据库中找到序列一致性大于30%或者更高的序列，那么可以采用同源建模的方法进行建模。对于没有同源序列的序列，那么就需要用从头建模的方法，从头建模的方法目前alphafold做的最好（还未用过，现在已有第二代，2021-1-22），不过trRosetta是一个容易实现和方便使用的软件。

关于paratope

paratope指的是抗体上能够识别抗原的区域，也就是我们的CDR区域，因为抗体的结构相对保守（Fv的框架区域保守性较强），因此paratope可以采用同源建模的方法进行建模。