【宏基因组】

metaProdigal：宏基因组序列中的基因和翻译起始位点预测

文章目录metaProdigal：宏基因组序列中的基因和翻译起始位点预测热心肠日报摘要动机Motivation结果Results可用性Availability主要结果表1.大肠杆菌K12的样本基因预测相似性图
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:40

Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类软件

文章目录Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类热心肠日报摘要主要结果图1.Kraken序列分类算法图2.基于三个模拟宏基因组的分类程序准确性和速度比较图3.基于三个模拟宏基因组数据对Kraken
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:40

IDBA-UD：组装非均匀覆盖度的宏基因组和单细胞数据

文章目录IDBA-UD：用于深度非常不均匀的单细胞和宏基因组测序数据的组装软件热心肠日报摘要动机Motivation结果Results可用性Availability方法图1.IDBA-UD的流程图图2.
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:40

MetaQuast：评估宏基因组拼接

文章目录MetaQuast：评估宏基因组拼接热心肠日报摘要1背景2材料和方法2.1基于参考的评估2.2从头评估2.3根据读长比对细化装配错误2.3.1SV检测2.3.2组装错误分类2.4可视化图1.基于
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:40

Nature子刊：Salmon不比对快速宏基因组基因定量

文章目录Salmon：使用双阶段推理对转录本表达进行快速且有偏差意识的量化导读摘要主要结果图1.Salmon与同类软件对比的表现扩展阅读猜你喜欢写在后面[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-z99b05b8-1570846968290)(http://210.75.224.110/Note/LiuYongXin/170306NM/0.jpg)]Salmon：
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:09

metaSPAdes：新型多功能宏基因组拼接工具

文章目录metaSPAdes：新型多功能宏基因组拼接软件热心肠日报摘要结果metaSPAdes流程概述表1.所有数据集和所有组装程序的支架总长度（以兆为单位）图1.支架累计长度图表2.预测基因大于800
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:09

微生物组学研究手段概览2——宏基因组和宏转录组

原创：林二狗宇宙实验媛宏基因组宏基因组测序是将环境总DNA提取出来，随机打断成300/500bp的小片段，然后在片段两端加入通用引物进行PCR扩增测序，然后对测序数据进行质控，再将高质量序列拼接，根据数据库参考信息
宇宙实验媛·2020-08-08 00:52

微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组--转载

转载：https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ建立在高通量测序基础上的微生物群落研究，当前主要有三大类：基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics、鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics。16S，也即是我们通常所说的微生物
weixin_33963594·2020-08-08 00:29

宏基因组测序流程（不完全版）

文章目录所做工作收获宏基因组分析流程Step1.去除宿主污染Step2.去除接头序列Step3.对序列进行进一步质控Step4.对read进行进一步拼接(contig)Step5.对contig进行orf
羊城迷鹿·2020-08-07 23:18

宏转录组学习笔记一

对宏转录组充满了好奇，有这样的比方说，宏基因组可以告诉我们这个微生物群落可能有什么样的功能（潜能），宏转录组就是告诉我们群落正在做什么，相比宏基因组的眉毛胡子一把抓，宏转录组是更针对当下的结果。
zd200572·2020-08-07 23:56

土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学

尽管现在宏基因组测序能够揭示微生物的物种信息和功能基因信息，但是这包含了很多不同生理状态下的微生物DNA。而且通过宏基因组学基因的功能只能预测微生物群落的潜在能力。
刘永鑫Adam·2020-08-07 23:22

众筹编写《微生物组数据分析与可视化实战》——成为宏基因组学百科全书的创始人...

众筹编写《微生物组数据分析与可视化实战》——成为宏基因组学百科全书的创始人高通量测序的发展极大地推动了微生物组/宏基因组领域的发展。
刘永鑫Adam·2020-08-07 23:22

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(181101)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘广告科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析R统计绘图实验设计与技术基础知识必读综述高分文章套路解读科普视频-寓教于乐写在后面欢迎点击上方蓝色
刘永鑫Adam·2020-08-05 11:33

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(190201)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识一作解读文献精读综述泛读高分文章套路解读科普视频
刘永鑫Adam·2020-08-05 11:33

宏基因组学揭示海洋微生物及其病毒的生态学

标题MetagenomicsShedsLightontheEcologyofMarineMicrobesandTheirViruses中文标题宏基因组学揭示海洋微生物及其病毒的生态学期刊TrendsinMicrobiology
刘永鑫Adam·2020-08-05 11:02

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2020.8)

欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们！
刘永鑫Adam·2020-08-05 10:03

微生物菌群宏基因组研究技术分享

近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体，而大量复杂的微生物群体存在培养困难，构成复杂（包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物）。因此如何用高通量精准的了解这些群体的构成，基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况成为首要问题。高通量测序技术的发展，让我们可以不经过培养，一次性了解微生物群落构成甚至基因代谢组成。随着技术的进步，检测方法也逐渐丰富，对应的分析手段和软件算法也
谷禾牛博·2020-08-02 16:06

Nature综述：鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析——2万字带你系统入门宏基因组实验和分析

文章目录NBT：鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析热心肠日报摘要正文图1.宏基因组分析流程概述附图1.用于规划宏基因组学研究的示例工作流程附框1.实验设计中的问题和解决方案鸟枪法宏基因组学研究方案设计样本采集和
刘永鑫Adam·2020-08-02 14:05

Nautre综述：鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析(1)2万字带你系统入门宏基因组实验和分析...

NBT：鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析Shotgunmetagenomics,fromsamplingtoanalysisNatureBiotechnology[IF:31.864]2017-09-12ArticlesDOI
刘永鑫Adam·2020-08-02 14:05

NBT封面：纳米孔基因组测序快速临床诊断细菌性下呼吸道感染

文章目录Nanopore宏基因组测序快速临床诊断细菌性下呼吸道感染热心肠日报主要结果新方法的开发表1：常规医学培养结果和使用本流程宏基因组输出结果比对宏基因组流程优化图1宏基因组流程示意图确定检测极限模拟微生物群落检测优化检测流程表
刘永鑫Adam·2020-08-02 14:05

qiime2+biom+qiime1获得16S物种丰度

我们知道，不管是16S等扩增子测序，还是宏基因组，最后最重要的结果，就是物种的丰度情况了，qiime2给出的16S丰度结果是一个计数，对于许多软件来说这是可用的，那么如果我们想获得一个直接的百分比数据应该怎样做呢
zd200572·2020-08-01 08:22

宏基因组 微生物组 微生物生态领域杂志简介及最新影响因子

综合类自然Nature自然系统等级简介科学Science细胞Cell美国科学院院报PNAS微生物组领域ISMEJournal微生物组MicrobiomemBio微生物学前沿FrontiersinMicrobiologyCNS子刊自然生物技术NatureBiotechnology自然方法NatureMethods自然综述微生物NatureReviewsMicrobiology自然微生物NatureM
刘永鑫Adam·2020-08-01 07:26

转录组数据饱和度评估方法

另外，本来大家还讨论了关于基因组组装、宏基因组测序、以及非编码RNA方面
SHMILYRINGPULL·2020-07-30 19:37

Cell Host综述-建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会

本文“宏基因组”公众号原创。
刘永鑫Adam·2020-07-30 05:46

用iTOL网站快速绘制颜值最高的进化树！

制作注释文件Windows软件安装Linux软件安装准备输入文件生成注释文件注释文件美化方案1.属名称多分类层级方案2.丰度柱状图方案3.热图方案4猜你喜欢写在后面本文“宏基因组”公众号原创作者：中科院微生物所周欣
刘永鑫Adam·2020-07-30 05:46

生物信息学初学——山大公开课笔记

分子进化系统发生；蛋白质结构预测与分析；基因组学与蛋白组学；序列算法；统计基础；数据挖掘；编程基础与网页制作生物信息学研究对象核酸测序及应用；基因序列注释；基因预测；核酸序列比对；核酸数据库；比较基因组学；宏基因组学
weixin_42953727·2020-07-30 04:44

Bioconda软件安装

Conda安装和配置Conda基本使用Conda的channel创建不同的软件运行环境Conda配置RConda环境简化运行Reference生信宝典，换个角度学生信生信宝典，生物信息学习系列教程，转录组，宏基因组
生信宝典·2020-07-29 23:17

Docker的基本使用-Ubuntu18.04

本文以最新的Ubuntu18.04LTS版本为例，学习Docker的使用和布置宏基因组分析
刘永鑫Adam·2020-07-29 07:29

STAMP：扩增子、宏基因组统计分析神器(中文帮助文档)

简介软件简介STAMP能干什么分析实战输入文件多组比较——肠型属性面板功能简介图表类型介绍统计表导出其它功能统计方法关于样本重复多组比较分析两组分析两样品常见问题读入文件错误实验设计和丰度矩阵样品名不对应总结Reference猜你喜欢写在后面之前本平台分享过STAMP的使用：-微生物组间差异分析神器-STAMP今天带来了更详细、深入的讲解和高级玩法。简介软件简介STAMP是一款用于分析微生物分类和
刘永鑫Adam·2020-07-28 23:51

一款使用sklearn基础包机器学习糖尿病患者体内微生物含量数据的软件

目前二大测序技术的广泛普及，从患者体内获取样本直接测宏基因组的含量变得非常可行。我获取了4400名健康和患糖尿病的数据，体内的微生物含量以及换算成百分比，加和比例接近1。
91年高端·2020-07-14 07:33

单细胞研究|| 利用 Illumina®技术的近期单细胞研究文献综述(数据分析)

单细胞研究||利用Illumina®技术的近期单细胞研究文献综述（应用篇一）主要介绍单细胞技术在癌症、宏基因组学、干细胞、发育生物学、免疫学、神经生物学方面的应用。
周运来就是我·2020-07-13 12:17

USEARCH —— 最简单易学的扩增子分析流程

中文帮助文档(USEARCHChinesemanual)USEARCH官方英文主页：http://www.drive5.com/usearch/本站经USEARCH作者RobertEdgar授权，由《宏基因组
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:47

宏基因组公众号征稿、招聘、转载、合作启事

文章目录宏基因组公众号征稿、招聘、转载、合作启事公众号简介征稿宏基因组分析一作解读文献阅读生信经验科普文章招聘、求职关于转载商业合作猜你喜欢写在后面宏基因组公众号征稿、招聘、转载、合作启事注：点击文中蓝色链接
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:15

宏基因组理论教程3PICRUSt功能预测

之前分享的加拿大生信网出品的《宏基因组分析教程》，有1万多位朋友阅读，有近2000多小伙伴下载了课程PPT。但不知有多少小伙伴真正仔细学习过。收藏是没有用的，只有真正多学几遍才有收获。
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:15

16S预测宏基因组最强R包-Tax4Fun

其中提到了4个软件，之前已经介绍了其中非常有特点的三种，分别为：-PICRUSt预测宏基因组：优点是高引流行，但缺点是数据太旧，GreenGene数据库13年5月后再无更新。
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:14

ggbiplot-最好看的PCA作图：样品PCA散点+分组椭圆+主成分丰度和相关

写在前面https://github.com/vqv/ggbiplot/blob/master/README.md前几天在《宏基因组0》微信讨论群看到了有人发了一个上面链接，点开一看居然是一条命令出帅图
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:14

扩增子统计绘图7三元图

本网对Markdown排版支持较差，对格式不满意的用户请跳转至或“宏基因组”公众号阅读；写在前面优秀的作品都有三部分曲，如骇客帝国、教父、指环王等。
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:42

最后2周 | 高级转录组分析和R语言数据可视化第十一期 (报名线上课还可免费参加线下课)...

“福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课。
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:41

宏基因组分箱后续

宏基因组分箱后续1.分箱流程2.代谢潜能分析2.1代谢通路构建2.2基因簇分析3.进化树构建3.1物种选择3.1.1如何从NCBI批量下载genome数据3.2进化树构建3.2.1序列选择用16SrRNA
ruby912·2020-07-11 22:36

宏基因组有参分析和无参分析差异

宏基因组有参分析和无参分析差异分析流程解决问题结果差异宏基因组流程综述本文参考宏基因组教程MetagenomicsTutorial(HUMAnN2)分析流程有参流程：质控–物种组成和功能组成分析–差异分析及可视化无参流程
ruby912·2020-07-11 22:06

ZT:微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组

本文转自：生信者言建立在高通量测序基础上的微生物群落研究，当前主要有三大类：基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics、鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics。16S，也即是我们通常所说的微生物多样性，是一种相对快速和经济适用的方法，但是PCR导致了偏好的产生，这就降低了注释准确
felixhell·2020-07-10 09:17

高通量测序的方式：单端测序、paired-end/mate-paired(PE/MP)测序 解释

该方式建库简单，操作步骤少，常用于小基因组、转录组、宏基因组测序。PE
soyabean555999·2020-07-10 02:17

生信 | GeneMark

（参考）基因预测原理：宏基因组分析——基因预测篇宏基因组基因预测一般包括同源预测和从头预测。
rojyang·2020-07-10 01:27

宏基因组合种华山松、云杉专车3天领证

现在机会来了，宏基因组公众号发起的合种树活动，集合大家的力量，自2019年8月份成立的宏基因组合种树目前已经完成了150+颗大树的种植。而且拥有全网最强蓄水量，可以秒杀任何新树种，机会给有准备的人。
刘永鑫Adam·2020-07-09 00:49

知乎高赞：硕博生、留学生都在关注的几个公众号

宏基因组长按二维码【识别图中二维码】关注宏基因组/
刘永鑫Adam·2020-07-09 00:49

通过Linux命令行使用Aspera全速上传测序数据到NCBI数据库

----小蓝哥为什么要上传数据师姐找我帮忙上传宏基因组数据到NCBI，大概是45G。
研究僧小蓝哥·2020-07-08 06:41

宏基因组分析4-宏基因组组装(MEGAHIT,IDBA)

MegaHithttp://www.l3-bioinfo.com/products/megahit.htmlhttps://github.com/voutcn/megahit安装sudoaptinstallg++zlib1g-devgitmakecmakecd/home/llt/softwaregitclonehttps://github.com/voutcn/megahit.gitcdmegah
l_lightning·2020-07-06 21:16

宏基因组理论教程2扩增子分析

之前分享的加拿大生信网出品的《宏基因组分析教程》，有1万多位朋友阅读，有近2000多小伙伴下载了课程PPT。但不知有多少小伙伴真正仔细学习过。收藏是没有用的，只有真正多学几遍才有收获。
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:00

Nature Method：HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析

文章目录HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析简介热心肠日报导读摘要主要图表图1.HUMAnN2分层式搜索在同类软件中准确率最高图2.人类核心微生物组的贡献多样性图3.海洋浮游生物界温跃层相关微生物的酶图
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:27

EggNOG功能注释数据库在线和本地使用

文章目录COG简介eggNOG简介eggNOGmapper在线版eggNOGmapper本地版安装说明软件安装数据库下载基本使用HMMER方法diamond方法结果解读高级使用服务器共用内存模式宏基因组大数据模式同源检索功能注释附
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:27
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