【宏基因组】

这个Nature推荐的代码海洋竟然有文章作者上传的所有可重现性脚本，涉及单细胞、微生物组、转录组分析、机器学习等相关

计算分析类型的研究，是能够比较容易实现可重复性的-只要分享代码和数据就可以（当然配置运行环境也需要一定的功底），如使用Rmarkdown或Bookdown或者Jupyternotebook等，像宏基因组主编刘永鑫老师的植物根系菌群分析的
生信宝典·2020-06-24 21:49

R语言交互式可视化包CanvasXpress

2014年在中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，目前主要研究方向为宏基因组学数据分析方法、培养组学方法优化。
R语言中文社区·2020-06-24 00:21

Nature综述：临床宏基因组学的应用与挑战

导读临床宏基因组学（mNGS）是对患者样本中微生物和宿主遗传物质（DNA和RNA）进行综合分析的一种新兴的诊断技术，这种新兴的方法正在改变医生诊断和治疗疾病的方式，其应用范围广泛，其应用范围包括抗菌素耐药性研究
刘永鑫Adam·2020-06-22 07:00

[Metagenome-1] Metagenomic Data analysis--summary

宏基因组数据分析宏基因组，和metataxonomics（16srRNAanalysis），是使用全基因组测序技术来研究特定环境下的所有的微生物种类及含量的方法。
lanzinuo·2020-06-21 04:56

单细胞研究|| 利用 Illumina®技术的近期单细胞研究文献综述(样本制备)

单细胞研究||利用Illumina®技术的近期单细胞研究文献综述（应用篇一）主要介绍单细胞技术在癌症、宏基因组学、干细胞、发育生物学、免疫学、神经生物学方面的应用。
周运来就是我·2020-06-21 03:34

最快60秒完成新冠病毒核酸对比 阿里云向社会免费开放基因计算服务

3月13日，阿里云对外宣布，将向医疗科研机构、疾控中心等一线病毒研究机构免费开放基因计算服务，可大幅提升宏基因组测序、疫苗研发相关的处理效率，最快只需60秒即可完成新冠病毒的核酸对比工作。
CSDN云计算·2020-06-20 22:41

HUMAnN3的安装经验分享

的安装依赖项的安装安装Bowtie2安装biom-format安装MetaPhlAn3安装DiamondHUMAnN3的使用前三个数据库的安装和设置后一个数据库的安装致谢HUMAnN3的安装过程HUMAnN是基于宏基因组
南开狼与周德训·2020-06-20 19:52

R IN ACTION SELF-TUTORIAL-23 cladogram系统进化分枝图的绘制 2020-06-17

对于宏基因组数据进行最后进化分枝的绘制可以用GraPhlAn(http://segatalab.cibio.unitn.it/tools/graphlan/index.html)绘制，或者LEfSe的结果中也会得到相应的图
RashidinAbdu·2020-06-17 14:21

【软件安装】---宏基因组分析软件qiime2的安装及使用

前言：QIIME2是一款强大的、可扩展的、分散的微生物组分分析包，其重点是数据和分析透明度。QIIME2能帮助研究人员分析原始测序数据，并得到出版物质量的数据和统计结果。最新版本Qiime2官方网址：https://docs.qiime2.org/2020.2/about/安装qiime2由于qiime2的配置文件需要使用conda安装很多依赖工具，所以首先需要下载qiime2-2020.2-py
卡布达b1·2020-06-10 17:00

译文：分段式结构方程模型（piecewiseSEM）的构建原理

前言-写在前面在进行一些论文研读的过程中，我发现针对模型复杂生态系统（比如农田土壤微生物的宏基因组学研究），研究者会将微生物基因丰度、环境因子等整合到一个SEM模型当中，由此来观察各变量之间直接或间接的相互影响
杜嘟嘟9527·2020-06-09 09:37

NGS005 NGS方法小结

小型微生物基因组的测序对公共卫生领域的食品检测、传染性疾病监控、分子流行病学研究和环境宏基因组学很有用。从头
caoqiansheng·2020-05-14 14:50

[R] 如何快速生成许多差异明显的颜色？

在生成大量元素比较图时要明显区分不同样本，比如宏基因组中的物种分析：image.png方法一：自定义自定义颜色：优点是选择差异明显的颜色，缺点是费时费力，不知选多少种，眼睛都要挑花。
米源MY·2020-04-27 15:25

宏基因组分析流程

分析内容如下图所示：宏基因组分析具体分析步骤如下：数据质控，使用kneaddata软件，该软件先调用Trimmomatic过滤数据，然后利用bowtie2或bmtagger比对宿主数据库去除宿主数据(也可以去除核糖体数据
超人立志做国王·2020-04-06 12:59

微生物多样性知识点

微生物多样性或者宏基因组分析中，往往有几个出现频率很高的词，比如OTU，群落结构，alpha多样性，beta多样性。今天就来通过分析思路上（主要围绕微生物多样性）给大家解释一下这些高频词汇。
thinkando·2020-04-05 02:22

IGC 数据库

https://db.cngb.org/microbiome/genecatalog/genecatalog_human/人肠道参考基因集2010年，人体肠道菌群宏基因组参考基因集的构建工作发表于Nature
thinkando·2020-04-01 02:36

疫情中发挥重要作用的「宏基因组测序」，在本季度获得资本追捧

↑点击上方蓝字「IT桔子」每天了解一点创业投资作者：许梦翘来源：IT桔子（itjuzi521）基因测序技术在此次疫情中起到了至关重要的作用，我国科研单位在一个月之内迅速发现了正确的致病病毒并完成测序，得到了WHO「创纪录短的时间」的赞许。我国科学研究者对病毒序列、变异、核酸检测手段的分享也为全世界应对COVID-19疫情带来了极有力的支持。在病毒检测过程中，一种测序技术获得了市场的广泛关注，这个技
IT桔子·2020-03-31 00:00

宏基因组分析7-binning(Maxbin,metaBAT,CONCOCT)

maxbinhttps://downloads.jbei.org/data/microbial_communities/MaxBin/MaxBin.html安装cd/home/llt/softwarewgethttps://downloads.jbei.org/data/microbial_communities/MaxBin/getfile.php?MaxBin-2.2.6.tar.gzmv'g
l_lightning·2020-03-28 21:07

软件密钥过期怎么办-看这里——宏基因组基因预测软件MetaGeneMark

导读MeteGeneMark软件的gm_key经常过一段时间就会失效，因此为了以后重新下载秘钥方便，将其过程记录下来，防止各位看众的不知所措软件下载网址（为软件的下载界面）：http://topaz.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi选择MetaGeneMarkLinux64版本，如下图所示：image注册信息：如下图image进入下载界面：image
Dayueban·2020-03-27 09:07

2018-04-19宏基因组实战qiime2-201802（五）Alpha and beta diversity analysis

其实应该好好理解一下这些分析背后的意义，但是我感觉我还是在跑程序。。这一步主要做Alpha和beta多样性分析还是中文版和英文版一次参考一下先上代码-计算多样性qiimediversitycore-metrics-phylogenetic\--i-phylogenyrooted-tree.qza\--i-tabletable.qza\--p-sampling-depth1109\--m-metad
小郑的学习笔记·2020-03-22 20:27

宏基因组要不要混着拼呀？

许多人跟我交流，自己的宏基因组和宏转录组要不要拼接？然后拼接要不要混这拼？对于这些问题，其实我没有很多的实战经验跟大家分享，所以以前跟大家交流的都是在文献中看到的内容。
沈梦圆1993·2020-03-22 09:42

宏基因组分析概述

ORF预测：Prodigal拼接和装箱binning——组装拼接：Megahit；组装评估quast；；基因注释：prokka；构建非冗余基因集：CD-HIT；基因组可视化（Circos，Vizbin）；宏基因组中鉴定单菌
小王的学习杂记·2020-03-01 11:49

宏基因组mapping和binning笔记整理

1、mapping（bowtie2）比对，估计基因丰度2、利用contig的核酸组成和丰度的算法来binning，之后再进行单菌组装、宏基因组关联分析等Mapping简介：序列的两种分析策略：read-based
小王的学习杂记·2020-02-29 14:50

从CONCOCT入手理解宏基因组binning

目录1.宏基因组binning简介2.binning原理2.1.可用于binning的特征2.2.从哪些序列下手进行binning？
宇宙实验媛·2020-02-23 20:17

BMG多功能酶标仪快速筛选肠道微生物

近日，昆士兰大学迪亚曼蒂纳学院微生物学和宏基因组研究实验室，采用德国BMG多功能酶标仪进行肠道细菌群快速分离筛选研
伯齐科技·2020-02-17 11:29

2018-04-20宏基因组实战qiime2-201802（六）物种分类和差异分析

物种分类第一步，下载注释看官方文档的介绍We’lldothatusingapre-trainedNaiveBayesclassifierandtheq2-feature-classifierplugin.ThisclassifierwastrainedontheGreengenes13_899%OTUs,wherethesequenceshavebeentrimmedtoonlyinclude25
小郑的学习笔记·2020-02-15 09:33

宏基因组基础知识

宏基因组(metagenomics)宏基因组学（Metagenomics）也称为元基因组学，是以样品中的微生物群落作为整体进行研究的学科。自然界中约有99%的微生物是不能在实验室条件下进行纯化培养的。
bioinfo2011·2020-02-13 05:58

From 16S rDNA测序 To 宏基因组学研究—技术发展及异同点

主要内容：1.16SrDNA测序2.宏基因组测序3.宏基因组的由来及发展过程4.16SrDNA测序与宏基因组的优势和局限性5.16srDNA测序与宏基因组技术差异————————————————————
JarySun·2020-02-12 05:00

常见排序分析方法及R语言实现

它们对物种（或基因、功能）的分析具有重要作用，因而频频出现在16S测序及宏基因组测序中。以上分析本质上都属于排序分析（Ordinationanalys
thinkando·2020-02-09 14:55

2019微生物组——扩增子16S分析和功能预测专题培训开课啦！

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年1月1-3日北京鼓楼推出《扩增子有参无参分析和功能预测》专题培训第二期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会
Larrylu007·2020-02-09 08:32

NG-meta-profiler

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/367755v1.article-infoNG-meta-profiler，一个用于宏基因组的快速分析器，它执行序列预处理
YX_Andrew·2020-02-09 07:20

因为新型冠状病毒，它又登上了热搜...

大家知道，这次新型冠状病毒的自然宿主很可能是蝙蝠，而中间宿主一直没能找到...2月7日，华南农业大学宣称，通过分析1000多份宏基因组样品，发现穿山甲分离大病毒株与目前感染人的毒株序列相似度高达99%.
乌鸦电影·2020-02-08 00:00

Qiime1-17.PICRUSt-16S预测宏基因组？

16S扩增子测序是对细菌中具有代表性的序列进行测序，相比宏基因组测序，16S扩增子测序无法提供基因功能信息，只能给出菌群丰度信息。
jlyq617·2020-02-06 17:35

宏基因组基因预测软件

Prodigal也即ProkaryoticDynamicProgrammingGenefindingAlgorithm（原核生物动态规划基因查找算法，https://github.com/hyattpd/Prodigal/），主要应用于细菌和古生菌基因预测，如果要对meta样品做基因预测，prodigal还专门提供了meta的版本。相对与glimmer基因预测工具，prodigal步骤简单更加好用
thinkando·2020-02-05 14:19

宏基因组组装：从what 到how

宏基因组分析教程microPITA|宏基因组测序前，你可以这样筛选样本microPITA加拿大安大略研究所建立的生物信息网1.什么是组装？
周运来就是我·2020-02-05 02:06

如何计算宏基因组测序数据中来自于人基因组的污染？

KneadData是一款宏基因组测序数据质控的软件，其主要功能包括使用Trimmomatic对序列过滤和bowtie2比对至宿主基因组去除宿主序列。
基因的生物信息学分析·2020-01-01 22:01

实用人类肠道微生物菌群数据库分享！

近年来人类肠道宏基因组数据（包括16S和宏基因组测序数据）的数量快速增长，大多数原始测序数据已存放在几个通用数据库中，如NCBISequenceReadArchive(SRA，https://www.ncbi.nlm.nih.gov
华联科生物·2019-12-30 18:33

2018-08-20 Metagenome分析教程

Introduction目前微生物学在宏基因组方面最大的挑战是需要将宏基因组学和序列分析纳入传统微生物学的训练中。
电泳菌要努力·2019-12-28 02:08

宏基因组测序（整理）

高通量测序技术的应用-DNA-seq&RNA-seq_图文_百度文库https://wenku.baidu.com/view/17fe66e45f0e7cd1852536e7.html【内容节选自（采用16SrDNA高通量测序技术分析油藏微生物多样性）仅仅作为参考交流，侵删】*为方便后续交流，以文献中的实例作为参考。1、微生物样本样本采集自吉林油田FY区，在同一区域的3口采油井取井口产出液，每口采
Amisuer·2019-12-25 05:40

CheckM评估微生物基因组完整度

checkM是用于评估单菌基因组、单细胞和宏基因组的质量工具。checkM使用具有系统发生关系的单拷贝看家基因来估计基因组的完整度和污染程度。
基因的生物信息学分析·2019-12-21 21:03

Nature genetics/communications文献——病原基因组

keywords:pathogengeneticsepidemiology近几年发的不少，且覆盖方向很广，做疫苗，做机制，做纯分析，动植物病原，还有噬菌体，宏基因组的都有，挑了一部分ng1.AtlasofgroupAstreptococcalvaccinecandidatescompiledusinglarge-scalecomparativegenomics
曲凉不见·2019-12-20 09:23

利用深度学习从宏基因组数据中预测抗生素抗性基因——DeepARG

一句话评价利用深度学习从宏基因组数据中预测抗生素抗性基因文章信息题目：DeepARG:adeeplearningapproachforpredictingantibioticresistancegenesfrommetagenomicdata
六六_ryx·2019-12-17 19:46

肠道菌群：序列分类之kraken

元/宏基因组测序完，想快速获得样本中物种的丰度信息？
基因的生物信息学分析·2019-12-16 22:28

【宏基因组入门教程】（一）

最近接手了宏基因项目，会在之后接着发一系列的宏基因组入门教程，学习资料大概来自国外的教程。
涤生生·2019-12-16 21:13

【基于监督学习的分箱】我的想法被实现了

Autometa：从单个宏基因组样品中提取微生物基因组流程图宏基因组学是一种功能强大的高分辨率技术，可用于原位微生物群落的研究。
沈梦圆1993·2019-12-15 16:54

生信小技能-推荐两个好用(牛逼)的系统发育树构建工具

小概念系统发育树：也称为系统进化树或者分子发育树使用范围宏基因组，群体基因组等群体进化研究在线工具iTol**ExampleTree文件**(((((((((((((((((((155864:0.00000,83334
正踪大米饭儿·2019-12-13 15:57

分析菌群基因水平转移的信息学工具-MetaCHIP

community-levelhorizontalgenetransferidentificationthroughthecombinationofbest-matchandphylogeneticapproaches[1]2|热心肠解读：[2]MetaCHIP主要通过BLASTN搜索最佳匹配、进化树构建等两种方法分析水平基因转移；该流程整合了宏基因组序列组装
Dayueban·2019-12-08 08:33

分析菌群基因水平转移的信息学工具-MetaCHIP

community-levelhorizontalgenetransferidentificationthroughthecombinationofbest-matchandphylogeneticapproaches[1]2|热心肠解读：[2]MetaCHIP主要通过BLASTN搜索最佳匹配、进化树构建等两种方法分析水平基因转移；该流程整合了宏基因组序列组装
Dayueban·2019-12-08 08:32

分析菌群基因水平转移的信息学工具-MetaCHIP

community-levelhorizontalgenetransferidentificationthroughthecombinationofbest-matchandphylogeneticapproaches[1]2|热心肠解读：[2]MetaCHIP主要通过BLASTN搜索最佳匹配、进化树构建等两种方法分析水平基因转移；该流程整合了宏基因组序列组装
Dayueban·2019-12-08 08:32

分析菌群基因水平转移的信息学工具-MetaCHIP

community-levelhorizontalgenetransferidentificationthroughthecombinationofbest-matchandphylogeneticapproaches[1]2|热心肠解读：[2]MetaCHIP主要通过BLASTN搜索最佳匹配、进化树构建等两种方法分析水平基因转移；该流程整合了宏基因组序列组装
Dayueban·2019-12-08 08:32

分析菌群基因水平转移的信息学工具-MetaCHIP

community-levelhorizontalgenetransferidentificationthroughthecombinationofbest-matchandphylogeneticapproaches[1]2|热心肠解读：[2]MetaCHIP主要通过BLASTN搜索最佳匹配、进化树构建等两种方法分析水平基因转移；该流程整合了宏基因组序列组装
Dayueban·2019-12-08 08:32
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