单细胞基因组学第15页

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯分析联合大全

作者，追风少年i周四了，一周最好的时光，不知道大家感觉怎么样了？2022年上半年的最后一天，时光总是匆匆，不会为自己停留片刻。白哥有一句台词，之前做的再好也回不去了，项目交出去的那一刻，便不再属于自己，那如果新的项目做不成，就该考虑换个工作了~~~~你再有辉煌也都是过去的事情了，要是因为过去的事出不来的话，我们就会越来越平庸。半年了，我们要做总结，希望大家都能在自己擅长的领域有所成就~~~图片.p

单细胞空间交响乐·2023-09-22 22:58

10X单细胞（10X空间转录组）分析之将单细胞转录组映射到拷贝数进化树（scatrex）

hello，大家好，今天我们来分享一个很有意思的分析，那就是根据单细胞CNV数据绘制进化树，大家常见的进化树是下面这样的。

单细胞空间交响乐·2023-09-22 13:48

宏基因组介绍

广义的宏基因组或宏基因组学泛指研究微生物群体组成、功能基因、代谢产物的学科、以揭示微生物组

斗战胜佛oh·2023-09-22 10:26

通过包含病毒的单细胞测序揭露重症登革热发展过程的分子信号

Virus-inclusivesinglecellRNAsequencingrevealsmolecularsignaturepredictiveofprogressiontoseveredengueinfection题目：通过包含病毒的单细胞测序揭露重症登革热发展过程的分子信号作者及单位

猫姐Lily·2023-09-22 07:54

人族最厚颜无耻自大的词“进化”

从第一个单细胞生物开始，生物的“进化”从来都不是主动的，甚至不是有计划有目标的，因为它的本名叫“基因突变”：当环境改变时，一方面会造成环境中生物的大范围死亡，同时也会提高生物的基因突变概率，当“瞎猫碰到死耗子

想你到脑缺氧·2023-09-22 03:52

progeny PROGENy

单细胞之富集分析-6：PROGENy-简书(jianshu.com)#request2.libPaths(c("/home/data/t040413/R/x86_64-pc-linux-gnu-library

Young.Dr·2023-09-22 02:24

【空间转录组】MIA分析

需要单细胞和空间转录组两种组学数据，数据最好配对。MIA原理上图是示例图，一个region是否富含某一种细胞类型，看的是一个region高表达的基因和一个celltype

TOP生物信息·2023-09-21 23:56

2022-01-21

NatBiotech|整合精细单细胞类型和空间数据原创图灵基因图灵基因2022-01-2109:00收录于话题#前沿分子生物学技术有人说，空间转录组学是一项将彻底改变细胞和组织研究的技术。

图灵基因·2023-09-21 22:50

R语言实现高级的韦恩图可视化（UpSetR）

hello,大家好，不知道下面这张图大家还有印象么图片.png在我之前分享的文章10X单细胞（10X空间转录组）之细胞通讯软件之间的分析比较中，大量采用这样的图进行展示，后来呢，在文章文章中的哑铃图复现

单细胞空间交响乐·2023-09-21 01:33

单细胞测序数据怎么分析肿瘤进化

众所周知，肿瘤具有高度的异质性，在不同癌种、不同病例、不同细胞间，都存在巨大差异。这种差异表现在基因表达水平、基因组变异水平、染色体稳定性水平等多个层面。多个层面的异质性均与差预后显著相关，同时作者也揭示特定基因和特定拷贝数变化在肿瘤发生发展中的作用（图1）。图1：不同样本的不同变异类型的克隆占比以及其生存分析使用组学测序来探究肿瘤的异质性被证明十分有效，例如之前大名鼎鼎的PCAWG计划，该项目从

felix108·2023-09-21 00:44

单细胞转录组高级分析四：scRNA数据推断CNV

本文是参考学习单细胞转录组高级分析四：scRNA数据推断CNV的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。

Seurat_Satija·2023-09-20 13:17

文献阅读 EMM：癌症中的单细胞转录组学-计算的挑战与机遇

学习一篇综述文献：Single-celltranscriptomicsincancer:computationalchallengesandopportunities，2020年发表于Experimental&MolecularMedicine，DOI号：https://doi.org/10.1038/s12276-020-0422-0。（第一作者JeanFan是Harvard大名鼎鼎的BIG生信

林枫bioinfo·2023-09-20 11:01

代码分析 | 单细胞转录组clustering详解

聚类可视化NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2023-09-20 04:14

单细胞转录组在心血管系统发育、疾病与医学中的研究

需要一步一步去咀嚼，不要在头脑中模棱两可Single-cellRNAsequencingincardiovasculardevelopment,diseaseandmedicine导读：在过去的10年里，单细胞

不如好好学生信吧·2023-09-20 03:27

青云天123·2023-09-19 20:34

Nature综述：单细胞和空间转录组的数据整合

然而，单细胞测序破坏了细胞间的空间关系，而空间转录组并不能区分出特定的细胞。

概普生信·2023-09-19 14:02

（2）10X单细胞聚类

概述细胞聚类：基于基因表达信息，将表达谱相近的细胞聚为一类，表达差别大的细胞彼此分开。Seurat使用image.pnglibrary(Seurat)library(ggplot2)library(dplyr)options(stringsAsFactors=F)##第1步：读入表达矩阵data=250&nFeature_RNA%group_by(cluster)write.table(marke

呆呱呱·2023-09-19 10:34

10X单细胞（10X空间转录组）TCR数据分析之TCRdist(3)

今天我们继续扫盲，学习一些基础的知识和概念。Geneenrichmentandcovariationanalysis其实我们在做TCR分析的时候，应该也是实验组+对照组进行分析，其中做重要的就是我们要寻找实验组在接受病原刺激后TCR重排选择基因的偏好性。GeneusagepreferenceswerequantifiedbycalculatinganormalizedJensen–Shannond

单细胞空间交响乐·2023-09-19 07:25

Seurat4.0系列教程4：整合分析

scRNA-seq整合简介对两个或两个以上单细胞数据集的整合分析提出了独特的挑战。特别是，在标准工作流下，识别存在于多个数据集中的基因可能存在问题。

Seurat_Satija·2023-09-18 22:33

单细胞36计之4以逸待劳---Integrating stimulated vs. control PBMC datasets to learn cell-type specific respo...

第四计以逸待劳指作战时不首先出击，养精蓄锐，以对付从远道来的疲劳的敌人。困敌可用积极防御，逐渐消耗敌人的有生力量，使之由强变弱，而我因势利导又可使自己变被动为主动，不一定要用直接进攻的方法，同样可以制胜。Tutorial:Integratingstimulatedvs.controlPBMCdatasetstolearncell-typespecificresponsesCompiled:June

Seurat_Satija·2023-09-18 15:55

AI与医疗保健：革命性技术如何拯救生命

文章目录引言AI的应用领域1.影像识别2.疾病诊断3.药物研发4.个性化治疗AI技术1.机器学习2.深度学习3.自然语言处理4.基因组学实际案例1.GoogleHealth的深度学习模型2.IBMWatsonforOncology3

IT·陈寒·2023-09-18 14:17

从磁盘阵列到centos8.3系统安装

1.起因最近再跑单细胞的数据时，忽然服务器提示/home文件夹占满了，想起我当时把数据放到Desktop了，需要从系统盘转移到存储盘，但是系统提示没有存储盘。

土豆学生信·2023-09-18 11:44

10X单细胞空间联合分析揭示儿童脑肿瘤的细胞起源

这一篇我们要继续分享单细胞空间联合分析的内容，参考文献在Mappingpediatricbraintumorstotheiroriginsinthedevelopingcerebellum,单细胞空间技术

单细胞空间交响乐·2023-09-18 11:21

单细胞imputation数据补全之KNN-smoothing

单细胞测序面临的一个不可忽视的技术问题，就是dropout事件（表达大量的0值，表达矩阵比较稀疏），如何克服这些噪声，研究者开发了一些方法，用以填补这些0值，克服技术噪声。

好风凭借力·2023-09-18 09:16

单细胞测序的纯生信套路

单细胞RNA测序揭示细菌性肺炎继发脓毒症发病机制中的免疫细胞功能障碍背景知识：在脓毒症期间，宿主对感染病原体的免疫反应失调会导致器官功能障碍。

概普生信·2023-09-18 06:26

scanpy用于单细胞的降维聚类分析

hi，大家好，好久不见，这次跟大家分享一个单细胞降维聚类的新的分析方法scanpy，目前大部多数文章用的单细胞分析均用的Seurat分析包，目前已经更新到了3.0版本，在原有的基础上进行了优化，最大的变化就是在

单细胞空间交响乐·2023-09-18 02:25

10X空间转录组与卷积神经网络（CNNs）

相信许多做生物信息学的童鞋来说，空间转录组是最近很火的技术，但是不知道大家发现了没有，我们做空间的分析对于空间位置信息利用的很少，大多数情况我们就是把很多单细胞的分析方法映射于空间，从生物学的角度看，当然是没有问题的

单细胞空间交响乐·2023-09-17 10:19

单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法

InferCNV可以用于肿瘤单细胞RNA-Seq数据中鉴定大规模染色体拷贝数变异，例如整个染色体或大片段染色体的扩增或缺失。

TOP生物信息·2023-09-17 08:29

关于单细胞TPM、Count数据的处理

今天正好看了一个很优秀的帖子答读者问(6)：单细胞TPM矩阵如何分析？，就着github写一点总结，方便以后自己处理TPM数据的时候用。

18kkk·2023-09-17 06:42

专栏十：10X单细胞的聚类树绘图

经常在文章中看到对细胞群进行聚类，以证明两个cluster之间的相关性，这里总结两种绘制这种图的方式和代码，当然我觉得这些五颜六色的颜色可能是后期加的，本帖子只总结画树状图的方法例一文章Single-cellanalysesimplicateascitesinremodelingtheecosystemsofprimaryandmetastatictumorsinovariancancer1.图1

18kkk·2023-09-17 06:40

单细胞教程04-09

发了几次总是被锁定，哎，再发一次吧04单细胞测序质量控制https://mp.weixin.qq.com/s/Q8TtPfELASf0E5u2WsXg0g05单细胞RNA-seq：归一化和PCA理论https

土豆学生信·2023-09-17 03:18

Cell｜单细胞分析揭示结直肠癌中髓系靶向治疗的机理

等在Cell上发表了题为“Single-CellAnalysesInformMechanismsofMyeloid-TargetedTherapiesinColonCancer”的研究文章，该研究通过单细胞测序技术对结直肠癌患者肿瘤组织免疫细胞亚群进行了分析

LifeScienceMed·2023-09-17 00:43

单细胞数据可视化工具怎么选？硬核测评13种scRNA-seq可视化工具

单细胞交互式分析和可视化工具已被科研界广泛采用。它们使数据导入、公共数据访问和分析更容易为用户所用，并加速了科学的发展。

尐尐呅·2023-09-16 03:49

芯周刊·第3期 | 单细胞&空间转录组测序文献速览导读

01单细胞转录组结果协助重新定义结直肠癌亚型目前，结直肠癌分子亚型主要考虑上皮亚型、微卫星状态和纤维化，分为微卫星不稳定免疫激活型、经典型，代谢型，间质型，这种分类方法无法区分癌细胞和基质细胞的个体差异

生物芯时空·2023-09-16 01:06

10X单细胞-10X空间转录组联合分析之八----STRIDE（三维重构）

这一次我们来分享一下单细胞空间联合分析的软件STRIDE，文章在STRIDE:accuratelydecomposingandintegratingspatialtranscriptomicsusingsinglecellRNAsequencing

单细胞空间交响乐·2023-09-15 23:21

【空间&单细胞组学】第2期：联合单细胞和bulk转录组鉴定了结直肠癌中两种上皮肿瘤细胞状态，并完善了CMS分型

这次的文献分享，dy讲解的文献标题为：联合单细胞和bulk转录组鉴定了结直肠癌中两种上皮肿瘤细胞状态，并完善了CMS分型。

TOP生物信息·2023-09-15 07:12

生命从一开始就被设计好了？

对于这个问题，目前科学界比较公认的结论是地球上的生命都是来自于海洋上的单细胞生

素子_a7f4·2023-09-15 02:31

预测多基因扰动的转录结果

作者提出了图增强的基因激活和抑制模拟器（GEARS，graph-enhancedgeneactivationandrepressionsimulator），这是一种将深度学习与基因-基因关系知识图相结合的方法，利用单细胞

tzc_fly·2023-09-14 16:57

音视频技术开发周刊 | 310

学术头条|基于网络科学的人工智能揭示基因信息如何利用单细胞塑造形体近日，由清华大学脑与智能实验室复杂网络智能中心（CCNI）主任CarloVittorioCannistraci教授与北京大学韩敬东教授共同指导的国际科学家团队在

LiveVideoStack_·2023-09-14 12:43

ATAC-seq数据可视化——超简单教程

大家好这里是有时候季更，有时候月更的基因组学研究生。上一期记录了ATAC数据从Fastq数据到bam文件的处理脚本。

基因组学研究生·2023-09-14 10:55

精选| 2020年2月R新包推荐(第39期）

此次整理了十一个类别，分别为数据、计算方法、基因组学、机器学习、数学、医学、科学、统计学、时间序列、效率工具

黄小伟Yeah·2023-09-14 07:16

单细胞数据整合鉴定肿瘤细胞

公众号：生信诊断所本文是一则学习笔记，但有干货这里的数据是保密的，做了哪些处理也不能说。就单纯为了测试liger整合数据和Seurat对象直接的转换，还有scCATCH工具的细胞类型注释。LIGER（LinkedInferenceofGenomicExperimentalRelationships）基因组实验关系关联推断,用一种整合非负矩阵分解算法。主要的步骤分为：数据预处理和归一化，联合因子分解

11的雾·2023-09-14 06:21

3行代码基于python的matplotlib绘制桑基图

比如：在基因组学领域，有研究利用桑基图来表示生物分子之间的调控关系。目前多数桑基图软件包(如plotly等)大多数调用了d3.js，它允许提供一些可交互操作，但安装和使用的参数设定有一定不便利。

ProbSimplex·2023-09-14 03:12

2022-04-12

NatBiotech丨单细胞形态和转录状态的综合空间分析原创珍奇图灵基因2022-04-1209:54收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：珍奇IF：54.908推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、本文提出了一种多模式结构化嵌入

图灵基因·2023-09-13 18:39

1-2细胞的结构

细胞的结构一.细胞学说所有动植物都是由细胞组成细胞是生物的基本单位新细胞由老细胞分裂产生二.多种多样的细胞原核细胞(单细胞生物)细胞壁:肽聚糖等细胞膜:普通膜(后面会讲)核糖体拟核:裸露的DNA不与蛋白质结合特殊结构

HURC咸鱼·2023-09-13 11:09

基于 Cell ID 的单细胞基因指纹特征提取和细胞身份识别的新方法

题目是“Genesignatureextractionandcellidentityrecognitionatthesingle-celllevelwithCell-ID”，翻译出来是“基于CellID的单细胞水平基因指纹特征提取和细胞身份识别方法

黄树嘉·2023-09-13 10:46

生信分析 Cell详解|大规模单细胞转录组分析揭示COVID-19免疫学特征（张泽民团队力作！）

主刊，题目为“COVID-19immunefeaturesrevealedbyalarge-scalesinglecelltranscriptomeatlas”，文章第一作者和通讯作者中汇集了多名我国单细胞测序方面的顶尖专家

概普生信·2023-09-13 09:12

【文献解读】结合基于微阵列的空间转录组和单细胞RNA-seq揭示胰腺导管腺癌的组织结构

单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够系统地识别组织中的细胞群，但表征它们的空间组织仍然具有挑战性。

六博说·2023-09-13 08:00

10X单细胞（10X空间转录组）批次效应去除大盘点

单细胞空间交响乐·2023-09-12 14:59

深度学习在医疗保健领域的应用：从图像识别到疾病预测

文章目录深度学习在医学影像识别中的应用1.癌症检测2.病理学图像分析3.医学图像分割深度学习在疾病预测中的应用1.疾病风险预测2.疾病诊断辅助3.药物研发深度学习在个性化治疗中的应用1.基因组学分析2.

IT·陈寒·2023-09-12 13:50

推荐频道

单细胞基因组学