单细胞基因组学第3页

单细胞分析——深入理解 AnnData 数据结构

新手，纯搬运工【内容出自https://cloud.tencent.com/developer/article/1817039】一、环境准备：搭建Python高效开发环境：Pycharm+Anaconda二、安装scanpypipinstallscanpy三、AnnData1、AnnData介绍与结构AnnData是用于存储数据的对象，一般作为scanpy的数据存储格式。image.png下面我们

春娃赛如花·2024-02-07 05:15

scanpy 教程 1：预处理和聚类 3k PBMCs

Tiger Z·2024-02-07 03:02

【单细胞】Python单细胞分析数据结构AnnData

1AnnData数据结构参考文献[1][2]Python单细胞分析数据结构——AnnData[3]scanpy单细胞分析包图文详解01|深入理解AnnData数据结构[4]Scanpy(一)AnnData

一穷二白到年薪百万·2024-02-07 03:32

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（三）——python(scanpy)

Seurat单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)文章参考至scanpy官网，做了一个更详细的解读。

coffeeii·2024-02-07 03:31

python小白入门单细胞分析scanpy

Scanpy和Seurat基本上完全一样，Scanpy构建的对象叫做AnnData对象，他的数据存储是以4个模块存储（如下图）如果你不理解scanpy这种数据结构的话，可以对比学习一下seurat中数据结构单细胞直播三

生信小博士·2024-02-07 03:01

最全的Scanpy教程笔记 Preprocessing and clustering 3k PBMCs

最全的Scanpy教程笔记代码来源scanpy的官方教程代码的解释来源web本人也在学习scanpy分析单细胞数据，但是网络上对于scanpy的流程并没有太多详细的解释。

Pandora qiu·2024-02-07 03:01

10X单细胞（10X空间转录组）多种通讯软件联合分析之liana

hello，今天我们分享一个简单的，将最近流行的细胞通讯分析软件整合在一起，分析我们的单细胞数据，直接看看代码部分注意一个名词，cell-cellcommunication(CCC)，细胞通讯的软件方法很多了

单细胞空间交响乐·2024-02-06 21:15

2021-11-02

CancerCell|单细胞测序检测揭示CAR-T脱靶效应（2）原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：研究利用单细胞分析报告了CAR

图灵基因·2024-02-06 20:51

基因组学（课程笔记）-- 基因型与表型关联分析

内容提纲基因型和表型概念基因型（Genotype）：指某一生物体全部基因信息的总称，反映生物体的遗传构成，遗传学中具体使用的基因型往往是指某一性状的基因型表型（Phenotype）：具有特定基因型的个体，在一定环境条件下，所表现出来的性状特征（形态、结构、生理、生化、行为等）或疾病状态表型=基因型+环境GWAS基本概念全基因组关联分析（Genome-wideAssociationStudy,GWA

懒猪曼达·2024-02-06 08:30

单细胞 CUT&Tag 分析复杂组织中的组蛋白修饰和转录因子

单细胞CUT&Tag分析随着10X、BD等平台技术的推进，单细胞层面解析表达和开放染色质水平的研究方法已经得到很好的建立，并且在动植物种中都得到了很好的尝试。

felix108·2024-02-05 19:17

单细胞分析常用包

安装基础包install.packages("devtools",dependencies=T)install.packages("BiocManager",dependencies=T)install.packages("tidyverse",dependencies=T)install.packages('Seurat',dependencies=T)设置国内镜像options(BioC_mi

Drgexy·2024-02-05 10:18

20200814（287）生存空间

从单细胞生物到多细胞生物，从无脊椎动物到脊椎动物，从鱼类到爬行动物到我们的祖先猿人，所能存活的生存空间越来越小。

Larus_317b·2024-02-05 01:55

2021-10-14

NatGenet|单细胞表观遗传组学研究肿瘤细胞异质性和可塑性原创楠烟不可言图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：楠烟不可言IF=38.33推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文分析了近期两项表征了神经胶质瘤的单细胞

图灵基因·2024-02-05 01:12

2022-08-25

图灵基因·2024-02-04 23:21

小麦基因组测序研究进展

3/15本期作者：大胖丫最近几年，麦类作物基因组学发展迅速，物理图谱的相继完成将大大加速麦类作物遗传学、比较基因组学以及进化等方面的研究，同时也将大大加速重要农艺性状基因的分离和鉴定。

Neal_Bio·2024-02-04 20:11

BioTech - 小分子药物设计与优化概述

小分子药物设计与优化的过程包括以下步骤：靶点识别和验证：通过分子生物学、结构生物学、基因组学等方

SpikeKing·2024-02-03 22:12

借助NMF的力量对单细胞RNA和单细胞ATAC进行联合分析

hello，大家好，礼拜天了，明天又要上班了，但是很想写一点东西，留下点足迹，但是又不想太动脑子，所以分享一篇代码文，分享给大家，单细胞转录组和ATAC的联合分析。

单细胞空间交响乐·2024-02-03 20:19

scRNA-seq | Windows下的R、RStudio下载和安装

2020/5/25，下定决心用R语言了，Python虽然顺手但是生物信息学尤其是单细胞测序领域主要还是R的天下。（发现一篇Naturecommunication居然用R调用了Tensorflow！

切瓜少年·2024-02-03 20:37

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记

单细胞scRNA-seq测序基础知识笔记scRNA-seq技术scRNA-seq分析流程数据预处理聚类标准化数据筛选有用的数据数据降维聚类Clustering注释细胞类型scRNA数据分析结尾该笔记来源于

是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:38

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记

单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记单细胞ATAC测序前言scATAC-seq数据怎么得出的？

是土豆大叔啊！·2024-02-03 05:36

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---方法

Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionsingularvalue:一scATACprocessing使用“cellrangeratacmkfastq”（10x基因组学

科研菜鸟·2024-02-03 05:20

2023-04-10

NatRev|单细胞和空间多组学的方法和应用原创夏天图灵基因2023-04-1011:52发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：夏天IF=59.581推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、文章主要介绍了单细胞和空间多组学技术

图灵基因·2024-02-03 02:37

答读者问(1)：非模式物种找marker；如何根据marker定义细胞类型

第一位读者做的是非模式物种的单细胞。

TOP生物信息·2024-02-03 00:42

一、二、三、四代测序技术原理详解

测序技术是基因组学的核心技术，上期的推送【LAI：基因组组装质量评估新标准】简单介绍了测序技术的发展进程。其实，测序技术的发展主要基于两个非常具有里程碑意义的理念：“生命是序列的”和“生命是数据的”。

生信空间·2024-02-02 22:24

AnnData：单细胞和空间组学分析的数据基石

AnnData：单细胞和空间组学分析的数据基石今天我们来系统学习一下单细胞分析的标准数据类型——AnnData！AnnData就是有注释的数据，全称是AnnotatedData。

Dream of Grass·2024-02-02 18:31

生物竞赛系列---细胞生物学Chap.15细胞分化与胚胎发育

管家基因一般在s期早期复制，奢侈基因在表达它的细胞中早期复制，不表达则晚期复制管家基因数量少，起始部位没有TATAbox，仅有CpG岛，内含子短单细胞甚至原核生物也有细胞分化(如芽殖酵母有3种细胞:二倍体

生竞圣剑·2024-02-02 07:49

10X空间转录组数据分析之方法小结

这篇文章前面了做了很多单细胞方面的内容，其中对于细胞类型的识别尤为细致，做有关研究的同学可以借鉴一下其中的ma

单细胞空间交响乐·2024-02-01 20:59

单细胞转录组数据分析||用10X软件分析已发表的10X数据

---大师大师，我想学单细胞转录组数据分···要不先下载一个示例数据挖掘一下？单细胞是生命科学的一个里程碑事件，而单细胞转录组是这个里程碑的上冠花。

周运来就是我·2024-02-01 20:03

《基因组学》课程-学习笔记之一

生信石头·2024-02-01 18:27

单细胞转录组测序技术及各类数据分析方法总结

自从2009年**单细胞转录组测序（single-cellRNA-seq，scRNA-seq）**技术首次问世，至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。

AIPuFu·2024-02-01 09:22

单细胞转录组数据分析的10大软件/流程

单细胞数据分析现在已经有上千个软件工具可供使用了，这为用户带来便利的同时也造成了选择困难。就像时间一样，一个表，没问题，但如果有两个表，时间还不一样，该信谁的呢？

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-02-01 09:21

单细胞转录组数据分析课件||9. Cell type identification in scRNA-seq data

本课件介绍了单细胞转录组数据分析的一个分析点：细胞类型识别。

周运来就是我·2024-01-31 16:32

挑战单板滑雪

因为单细胞的老公觉得这个运动很显帅，而他和我都没有玩过，可以一起起步。没想到我这个公认的女版郭靖竟然还能学会一招半式，真是可喜可贺。我俩报了一个团队教练，7个人的小队。

獭獭斯基·2024-01-31 11:44

【细胞通讯】CellTalk

单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术的发展可有效帮助研究人员认识细胞表型的异质性和复杂组织的细胞类型组成，促进了单细胞分辨率下对细胞间通讯的系统研究。

jjjscuedu·2024-01-31 10:13

精选推文 | 基于三代转录组的基因注释踩坑经历以及GSAman使用

--CJ-陈程杰前言随着测序技术的进步和普及，现如今已经步入到“功能基因组学”（functionalgenomics)的时代。

生信石头·2024-01-31 04:39

【文献简报】-空间转录组学和原位测序研究联合研究阿尔兹海默症

空间转录组文章逐步进入爆发期，单细胞方向的未来是单细胞空间组学，这篇文章利用空间转录组（ST）和原位杂交测序（ISS）研究阿尔茨海默症。

六博说·2024-01-30 22:07

用Modules优雅地管理你的环境变量

我管理的基因组学群里，今天有人提出了这样一个问题，如果有多个版本的BLAST，并且都是用conda安装，应该如何调用不同版本的BLAST提问截图对于这个问题，其实存在多种解决方案：用绝对路径进行调用使用

xuzhougeng·2024-01-30 14:54

超过1000种工具揭示了单细胞RNA数据分析的趋势

Over1000toolsrevealtrendsinthesingle-cellRNA-seqanalysislandscape杂志：GenomeBiology年份：2021从2016年开始，scRNA-tools数据库（https://www.scrna-tools.org/）不断收集单细胞转录组数据分析软件

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-30 10:16

跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分

KS科研分享与服务·2024-01-30 09:57

StatQuest学习笔记16——t-SNE

系列视频的第46节，它的主要内容是t-SNE，t-SNE是一种对复杂数据的降维分类方法，我最初知道这种方法是在接触质谱流式细胞仪CytoTOF的时候，当时的很多文献对细胞的分类方法都是采用t-SNE，现在很多单细胞测序类文章也会使用

backup备份·2024-01-29 19:33

[基因组学]使用GAMP根据已知CDS序列来进行未知基因组序列的功能注释

GMAP最早用于讲EST/cDNA序列比对到参考基因组上，可以用于基因组结构注释。后来高通量测序时代，又开发了GSNAP支持高通量数据比对。软件安装我采用的是利用源代码且在无root权限下进行安装。wgethttp://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2019-09-12.tar.gztarzxvfgmap-gsnap-2019-09-12.ta

巩翔宇Ibrahimovic·2024-01-29 14:11

Seurat4.0：空间转录组与scRNA-seq参考整合

与scRNA-seq参考整合为了促进Slide-seq数据集的细胞类型注释，我们利用了由Saunders*，Macosko*等人制作的现有小鼠单细胞RNA-seq海马数据集。

Seurat_·2024-01-29 14:33

传统文化的时空价值与局限

图片发自App放眼整个环宇的绵延物演，从宇宙大爆炸的奇点到基本粒子，从基本粒子到原子，从原子到分子，从分子到有机大分子…再到单细胞生物、多细胞生物、软体海生动物…脊椎动物、哺乳动物，最后是我们人类。

空明山人·2024-01-28 15:51

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析迁移之scGCN

图片.png单细胞组学数据，例如转录组（scRNA-seq），表观组（scATAC-seq）记录了细胞间的分子水平的差异性和相互作用，使生物学家得以深入了解复杂生物生态系统的单个细胞组成部分。

单细胞空间交响乐·2024-01-27 21:29

文献简报-发育中的小鼠大脑分子结构

这篇文章报道了从原肠胚形成到小鼠出生的全面单细胞转录图谱。确定了近一千种不同的细胞状态，包括神经上皮的最初出现，一组丰富的区域的听的耳机组织者及大脑周围膜的功能原件发育程

六博说·2024-01-27 04:58

单细胞36计之29- RPKM,FPKM,and TPM是什么

29、第二十九计树上开花比喻将本求利，别人收获。此计是说借助某种局面（或手段）布成有利的阵势，兵力弱小但可使阵势显出强大的样子或者是弱小的部队通过凭借某种因素，改变外部形态之后，自己阵容显得充实强大了。RPKM,FPKM,andTPMRNA-seq标准我们过去使用RPKM(ReadsPerKilobaseMillion)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)这些均一化

Seurat_Satija·2024-01-26 23:02

Cancer Cell | PCF空间单细胞蛋白组鉴定三阴乳腺癌不同的治疗反应轨迹

目前临床上需要制定策略来更好地识别哪些患者可以从单独的免疫疗法中受益，或者哪些患者可能需要化疗或放疗等额外疗法来克服耐药性。尽管一些联合放射治疗（RT）和免疫检查点抑制（ICI）的临床研究取得了成功，但许多研究结果好坏参半，部分原因是我们对RT如何影响免疫反应的机制了解有限。近期Cancercell杂志发表了一项题名“Single-cellandspatialprofilingidentifyth

华盈生物·2024-01-26 17:20

空间单细胞蛋白组FAQ

1.PCF空间单细胞蛋白组（原Codex）技术如何运行？其原理是什么？这个系统由三个部分组成，包括：1、试剂。

华盈生物·2024-01-26 17:50

【细胞通讯】LIANA

jjjscuedu·2024-01-26 13:01

单细胞＋空间转录组，这套思路够你用到2022！

单细胞技术在2013年和2019年被NatureMethods评选为年度技术，2018年被Science评选为10大科学突破。

裁尘的人儿·2024-01-26 10:24

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