单细胞测序第23页

第一次用scanpy分析单细胞数据

InMay2017,thisstartedoutasademonstrationthatScanpywouldallowtoreproducemostofSeurat’sguidedclusteringtutorial(Satijaetal.,2015).WegratefullyacknowledgeSeurat’sauthorsforthetutorial!Inthemeanwhile,weha

Seurat_Satija·2023-10-02 16:17

学习小组Day4笔记--董昆

dongkun031·2023-10-02 12:26

单细胞转录组数据分析课件||2. Quality control of scRNA-seq data

本文介绍了单细胞转录组数据分析非常重要的一步：数据质控。数据质控应当引起我们的注意，数据的清洁程度决定了数据挖掘的上限。数据质控的几个方向：低质量细胞、多细胞捕获、有效基因识别，细胞碎片，批次效应等。

周运来就是我·2023-10-02 09:23

生信教程：使用全基因组SNP数据进行ABBA-BABA分析

因此，它们经常用于使用基因组规模的SNP数据（例如来自全基因组测序或RADseq）来测试基因渗入。在本次实践[1]中，我们将结合使用可用软件和一些用R从头编写的代码来执行ABBABABA分析。

冷冻工厂·2023-10-02 06:37

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定

www.bio-info-trainee.com/2218.html准备工作：安装WSL，并将源换成国内源；在D盘建立文件夹bs用来放生信软件，文件夹data用来放下载的数据，data下建立文件夹fastq用来放测序数据

北极光_0424·2023-10-02 05:10

躺着也可以学习纳米孔测序了

经过14的马拉松式的在线直播课程，我们第一期《纳米孔测序数据分析培训班》圆满落幕，通过本次培训学员们充分了解了纳米孔测序相关的问题，并且通过实际操作，能够完成数据数据分析的工作。

基因学苑·2023-10-02 00:50

微生物菌群预测异体基因的造血细胞移植死亡率

2.采用16SrRNA基因测序方法，对4个研究中心（NewYork、Germ

JarySun·2023-10-01 21:14

2022-01-08

NatureCancer|时序单细胞追踪揭示抗PD-1免疫治疗在肺癌中的作用机制原创风不止步图灵基因2022-01-0813:52收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：风不止步推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：以PD

图灵基因·2023-10-01 16:14

2021-07-30 统计测序中插入片段长度insert_sizes

对于双端测序而言，事情就变得简单了。

xiaoguolaile·2023-10-01 15:43

Nature重磅综述：单细胞测序技术在癌症免疫治疗领域的应用

本文阐述了使用以scRNA-seq为主的单细胞分析技术取得的进展，特别是在肿瘤临床治疗、免疫疗法方面，讨论了

概普生信·2023-10-01 14:54

02.认识Seurat对象

关于Seurat对象的构建请参考：01.单细胞入门-Seurat对象创建Seurat对象结构及信息存储我们使用seurat官方pbm3k数据集作为示例,强烈建议直接阅读官方文档说明，有构建-整合拆分-质控全套流程和代码

科研小徐·2023-10-01 10:13

“harmony”整合不同平台的单细胞数据之旅

LandscapandDynamicsofSingleImmuneCellsinHepatocellularCarcinoma》，为了同时整合两类数据（包括SMART-seq2和10X）（Hemberg-lab单细胞转录组数据分析

生信宝典·2023-10-01 09:09

单细胞108篇文献解读之14---A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer

|文章题目：ATargetableEGFR-DependentTumor-InitiatingPrograminBreastCancer中文题目：乳腺癌EGFR靶向依赖的肿瘤启动程序发表期刊：cellreports发表时间：2017.10影响因子：8.032[图片上传失败...(image-2455af-1621337002656)]前言基底细胞样型乳腺癌(basal-likesubtypebre

Seurat_Satija·2023-10-01 07:26

单细胞测序-scRNA的测序基础

单细胞测序(single-cellsequencing)，顾名思义就是能从单个细胞中获取遗传信息的测序技术。单细胞测序技术为什么近来大火，那么它能帮科研工作者能解决哪些问题？

作图丫·2023-10-01 06:00

公开数据库纯生信：铁死亡联合单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq强势回归

之前铁死亡已经在科研界掀起过一波风浪，铁死亡常规分析的文章基本都已发表，但是铁死亡热度依然没有减退，小编也一直在寻找铁死亡新思路出，这不，FrontImmunol（Q2,IF=7.561）铁死亡bulkRNA+scRNA分析的新思路就见刊了，bulkRNA+scRNA的分析也是近来的趋势，单独分析bulkRNA毕竟太过片面。公开数据库纯生信铁死亡bulkRNA+scRNA方案铁死亡激活评分模型有助

概普生信·2023-10-01 03:30

ggplot做对角线火山图---与单细胞差异基因可视化更配哦

2、让火山图躺下来：倾斜45°的火山图3、跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化4、ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因但是最近在做单细胞差异基因可视化火山图的时候

KS科研分享与服务·2023-10-01 02:16

学习小组Day7笔记---飞天小朱

1.png2.png今天的收获一个是系统的了解测序的定义，另外对于在Linux下初步分析测序信息也有了一定了解，啊，真的太多了，估计要消化几天。

飞天小朱_9634·2023-09-30 16:47

2022-08-13

图灵基因·2023-09-30 14:01

2022-07-20

Nature|单细胞测序揭示核染色体的位置决定了分离错误的频率原创骄阳似我图灵基因2022-07-2007:13发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制语音朗读本文音频：00:0009:48撰文：骄阳似我

图灵基因·2023-09-30 13:03

10X单细胞（10X空间转录组）多组学（RNA + ATAC）推断Velovyto（MultiVelo）

hello，大家好，今天我们来分享多组学数据推断RNAVelocyto，大家做velocyto的时候估计都是用RNA数据来分析的，其实，对应的ATAC数据也含有丰富的动力学信息，多组学推断更加准确一点，参考的文献在Single-cellmulti-omicvelocityinfersdynamicanddecoupledgeneregulation，非常棒的文章，我们先来分享文章，最后看看示例代码

单细胞空间交响乐·2023-09-30 11:44

GPU版scanpy (rapids)实践 | 大型单细胞数据分析利器

作者：ahworld链接：GPU版scanpy(rapids)实践|大型单细胞数据分析利器来源：微信公众号-seqyuan著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。

seqyuan·2023-09-30 10:49

风是海里的鱼

它们都是自由的，明明是个单细胞得动物，却活的那么开心，你想过没有，去过自己的生活。什么生活，什么社会。心理学说，人的心理分为三种，本我自我超我。

风是海里的鱼·2023-09-30 05:34

再来日更

我一直自认为是个单细胞动物，一个时期只能专注做一件事。比如我考国考期间，基本业余时间全部都用在备考上了。现在在考证这个事情上暂告一段落。现在，重新开始参加这个活动，希望能持之以恒耕耘心情。

爱读书的冰冰·2023-09-30 05:55

辛普森指数

测序公司给的D，所以越大值多样性越小，百度上是1-D计算的，其实原理是一样的。

赵会成·2023-09-30 01:58

转录组测序中的文件格式

所有scRNASeq都是双端测序fastq格式BAMbam文件存储映射后reads信息，bam文件可以转换成人可以阅读的sam文件，这种转换通过samtools进行。

实验室的搬运工·2023-09-30 00:47

文献(2): 综述_癌症相关成纤维细胞(CAF)的异质性【建议收藏】

上一个单细胞课题做了一些关于CAF的工作，当时就参考了这一篇综述。细胞亚群的解读算是单细胞课题中耗时耗力的内容，非免疫细胞更是如此，因为非免疫细胞的文献比免疫细胞少多了。

TOP生物信息·2023-09-29 23:49

单细胞测序CITE-seq cell hashing

Cellhashing是一种在单细胞rna测序平台上实现样本多线程和超负载的方法，由纽约基因组中心的技术创新实验室与Satija实验室合作开发。

KK_f2d5·2023-09-29 22:08

基因组组装（全）

基因组组装一般分为三个层次，contig,scaffold和chromosomes.contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。

麋鹿吃了颗草莓·2023-09-29 20:01

Qiime2 数据导入

DatawithsequencequalityinformationEMPProtocolformatEMP单端测序标准的EMP单

吴十三和小可爱的札记·2023-09-29 17:59

“基因Share”基因测序技术科普和行业分析平台

大家好，今天开通的的账号，将微信公众号“基因Share”的文章同步到，希望可以与更多的朋友一起分享和交流。后续的最新文章，我也会第一时间在平台发布，谢谢大家的支持。基因Share2020年4月20号

基因Share·2023-09-29 14:54

GEO数据挖掘（二）-- 基因差异表达分析及可视化全套代码分享

前两次教程“GEO数据挖掘（一）简单快速下载GEO数据”、“GEO数据挖掘（一）下载SRA库原始测序数据”已经分享过如何下载数据，本次将分享如何将geo数据内的差异基因提取出来，进行差异化分析，找到上调下调基因

诺禾致源·2023-09-29 11:36

单细胞聚类---浅析监督学习与无监督学习

单细胞转录组分析在线性降维后通常要进行聚类，使用到机器学习的常用方法，主要分为有监督学习[supervisedlearning]和无监督学习unsupervisedlearning。

云养江停·2023-09-29 08:53

分子标记（包括基因测序）

背景在最开头，我们来说下两种遗传模式：1核基因组是双亲遗传的（一条染色体来自母本，一条来自父本），只有性染色体是单亲遗传的，但不是所有生物都有性染色体。2细胞器基因组是单亲遗传的：植物动物都具有的线粒体基因组是母体遗传的（maternalinheritance），植物具有的叶绿体基因组在被子植物中是母体遗传的，在裸子植物中是父体遗传（paternalinheritance）。动物细胞与植物细胞那么

xiaoxianyu·2023-09-29 08:44

singlem,一款可以使用marker基因进行宏基因组reads分类的软件

最近偶然从一篇PNAs的文章，看到作者不仅进行了16SrRNA测序，而且通过marker基因和宏基因组bins同时计算了群落结构，对比三者发现，菌群结构相似。

谷流觞·2023-09-29 07:02

深度学习中Dropout原理解析（10X单细胞和10X空间转录组）

1.Dropout简介1.1Dropout出现的原因在机器学习的模型中，如果模型的参数太多，而训练样本又太少，训练出来的模型很容易产生过拟合的现象。在训练神经网络的时候经常会遇到过拟合的问题，过拟合具体表现在：模型在训练数据上损失函数较小，预测准确率较高；但是在测试数据上损失函数比较大，预测准确率较低。过拟合是很多机器学习的通病。如果模型过拟合，那么得到的模型几乎不能用。为了解决过拟合问题，一般会

单细胞空间交响乐·2023-09-29 03:07

生物进化论与互联网商业变革

我们都知道地球上的生命，从最原始的无细胞结构状态进化为有细胞结构的原核生物，从原核生物进化为真核单细胞生物，然后按照不同方向发展，出现了真菌界、植物界和动物界。

马少的简书·2023-09-29 02:37

Paper_3: 正常输卵管上皮细胞的单细胞测序揭示了浆液性卵巢癌的非遗传异质性

Highlights利用输卵管上皮细胞（FTE）的亚型定义了浆液性卵巢癌（SOC）的分子分型FTE细胞在单细胞水平上的整体描述鉴定了6种分子亚型的细胞类群在1700个高级浆液性卵巢癌（HGSOC）的肿瘤

TOP生物信息·2023-09-29 00:06

KEGG 通路富集分析图解

现在是基因组测序和其他高通量实验技术产生的大规模分子数据集的整合和解释的重要生物信息数据参考知识库。KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。

荞麦agan·2023-09-28 23:05

iTALK---单细胞受配体互作分析及可视化（详细版教程）

今天我们说一说另外一种---iTALK，iTALK也在很多文章中出现过，原理是基于受配体平均表达量。它有两个优点，第一是可以比较差异受配体，第二是可视化比较好，我们可以借用借用它的函数，让自己的结果更加完美！详细版注释代码以及使用的数据已上传QQ群文件，更多精彩内容请至我的公众号---KS科研分享与服务！iTALK的文章连接如下：https://www.biorxiv.org/content/10

KS科研分享与服务·2023-09-28 23:55

SCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你123篇原创内容-->公众号今天开启单细胞之旅，单细胞其实我也算接触较早的项目

90066456ace6·2023-09-28 20:33

2020-03-20 人心脏发育过程中全器官的基因表达和细胞图谱

image.png一句话总结：利用空间转录方法在单细胞分辨率下探索人类心脏发育的基因表达图景，以构建一个3D器官范围的图谱。

程凉皮儿·2023-09-28 18:20

单细胞多组学揭示新冠后遗症的免疫学特征

中科新生命·2023-09-28 15:16

单细胞ATAC和RNA测序的结合分析

这篇文章就是采用ATAC-seq和RNA-seq的单细胞检测方法，对恩杂鲁胺(一种抗癌药物)的早期治疗反应和耐药性模型进行研究。方法RNA测序及预处理LNCaP和VCaP细胞系是

概普生信·2023-09-28 12:36

转录组分析Day1笔记--xiaofan1991

实验设计主要注意以下三个方面的内容:RNA提取方案测序深度或文库大小重复的次数 RNA提取方案主要是去除rRNA，保留我们感兴趣的mRNA。

xiaofan1991·2023-09-28 08:55

5+单细胞+脂质代谢+预后模型+实验

今天给同学们分享一篇5+单细胞+脂质代谢+预后模型+实验的生信文章“Single-celltranscriptomeanalysisrevealsthemetabolicchangesandtheprognosticvalueofmalignanthepatocytesubpopulationsandpredictnewtherapeuticagentsforhepatocellularcarci

生信风暴·2023-09-28 08:36

菜鸟自学04：运行HiC-Pro软件的tips

Hic-Pro的安装折腾了一段时间，终于把hicpro软件安装好了，走了弯路，回过头才发现别人的教程已经写的非常正确且清晰了…说说hic-pro,hic-pro的作用是把测序文件输出为标准互作图谱。

guguaihezi·2023-09-28 01:27

连锁不平衡以及连锁不平衡衰减

LD衰减图，在重测序类的文章中会经常出现群体遗传、GWAS等的文章里面。

云养江停·2023-09-27 22:15

Nature | 国际半干旱热带作物研究中心携手华大等机构，完成鹰嘴豆大规模基因组研究

北京时间11月11日，国际顶级学术期刊《自然》（Nature）在线发表了题为《全球3,366份鹰嘴豆种质的遗传变异图谱》的研究，通过对鹰嘴豆全球种质资源开展大规模基因组测序和分析，加深了我们对于鹰嘴豆的认识

尐尐呅·2023-09-27 22:44

scmap:单细胞RNA-seq数据跨数据集的投影

随着越来越多的scRNA-seq数据集可用，对它们进行比较是关键。主要的应用程序是比较不同实验室收集的具有相似生物学来源的数据集，以确保注释和分析是一致的。此外，随着大量的参考数据集，如人类细胞图谱(HCA)的出现，一个重要的应用将是将来自新样本(如来自疾病组织)的细胞投射到参考数据集上，以表征组成的差异，或检测新的细胞类型。scmap是一种将细胞从scRNA-seq实验投射到不同实验中识别的细胞

周运来就是我·2023-09-27 21:59

如何从基因组水平检测分子趋同进化信号

解决这个问题通常会对具有共享相似表型的物种进行基因组测序，然后与不同表型的物种进行比较基因

Mr_我爱读文献·2023-09-27 21:34

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