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单细胞基因组学
紫微斗数天地人三盘
例如整一个宇宙有一太极,一个
单细胞
也有一太极,甚至组成单细包的每一分子,也都各有一太极。太极是气,是宇宙万有的能源,化成阴阳,阴阳交构而化育万物;万物之中复皆涵蕴着太极。
Hi小憨
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2023-09-03 03:38
轰动学界的Nature重磅进展:生信研究迎来史诗级大爆发
年度人物均授予了CRISPR相关技术的突破,2020年CRISPR技术获得诺贝奖,短短不到十年时间CRISPR技术荣获最高学术荣誉随着高通量生物技术的发展,已经开发了多种组学技术来表征不同但互补的生物信息,包括
基因组学
生信宝典
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2023-09-02 19:30
10X
单细胞
和10X空间转录组学联合分析运用的方法思路及运用
hello,大家好,今天我们来总结一些10X
单细胞
和10X空间转录组联合分析的运用案例,让我们对10X
单细胞
和10X空间转录组的联合分析有一个深入的认识。
单细胞空间交响乐
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2023-09-02 17:24
文献(5):
单细胞
转录组揭示人类纤维化皮肤病中成纤维细胞的异质性
一句话评价:小样本量
单细胞
转录组在冷门疾病领域应用前景尚可,常规套路也能发NC1.Title标题可以看出本研究的主要内容:①构建成纤维细胞的图谱/揭示成纤维细胞的异质性;②找到一群(相对于正常样本)在纤维化皮肤病中含量升高的间充质成纤维细胞
TOP生物信息
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2023-09-02 17:29
斑马鱼转基因载体与转基因鱼的命名
因为最近看到一个斑马鱼
单细胞
的文献,看实验部分的时候,看那斑马鱼品种看得我很懵逼,就索性了解下下咯TgBAC(agrp2:Gal4-VP16)tlv05;Tg(UAS:nfsB-mCherry)c264
Aji
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2023-09-02 16:34
10X
单细胞
(10X空间转录组)BCR(TCR)数据分析之(9)changeo
hello,大家好,前面分享了很多有关TCR的数据分析,今天我们来继续这个专题,今天的分享都是为后续最终的目的做准备,现在还都只是中间过程,好了,我们今天我分享的软件是changeo,大家可以参考文章Change-O:atoolkitforanalyzinglarge-scaleBcellimmunoglobulinrepertoiresequencingdata,2015年便发表了,而我们分享这
单细胞空间交响乐
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2023-09-02 06:53
基于Echarts的大数据可视化模板:大数据医疗服务平台
目录引言大数据在医疗领域的应用ECharts在医疗服务中的作用医疗大数据的应用方向临床决策支持药物研发与安全性监测健康管理与预防流行病监测与公共卫生
基因组学
与个性化医疗医疗保险与费用管理Echarts与大数据可视化
摔跤猫子
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2023-09-02 03:59
Echarts
信息可视化
echarts
前端
vue
大数据
医疗服务
老化的骨骼干细胞产生炎性退行性微环境
单细胞
RNA测序研究显示功能丧失与衰老小鼠SSC转录组多样性减少直接相关,这导致了骨髓微环境的转化。年轻造血干细胞的
felix108
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2023-09-02 00:36
Nature| 论2023年最新“ 颠覆性 ”技术,人工智能在
基因组学
与
单细胞
直线开挂
一、科研背景生物医学是综合医学、生命科学和生物学的理论和方法而发展起来的前沿交叉学科,基本任务是运用生物学及工程技术手段研究和解决生命科学,特别是医学中的有关问题。机器学习技术能利用复杂的算法在大规模、异质性数据集中进行运行,在生物医学方面、人类基因组项目、癌症全基因组项目、等项目上都表现出了巨大的潜力,收集并分析与医学疗法和患者预后相关的大量数据集或能将医学转化称为一种数据驱动、以结果为导向的学
秀材
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2023-09-01 16:32
机器学习
人工智能
深度学习
恐龙
距今38亿年前,地球上开始出现了生命,那是生活在海涪的一种
单细胞
动物——草履虫;经过了数亿年的变化,草履虫演变成了爬行动物,生活在海洋、陆地和天空中心;又经过了时代的漫长变迁,世界上的第一只恐龙出现了。
小杰g
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2023-09-01 14:07
GATK4重测序数据怎么分析?上游分析标准流程
重测序是指在
基因组学
研究中,通
生信分析笔记
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2023-09-01 10:35
后端
单细胞
转录组揭示乳腺癌转移能量代谢改变
Transcriptionaldiversityandbioenergeticshiftinhumanbreastcancermetastasisrevealedbysingle-cellRNAsequencing,
单细胞
转录组揭示乳腺癌转移能量代谢改变
拾光_2020
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2023-09-01 01:12
二美:基因编辑的担忧——如果出现比我们完美的超级人类,会是灾难吗?
他通过基因编辑技术,在
单细胞
阶段,为两个婴儿露露和娜娜进行基因手术,去掉了她们的CCR5基因。说这样她们就可以天生免疫艾滋病病毒。艾滋病病毒之所以能攻击人类,靠的就是CCR5基因生产的蛋白质。
作家二美
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2023-09-01 00:54
单细胞
空间宏基因组揭秘微生物群对癌症空间和细胞异质性的作用
作者,EvilGenius新的一周,主要这周开始世界杯开赛了,看比赛的时间多了一点,个人喜欢德国队,不知道大家对世界杯有没有兴趣。今天的文章我们来分享一点新的内容。文章在Effectoftheintratumoralmicrobiotaonspatialandcellularheterogeneityincancer导读:肿瘤相关菌群是人类癌症类型肿瘤微环境的固有组成部分。迄今为止,肿瘤内宿主-微
单细胞空间交响乐
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2023-08-31 21:21
Ensembl 简介及其参考基因组
网址https://asia.ensembl.org/index.htmlEnsembl是一个脊椎动物基因组的基因组浏览器,支持比较
基因组学
、进化、序列变异和转录调控的研究。
花色匆匆
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2023-08-31 14:06
10X
单细胞
(10X空间转录组)聚类分析之scDCC
hi,各位好,今天我们努努力,看一下10X
单细胞
和10X空间转录组普遍存在的dropout现象对我们数据分析的影响和文章中的方法scDCC是如何规避的,文章在Model-baseddeepembeddingforconstrainedclusteringanalysisofsinglecellRNA-seqdata
单细胞空间交响乐
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2023-08-30 12:41
单细胞
测序做到啥程度能毕业|博士篇
相较于
单细胞
测序本身而言,毕业显然是各位更关注的问题,"
单细胞
测序做到啥程度能毕业"这个问题总是在我的脑海中挥之不去,此前我们已经整理了硕士篇的内容:
单细胞
测序做到什么程度能毕业|硕士篇。
Biomamba生信基地
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2023-08-30 07:09
文献速递
其他
数据挖掘
手把手教你做
单细胞
测序数据分析(五)——细胞类型注释
前面的课程中基本已带领大家将
单细胞
测序预处理部分打通了,这里给大家介绍的是
单细胞
测序中最让人头疼的细胞类型注释。
Biomamba生信基地
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2023-08-30 07:08
单细胞测序
数据分析
数据挖掘
手把手教你做
单细胞
测序数据分析(六)——组间差异分析及可视化
往期回顾:在前面的课程中我们已经进行过“单样本数据分析”、“多样本数据整合”、“细胞类型注释”等内容的学习,相信大家现在已经能够对
单细胞
测序数据分析流程及Seurat对象的基本结构拥有了一定的了解。
Biomamba生信基地
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2023-08-30 07:08
单细胞测序
数据分析
数据挖掘
手把手教你做
单细胞
测序数据分析(二)———数据读取
相信经过大家这一个礼拜的学习,已经能够熟练的掌握R语言与Linux,现在我们就正式开始课程!有疑惑欢迎后台交流。一、代码:library(multtest)if(!require(multtest))install.packages("multtest")if(!require(Seurat))install.packages("Seurat")if(!require(dplyr))install
Biomamba生信基地
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2023-08-30 07:08
单细胞测序
数据分析
数据挖掘
手把手教你做
单细胞
测序(四)——多样本整合
手把手教你做
单细胞
测序(四)——多样本整合(B站同步播出,先看一遍视频再跟着代码一起操作,建议每个视频至少
Biomamba生信基地
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2023-08-30 07:08
单细胞测序
开发语言
信息可视化
数据分析
腹部主动脉瘤的重大进展!基因组数据可预测患病风险的新模式!
由斯坦福
基因组学
和个性化医学中心的MichaelSnyde
南博屹生物医学
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2023-08-30 07:20
代谢组学和宏
基因组学
研究不同添加剂对青贮品质的影响
文章标题:Additivesaffectthedistributionofmetabolicprofile,microbialcommunitiesandantibioticresistancegenesinhigh-moisturesweetcornkernelsilage发表期刊:BioresourceTechnology影响因子:9.642百趣生物提供服务:代谢组学+宏基因组研究背景人口增长
09eb862dd2cf
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2023-08-30 00:17
【文献分享,IF=66.85】CyTOF分析发现毒性T细胞加剧COVID-19重症风险
为了鉴定T细胞是否参与了免疫病理或者哪一亚类的T细胞导致免疫损伤,德国柏林大学研究团队将
单细胞
蛋白组(CyTOF)与
单细胞
转录组(scRNA-seq)技术相结合,评估COVID-19重症过程中致病T细胞的功能和诱导信号
普罗亭
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2023-08-29 19:45
【珍藏版】热点综述 |
单细胞
多组学研究怎么做?
大量的多组学分析,如多维
基因组学
和蛋白质
基因组学
分析,已被证明有利于获得对细胞事件的全面了解。这一优势促进了
单细胞
多组学分析的发展,使细胞类型特异性基因调控得以检测。
单细胞
多组学研究怎么做?
尐尐呅
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2023-08-29 17:00
8月14日武汉见 | 易基因与您相约2023年度表观遗传与染色质生物学大会
易基因科技将携RNA修饰研究、DNA甲基化和羟甲基化研究、染色质结构构象与DNA互作研究、
单细胞
组学研究等表观特色产品亮相本次大会。欢迎各位老师前来易基因13号展位
易基因科技
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2023-08-29 13:40
行业解读
生物学
生物信息学
经验分享
易基因:
单细胞
DNA甲基化与转录组分析揭示猪生发泡卵母细胞成熟的关键调控机制|项目文章
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。在哺乳动物中,窦卵泡内的生发泡(germinalvesicle,GV)卵母细胞可以保持数月或数年的静止状态。促黄体生成素(luteinizinghormone,LH)激增促进了减数分裂(meiosis)恢复,使卵母细胞获得受精后和早期胚胎发育能力。同时还需要卵母细胞和粒细胞(granulosacell,GC)之间高度复杂的激素和能量互相
易基因科技
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2023-08-29 13:09
高分文章
项目文章
合作文章
生物学
生物信息学
经验分享
数据挖掘
【趋势速览】-
单细胞
研究数据库揭示转录组学研究趋势
迄今为止已发表的1000多项
单细胞
转录组学研究构成了生物发现的宝贵而庞大的资源。
六博说
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2023-08-29 12:29
捋一遍
单细胞
测序分群鉴定——基于seurat官网和网上资料~
在看完seurat官方分群教程后https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html感觉又收获很多东西,决定写下笔记,更好地去了解这个包,和
单细胞
测序数据的分析原理
申伟_4009
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2023-08-29 00:29
2019-11 文献阅读报告
Batcheffectsinsingle-cellRNA-sequencingdataarecorrectedbymatchingmutualnearestneighborsLalehHaghverdi,AaronTLLun,MichaelDMorgan,JohnCMarioninaturebiotechnology文章摘要随着
单细胞
测序数据集规模增
xianmao123
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2023-08-28 21:00
桑基图在
单细胞
数据探索中的应用
什么是桑基图桑基图(Sankeydiagram),即桑基能量分流图,也叫桑基能量平衡图。它是一种特定类型的流程图,图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小,比较适用于用户流量等数据的可视化分析。因1898年MatthewHenryPhineasRiallSankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名,此后便以其名字命名为“桑基图”。用一个故事来介绍一下桑基图:这个非常著名的图是CharlesMina
周运来就是我
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2023-08-28 12:34
单细胞
数据中到底应该如何处理线粒体基因
什么是线粒体基因线粒体是参与细胞凋亡启动和执行的主要细胞器之一。线粒体基因在大多数细胞中表达,其表达水平是细胞类型特异性的。也就是说这个也是和细胞类型及其状态有关系的。为什么要处理因为线粒体基因的高表达水平可能是:样品质量差,导致大量细胞凋亡或裂解。特定样本的生物学,例如肿瘤活检,可能由于代谢活动和/或坏死而增加线粒体基因表达。凋亡细胞表达线粒体基因,并将这些转录产物输出到哺乳动物细胞的细胞质中。
周运来就是我
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2023-08-28 09:20
单细胞
分析实录(6): 去除批次效应/整合数据
上一篇已经讲解了Seurat标准流程,推文的最后,注意到了不同样本之间的表达数据是存在批次效应的,就像下图这样,有些是可以聚到一起的亚群,却出现了不同样本分开/偏移的情况,比如第3群,这种就是批次效应:接下来我会介绍Seuratv3的标准整合流程、Seurat结合Harmony的整合流程,仍然使用上一个数据集1.Seuratv3的标准整合流程对于不同样本先分别运行Seurat的标准流程到找Vari
TOP生物信息
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2023-08-28 04:32
Seurat24式太极拳之8右揽雀尾---在Seurat中使用sctransform
八、右揽雀尾后坐扣脚收脚抱球转体上步弓步掤臂摆臂后捋转体搭手弓步前挤转腕分手后坐引手弓步前按
单细胞
RNA-seq数据中的生物异质性通常与包括测序深度在内的技术因素混淆。
Seurat_
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2023-08-27 21:49
2020-07-07
单细胞
数据.h5文件转换成seurat对象
第一步:从GEO数据库下载.h5文件https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM3892578第二步:Rstudio加载包,读入数据library(Seurat)library(ggplot2)library(cowplot)library(Matrix)library(dplyr)library(ggsci)library(scat
Merlin_cd6c
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2023-08-27 17:35
为什么宏基因组数据分析比较难?
生物数据分析包括很多种类,比如人基因组,植物,动物,微生物,还有RNA,
单细胞
RNA等等,其中宏基因组数据分析是比较难的部分,为什么呢?这里总结了以下10点原因。
基因学苑
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2023-08-27 08:44
10X空间转录组重点分析合集2
我们这一篇进行分析合集包括三个部分(均是我之前所写)10X空间转录组数据分析重点梳理时空CNV分析导论10X空间转录组之免疫组库分析第一部分:10X空间转录组数据分析重点梳理空间转录组学(ST)技术正迅速成为
单细胞
单细胞空间交响乐
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2023-08-27 00:51
Nat Commun|十月新思路-亚型结合
单细胞
研究肿瘤的表观遗传揭示肿瘤异质性
上的一篇关于神经内分泌癌(NEC)的研究,根据神经转录因子ASCL1和NEUROD1的表达,揭示了两种不同的NEPC亚型,虽然在细胞系和人类肿瘤抑制模型(PDX)中,这些亚型是相互排斥的,但对人类临床样本的
单细胞
分析显示出更复杂的肿瘤结构
概普生信
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2023-08-26 14:33
研究生方向高性能并行计算推荐入行吗?
从气候模拟到
基因组学
研究,从金融分析到人工智能应用,高性能并行计算在各个领域都发挥着重要作用。因此,有相关技能和知识的专业人士将受到市场的青睐。技术发展:高性能并行计算领域正处于快速发
猿代码科技
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2023-08-26 05:27
高性能计算
高性能计算
GPU
边缘计算
人工智能
copyKAT推断
单细胞
转录组肿瘤细胞CNV(自动识别肿瘤normal和tumor)
hi,各位,2021年1月份发表了一篇文献Delineatingcopynumberandclonalsubstructureinhumantumorsfromsingle-celltranscriptomes,2021年1月发表于naturebiotechnology,影响因子36分多,非常高,前几位的作者都是中国人,非常值得一看,文章中推出新的推断肿瘤细胞CNV的方法:copyKAT,也是通过
单细胞空间交响乐
·
2023-08-25 15:19
2021-12-22
器官间和器官内
单细胞
分析揭示了一个稳态的干细
图灵基因
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2023-08-25 05:04
Best practices for analysing microbiomes
比如对近期快速发展的精确序列变异(exactsequencevariants/ESV,详者注:目前更多使用ASV的名称)的方法替代传统基于聚类的OTU分析,整合宏
基因组学
和代谢组学的方法,组成型数据分析问题等方面的近期突破性的进展开展探讨
超人快飞
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2023-08-24 21:18
单细胞
& 空间整合去批次方法比较
作者,追风少年ihello,大家好,没有最好,只有更好,因为
单细胞
这张关系网越来越大了。今天继续回答粉丝提出的问题,关于多样本整合方式的问题,方式有很多种,我先把常见的列举出来,我们一一讨论。
单细胞空间交响乐
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2023-08-24 13:28
Slide-tags
Slide-tags:scalable,single-nucleusbarcodingformulti-modalspatialgenomics(Slide-tags:可扩展的、用于多模态空间
基因组学
的单核条形码技术
阿May ♬
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2023-08-23 16:01
人工智能
R语言-稀疏矩阵对象格式学习-重点理解稀疏矩阵对象的重构
在
单细胞
领域,稀疏矩阵对于处理scRNA-seq表达谱数据是非常必要的,构建分析对象的时候它们
Nh_code
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2023-08-23 14:13
矩阵
r语言
学习
10X
单细胞
(10X空间转录组)细胞通讯之组间通讯差异分析(scDiffCom)
hello,大家好,今天我们来学习一个很实用的分析方法,scDiffCom,主要研究组间通讯差异,比如正常和疾病样本之间,不同发育样本之间的通讯差异等等,比较实用。大家多多学习,文章在scAgeCom:amurineatlasofage-relatedchangesinintercellularcommunicationinferredwiththepackagescDiffCom。我们来看看示例
单细胞空间交响乐
·
2023-08-23 03:19
单细胞
分析揭示iCAF亚群在膀胱癌治疗中的靶标作用
作者:biogevin审稿:童蒙编辑:amethyst我们在前面已经介绍过膀胱细胞的相关背景(认识膀胱细胞——
单细胞
水平比较Human和Mouse的不同)以及膀胱癌的恶性影响,而今天这篇文章,则对膀胱癌做了进一步的挖掘
生信阿拉丁
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2023-08-23 02:26
Seurat4系列教程(搬运工,细节待更新)
转自公众号《
单细胞
天地》系列文章标准流程Read10XCreateSeuratObjectPercentageFeatureSetsubsetNormalizeDataFindVariableFeaturesScaleData
白云梦_7
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2023-08-22 20:05
跟着Cell学
单细胞
转录组分析(五):
单细胞
转录组marker基因鉴定及细胞群注释
书接上回(跟着Cell学
单细胞
转录组分析(四):
单细胞
转录组测序UMAP降维聚类)。
KS科研分享与服务
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2023-08-22 10:08
单细胞
图文复现之动脉组织细胞分类
又是老板扔来的一篇
单细胞
数据的文章!
_十三
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2023-08-22 09:37
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