【宏基因组】

基因组学系列专栏

：基因组学简介(IntroductiontoGenomics)测序技术(Sequencingtechniques)序列组装(GenomeAssembly)基因组注释(Genomeannotation)宏基因组学
宇宙独一无二的我·2023-03-16 17:53

Empress可视化你的16S进化树

我们知道，宏基因组中krona图来展示某个样品的详细信息，最近有点好奇16S的进化树可视化问题，这不，在qiime2官方视频教程里发现了一个方法，很不错，分享下！
zd200572·2023-03-15 21:54

三维基因组（Hi-C）的原理以及应用

Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用，建立基因组折叠模型，还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏基因组组装等，并可以与RNA-Seq、ChIP-S
生信编程日常·2023-03-15 12:45

凌恩生物文献分享|颠覆性的宏基因组新思路，速来get！

非人灵长类动物（NHP）是人类的近亲，为宿主-微生物互作的研究提供了一个很好的例子。近年来研究主要集中在野生灵长类动物的肠道微生物群，这将有助于了解灵长类及其肠道微生物群的进化，但仍然缺乏关于野生种群肠道微生物群的基本信息。今日分享一篇发表在《ComputationalandStructuralBiotechnologyJournal》期刊上(IF=6.155)的论文，研究发现野生觅食和食物供应的
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:26

凌恩生物资讯|抗性宏基因组又一力作|抗性基因+可移动元件研究新成果！

凌恩生物合作客户：合肥工业大学崔康平老师团队利用凌恩生物宏基因组抗性基因研究解决方案，对污水处理厂活性污泥中的钆（Gd（III））和抗生素磺胺甲噁唑（SMX）的联合污染情况进行了调查，强调了Gd（III
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:55

凌恩生物资讯|宏基因组到底要不要去宿主？

HighSensitivityofShotgunMetagenomicSequencinginColonTissueBiopsybyHostDNADepletion”，该研究提出的优化去除宿主DNA方法提高了鸟枪宏基因组测序在活检中细菌检测中的敏感性
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:55

凌恩客户文献|宏基因组binning解析中国浓味白酒窖泥微生物群落MAGs和代谢潜力

通过宏基因组binning解析了中国
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:24

凌恩客户文章|《Microbiome》：宏基因组构建反刍动物全消化道超1万个MAGs新进展

凌恩生物客户最新合作文章“Anintegratedgenecatalogandover10,000metagenome-assembledgenomesfromthegastrointestinalmicrobiomeofruminant”（DOI:10.1186/s40168-021-01078-x）发表在微生物学权威1区期刊Microbiome（IF=14.650）。南京农业大学动物科技学院毛
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:24

凌恩客户文章|宏基因组揭示大蒜素对抗生素抗性基因的影响

凌恩生物客户最新合作文章“Metagenomicapproachrevealsthefatesandmechanismsofantibioticresistancegenesexposedtoallicinsduringwasteactivatedsludgefermentation:Insightofthemicrobialcommunity,cellularstatusandgeneregul
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:54

二代测序数据质控 QC

相对于Sanger测序而言，二代测序可以提供中等的读长和适中的价格，适合denovo测序、转录组测序、宏基因组研究等。Solexa的测序原
点滴生信·2023-03-12 06:09

利用宏基因组数据组装基因组-评估篇

前言：最近组装了一种病原体的基因组，基因组大小为610kb，结果发现在300,000-400,000之间发现很多的Gap区域，需要找一下原因。因为是用二代数据测的，我先推测的原因是基因组这个区域有可能GC含量比较高，那下载一下它的基因组，看一下，找到了bedtools工具，发现这个软件功能十分强大，bedtools总共有二三十个工具/命令来处理基因组数据。比如：根据bed中的位置信息提取目标基因及
吕强强学生信·2023-03-10 05:25

R语言宏基因组学统计分析学习笔记

3.4微生物数据组成分析早在1897年，皮尔逊就警告说，在器官测量中使用两个绝对测量值的比值，可能会形成“伪相关”。自1920s以来，地质学的研究人员已经知道，使用标准的统计方法来分析成分数据可能会使结果无法解释。Aitchison认识到关于组成成分的每一个陈述都可以用成分的比率来表述，并开发出一套基本原理、各种方法、操作和工具来进行成分数据分析。其中，对数比变换方法被地质学、生态学等领域的统计学
斗战胜佛oh·2023-03-09 23:30

Protein Cell：扩增子和宏基因组数据分析实用指南

扩增子和宏基因组数据分析实用指南ApracticalguidetoampliconandmetagenomicanalysisofmicrobiomedataProteinCell[IF:10.164]
生信宝典·2023-02-20 07:21

组装 → 分类注释→下游分析， 按步骤帮你整理宏基因组生信分析工具

土壤微生物组分析工具2020年1月出版的SpringerBriefsinEnvironmentalScience丛书（电子版）《UnravellingtheSoilMicrobiome》第六章针对土壤微生物的宏基因组生信分析工具进行了总结和说明
尐尐呅·2023-02-18 11:44

宏基因组分析-基于binning

一、介绍宏基因组(Metagenome)指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。
微基生物·2023-02-07 11:22

宏基因组生信分析方法介绍

随着高通量技术的发展，宏基因组学（metagenomics）已经成为研究微生物群落物种及功能的前沿科学，在肠道微生物、环境微生物等研究领域具有广泛应用。
微基生物·2023-02-07 11:21

宏基因组分析-基于Reads比对

介绍宏基因组(Metagenome)指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。
微基生物·2023-02-07 11:50

单细胞空间宏基因组揭秘微生物群对癌症空间和细胞异质性的作用2

Effectoftheintratumoralmicrobiotaonspatialandcellularheterogeneityincancer,2022年11月发表于nature，在文章单细胞空间宏基因组揭秘微生物群对癌症空间和细胞异质性的作用中已经进行了导读
Evil_Genius·2023-02-06 20:08

mNGS病原检测是什么？

mNGS：宏基因组学二代测序技术应用：病原微生物高通量基因检测定义：mNGS是一种不需培养就可以深入快速鉴定感染病原体的新技术，相比传统培养方法拥有更高敏感性的同时又与“精准诊疗”的理念相契合。
老白杂谈·2023-01-31 03:00

重磅微生物新技术分享 | 高通量微生物单细胞基因组技术&2bRAD-M简化宏基因组技术...

当前，解析微生物群落的物种构成主要依赖于扩增子测序和宏基因组测序。然而，扩增子测序存在扩增偏好、脱靶、分辨率低等问题，宏基因组测序对样本DNA质量要求高，且通常无法解析菌株水平的基因组。
刘永鑫Adam·2023-01-29 20:40

高级转录组调控分析和R语言数据可视化第十四期 （线上线下开课）

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程、转录组线上直播课。
生信宝典·2022-12-31 16:16

一门课程学习转录组调控分析和R可视化第十四期 （线上线下开课）

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程、转录组线上直播课。
生信宝典·2022-12-31 16:16

肠道菌群失调是II型糖尿病和炎症性肠病的标志物

多组学数据的综合分析，包括宏基因组学和代谢组学以及宿主指标的检测和细菌物种的分类，已经确定了许多与疾病相关的细菌和细菌产物。然而，深入了解微生物影响肠道健康的机制需要从关联拓展到因果关系。
谷禾牛博·2022-12-30 04:14

高级转录组调控分析和R语言数据可视化第十三期 （线上线下同时开课）

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程、转录组线上直播课。
生信宝典·2022-12-09 03:58

宏基因组大数据分析的质量控制流程规范

宏基因组大数据分析的质量控制流程规范郑广勇1，杨桢1，曹瑞芳1，刘婉2，李亦学1,2，张国庆1,21.中国科学院上海生命科学研究院生物医学大数据中心，上海2000312.上海生物信息技术研究中心，上海201203
唐名威·2022-12-06 11:16

测序组学助力新的酶发现

宏基因组学产生的大量测序数据，让人们得已窥见未经培养的微生物的生物合成潜力。与初级代谢途径相比，参与次级代谢的酶往往催化不同底物的特殊反应，这些途径为发现新的酶学提供了丰富的资源。
谷禾牛博·2022-12-06 11:00

Prokka安装和使用

Prokka协调了一套现有的软件工具，可以对原核基因组和宏基因组进行快速高效的功能注释。目前常用对基因进行注释的工具有两款：Prokka和RAST。在webofscience上RAST引用次数62
xq_ing·2022-12-01 19:51

本周开课 | 第 5 期全基因组/外显子组家系分析理论和实战

临床基因组学线上/线下开课时间：2022/4/22-2022/02/24宏基因组线上/线下开课时间：202
生信宝典·2022-11-28 18:55

爆款入门 | 第 14 期微生物组-扩增子16S分析和可视化(线上/线下同时开课，2022.4)...

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、转录组的线上/线下同时开课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课。
生信宝典·2022-11-28 18:25

利用metaphlan2结果计算alpha多样性

结果计算alpha多样性前期回顾结果展示格式转化什么是α多样性什么是Shannon指数Shannon指数如何计算前期回顾MetaPhlAn2是分析微生物群落(细菌、古菌、真核生物和病毒)组成的工具，可以基于宏基因组数据
大尾猫·2022-11-26 21:08

新鲜出炉 | 临床基因组学数据分析实战将于2021年11月12-14开课！！！

转录组线上/线下开课时间：2021/10/29-2021/10/31宏基因组线上/线下开
生信宝典·2022-11-24 18:28

病毒宏基因组学（Meta-virome）

宏基因组学（Meta-virome）是在宏基因组学理论的基础上，结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支，是某类样本中所有病毒(virus)或病毒类似物(virus-like-particle
易基因科技·2022-11-19 10:52

北鲲云超算平台对于基因组学研究能够提供哪些帮助？

从高通量/多组学，到单分子/单细胞；从多倍体/单倍型到宏基因组/环境基因组；从精准医疗到系统医学等等，后基因组时代的基因组技术正在颠覆传统生物学和医学的方式。
北鲲云_beikun·2022-11-11 11:11

AlphaFold对手来了：Meta发布6亿“暗物质”蛋白预测结果，仅用2周完成

Meta的蛋白质预测大模型ESMFold，刚刚公布了其最新成果：6亿多种蛋白结构预测结果，而且还是“蛋白质中的暗物质”——宏基因组蛋白（MetagenomicProteins）。
QbitAl·2022-11-07 09:22

微生物组+代谢组，发现基于肠道微生物的疾病标志物

为了探究肠道菌群与各类疾病的联系，可借助微生物组学——扩增子、宏基因组、宏转录组技术探究肠道中“存在哪些微生物，这些微生物能做什么以及正在做什么”。
ee00dc6faab7·2022-11-04 17:09

宏转录组方法_高级转录组分析和R语言数据可视化第12期 (线上线下同时开课)

“福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课。
weixin_39704314·2022-10-30 18:45

微生物组-扩增子16S分析和可视化(2022.10)

课程改为长直播模式，报名后就可以学习，时间更充裕，练习更充分具体见：易生信培训改为长周期模式福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、转录组的线上
生信宝典·2022-10-30 18:14

Jason自习室导航

RRShiny(更新中)ggplot2图形艺术(更新中)2.BioScience生信工具箱vcf数据分析系列(已完结)NGS高通量分析管道(更新中)WGS全基因组分析管道GATK4RNA-seq分析管道教程宏基因组
Jason数据分析生信教室·2022-10-29 16:34

Nature子刊|“二代+三代”宏基因组学揭示肠道微生物群的个性化结构变异

2022年，《Naturecommunications》期刊发表的“Short-andlong-readmetagenomicsexpandindividualizedstructuralvariationsingutmicrobiomes”研究论文中，通过建立了ONT三代测序和Illumina二代测序数据混合组装的新方法，表征了来自健康人类的数百个肠道微生物组中结构变异（SV）的精细遗传变异。研
SHANGHAILINGEN·2022-10-22 07:34

易基因｜宏病毒组测序技术介绍

病毒宏基因组学（Meta-virome）是在宏基因组学理论的基础上，结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支，是某类样本中所有病毒(virus)或病毒类似物(virus-like-particle
易基因科技·2022-10-10 19:18

分不清：Microbiota, metagenome, microbiome 来看看Nature综述怎么说？

这篇Nature的Review，用图形的方法对这三个词进行了定义和描述：图1.本综述中对微生物群、宏基因组和微生物组的定义。每张图代表的是相同的群体，然而不同
笺牒九州的怪咖·2022-10-09 17:04

宏基因组 - (3)使用KofamKOALA对非冗余基因集进行KEGG注释

0.仅作笔记使用我所用到的所有脚本可以+Q840842906索简单介绍一下方向也可以，说不定以后能互相帮忙～1.这个工具有在线网页版，当然KEGG注释还有其他很多工具可以选择比如Diamond，KAAS等等https://www.genome.jp/tools/kofamkoala/2.安装和使用都可以参考，这里主要是后续分析https://blog.csdn.net/woodcorpse/art
深山夕照深秋雨OvO·2022-09-15 22:21

在NCBI查找指定物种基因组信息

如：基因组相关分析中需要借助已有基因组辅助基因组组装及基因预测；转录组同样查找已有基因组作为参考基因组；宏基因组/宏转录组同样需要查找基因组来剔除宿主数据，等等。。。
枫狂灬呆子·2022-08-31 13:23

宏基因组分析-基于组装

一、介绍宏基因组(Metagenome)指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。
微基生物·2022-05-27 07:14

Tools:eggnog-mapper全新的功能注释工具,构建自己的Orgdb数据库

主要使用环境是：用于注释新的基因组、转录组、微生物（宏基因组）最新版本的是V2版本github新增加了GO、KEGG的数据库优点是：使用的是直系同源的序列进行功能注释使用conda安装emappercondainstall
wo_monic·2022-05-16 15:32

高级转录组分析和R语言数据可视化第十二期 （线上线下同时开课）

“福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课。
生信宝典·2022-04-22 07:11

Co-occurrence网络图绘制教程（附详细代码）

之前见《宏基因组》公众号中也出过相关的教程，但是好像很多人做到一半就卡壳了。之前也尝试去复现了一下，
杨齐家·2022-04-17 07:04

R plot图片背景设置为透明_一文学会网络分析——Cooccurrence网络图在R中的实现...

这么好的知识，当然希望和大家分享，故约稿陈博士在“宏基因组”发布一下他的经验，感谢陈博士的整理和分享。
weixin_39617502·2022-04-17 07:58

编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出

2014年在中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，目前主要研究方向为宏基因组学数据分析方法、培养组学方法优化。
R语言中文社区·2022-03-27 07:51

R 绘制 GWAS 研究的 Manhattan 图

近几年，在宏基因组领域，尤其是差异OTU结合分类学结果，采用Manhattanplot展示有非常好的效果，倍受推崇。
BioIT爱好者·2022-03-21 05:17
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