科研小徐
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单细胞-目录索引

本目录为单细胞相关分享索引，持续更新....

1.上游数据处理

01.单细胞测序上游-数据下载（适用于图形化界面）
02.单细胞测序上游-从原始数据下载到cellranger定量

2.单细胞下游分析

01.单细胞入门-Seurat对象创建
02.认识Seurat对象
03.单细胞数据质控及降维标准流程 ||更新：使用SCTransform标准化
04.单细胞亚群注释
05.单细胞注释-marker参考

进阶：
排除肿瘤样本中的正常上皮细胞:
一、infercnv:
01.infercnv-区分肿瘤样本中的正常上皮细胞-infercnv运行
02.infercnv-区分肿瘤样本中的正常上皮细胞-infercnv结果处理
二、Nature Communications方法参考
肿瘤样本中的正常上皮鉴定-参考Nature Communications

GSVA:
01.单细胞分组水平GSVA及可视化

转录因子分析:
pySCENIC-基于Python的转录因子分析

细胞交互：
CellphoneDB

双细胞去除：
Scrublet工具去除双细胞-批量运行

3.处理细节

01.单细胞降维最佳PC数量选取
02.取细胞子集后的Seurat标准流程（简洁版）
03.查看不同粒度下的分群走向
04.寻找所有亚群的差异基因并输出
Hayley笔记-单细胞处理细节（很全面）
05.清空不同Resolution分群走向的历史信息

4.其他

01.脚本提交至服务器后台运行-nohup

问题交流：
Email: [email protected]

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