单细胞基因组学

【包】seurat-2 多组学联合

有哪些单细胞多组学联用技术呢？CITE-seq：Simultaneousepitopeandtranscriptomemeasur
JamesMori·2024-01-03 21:33

【单细胞测序】数据格式转换loomR

背景seurat分析无法应付指数级增长的单细胞数据集计算需求。Linnarson实验室开发的基于hdf5的数据结构loom，可以方便地存储单细胞基因组数据集和元数据。
森尼啊·2024-01-03 20:18

M3406-ADJ 1.5MHz 800mA DCDC同步降压转换器 航天民芯

它是理想的动力便携式设备运行的单细胞锂离子(Li)电池。输出电压可调节低至0.6V。该M3406还可以在100%的占空比下运行，用于低损耗操作，延长便携式系统中的电池寿命。
深圳市润泽芯电子有限公司·2024-01-03 14:59

“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”

种数据类型是远远不够的，随着高通量测序和多组学的快速发展，生物医学研究开始采取多组学技术结合的方法，传统的信息数据处理算法不能满足大数据的处理要求，机器学习作为从数据中进行学习的算法，可以对不同组学来源（如基因组学
20220705·2024-01-03 12:07

听说你的单细胞对象需要一个思维导图？

在我们分析单细胞数据的时候，需要想象力的一点就是要理解数据结构，基于此有位老几还写了一篇为什么要以数据库的思维来理解单细胞数据。里面列出了常见的单细胞数据对象的结构。平时我们都是如何看数据结构的呢？
周运来就是我·2024-01-03 10:52

单细胞类型鉴定总结

细胞类型鉴定细胞类型鉴定分两种思路一种是基于Markergene，看某个亚群的差异基因（onetoothers）与数据库中哪种细胞类型的markergene比较一致，结合其表达量来鉴定细胞类型。常见markergene数据库有：CellMarker、MouseCellAtlas、cd_marker_handbook、PanglaoDB等。另外一种是基于表达谱，用未知细胞类型的表达谱与已知细胞类型的
Seurat_Satija·2024-01-02 23:11

Science子刊：单细胞分析揭示靶向CD19的CAR-T疗法复发的机制

靶向CD19的嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）免疫疗法已经在复发/难治性急性淋巴白血病（ALL）等恶性血液肿瘤的治疗中取得了令人惊喜的效果，多中心临床试验数据表明患者接受CAR-T治疗后的完全响应率可达70-90%。目前，美国FDA已经批准了6款自体CAR-T细胞产品上市，用于治疗白血病、淋巴瘤和多发性骨髓瘤等血液类癌症。大量的临床应用结果证明了这种个性化的疗法极具抗癌潜力，没有免疫排斥的风险，安
454c5c7ac3a8·2024-01-02 19:52

2022-10-20

NatMethods|单细胞分类比赛:获奖模型可深入注释亚细胞组学原创存在一棵树图灵基因2022-10-2013:23发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：存在一棵树IF=47.990推荐度：⭐
图灵基因·2024-01-02 17:23

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2024-01-02 16:05

SCENIC+：增强子和基因调控网络的单细胞多组学推理

SCENIC+：增强子和基因调控网络的单细胞多组学推理摘要IntroductionSCENIC+使用超过30,000个TF基序来预测eGRNSCENIC+在PBMC多组数据上的图示SCENIC+prioritizesfunctionalenhancers
生信小鹏·2024-01-02 14:04

单细胞RNA速率（RNA velocity）

单细胞RNA测序可以以高定量精度、灵敏度和通量揭示RNA丰度。然而，这种方法仅捕获某个时间点的静态快照，这对分析胚胎发生或组织再生等时间分辨现象提出了挑战。
生信小鹏·2024-01-02 14:33

OSCA单细胞数据分析笔记-14、Empty/Doublet droplet

对应原版教程第15、16章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html现行主流的Droplet-based单细胞测序技术主要思路是一个磁珠捕获一个细胞置于油包水的腔室里完成添加标签
小贝学生信·2024-01-02 14:31

生信数据库12-药物敏感性基因组学项目（GDSC）

小盐准备介绍那些小众又好用的生信数据库你想要的R语言学习资料都在这里，快来收藏关注【科研私家菜】**今天R小盐介绍的数据库是GenomicsofDrugSensitivityinCancer**01数据库介绍癌症相关药物敏感性基因组学
科研私家菜·2024-01-02 13:53

2022-08-30

TrendsBiotechnol|单细胞分析循环肿瘤细胞原创huacishu图灵基因2022-08-3011:43发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=21.942推荐度：
图灵基因·2024-01-02 02:55

GEOquery 下载 GEO 数据

前言NCBIGeneExpressionOmnibus（基因表达综合数据库，GEO）公开了很多高通量基因组学数据集。尽管名字很好听，但这个数据库并不是专门针对基因表达数据的。
名本无名·2024-01-02 01:39

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之基于代谢物介导的细胞间通讯

六一到了，遥想自己上小学，还是课间操的队长，我在的地方是长治市壶关县北大安村，六一就回去店上镇参加体操比赛，人生如梦，转眼马上就要进入而立之年，小时候的梦想实现了么？这么多年，有没有让自己觉得难忘的事情？今天我们来分享一个通讯分析的内容，当然，方法都在不断的更新升级，考虑的也更加全面，参考文章在MEBOCOST:MetabolicCell-CellCommunicationModelingbySi
单细胞空间交响乐·2024-01-01 03:21

【Acta Neuropathol ，IF=14.25】 揭开重症肌无力疾病面纱—如何通过单细胞蛋白组发现潜在免疫治疗靶点

✎文章导读文章导读：Single-cellprofilingofmyastheniagravisidentifiesapathogenicTcellsignature发表期刊/影响因子：ActaNeuropathol/2021-03/14.251研究样本：外周血、胸腺组织研究内容：1）CyTOF挖掘确定MG致病关键细胞亚群，且与疾病严重程度相关；2）大规模研究验证，该信号可作为监测疾病严重程度和指
普罗亭·2024-01-01 02:05

ggplot2 | 单细胞类间比较的火山图 - 经典效果

1.定义画图函数定义函数。VolcanoPlot=function(dif,log2FC=log2(1.5),padj=0.05,label.symbols=NULL,label.max=30,cols=c("#497aa2","#ae3137"),title=""){if(all(!c("log2FoldChange","padj","symbol")%in%colnames(dif))){st
biomooc·2024-01-01 00:06

单细胞 拟时序分析 | diffusionMap

1.简介DiffusionMap（扩散映射）是一款R软件，通过高斯模型和马尔科夫模型，把单细胞（scRNA）表达矩阵的非线性结构映射为连续性结构，并关联至对应细胞分组。
biomooc·2024-01-01 00:02

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(七)

这个包的用法QC首先我们先介绍下UMI这个概念，UMI其实就是区分每个测序分子片段的barcode，这么做可以区分每个分子是哪一个cell表达的我们还是采用deng这个数据做例子首先我们构造Seurat的单细胞对象
小潤澤·2023-12-31 13:27

Day5+7组53号瓶小喵Yolanda+《学习力》第七-八章读书笔记

slash青年是如今热门话题，想想自己总是和他人开玩笑时，自嘲自己是个单细胞生物，八抓鱼
黄金屋中的小逗姑娘·2023-12-31 08:47

From 16S rDNA测序 To 宏基因组学研究—应用的策略和主要流程

首先要确立宏基因组学研究的主要目标：要尝试解释怎样的科学问题？根据实
JarySun·2023-12-31 05:19

点成案例 | 如何利用细胞计数仪在单细胞测序中评估细胞

一、概述单细胞测序技术能够用来表征异常细胞群，分析稀有细胞和细胞图谱网络，发现异质性等。由于单细胞测序巨大的应用潜力，目前此技术正在经历爆炸性增长。然而，单细胞测序需要成本和时间的大量投资。
点成生物科技·2023-12-30 19:42

2020-11-24: 文献阅读: 压力超负荷驱动的心衰小鼠免疫浸润的单细胞转录组测序揭示了免疫激活程度

论文信息Title:Single-CellSequencingofMouseHeartImmuneInfiltrateinPressureOverload-DrivenHeartFailureRevealsExtentofImmuneActivationJournal:CirculationIF:23.603Publishdate:2019Author:Martini,Elisa;Kunderfr
辛晓红·2023-12-30 16:47

单细胞转录组及空间转录组学习资源

(1).单细胞上游软件cellranger：单细胞上游软件cellranger从头说(2).singleR操作说明：singleR(3).seurat操作说明：seurat官网；seurat官方教程：seurat
小潤澤·2023-12-30 15:23

AUCell:单细胞转录组中识别每一个细胞对某个通路的富集程度

AUCell：能够看出某个通路在细胞中的激活情况，在文章中可以用于差异比较，即这个通路多数在巨噬细胞中激活，而在其他细胞群中不激活8f37c46e064b71c7fc55ec17806e6e2.png1.R包的下载if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")#Tosupportpar
汪汪队队长_莱德·2023-12-30 13:57

最少6小时，你达标了吗？

来自：网络该项研究由西班牙马德里国家心血管研究中心的首席研究员、波士顿塔夫茨大学吉恩梅耶乌斯达人类衰老营养研究中心的营养和基因组学主任JoseOrdovas领导的团队完成。
zhaiyz·2023-12-30 02:07

2022-07-18

CommBio|TAS-Seq提高单细胞测序准确性原创图灵基因图灵基因2022-07-1809:04发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术日本科学家开发了一种新的DNA扩增和测序方法，可提高单细胞RNA
图灵基因·2023-12-30 00:53

单细胞转录组数据分析课件||7. Clustering of scRNA-seq data

单细胞分析的一个亮点就是可以找出细胞的异质性，也就是可以对细胞进行分群，找出有意思的亚群。所以这节课很重要：数据聚类。
周运来就是我·2023-12-29 23:49

易基因｜ChIP-seq分析方法：实用的工作流程和高级应用

以下为原文总结分享：一、介绍（Introduction）染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）是表观基因组学研究中的一种主要方法。全基因组的组蛋白修饰分析（如增强子分析和全
易基因科技·2023-12-29 19:40

使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（四）：Basic analysis and clonality

基本分析在本节中，我们将使用immunarch包中的基本函数对免疫组库数据进行常规分析。常用函数如下：repExplore-计算基本统计数据，例如克隆数或长度和计数的分布。要探索它们，您需要将统计信息如“count”传递给.method参数.repClonality-计算TCR/BCR库的克隆性。repOverlap-计算不同TCR/BCR库的重叠性。repOverlapAnalysis-分析TC
Davey1220·2023-12-29 08:34

2021-09-03

Cell|37万单细胞测序揭示人类结直肠癌中的多细胞免疫中心原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：存在一棵树IF=41.582推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、开发了一种基于scRNA-seq
图灵基因·2023-12-28 23:50

2022-03-05

NatComm|高级别卵巢癌单细胞肿瘤免疫微环境原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制研究人员已经揭示了卵巢癌中肿瘤细胞与免疫系统的相互作用。
图灵基因·2023-12-28 20:28

细胞发育-胰岛类器官_Cell

获取单细胞领域最新研究动态，可关注微信公众号2019年共推荐81篇单细胞领域高分文章（81篇速递文章汇总)。
安哥生个信·2023-12-28 16:44

〖书评〗 八一八《肠道的小心思》 ——我们都是管状的培养皿

要知道，很久很久以前，地球首先在水中有了单细胞生物，或藻类、或细菌，这个阶段持续了几十亿年才演化出略微复杂的多细胞生物。由各类细胞各司其职而组合成的生物，为维持存在就必须靠有规律的新陈代
拜伊良·2023-12-28 15:00

敬畏万千规律

如果要简单，你为什么不做单细胞生物呢？单细胞生物多简单？人类可能是最复杂的生命之一，消化系统，呼吸系统，眼球，更别说是大脑了。人类怎么可能简单！那到底什么是简单？规律是简单的。
李宗员·2023-12-28 10:50

GRNdb：解码不同人类和小鼠条件下的基因调控网络

然而，现有的数据库还没有提供单细胞水平上各种人类和小鼠正常组织和疾病的全面GRN信息。基于已知的TF-靶点关系和从公共数据库收集的大规模单细胞RNAseq数据以及癌症
生信小鹏·2023-12-28 09:14

单细胞分析（二）——细胞注释（SingleR自动注释）

单细胞分析数据后，得到族群后，如何将族群进行细胞名称注释是重要的步骤。这里使用SingleR进行简单的自动注释。安装需要的R包需要两个包SingleR和celldexif(!
生信小鹏·2023-12-28 09:43

基因调控网络重建：利用单细胞多组学数据

基因调控网络重建：利用单细胞多组学数据摘要IntroductionGRN推理的方法论基础Correlation-basedapproaches（基于相关性的方法）Regressionmodels（回归模型
生信小鹏·2023-12-28 09:43

用于单细胞基因调控网络分析（GRN）的SCENIC 工作流程

用于单细胞基因调控网络分析（GRN）的SCENIC工作流程摘要WorkflowPre-processing(Steps1–4)Networkinference(Step5)网络推理Modulegeneration
生信小鹏·2023-12-28 09:43

单细胞分析（五）——使用Harmony进行数据整合和去批次

单细胞分析（五）——数据整合和去批次为什么要进行数据去批次数据分次读入多个数据整合数据去批次处理数据质控去批次后数据分析后续分析参考文章为什么要进行数据去批次进行样本去批次（batchcorrection
生信小鹏·2023-12-28 09:13

scenic：单细胞调控网络推理和聚类

摘要我们提出了scenery，一种用于从单细胞rna-seq数据中同时进行基因调控网络重建和细胞状态识别的计算方法(http://scenic.aertslab.org)。根据肿瘤和大
生信小鹏·2023-12-28 09:42

基于神经网络的浮游植物种类图像分类

然而，最近的研究表明，水中的细菌存在，特别是称为浮游植物的单细胞生物的存在，可以帮助我们了解海洋活动和生态系统。由于浮游生物位于水生食物链的底部，这些细菌的不同物种可能对水下系统产生深远影响，并且
woshicver·2023-12-28 09:04

sc-RNA数据分析教材 || Computational Methods for Single-Cell Data Analysis

这本详细的书提供了最先进的计算方法，以进一步探索由单细胞技术带来的令人兴奋的机会。
周运来就是我·2023-12-28 08:31

转基因泛滥会使人体内出现有害基因吗？（崔永元真的是对的吗？）

@：凉天佳月文章表示，一家英国科学期刊“雪莱遗传学通讯”发表的论文称“在对中国平民阶层进行基因组学研究时发现了在转基因作物中用来促进生长的
凉天佳月·2023-12-27 20:00

scVelo||通过动力学建模产生瞬时细胞状态的RNA速度

在单细胞中引入RNA速率开辟了研究细胞分化的新方法。最初提出的RNAvelocity是通过计算推断的稳态剪接和未剪接的mRNA的比率。
生信编程日常·2023-12-27 17:31

单细胞质控和标准化

1.单细胞转录组主要应用于：深入了解组织中的细胞异质性。鉴定未知的细胞类型。鉴定已知细胞类型的亚型，原理是在感兴趣的细胞群中寻找差异基因表达模式。
maliming·2023-12-27 08:54

哺乳动物临产期睾丸发育中的单细胞表观遗传调控

今天和大家分享一篇预印版的文献，一句话概括为：小鼠睾丸4个发育阶段的染色质开放图谱题目：Thesingle-cellepigeneticregulatorylandscapeinmammalianperinataltestisdevelopment期刊：预印版bioRixv预印时间：2021-5-17物种：小鼠时间点：E18.5；P0.5，P2.5，P5.5样本数：4只小鼠技术：scATAC-se
科研菜鸟·2023-12-27 07:21

2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献

image文献汇总|2019的单细胞与病毒感染在讲单细胞与肝癌之前，我们先去看一下单细胞揭示正常肝脏细胞特征的分析，该文章于2019年7月发表于Nature，研究团队对来自9位人类供体的正常肝脏组织中的大约
生信宝典·2023-12-27 07:53

2021-12-28

Science|泛基因组分析优化结构变异识别原创图灵基因图灵基因2021-12-2807:03收录于话题#前沿生物大数据分析Giraffe，由加州大学（UC）SantaCruz分校基因组学研究所的科学家开发的一种新的制图算法
图灵基因·2023-12-27 04:32
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