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单细胞基因组学
2022-07-30
NatComm|更大时空背景下的病原体研究:古代和现代鞭虫种群
基因组学
原创图灵基因图灵基因2022-07-3009:30发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制来自WellcomeSanger研究所、哥本哈根大学和其他机构的研究人员报告说
图灵基因
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2023-10-29 17:40
2021-12-10
CancerCell|
单细胞
分析肺癌细化肿瘤分类和患者分层原创骄阳似我图灵基因2021-12-0919:05收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:骄阳似我IF:31.743推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:免疫治疗是非小细胞肺癌
图灵基因
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2023-10-29 09:18
时空通讯分析导论
作者,追风少年i~时间已经来到了2022年的下半页,
单细胞
空间的研究仍然在如火如荼地进行中,从上游的仪器制造,试剂研发,再到下游的数据分析,国内外都展开了激烈的竞争,足以说明了
单细胞
空间目前研究的巨大潜力和商业价值
单细胞空间交响乐
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2023-10-29 09:54
2021-01-08
1、《全球进化》咬狗(完本)寒武纪生物大爆发,现今科学界最大的生命谜题:五亿多年前,地球的
单细胞
生命突然发生了类似于异变的进化,各种绚烂的生物“凭空”诞生,所有现今物种的祖先都在那个短暂的时期出现,各个物种以比现在快上亿倍的光速进化着
吴无不行
·
2023-10-29 04:39
不拧巴:坦然被爱,能够爱人
三十多岁,觉得自己的生命轴已经过了一半,还像个
单细胞
生物一样活着,我羡慕别人能够热气腾腾的群居活着,又害怕被热气腾腾的群居生活烫伤。有的人,从
迟到的短发姑娘
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2023-10-29 04:55
单细胞
转录组高级分析一:多样本合并与批次校正
本文是参考学习
单细胞
转录组高级分析一:多样本合并与批次校正的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。前言实际的科研项目中不可能只有一个样本,多样本的
单细胞
数据如何合并在一起,是否需要校正批次效应呢?
Seurat_
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2023-10-29 02:39
单细胞
测序--Seurat标准流程
单细胞
测序--Seurat(上)--创建对象和数据预处理参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/134124866需要这三个文件:1)barcodes.tsv:样本中所有的细胞的条码
Seurat_Satija
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2023-10-29 01:16
【代码更新】
单细胞
分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现,只需两步,啥图都有
1.起因之前的代码(
单细胞
分析实录(17):非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法,只有4个python命令行,就跟Linux下面的lsgrep一样的。
TOP生物信息
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2023-10-27 16:28
如何做GWAS关联分析
GWAS的出现为全面系统地研究
基因组学
掀开了新的一页,目前主要应用于人类疾病复杂性状的分析,已鉴定出大量与人类复杂疾病或数量性状相关的遗传变异,成为研究人类
基因组学
的关键手段。在植物基因组中的研究
组学大讲堂
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2023-10-27 15:39
免疫组库数据分析||immunarch教程:Kmer 与 Motif 分析
immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR10×Genomics
单细胞
免疫组库
周运来就是我
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2023-10-27 12:55
单细胞
scRNA-seq学习笔记6-
单细胞
批次效应
课程学习生信技能树
单细胞
转录组(基础)现在福利来了,
单细胞
课程免费开放了:#完整版视频上线!全!面!免!费!
天涯清水
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2023-10-27 04:18
单细胞
转录组基础分析七:差异基因富集分析
本文是参考学习
单细胞
转录组基础分析七:差异基因富集分析的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_Satija
·
2023-10-26 16:07
单细胞
小谈:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Tumor Heterogeneity
前言前期
单细胞
文献阅读:
单细胞
好文1--Tracingtumorigenesisinasolidtumormodelatsingle-cellresolution
单细胞
好文2--Single-cellRNA-seqhighlightsintra-tumoralheterogeneityandmalignantprogressioninPDAC
冻春卷
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2023-10-26 15:51
【文献解读】cell-发育中的人类心脏的时空、器官范围的基因表达和细胞图谱
它的全部特性需要用
单细胞
空间分辨率在器官范围内对基因表达进行深入探索。
六博说
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2023-10-26 13:45
2022-04-08
CliCanRes|黑色素瘤
单细胞
分析发现免疫治疗新靶点原创图灵基因图灵基因2022-04-0807:03收录于话题#前沿分子生物学机制肢端雀斑样痣黑色素瘤是一种罕见的皮肤癌。
图灵基因
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2023-10-26 11:10
宏
基因组学
研究—宏基因组Reads的组装与分类/分箱
1.高通量测序是探索宏
基因组学
研究的一个工具1.1与参考基因组进行Mapping来重构宏基因组Reads许多微生物未被分离,数据库中无相关信息;利用宏基因组Reads与当前已知数据库进行比较分析,可以对数据产生新的理解
JarySun
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2023-10-26 09:10
《终身学习》学习记录一
举例,
单细胞
细胞膜表面布满受体,用以收集环境的信息。现代人的学习焦虑。这个焦虑本质上是“谋
桃为果
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2023-10-26 06:06
【
单细胞
转录组】KEGG通路反推基因列表
#寻找通路和基因的关系library(clusterProfiler)mmu_kegg<-clusterProfiler::download_KEGG("mmu")names(mmu_kegg)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2NAME)head(mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTID)PATH2ID<-mmu_kegg$KEGGPATHID2EXTIDPATH2NAM
Geekero
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2023-10-26 06:04
10X
单细胞
(10X空间转录组)之
单细胞
精度分析细胞通讯
开工了,到了我们上班的时间了,刚开始,我们来分享一些新出现的方法,看看方法上有哪些更新,我们虽然做不了潮流的引领者,但是要跟随潮流,保证自己不被时代抛弃,今天分享的文献在Comparativeanalysisofcell-cellcommunicationatsingle-cellresolution,里面对当前细胞通讯的方法做了一定的总结,我们借鉴一下,并看看作者的方法有哪些可取之处。目前的单细
单细胞空间交响乐
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2023-10-26 03:34
人体微生物研究能改善临床肿瘤治疗吗?
利用突破性的DNA测序技术,科学家们确定了数以百万计的基因和成千上万种不同的物种,在我们体内的各种各样的细菌、病毒、真菌和
单细胞
微生物构成了人体的微生物世界。“微生物群落是一种复杂的代谢器
亨利福特健康
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2023-10-25 17:16
代码解读- scanpy.pp.normalize_total
作者:童蒙编辑:angelicascanpy代码解读来啦~
单细胞
分析第一步是对数据进行标准化,标准化的方法有很多,下面给大家解读一下scanpy的一个:函数为:scanpy.pp.normalize_total
生信阿拉丁
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2023-10-25 17:00
人的动物性,社会性,人性
在人类进化长河中,人的动物性是不能避免的,这也是万物有灵的表现,从
单细胞
生物到今天的我们
Luibe阁主
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2023-10-25 15:14
免疫组库数据分析||immunarch教程:Clonotypes annotation
immunarch—FastandSeamlessExplorationofSingle-cellandBulkT-cell/AntibodyImmuneRepertoiresinR前情提要:10×Genomics
单细胞
免疫组库
周运来就是我
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2023-10-25 09:24
单细胞
中的标准化和PCA:哈佛生信课程学习(一)
搬运自哈佛生物信息课程:《IntroductiontoSingle-cellRNA-seq》链接:https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/lessons/05_normalization_and_PCA.html本节主要内容:CountNormalizationandPrincipalComponentAnalysisAfterattainingourhig
BINBINCC
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2023-10-25 05:00
单细胞
RNA 测序揭示与肾透明细胞癌复发相关的巨噬细胞亚群
2021年5月27日,美国哥伦比亚大学欧文医学中心和赫伯特欧文综合癌症中心研究人员在Cell上发表关于与肾透明细胞癌复发相关巨噬细胞亚群研究的文章,该研究采用
单细胞
RNA测序技术对11位未治疗的肾透明细胞癌
晶典教你玩转科研
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2023-10-25 03:56
10X
单细胞
空间联合分析之十一(CellTrek)
hello,大家好,又是周一,新一周的开始,第一天分享一个简单的内容,就是一个新的
单细胞
空间分析的软件,CellTrek,这个软件最新的地方在于添加了细胞之间的共定位分析,文章在Spatialchartingofsinglecelltranscriptomesintissues
单细胞空间交响乐
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2023-10-24 21:01
基因组学
5-利用faSomeRecords根据基因ID提取基因序列
安装从该网址下载其安装脚本:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/我一般都是保存在bin目录下,cd到该目录运行命令行:$chmod+xfaSomeRecords#赋予文件可执行权限,为Linux系统下执行写到环境变量echoexport"PATH=~/bin/faSomeRecords/:$PATH">>~/.bashrc.~
blue_unique
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2023-10-24 07:31
单细胞
预测doublets软件
在做
单细胞
测序时,常常出现一定比例的doublets,可以通过DoubletFinder去除。
生信编程日常
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2023-10-24 07:51
技术方法-谱系追踪_Cell Stem Cell
历史推荐汇总:2019年共推荐81篇
单细胞
领域高分文章(
单细胞
文献速递81篇·再见2019)。
安哥生个信
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2023-10-23 13:31
单细胞
矩阵iNMF分解
scINSIGHTforinterpretingsingle-cellgeneexpressionfrombiologicallyheterogeneousdata》的文章,利用IntegrateNMF的方法解决
单细胞
批次整合的问题越来越多的
小潤澤
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2023-10-23 12:58
时间序列的
单细胞
转录组数据分析
——恩格斯
单细胞
转录组数据分析在阐述多细胞生物发育与疾病进程方面已经开发了多种新的方法,如比较有名的轨迹推断(TI,trajectoryinference)。
周运来就是我
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2023-10-23 08:12
单细胞
36计之31---RPKM、FPKM、TPM
基础不牢,地动山摇,
单细胞
有时候也要计算这些值。
Seurat_Satija
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2023-10-23 07:33
学习小组Day7——林瑶
一代测序(Sanger测序):利用双脱氧核苷酸ddNTP去摸索DNA分子二代测序构建DNA文库上样桥式PCR测序名词结构化
基因组学
(核酸序列分析)转录组学(基因表达分析)蛋白质组学代谢组学Day7.png
瑶_4ff9
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2023-10-23 05:18
单细胞
测序文章图表复现05—免疫细胞亚群再分类
本文是参考学习CNS图表复现04—
单细胞
聚类分群的resolution参数问题的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_
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2023-10-23 00:30
8+ 基因与疾病百年研究进展
随着技术的不断进步,
基因组学
领域发
概普生信
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2023-10-22 18:12
2022-04-02
CancerCell|高通量
单细胞
分析胶质母细胞瘤异质性原创骄阳似我图灵基因2022-04-0207:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:骄阳似我IF:31.743推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:作者及其研究团队使用高通量
单细胞
基因组分析方法来描述原发性胶质母细胞瘤以及匹配的患者来源的外植体和胶质球细胞系的遗传和转录组异质性
图灵基因
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2023-10-21 16:12
分享一篇 Science 里不同批次的
单细胞
数据整合及批次校正方法
science.jpg分享一篇Science里不同批次的
单细胞
数据整合及批次校正方法[1]ZhengL,QinS,SiW,WangA,XingB,GaoR,RenX,WangL,WuX,ZhangJ,WuN
木舟笔记
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2023-10-21 14:02
PhenoGraph聚类算法
单细胞
域(domai
_linun_
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2023-10-21 11:56
5.
单细胞
RNA-seq:质控后相关流程
单细胞
RNA-seq聚类工作流程现在我们有了高质量的细胞,我们可以继续后续流程。最终,我们希望对细胞进行聚类并识别潜在的不同细胞类型,但是还有几个步骤需要完成。
denghb001
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2023-10-21 10:09
2019文献汇总 |
单细胞
与病毒感染
我的
单细胞
测序project主要是做炎症相关的
单细胞
转录分析,在检索paper的过程中,发现有关
单细胞
测序和病毒相关的文献是很少的,大致统计一下也不过十几篇,追根究底可能有两个方面的原因:(1)我们做感染的还是很穷哒
生信宝典
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2023-10-21 09:32
BBKNN:python
单细胞
样本整合和批次效应处理算法
2020.09.09本教程介绍了Scanpy包自带的用于整合样本,并处理批次效应的BBKNN算法和用于对比的ingest基础算法。本文主要从函数的理解、软件包的使用和结果的解释入手,在PBMC和Pancreas两个数据集上实现,偏重于应用,基本不涉及批次效应的理论。批次效应的理论原理将在未来通过2篇论文来解释。1.依赖:(1)数据集(全部需要挂VPN):PBMC:pbmc3k_processed(
切瓜少年
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2023-10-21 01:02
CCPlotR | 轻松拿捏
单细胞
分析之细胞交互!~
1写在前面周末了各位,昨天去看了奥本海默,不得不说,大神就是大神。比起我们的电影,似乎诺兰更好地还原了奥本海默的真实。言归正传,今天分享的是CCPlotR包,用于基于scRNAseq数据推断细胞间相互作用的可视化。2用到的包rm(list=ls())#devtools::install_github("Sarah145/CCPlotR")library(tidyverse)library(CCPl
生信漫卷
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2023-10-20 23:31
后端
单细胞
必学R包!~(一)(预处理与降维聚类)
1写在前面忙碌的一周结束了,终于迎来周末了。这周的手术真的是做到崩溃,2天的手术都过点了。真的希望有时间静下来思考一下。最近的教程可能会陆续写一下Monocle3,炙手可热啊,欢迎大家分享经验。2用到的包rm(list=ls())library(tidyverse)library(monocle3)3示例数据这里我们用一下准备好的示例数据,出自这篇paper:https://www.science
生信漫卷
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2023-10-20 23:55
后端
生信教程 | 基于PSMC估计有效群体大小
它最初于2011年发布,现已成为
基因组学
领域非常流行的工具。在本教程中,我们将逐步完成为PSMC生成必要的输入数据的步骤,并在发布的猛犸象数据上运行它。
冷冻工厂
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2023-10-20 07:20
程序人生
《共情的力量》第三章
前者的第一个标题是
单细胞
生物竟然也会社交。
画堂春sd
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2023-10-19 18:10
凌恩快讯 | 凌恩生物联手墨卓生物,为中国科研注入国人力量!
凌恩生物又添新设备,成功引进墨卓生物科技高稳定、高性价比的MobiNova®
单细胞
解决方案,构建凌恩
单细胞
组学产线,这一产品线的构建,将极大拓展凌恩生物在农学、医学相关科研领域的服务范围,为中国的
单细胞
科研注入国人力量
SHANGHAILINGEN
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2023-10-19 18:53
测序
组学
单细胞
学习3
cluster不同聚类方法比较normmlization,去除一些批次效应等外部因素。通过对表达矩阵的矩阵的聚类,对细胞群体进行分类。无监督聚类:hierarchicalclustering,k-meansclustering,graph-basedclustering。library(SingleCellExperiment)deng<-readRDS("D:/paopaoR/mass/deng
soleil要好好学习呀
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2023-10-19 16:02
2022-08-18
-1809:40发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:存在一棵树IF=69.504推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:开发了可扩展的阵列多价细胞外相互作用筛选(SAVEXIS)方法,并建立一个交互式多组织
单细胞
图谱
图灵基因
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2023-10-19 15:36
8+基于氨基酸代谢在肿瘤中的分型,结合分型+免疫+
单细胞
+实验验证,想发低分都难
另外还有基于
单细胞
的分型分析如果想做类似的分析,可以联系小编咨询。生信分析咨询请关注公众号生信小课堂研究概述:谷氨酰胺(Gln)代谢在癌症中起重要作用。然而在肺腺癌
生信小课堂
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2023-10-19 02:07
【论文复现】基于多模态深度学习方法的
单细胞
多组学数据聚类(【生物信息学】实验二:多组学数据融合:scMDC)
目录一、实验介绍1.论文:基于多模态深度学习方法的
单细胞
多组学数据聚类Abstract2.Github链接二、实验环境0.作者要求1.环境复现实验一实验二(本实验)2.库版本介绍实验一实验二3.IDE三
QomolangmaH
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2023-10-19 00:46
#
生物信息学
聚类
数据挖掘
机器学习
人工智能
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