单细胞测序第24页

单细胞测序+免疫，还可以这样做！

近些年，免疫治疗疗效的影响因素一直是研究热点，单细胞测序也是越来越受欢迎，这篇文章就很好的将二者进行了结合，从细胞-细胞互作的角度去分析肿瘤对抗PD-1治疗不同的应答机制。

概普生信·2023-09-27 16:30

环境决定论在现实主义文学中的表现

环境决定论是有其科学依据，细胞学说，即所有的动物植物都由单细胞分裂而来；进化论提出所有的物种皆由进化而来，都是“物竞天择，适者生存”的自然环境选择的结果。

2c47874080e2·2023-09-27 12:04

第三方独立医学检验实验室LIS系统

系统包括标本前处理模块、外送样本管理、申请单管理模块、检测管理（PCR荧光法检测管理模块、飞行质谱法检测管理模块、二代测序法检测管理模块、一代测序法检测管理模块、3D药敏肿瘤个体化用药检测模块）、报告管理

hitter201·2023-09-27 07:06

读书笔记 | 在病毒中生存

细菌是单细胞微生物。虽然每个细菌只有一个细胞，但是由于细菌的数量极大，因此加起来的细胞总数也很惊人。噬菌体病毒的外形看起来像小型的阿波罗着陆舱，上面的“正舱”（即病毒的头部）

梦里依稀风铃·2023-09-27 01:59

生信教程：使用全基因组SNP数据进行ABBA-BABA分析

因此，它们经常用于使用基因组规模的SNP数据（例如来自全基因组测序或RADseq）来测试基因渗入。在本次实践中，我们将结合使用可用软件和一些用R从头编写的代码来执行ABBABABA分析。

·2023-09-27 00:07

如何向Sequence Read Archive (SRA) 提交未组装的高通量测序reads？

基本简介原始数据（Rawdata)指测序下机后未经处理的全部原始数据文件，SRA是NCBI中收录原始数据的主要数据库，有454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos和CompleteGenomics

唯问生物·2023-09-26 22:41

mixcr3.0 软件使用

MiXCR是一个通用的框架，处理从原始测序数据到定量clonotype的免疫组数据。支持PE和SE的reads，考虑测序质量，纠正PCR错误，还能识别生殖系高突变。

11的雾·2023-09-26 14:56

10X单细胞基础+个性化合集1

昨晚还是看了世界杯，日本队确实值得尊重今天我想来一篇关于单细胞分析的合集，包括以下内容单细胞基础分析之单样本分析篇单细胞基础分析之多样本整合篇单细胞个性化分析之细胞注释篇单细胞个性化分析之轨迹分析篇单细胞个性化分析之细胞通讯篇单细胞个性化分析之

单细胞空间交响乐·2023-09-26 11:06

学习小组Day7笔记--张仁波

测序过程和原理测序的类型一二三代测序；高通量测序。一代测序：Sanger(Dr.FredSanger)，测得最准。二代测序：NGS(nextgenerationsequencing）。

千帆_f077·2023-09-26 10:50

序幕：投票

比如此刻的外星人还是在爬行动物阶段就像一只蜥蜴或者还只是单细胞生物。在这些小朋友们中的一大部分都会选择有外星生命，只有为数不多的还在坚持外星上没有任何生物哪怕只是一个细菌。

一站博物·2023-09-26 06:23

CNS图表复现---人人都能学会的单细胞聚类分群注释

这个数据集GSE129516，就是拿到了如下所示的数据文件：图片GEO下载的我首先读取了一个文件，看了看，就是表达矩阵，所以直接CreateSeuratObject即可，都省去了3个文件的组合命令。图片表达矩阵例子首先批量读取每个10x样品的表达矩阵保证当前工作目录下面有后缀是matrices.csv.gz的文件，就是前面下载的6个文件：rm(list=ls())options(stringsAs

Seurat_·2023-09-26 06:14

单细胞水平胚胎发育的染色质动态

参考文章是：Thecis-regulatorydynamicsofembryonicdevelopmentatsingle-cellresolution概述单细胞水平的发育谱系调控机制：Hereweinvestigatethedynamicsofchromatinregulatorylandscapesduringembryogenesisatsingle-cellresolution

Shaoqian_Ma·2023-09-26 01:00

CCLE数据库——肿瘤神器（第二节）

“Currentdata”里面包含很多原始数据，如Seq测序数据以及甲基化数据。但是很多信息都是更新到2019年，后面有对该条信息

翾格格·2023-09-25 23:07

在线平台如何做单细胞测序分析全套？有它so easy!

在线工具也能追上单细胞作者：白介素2单细胞测序技术是一个越来越Popular的技术，这不前两天还有小伙伴来找白介素同学，说是老板想分析单细胞测序的数据，喜欢追热点，让他们去学R语言，然后小伙伴自然是懵逼

医科研·2023-09-25 23:24

单细胞 & 空间整合去批次方法比较（2）

作者，追风少年i开头先放一张marker表，供大家参考markerlist这一篇内容很简单接上一篇，上一篇文章单细胞&空间整合去批次方法比较介绍了以下几种方法整合去批次的代码CCAmergeSCTmerge

单细胞空间交响乐·2023-09-25 22:21

mtSC：整合多参考数据集进行单细胞亚群注释

说在前面在单细胞数据分析流程中，细胞亚群注释的准确性一直都是重中之重，生信宝库在之前的推文：一文解决单细胞亚群注释的所有问题中，已经介绍了解决单细胞亚群注释常见问题的一些方法，并且给出了Immugent

生信宝库·2023-09-25 21:57

JSTA：将空间转录组原始数据转换成单细胞水平空间表达谱的专用工具

然而其需要使用图像分割算法将图像分割成细胞，将RNA检测转换为空间单细胞数据。把mRNA分配给细胞仍然是一个具有挑战性的问题，会大大影响组合FISH方法的整体准确性。

尐尐呅·2023-09-25 21:26

生信零基础 Day7 by Sure栗子

测序的基础知识今天的东西太难了，我只能搞懂基本的发展脉络，要补的课太多了测序相关知识.png

Sure栗子·2023-09-25 20:41

好记性不如烂笔头

所以很多笔记都不够系统，因此我想要对自己的博士课题（主要是单细胞测序方面）的学习做一个详细的记录与总结，不仅是为了分享，更重要的是记录过程中加强对方法的系统理解以及方便以后的知识回顾。

好风凭借力·2023-09-25 19:56

骨髓龛中不同细胞群体的关联及其分化途径

MappingDistinctBoneMarrowNichePopulationsandTheirDifferentiationPaths骨髓龛中不同细胞群体的关联及其分化途径MSCGeneVisualization文章信息介绍的文章利用单细胞转录组分析骨髓龛中不同细胞类群间的关联及其分化轨迹中不同的转录调控因子的功能

天涯清水·2023-09-25 13:45

人类全基因组分析提速10倍的背后：TCS服务垂直行业的探索

腾讯云开发者·2023-09-25 10:24

基因组大小查询（二）|基因组组装结果查询

在进行基因组测序之前，生物学家是用质量来衡量不同生物之间基因组的大小。对于已经测序发表的基因组，可以直接通过查询相关数据库中提交的基因组信息，对本物种或者近源物种基因组大小进行初步调研。

bioyigene·2023-09-25 10:23

物种基因组大小查询之流式结果查询

在进行基因组测序之前，生物学家是用质量来衡量不同生物之间基因组的大小。通常使用的单位为pg（10e-12），这个值简称为C-value。通过简单的换算就可以知道大概的碱基的数量。

bioyigene·2023-09-25 10:23

代码分析 | 单细胞转录组质控详解

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2023-09-25 08:00

SCENIC单细胞转录因子分析原理

1.简介SCENIC（single-cellregulatorynetworkinferenceandclustering）是一个基于共表达和motif分析，计算单细胞转录组数据基因调控网络重建以及细胞状态鉴定的方法

Seurat_Satija·2023-09-25 08:51

2021-09-07

NatBiotech|迁移学习将单细胞数据映射到参考图集原创huacishu图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=54.904推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、研究人员介绍了一种深度学习策略

图灵基因·2023-09-25 03:55

线粒体基因组的组装和注释（MitoFinder ）

之前有过用二代测序的数据组装植物叶绿体基因组昆虫线粒体的经历，用的是单位的超算（Linux系统）。

xiaoxianyu·2023-09-24 22:37

柿子基因组测序与其性别决定系统的进化分析

生信石头·2023-09-24 21:08

12月7日星期六晴

这就是多细胞生物和单细胞生物的不同点。图片发自App

zhangmingyang·2023-09-24 21:09

感恩日记20180823

感恩质量管理体系的候选人：今天面试公司质量管理部的候选人，对方系统的分享了测序行业的质量管理体系及经验，让我这个门外汉

Fanamour·2023-09-24 11:35

RNA-seq的差异基因除了热图/火山图，你还可以如何展示？

差异基因展示方式除了热图、火山图，还有传说中的“瀑布图”（不确定是不是叫瀑布图，我感觉更像S型图），近两天我在浏览的时候发现了一篇好文，来自作者ZZZZZZ_XX的一篇：测序结果概览：基因表达量rank

生信start_site·2023-09-24 09:18

生信技巧 | GNU 并行操作

数据并行情况当文件的每一行都可以单独处理时基因组的每条染色体都可以单独处理组件的每个脚手架都可以单独处理处理并行压缩或解压缩10到100个文件计算大文件中的行数将许多样本的原始测序数据文件与基因组进行比对不能并行的情况基因组组装并不是简单的可并行化

冷冻工厂·2023-09-24 06:07

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【3】：胚胎发育/干细胞分化

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【1】：心血管发育/疾病王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【2】：肝脏生理学/疾病03胚胎发育/干细胞分化胚胎发育和干细胞分化为理解协调细胞命运决定的分子调控和组织模式的构建提供了范例

尐尐呅·2023-09-24 06:30

scCustomize：自定义可视化你的单细胞数据（一）

简介scCustomize是一个单细胞转录组数据可视化的R包，里面集合了一些常用的数据可视化方法，可以与Seurat包进行很好的联用，支持Seurat，LIGER和SCE等常用对象的数据。

Davey1220·2023-09-24 06:59

一文读懂FastQC Report

BasicStatistics总览，来判断测序质量图1BasicStatisticsEncoding：测序平台信息，我也不知道这

实验狗的简书·2023-09-23 16:43

2121年第21周检视（5.31-6.6）

6月第1周要事：1.六一陪娃周四给大姐看基因测序结果周六去楚文老师家。家庭规则的建立未完成。有一天发火，未做到和善。2.文君、冬松，还有一个小姑娘，聪聪线上约谈方方，约见。跟进房山合作，唐卡沙龙。

慧婕的成长笔记·2023-09-23 10:24

相信技术的力量 - RSAC 2020 (2)

此次国内研究机构两周内完成病毒分离和基因测序令全球刮目相看，在抗疫中发挥的作用举世皆知。也应该鼓励论文不受限制地大量去发，就像安全企业要坚定走出国门一样。让我们再来看看其它技术应用。

安全乐观主义·2023-09-23 09:26

11+单基因泛癌，转录组+单细胞+机器学习+预后模型

今天给同学们分享一篇单基因泛癌+多实验的生信文章“Atranscriptomicpan-cancersignatureforsurvivalprognosticationandpredictionofimmunotherapyresponsebasedonendothelialsenescence”，这篇文章于2023年3月28日发表在JBiomedSci期刊上，影响因子为11。微血管内皮本质上控

生信风暴·2023-09-23 08:13

微生物测序该怎么选，16S or 宏基因组?

该序列包含9个高变区和10个保守区，通过对某一段高变区序列（V4区或V3-V4区）进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp

唯问生物·2023-09-23 07:53

5+：基于单细胞测序和转录组数据构建胰腺癌中坏死性凋亡相关的预后模型

原文公众号：一起实验网对下述分析方法感兴趣或者没有研究思路的小伙伴，欢迎踊跃探讨！早！今天小编和大家分析一篇2022年10月发表在《FrontiersinImmunology》（IF:5.0）期刊上的文章《Anecroptosisrelatedprognosticmodelofpancreaticcancerbasedonsinglecellsequencinganalysisandtranscr

一起生信分析·2023-09-23 07:55

5+单基因肿瘤+自噬+细胞凋亡+单细胞+实验

今天给同学们分享一篇单基因肿瘤+自噬+细胞凋亡+单细胞+实验的生信文章“Autophagy-relatedgeneLAPTM4Bpromotestheprogressionofrenalclearcellcarcinomaandisassociatedwithimmunity

生信风暴·2023-09-23 07:18

8+单基因+细胞凋亡+WGCNA+单细胞+实验验证

今天给同学们分享一篇单基因+细胞凋亡+WGCNA+实验验证的生信文章“RASGRP2isapotentialimmune-relatedbiomarkerandregulatesmitochondrial-dependentapoptosisinlungadenocarcinoma”，这篇文章于2023年2月3日发表在FrontImmunol期刊上，影响因子为8.786。Ras鸟嘌呤核苷酸释放蛋白

生信风暴·2023-09-23 07:15

9+单细胞+实验验证，探讨单基因对癌细胞转移作用的思路方向

今天给同学们分享一篇单细胞+实验的生信文章“IdentificationofRAC1inpromotingbrainmetastasisoflungadenocarcinomausingsingle-celltranscriptomesequencing

生信风暴·2023-09-23 07:15

10X单细胞空间联合分析人类小细胞肺癌肿瘤生态系统和空间结构

今天我给大家分享一个单细胞空间联合分析的内容，文章在Single-CellTranscriptomicAnalysesofTumorEcosystemsandSpatialArchitecturesinHumanSmallCellLungCancer

单细胞空间交响乐·2023-09-23 00:01

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯分析联合大全

作者，追风少年i周四了，一周最好的时光，不知道大家感觉怎么样了？2022年上半年的最后一天，时光总是匆匆，不会为自己停留片刻。白哥有一句台词，之前做的再好也回不去了，项目交出去的那一刻，便不再属于自己，那如果新的项目做不成，就该考虑换个工作了~~~~你再有辉煌也都是过去的事情了，要是因为过去的事出不来的话，我们就会越来越平庸。半年了，我们要做总结，希望大家都能在自己擅长的领域有所成就~~~图片.p

单细胞空间交响乐·2023-09-22 22:58

KEGG信号通路富集分析

KEGG信号通路富集分析当我们手头有转录组测序后的差异分析数据后，想更进一步的去分析这些差异基因在信号通路富集情况，其中一种办法是使用KEGG网站进行信号通路富集分析。

MurphyStar·2023-09-22 19:43

国产测序仪之赛纳生物测序技术路线介绍

“基因Share”本文为付费文章，如需阅读全文，请点击该链接：https://mp.weixin.qq.com/s/RXkUGRqlaGbb04tzghqz9Q大家好，今天我将为大家简单介绍赛纳生物的测序技术路线

基因Share·2023-09-22 19:26

一个逆天的small RNA-seq数据挖掘神器

随着高通量测序技术的不断发展完善，大批量的基因组数据积累在数据库中，这个大家都很清楚。近些年，越来越多的证据表明samllnon-codingRNA（sncRNAs)也发挥了很重要的调节作用。

医科研·2023-09-22 17:27

10X单细胞（10X空间转录组）分析之将单细胞转录组映射到拷贝数进化树（scatrex）

hello，大家好，今天我们来分享一个很有意思的分析，那就是根据单细胞CNV数据绘制进化树，大家常见的进化树是下面这样的。

单细胞空间交响乐·2023-09-22 13:48

宏基因组介绍

如何清楚的认识环境样品中微生物群落的组成和功能基因是困扰大家多年的难题，近年来随着新一代测序技术发展而来的宏基因组技术解决了这一难题。宏基因组英文metagenome，早期也被称为元基因组。

斗战胜佛oh·2023-09-22 10:26

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