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单细胞基因组学
单细胞
数据科学的十一个重大挑战
随着
单细胞
技术的成熟,人们得以在
单细胞
水平观摩生命现象了,在这波技术浪潮中似乎要把自人类基因组积累的生命科学技术都在
单细胞
水平上应用一遍,其中最常见的就是测序技术。
周运来就是我
·
2023-09-12 08:24
一文读懂10X
单细胞
上游分析软件cellranger
随着
单细胞
研究越来越多,基于Single-CellSequencing发表的文章也越来越多,涉及领域涵盖了肿瘤、发育、神经科学、免疫等。如何从庞大测序数据中获得单个细胞的表达谱成为数据解析的关键点。
Seurat_
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2023-09-12 05:58
单细胞
转录组细胞注释概述
细胞注释三步走:1)自动注释、2)手动注释、3)验证图片首先,自动注释目前分两大类,一类是用预定的‘markergene’(比如:在某一种类型的细胞中表达某一种特定的基因),我们称marker-basedannotation。另一类是通过和一些已知的细胞类型比较细胞或cluster的基因表达模式来注释。我们称reference-based或Correlation-basedannotation自动
11的雾
·
2023-09-12 02:17
【突破钆污染限制,探CyTOF应用无限可能】 浙大医学院陈伟教授课题组开发了去除质谱流式数据中钆污染信号的新算法
该文章开发了一套用于去除
单细胞
质谱流式数据中的钆污染信号的计算方法。普罗亭参与了该研究全过程,从前期的实验设计,样本处理,上机检测、数据分析
普罗亭
·
2023-09-12 01:59
超体
人从
单细胞
互相关联起来形成网络大脑开发到现在的百分之一已经发展到当今社会的样子,当人脑开垦到百分之二十人将变得无限的求知欲更加强烈,情感慢慢消失超脱肉身束缚。
海洋A00
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2023-09-11 23:44
单细胞
分析去除批次效应/整合数据
上一篇已经讲解了Seurat标准流程,推文的最后,注意到了不同样本之间的表达数据是存在批次效应的,就像下图这样,有些是可以聚到一起的亚群,却出现了不同样本分开/偏移的情况,比如第3群,这种就是批次效应:image接下来我会介绍Seuratv3的标准整合流程、Seurat结合Harmony的整合流程,仍然使用上一个数据集1.Seuratv3的标准整合流程对于不同样本先分别运行Seurat的标准流程到
Seurat_Satija
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2023-09-11 23:32
果蝇胚胎
单细胞
转录组图谱
在这里,我们使用
单细胞
测序精确分期的胚胎,并设计了Dis
周运来就是我
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2023-09-11 19:23
【空间&
单细胞
组学】第1期:
单细胞
结合空间转录组研究PDAC肿瘤微环境
6.19那天我在公粽号发布了创建空间&
单细胞
组学文献学习小组的帖子,同时出了几个思考题。因为人数有所控制,最终的小组成员只确定了9位,还有十多位联系我的朋友,没有赶上这次的班车,向你们表示歉意。
TOP生物信息
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2023-09-11 19:30
单细胞
分析---测序文库拆分 (Demultiplexing)
对于所有数据类型,”文库拆分”涉及从一端或双端短序列中识别和移除细胞条形码序列(cellbarcode)和UMI。如果提前知道加入的细胞条形码,比如数据来自基于PCR板的方案,只需要找到条形码并与条形码库作比对,归类于与之最相似的那个就可以(根据条形码的设计,一般允许最多1-2个错配)。这些数据通常在比对之前先做拆分,从而可以并行比对,提高效率。我们可以利用很多公开的脚本,可以拆分任何plate-
jjjscuedu
·
2023-09-11 11:00
10X
单细胞
(10X空间转录组)TCR转录组联合数据分析之TCRdist3(7)neighbor graph analysis(CoNGA)
今天我们来分享CoNGA的分析原理,其实我们最关系的就是和是怎么计算和运用的。首先是TCR的分析(10X的结果文件)Clonotypedatafrom10xgenomicsisfirstconvertedintoaTCRdist'clonesfile'andthematrixofTCRdist(这个软件提到过很多次了)distancesiscomputed.1、克隆数据的过滤2、Kernelpri
单细胞空间交响乐
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2023-09-11 09:01
[生信]
单细胞
测序数据分析的各类软件汇总
Github上有人收录了各类
单细胞
RNA测序的数据分析软件,包括RNA-seq和ATAC-seq等。https://github.com/seandavi/awesome-single-cell
MC学公卫
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2023-09-11 02:54
2022《Cell》 作物驯化与育种中的整合
基因组学
导读野生植物被成功地驯化为农作物是人类文明的大事件。该过程的成功很大程度上要归功于持续的人工选择。本文总结了过去十年在作物驯化和育种研究中的新发现。作物基因组图谱的构建和众多性状控制基因的功能解析为科研提供了基础信息。在许多植物的研究中都正在应用读取、解读和改造复杂遗传信息的方法来高效地从头设计物种或对野生种进行重新驯化。了解作物微观进化的潜在机制,将其应用于农业生产,或将为未来应对粮食安全方面的
生信师姐
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2023-09-10 21:03
PMBOK之旅|| 项目运行环境
大家好,我是周运来,是一名
单细胞
的产品经理,我所承担的工作职责就是产品管理和项目管理工作。简单地说,我们是通过一个个项目来管理我们的业务,项目管理和业务思维是不可分割的一体两面。
周运来就是我
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2023-09-10 20:13
SCS【34】
单细胞
/T细胞/抗体免疫库数据分析(immunarch)
简介immunarch是专为分析T细胞受体(TCR)和B细胞受体(BCR)而设计的R包,主要为医学科学家和生物信息学家量身定制。immunarch的使命是使免疫测序数据分析尽可能轻松,帮助您专注于研究而不是编码。关键特性1.Dataagnostic快速轻松地操作免疫库数据:A.软件包自动检测文件的格式-不再猜测文件的格式(可分析任何类型的数据:single-cell,bulk,datatables
桓峰基因
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2023-09-10 20:13
数据分析
数据挖掘
号外号外,桓峰基因
单细胞
生信分析免费培训课程即将开始,快来报名吧!
单细胞
生信分析教程桓峰基因公众号推出
单细胞
生信分析教程并配有视频在线教程,目前整理出来的相关教程目录如下:Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之
桓峰基因
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2023-09-10 20:12
信息可视化
10X
单细胞
(10X空间转录组)TCR转录组联合数据分析之(8)neighbor graph analysis(CoNGA)
今天我们来分享10X
单细胞
和TCR联合分析的代码部分,之前的基础知识,大家要掌握,代码已经是最后一步了。
单细胞空间交响乐
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2023-09-09 17:20
10X
单细胞
联合空间转录组技术解析结直肠癌肿瘤微环境
好了,继续我们
单细胞
空间的研究内容,今天分享的文章在Single-cellandspatialanalysisrevealinteractionofFAP+fibroblastsandSPP1+macrophagesinc
单细胞空间交响乐
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2023-09-09 15:08
复现3:AD外周血的
单细胞
转录组与免疫组库分析
Single-CellRNASequencingofPeripheralBloodRevealsImmuneCellSignaturesinAlzheimer'sDiseasePMID:34447367|IF=7.561|FrontImmunol.2021Aug91、关于文章文献思路:作者对来自AD病人与Normal对照的外周血取样,同时进行
单细胞
转录组测序与
单细胞
免疫组库测序
小贝学生信
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2023-09-09 15:03
达尔文进化论出错了吗?为什么在五亿年前,寒武纪发生生命大爆发
达尔文的进化论认为所有生物都只有一个共同祖先,生物是从简单到复杂,从
单细胞
到多细胞逐渐发展而来。但寒武纪的生物似乎是突
寒武纪来客
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2023-09-09 09:54
10X
单细胞
(10X空间转录组)轨迹分析(拟时分析)之VECTOR
hello,大家好,今天分享一个轨迹分析的软件VECTOR,文章在UnsupervisedInferenceofDevelopmentalDirectionsforSingleCellsUsingVECTOR,2020年8月发表于CellReport,影响因子8.1分,关于轨迹分析的软件太多了,我们这次来看一看示例代码UnsupervisedInferenceofDevelopmentalDire
单细胞空间交响乐
·
2023-09-09 06:10
2022-08-03
单细胞
findmarker找到的基因居然vlnplot时发现上下调不一致?
做
单细胞
转录组的数据的时候很多时候都找了一个细胞类型之后,想知道这个细胞类型中case和control组上下调基因时怎么样的,做差异嘛,大部分都会做到,这里讲我犯得一个错误。
jiarf
·
2023-09-09 06:22
病原宏基因组测序技术(有点乱)
病原宏基因组二代测序(mNGS),是不基于培养,直接从环境/临床样品中提取全部微生物的DNA,利用
基因组学
的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能,可广泛分析
晓佥
·
2023-09-09 01:50
单细胞
数据库整理
一、human和mouse的
单细胞
数据库1.PanglaoDB人鼠
单细胞
数据库,比较全面,数据库里面也有celltypeMarker2.SingleCellPortal-BroadInstitute界面不是那么好用
Seurat_Satija
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2023-09-08 17:32
Seurat4.0系列教程18:Weighted Nearest Neighbor Analysis(WNN))
同时测量多种模式的数据,也称为多模式分析,代表了
单细胞
基因组学
的一个令人兴奋的前沿,迫切需要新的算法来定义基于多种数据类型的细胞状态。
Seurat_Satija
·
2023-09-08 07:53
【
基因组学
】使用IGV可视化查看基因组重测序比对结果
写在前面IGV能够将基因组的变异情况可视化,因此广泛应用于
基因组学
的研究中。下面我以windows下的IGV为例,介绍一下IGV在查看基因组变异方面的应用。
巩翔宇Ibrahimovic
·
2023-09-08 06:32
跟着Science学分析之
单细胞
组织偏好性分析(OR)
我们之前写过计算
单细胞
比例的很多帖子,目的就是看看对照组与实验组相比,是否有些细胞类型或者亚群数量发生了显著改变:最近,看到之前张泽明教授团队发表在Science上的文章:《Pan-cancersinglecelllandscapeoftumor-infiltratingTcells
KS科研分享与服务
·
2023-09-08 05:37
人体肺部组织发育过程中R-spondin2阳性间质细胞形成Bud tip 祖细胞生态位(一)
本文作者通过人体肺组织
单细胞
RNA测序数据发现发育过程中间质细胞群高度富集WNT信号通路分子Rspo2,同时budtip邻近部位高表达Rspo2受体Lgr5分子。
玫姝儿
·
2023-09-08 02:14
实用干货|如何开始
单细胞
测序数据分析
近5年来,
单细胞
检测方法已经能够在单个实验中监测数千个单个细胞的基因和蛋白质表达、遗传和表观遗传变化。
百奥益康
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2023-09-07 22:09
单细胞
RNA-seq+调控网络,深度剖析TNBCSingle-cell RNA-seq dissects the intratumoral heterogeneity of triple-neg...
Single-cellRNA-seqdissectstheintratumoralheterogeneityoftriple-negativebreastcancerbasedongeneregulatorynetworks基于基因调控网络的
单细胞
生信学霸
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2023-09-07 14:08
单细胞
测序在发育生物学的应用
2019《Nature》:哺乳动物胚胎发生的分子足迹加州大学旧金山分校的研究人员开发了一种进行
单细胞
读数的灵活,高通量,多通道分子记录仪进行进化谱系示踪,绘制小鼠从受精卵到原肠胚形成图谱。
today_is_geqi
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2023-09-07 10:34
使用Palantir进行
单细胞
发育轨迹推断分析
Palantir是一种对
单细胞
测序数据进行分化发育轨迹推断的算法,于2019年发表在NatureBiotechnology上。
Davey1220
·
2023-09-07 07:40
ArchR官网教程学习笔记15:ArchR的整合分析
ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类ArchR官网教程学习笔记6:
单细胞
嵌入
生信start_site
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2023-09-07 04:53
2022-12-28
Cell|大规模平行测量抗原肽序列、TCR序列和
单细胞
转录组原创风不止步图灵基因2022-12-2810:11发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文:风不止步IF=66.85推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点
图灵基因
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2023-09-06 22:13
最新11+基因集泛癌生信,细胞衰老,既是经典又是热点
本文将衰老水平的计算指标定义为CS评分,以描述33种癌症类型和29种正常组织的CS评分,并通过整合来自约2万名患者和约21.2万
单细胞
图谱的多平台数据,探索CS相关表型。
生信小课堂
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2023-09-06 14:54
2022-07-25
NatRev|
单细胞
表观
基因组学
揭秘顺式调控元件原创huacishu图灵基因2022-07-2511:03发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=59.581推荐度:⭐⭐⭐⭐
图灵基因
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2023-09-06 12:57
单细胞
分析工具收集的网页:www.scRNA-tools.org
已发表推文请查看:https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg4MjA2NTY5OQ==&mid=2247483869&idx=1&sn=05dc75c4474cc8f0ee7a87a74bd0ad54&chksm=cf5d2991f82aa087d199d88c2fce26c41547f60f82fb991c40f7869dba7617c5ac03da95ab85&t
Amy_Cui
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2023-09-06 05:16
【
单细胞
】
单细胞
数据的批次效应
在数据分析的时候,我们的目标是一般都是找到样本之间真实的生物学差异。但是这种真实的生物学因素往往会受到各种因素影响,举几个场景:不同样本同一样本的生物学重复同一样本的技术重复同一样本在同一个实验室由同一团队在不同时间点处理同一细胞系/植物组织在不同实验室不同建库策略,10X平台,Drop-seq,SMART2-seq不同测序平台,BGI/Illumina不同分析流程(甚至一个工具的多个版本,如sa
jjjscuedu
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2023-09-06 04:13
细胞发育学—小胶质细胞_Science
历史推荐汇总:2019年共推荐81篇
单细胞
领域高分文章(
单细胞
文献速递81篇·再见2019)。
安哥生个信
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2023-09-06 04:31
seurat
单细胞
转录组整合分析教程-02
接前面的流程,我们使用FindIntegrationAnchors()函数识别锚点,该函数将Seurat对象列表作为输入,并使用IntegratedData()函数,用这些锚点将两个数据集集成在一起。ifnb.list#$CTRL#AnobjectofclassSeurat#14053featuresacross6548sampleswithin1assay#Activeassay:RNA(140
whitebird
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2023-09-06 02:00
动物简史 - 草稿 - 草稿 - 草稿
生命起源,到现在仍然是未解之谜,也许是因为偶然,也许也是注定,但不管怎么样,这非常神奇,在这神奇的起源后,又有了许许多多的奇奇怪怪的生物,现在让我们来看看动物的整个发展历程,首先就是最原始的单核细胞,也就是
单细胞
原生动物
1hy39
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2023-09-06 01:37
由你来设计怪诞的生物《孢子》
玩家最初扮演一个
单细胞
逐步进化成太空文明角色,游戏里玩家可以打造属于自己的世界,包含冒险、探索、创造等元素。在微生物时期,我们能选择我们生物的取食种类(肉食、杂食、素食)。
游戏种草群
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2023-09-05 02:37
单细胞
转录组学习笔记-9-每个细胞检测到的基因数量差异
转载来自:刘小泽链接:https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.7.5-第二单元第七讲:每个细胞检测到的基因数量差异笔记目的:根据生信技能树的
单细胞
转录组课程探索
夕颜00
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2023-09-04 17:53
【文献速递】-science齐发-人类胚胎发育
单细胞
基因表达及染色质开放图谱
研究人员就使用计算机算法来恢复
单细胞
信息,按类型和亚型对细胞进行聚类,并确定它
六博说
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2023-09-04 15:28
生活中的心理学之为什么我们吃“辣”东西会感觉到痛?
我们的味觉感受器——味蕾,只能感觉到五基本种味道:酸、甜、苦、咸、鲜(也就是味精),味觉感受器
单细胞
记录结果显示,单个细胞对于基本味道中的某一种最为强烈。其中并没有我们所认知的辣,这是因为辣
遇见一片海
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2023-09-04 06:08
单细胞
学习教程-Python+R学前准备
Scriptsfor"Currentbest-practicesinsingle-cellRNA-seq:atutorial"该教程来自已发表文献:M.D.Luecken,F.J.Theis,"Currentbestpracticesinsingle-cellRNA-seqanalysis:atutorial",MolecularSystemsBiology15(6)(2019):e8746htt
程凉皮儿
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2023-09-04 02:54
好书推荐——病毒宏
基因组学
:方法和指南
今天给大家介绍一部病毒宏
基因组学
方法与指南,该书详细介绍了不同类型样
SYSU星空
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2023-09-04 01:55
空间转录组分析-工具箱
requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("SingleR")空间转录组-
单细胞
转录组联合分析
大魔王鱼鱼鱼
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2023-09-03 16:20
跟着Cell学
单细胞
转录组分析(八):
单细胞
转录组差异基因分析及多组结果可视化
接着
单细胞
下游分析:从Cell学
单细胞
转录组分析(一):开端!!!
KS科研分享与服务
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2023-09-03 16:46
10X
单细胞
个性化分析之CNV篇
目前
单细胞
分析而言,分析方向大致包括以下几个方面,1)器官发育(这个用空间转录组更为合适);2)疾病样本,尤其是肿瘤样本的分析研究;3)其他非模式物种的细胞图谱。
单细胞空间交响乐
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2023-09-03 12:17
单细胞
转录组数据 + 动力学:常见软件包&一般研究内容
目录RNA剪接动力学:eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断monoclescveloPAGA总结基因调控网络RNA剪接动力学:eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断monoclescveloPAGA总结基因调控网络
素材积累
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2023-09-03 09:09
笔记
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