cellranger

aggr代码 cellranger_单细胞实战(四) Cell Ranger流程概览

总的来说，CellRanger主要的流程有：拆分数据mkfastq、细胞定量count、定量组合aggr、调参reanalyze，还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、site
龙宫里的乙民·2025-02-02 07:55

cellranger count使用

1、如果你是直接拿到的R1/R2的fastq文件，那么就直接上cellrangercount。氮素，如果你是I1/R1/R2的数据，那就麻烦还要跑个cellrangermkfastq。因为我自己拿到的是R1/R2的fastq文件（如图），所以抱歉啦就直接从cellrangercount开始讲起啦。嘻嘻嘻~~~image.png这里有个问题（划重点）：图中所示，我的名字是CC5-1_S1XXXX。但
谢京合·2024-08-31 15:02

R、python读取空间转录组的8种方式

本篇主分享如何使用python和R读取空转数据，主要使用scanpystlearnseurat包”引言在正式开始之前，我们先看看cellranger流程跑完之后，空间转录组结果的数据组成，主要是两部分：
生信小博士·2024-02-13 18:01

从10X单细胞bam文件中提取某一个细胞类型的bam

我们之前简单做了一下cellranger的上游分析单细胞上游软件cellranger从头说，得到的结果文件如下：如果我们要做下游分析，那么三个文件matrix.mtx，barcodes.tsv和genes.tsv
小潤澤·2024-02-12 00:57

Seurat - 聚类教程 (1)

Read10X()函数从10X读取cellranger管道的输出，返回唯一的分子识别(UMI)计数矩阵。该矩阵中的值表示在每个细胞（列）中检测到的每个特征（即基因；行
冷冻工厂·2024-02-09 09:38

Seurat 对象的构建和信息提取

目前构建Seurat对象有以下几种方法：从CellRanger输出构建从h5文件构建从表达矩阵构建从CellRanger输出构建公司在完成表达定量后，通常会使用CellRanger对数据进行简单的分析，
小汪Waud·2024-01-22 13:22

单细胞实战(2)：cellranger使用

将SRA转为fastq数据下载好之后，我们得到的是SRR文件，需要将其转换为fastq格式才能使用wkd=/home/project/single-cell/MCCcatSRR_Acc_List-2586-4.txt|whilereadidofastq-dump--gzip--split-files${i}.sradone结束之后每个SRR文件会变成解压出三个文件为什么会有三个文件，这个需要去查一
周小钊·2024-01-21 15:18

基于Python的Scrublet工具去除双细胞-批量运行

https://mp.weixin.qq.com/s/i6_x1yeMbXawfKm36ewnKQ对原链接中混合使用shell和py脚本的方法进行改进，避免了不必要的错误，运行更高效注意修改路径，读取路径为cellranger
科研小徐·2024-01-20 01:22

cellranger处理单细胞数据的一些错误记录

cellranger处理单细胞数据的一些错误记录1、由于fastq不完整报错报错信息原因解决方案2、化学版本选择错误报错信息原因解决方案1、由于fastq不完整报错报错信息[error]Pipestancefailed.Errorlogat
微光**·2024-01-06 14:11

Cellranger原理介绍（下）

在前面两篇文章中，我们着重介绍了CellRanger进行基因比对的理论模型以及如何识别高质量细胞算法，这两部分是基础，正所谓温故而知新，大家可以点击如下链接进行复习：CellRanger知多少？
Amor唐·2024-01-04 07:13

单细胞转录组及空间转录组学习资源

(1).单细胞上游软件cellranger：单细胞上游软件cellranger从头说(2).singleR操作说明：singleR(3).seurat操作说明：seurat官网；seurat官方教程：seurat
小潤澤·2023-12-30 15:23

cellranger更新到6.0啦（全新使用教程）

cellranger是10XGENOMICS单细胞上游分析的软件，主要有4个流程mkfastq、定量count、组合aggr、reanalyze。
Seurat_Satija·2023-12-26 08:27

单细胞分析流程之Cell Ranger

单细胞分析流程之CellRanger图片大家好，我是新加入的小编Immujent，很高兴能够在这里和大家一起学习很分享单细胞的分析流程，以后就请大家多多关注啦~话不多说，直接上干货！
生信宝库·2023-12-23 00:10

10X Genomics 建立自己的参考基因组

10XGenomics为CellRanger提供了可以直接使用的人和小鼠基因组。此外，研究人员可以为其他物种创建自定义参考基因组，或向参考添加感兴趣的自定义标记基因，例如GFP。
生信编程日常·2023-12-02 00:38

CellRanger使用学习

安装可查看10xgenomics官网安装教程#2.0版本下载curl-ocellranger-2.0.2.tar.gz"http://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger
菜鸟跑半年·2023-11-24 10:32

Seurat 对象的构建和信息提取

文章目录从CellRanger输出构建从h5文件构建从表达矩阵构建read10x函数报错，手动根据三个文件构建表达矩阵Crea批量构建seurat对象对Seurat对象的理解和信息提取dgCMatrix
All_Will_Be_Fine噻·2023-11-03 01:11

参考基因组下载 hg19 索引文件 grch38 reference genome infercnv 安装cellranger

DownloadCellRanger-Official10xGenomicsSupportnohupwget-c-Ocellranger-7.2.0.tar.gz"https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger
Young.Dr·2023-10-25 08:17

使用scanpy进行高可变基因的筛选

flavor参数可以选择是使用Seurat，Cellranger还是seuratv3的算法。SeuratandCel
生信阿拉丁·2023-10-22 16:05

10X Genomics 建立自己的参考基因组

10XGenomics为CellRanger提供了可以直接使用的人和小鼠基因组。此外，研究人员可以为其他物种创建自定义参考基因组，或向参考添加感兴趣的自定义标记基因，例如GFP。
Seurat_·2023-10-22 00:24

测序饱和度【cellranger】

前言 单细胞转录组测序技术逐渐的，就像父辈人年轻时，彰显身份的“大哥大”，变成了我们这一代人，人手一部的现代手机，成了很多文章中的“头牌”或是“锦上添花”的部分，就像普通的转录组测序的发展趋势。 有时候，为了能在领域内”活下去“，我们不得不拼命的追赶潮流什么是测序饱和度 常用的单细胞转录组定量工具：cellrangercount，其WebSummary中会有一个叫测序饱和度(SequencingS
万木春❀·2023-10-14 16:58

10x RNAseq Cellranger结果的对应关系：

10xRNAseq数据在用cellranger跑完10xRNaseq数据分析后，会生成一个outs目录，这个目录下还有一个/filtered_feature_bc_matrix目录,里面放着三个文件:matrix.mtx.gzfeatures.tsv.gzbarcodes.tsv.gz
11的雾·2023-10-14 06:28

scRNAseq上游分析

1.cellranger-3.1.0下载官网地址：https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads
LiuYueRR·2023-10-10 23:21

gffread软件使用教程

或者cellranger的database包，#下载gtf/gff文档及hg19文件wgetftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human
11的雾·2023-09-25 20:47

CellRanger5.0.0

最近可能使用CellRanger5.0.0分析数据时会遇到如下的报错信息ERROR:WedetectedamixtureofdifferentR1lengths([28-150]),whichbreaksassumptionsinhowUMIsaretabulatedan
Zee_李海海·2023-09-19 00:20

一文读懂10X单细胞上游分析软件cellranger

CellRanger是10xgenomic公司专为单细胞转录组分析提供的分析软件，可实现从Illumina原始数据（BCL或fastq格式）到文库拆分，细胞拆分及定量，pca，聚类以及可视化（t-SNE
Seurat_·2023-09-12 05:58

捋一遍单细胞测序分群鉴定——基于seurat官网和网上资料~

图码较多~数据为10xgenomics官方测序数据（IlluminaNextSeq500），人外周血单核细胞，经过cellranger过滤后，载入seurat包进行分析，最终为1
申伟_4009·2023-08-29 00:29

Cellranger的下载、安装

1.Cellranger的下载此处以10X官网上最新的Cellranger版本为例下载，网址如下：wget-Ocellranger-6.1.2.tar.gz"https://cf.10xgenomics.com
亘心37·2023-08-10 20:12

从cellranger的h5文件中提取数据

.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/5.0/advanced/h5_matrices参考源码/path/to/CellRanger
myshu·2023-08-02 22:14

10X Genomics V(D)J测序：免疫分析从零起步学（三）

上回书说到，测序数据下机经过了配套的分析流程cellranger的洗礼之后，生成了一系列的结果文件。闲言少叙，这一期我们就来看这些结果文件的解读。首先要说的第一个是总览的summary。
概普生信·2023-07-14 02:43

如何将Seurat聚类结果导入到Loupe Browser

作者：尧小飞审稿：童蒙编辑：angelica目的10xGenomics官方软件Cellranger的分析没有对结果进行过滤，以及不能同其他分析无缝对接，需要再次分析。
生信阿拉丁·2023-06-17 05:56

DoubletFinder

相信各位做单细胞的童鞋们，都遇到过去除多细胞的情况，而Cellranger默认的是前1%（3000cell），对于低质量的细胞有了算法来确认是否保留，但是对于多细胞而言，Cellranger和Seurat
Evil_Genius·2023-06-12 16:49

单细胞免疫组学分析练习-1:cellranger multi

理解BCR与TCRBCR重排B细胞从干细胞发育成成熟的B细胞之前，是要经历重链的VDJ基因重排和轻链的VJ基因重排的；成熟的B细胞，迁移到外周淋巴器官之后，在外界抗原的刺激下，则可能发生体细胞高频突变（SHM）。基因重排和体细胞高频突变，一个发生在B细胞成熟前，一个发生在B细胞成熟后。参考TCRalpha链和BCR轻链由V-J-C构成TCRbeta链和BCR重链由V-D-J-C构成（D-diver
Yayamia·2023-06-10 03:10

Seurat包之导入单细胞数据方式汇总

features.tsv.gz、matrix.mtx.gz（2）表达矩阵（3）h5（4）h5ad格式一：barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz【☆】这是cellranger
小贝学生信·2023-04-17 20:42

cellranger使用的初步探索（2）理解cellranger count输出文件

这次我取消了内存以及cores的数量限制（这时cellranger会耗尽几乎所有的可用内存，大概将近300个G），并
生信start_site·2023-04-15 16:27

刘小泽学习组合多个单细胞转录组数据

cellranger中自带了aggr的整合功能，而这篇文章（Differentiationdynamicsofmammaryepithelialcellsrev
刘小泽·2023-04-12 05:30

CellRanger初探

CellRanger怎样利用10x平台下机数据进行下游一系列分析？这篇文章简单记录CellRanger包括的主要分析步骤，纯理论。
新欣enjoy·2023-04-09 05:27

10x单细胞数据上游分析

1.下载cellranger,这里下载的是6.0最新版本$wget-Ocellranger-6.0.1.tar.gz"https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp
nnlrl·2023-04-08 08:25

10X单细胞转录组下游流程-1-整合多个cellranger结果

1.写在前面因为后续的课题以及下一次的JC都准备做单细胞的，所以开始学习单细胞转录组的下游分析。又因为7月在珠海跑过一次基于Seuratv2的单细胞转录组下游流程，所以这一次准备做一些不一样的，首先是在新买的服务器上跑，其次是自己摸一摸Seuratv3，和原作者的v2比一比。说是自己摸索，其实还是有前辈先探路了（毕竟开始得这么晚，很不好意思），前辈的首页，里面有技能树暑期单细胞培训两篇文章（分别是
大吉岭猹·2023-04-04 20:24

cellranger使用的初步探索（4）：R读取cellranger的输出文件

在上一篇笔记里，练习了使用cellrangeraggr整合不同GEMwell的样品（cellranger使用的初步探索（3）cellrangeraggr），得到的"outs"文件夹里，有一个名为“filtered_gene_bc_matrices_mex
生信start_site·2023-04-02 01:00

cellranger使用的初步探索（1）

本篇笔记是按照单细胞天地公众号教程里的代码练习的，因为之前了解到cellranger运行需要大量的内存，无奈自己的电脑配置不行，现在有了服务器，那就要把这一节补起来~参考文章：1.单细胞实战(二)cellranger
生信start_site·2023-04-01 13:48

RNAvelocity系列教程4：velocyto.R的使用教程

的RNA可以通过：1.使用dropEst输出管道生成类似10X的bam文件：~/dropEst/build/dropest-m-F-LeiEIBA-orun1-gcellranger/refdata-cellranger-mm10
Seurat_Satija·2023-04-01 12:10

实验记录1：安装Cellranger与Seurat，下载数据

2018-9-21梗概安装单细胞测序数据处理软件Cellranger安装R包Seurat下载cellranger参考数据Humanreference(GRCh38)dataset与HumanCellAlters
MC学公卫·2023-03-29 02:27

空间转录组-如何手动选择区域

1、从10x官网下载并安装LoupeBrowser2、打开LoupeBrowser，导入loupe文件，loupe文件为cellranger分析结果，一般名为cloupe.clo
大魔王鱼鱼鱼·2023-03-22 13:16

实验记录2：Cellranger整理fastq数据为表达矩阵

软件安装与数据下载CellRanger软件（需要linux系统）下载地址：https://support.10xgenomics.com/s
MC学公卫·2023-03-18 09:30

Cell Ranger教程资料整理（初）

1使用cellranger拆分10X单细胞转录组原始数据比较详细，从头开始讲的2实验记录1：安装Cellranger与Seurat，下载数据3实验记录2：Cellranger整理fastq数据为表达矩阵
只唱情歌看不到·2023-03-14 08:17

单细胞测序分析上游cellranger软件入门介绍

CellRanger怎样利用10x平台下机数据进行下游一系列分析？这篇文章简单记录CellRanger包括的主要分析步骤，纯理论。
Seurat_Satija·2023-02-19 02:53

单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释

前面已经讲解了：单细胞分析实录(1):认识CellHashing单细胞分析实录(2):使用CellRanger得到表达矩阵单细胞分析实录(3):CellHashing数据拆分单细胞分析实录(4):doublet
TOP生物信息·2023-02-18 15:52

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析的一些分析细节

我们先来看下面的图：图片.png这个图大家应该都很熟悉吧，（不知道的自动面壁去），目前的cellranger版本对于空油滴（
Evil_Genius·2023-02-18 13:50

ZT:Build Notes for Reference Packages of cellranger

#Genomemetadatagenome="GRCh38"version="2020-A"#Setupsourceandbuilddirectoriesbuild="GRCh38-2020-A_build"mkdir-p"$build"#Downloadsourcefilesiftheydonotexistinreference_sources/foldersource="reference_s
felixhell·2023-02-05 11:17

【单细胞】Scanpy进行高可变基因的筛选

flavor参数可以选择是使用Seurat，Cellranger还是seuratv3的算法。SeuratandCellranger中，使用的是dispersion-based方法，获得归一化的方差。
一穷二白到年薪百万·2023-02-04 14:21
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