单细胞测序第26页

微生物测序应该用16S 还是宏基因组？

该序列包含9个高变区和10个保守区，通过对某一段高变区序列（V4区或V3-V4区）进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp

科研小行星·2023-09-16 22:53

什么是16S rRNA，rDNA，菌群研究为什么用16S测序，细菌如何命名分类？

谷禾健康当谈到肠道菌群研究时，16S测序是一种常用的方法，它在了解微生物组成和多样性方面非常重要且实用。16SrRNA是细菌和古细菌中的一个高度保守的基因片段，同时具有一定的变异性。

谷禾牛博·2023-09-16 22:51

远程工作——产品时间紧怎么办

年开始远程工作的资深产品经理，拥有丰富的产品经理和项目管理经验项目周期：4.1-5.3产品周期：1.0版本时间：4.1-4.41.6版本时间：4.20-4.27项目背景：客户公司是一家做生物科技行业的，主要进行基因测序等相关产品的业务

warrior_wj·2023-09-16 10:55

单细胞数据可视化工具怎么选？硬核测评13种scRNA-seq可视化工具

单细胞交互式分析和可视化工具已被科研界广泛采用。它们使数据导入、公共数据访问和分析更容易为用户所用，并加速了科学的发展。

尐尐呅·2023-09-16 03:49

芯周刊·第3期 | 单细胞&空间转录组测序文献速览导读

01单细胞转录组结果协助重新定义结直肠癌亚型目前，结直肠癌分子亚型主要考虑上皮亚型、微卫星状态和纤维化，分为微卫星不稳定免疫激活型、经典型，代谢型，间质型，这种分类方法无法区分癌细胞和基质细胞的个体差异

生物芯时空·2023-09-16 01:06

16S测序分析（六）用PICRUSt预测菌群KEGG代谢通路

的原理基于已测细菌基因组的16SrRNA全长序列，推断它们的共同祖先的基因（同源基因）功能谱，对Greengenes数据库中其它未测物种的基因功能谱进行推断，构建古菌和细菌域全谱系的基因功能预测谱，最后，将测序得到的菌群组成

小白菜学生信·2023-09-16 01:41

10X单细胞-10X空间转录组联合分析之八----STRIDE（三维重构）

这一次我们来分享一下单细胞空间联合分析的软件STRIDE，文章在STRIDE:accuratelydecomposingandintegratingspatialtranscriptomicsusingsinglecellRNAsequencing

单细胞空间交响乐·2023-09-15 23:21

RNA-seq实验设计：批次效应对RNA-seq结果的影响

RNA测序作为一种很灵敏的RNA表达量定量技术，很多因素会对实验精度产生影响。批次效应一种常见的误差来源。我们先用一个案例来解释批次效应可能对结果产生的影响。

Z_bioinfo·2023-09-15 08:05

【空间&单细胞组学】第2期：联合单细胞和bulk转录组鉴定了结直肠癌中两种上皮肿瘤细胞状态，并完善了CMS分型

这次的文献分享，dy讲解的文献标题为：联合单细胞和bulk转录组鉴定了结直肠癌中两种上皮肿瘤细胞状态，并完善了CMS分型。

TOP生物信息·2023-09-15 07:12

生命从一开始就被设计好了？

对于这个问题，目前科学界比较公认的结论是地球上的生命都是来自于海洋上的单细胞生

素子_a7f4·2023-09-15 02:31

GWAS基因型文件介绍——VCF文件

基因型数据的获取方式有很多，例如基因芯片、简化基因组测序、全基因组重测序等。在人类中通过基因芯片获取的测序数据往往需要依靠千人基因组等参考进行填补，以形成全基因组覆盖性的位点密度。

李路飞·2023-09-15 01:14

猜数游戏 rust解法

给定答案序列和猜测序列，统计有几个数字位置正确，有几个数字在两个序列都出现过但位置不对。输入包含多组数据。每组第一行是序列长度n，第二行是答案序列，接下来若干行是猜测序列。猜测序列全0时该组结束。

int8·2023-09-14 22:41

预测多基因扰动的转录结果

作者提出了图增强的基因激活和抑制模拟器（GEARS，graph-enhancedgeneactivationandrepressionsimulator），这是一种将深度学习与基因-基因关系知识图相结合的方法，利用单细胞

tzc_fly·2023-09-14 16:57

音视频技术开发周刊 | 310

学术头条|基于网络科学的人工智能揭示基因信息如何利用单细胞塑造形体近日，由清华大学脑与智能实验室复杂网络智能中心（CCNI）主任CarloVittorioCannistraci教授与北京大学韩敬东教授共同指导的国际科学家团队在

LiveVideoStack_·2023-09-14 12:43

基础知识——第三代测序技术

三、第三代测序技术一、单分子荧光测序1.1测序平台PacificBiosciences公司，简称为PacBio,这是目前为止，读长最长的下一代测序技术公司。

生信小工厂·2023-09-14 12:10

单细胞数据整合鉴定肿瘤细胞

公众号：生信诊断所本文是一则学习笔记，但有干货这里的数据是保密的，做了哪些处理也不能说。就单纯为了测试liger整合数据和Seurat对象直接的转换，还有scCATCH工具的细胞类型注释。LIGER（LinkedInferenceofGenomicExperimentalRelationships）基因组实验关系关联推断,用一种整合非负矩阵分解算法。主要的步骤分为：数据预处理和归一化，联合因子分解

11的雾·2023-09-14 06:21

生物学英文缩写

EST是ExpressedSequenceTag的缩写，意思是表达序列标签，指从一个随机选择的cDNA克隆，进行5’端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA部分序列。

kekoukele777·2023-09-14 00:16

机器人操作——diffusion policy（2023）

/2303.04137.pdf项目地址：https://diffusion-policy.cs.columbia.edu单位：哥伦比亚大学创新点引入扩散模型(duffisionmodel)，输入一段观测序列

千羽QY·2023-09-13 19:40

2022-04-12

NatBiotech丨单细胞形态和转录状态的综合空间分析原创珍奇图灵基因2022-04-1209:54收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：珍奇IF：54.908推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、本文提出了一种多模式结构化嵌入

图灵基因·2023-09-13 18:39

地球生物基因组计划开启新阶段：从试点项目转向全面生产测序

一项绘制地球上所有植物、动物、真菌和其他微生物生命基因组图谱的全球计划正在进入一个新阶段：从试点项目转向全面生产测序。

尐尐呅·2023-09-13 18:22

2018-10-14 测序基本知识

1##一代测序sanger测序，双脱氧核苷酸ddNTP会结合所有位点，设置四个反应体系1-4，分别加入引物、DNA聚合酶、四种dNTP、一定比例的ddNTP（带有放射性标记）ddATP遇到了T位点，就结合并终止准确性高达

生信银河战舰·2023-09-13 11:19

1-2细胞的结构

细胞的结构一.细胞学说所有动植物都是由细胞组成细胞是生物的基本单位新细胞由老细胞分裂产生二.多种多样的细胞原核细胞(单细胞生物)细胞壁:肽聚糖等细胞膜:普通膜(后面会讲)核糖体拟核:裸露的DNA不与蛋白质结合特殊结构

HURC咸鱼·2023-09-13 11:09

基于 Cell ID 的单细胞基因指纹特征提取和细胞身份识别的新方法

题目是“Genesignatureextractionandcellidentityrecognitionatthesingle-celllevelwithCell-ID”，翻译出来是“基于CellID的单细胞水平基因指纹特征提取和细胞身份识别方法

黄树嘉·2023-09-13 10:46

学习小组Day7笔记--温化玉

1.测序原理测序的世界：https://www.jianshu.com/p/101c14c3a1d22.测序类型2.1一代的Sanger测序仍然是金标准（低通量，高准确率）2.2二代测序（读长较短，高通量低成本

温化玉·2023-09-13 10:43

生信分析 Cell详解|大规模单细胞转录组分析揭示COVID-19免疫学特征（张泽民团队力作！）

主刊，题目为“COVID-19immunefeaturesrevealedbyalarge-scalesinglecelltranscriptomeatlas”，文章第一作者和通讯作者中汇集了多名我国单细胞测序方面的顶尖专家

概普生信·2023-09-13 09:12

【文献解读】结合基于微阵列的空间转录组和单细胞RNA-seq揭示胰腺导管腺癌的组织结构

单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够系统地识别组织中的细胞群，但表征它们的空间组织仍然具有挑战性。

六博说·2023-09-13 08:00

2018-08-24

测序的生物学和化学的技术背景今天的课程讲的都是测序的原理。是DNA如何从生物学信息一步步的到数字化信息的过程。生！信！image.png文件传输软件Filezilla这个软件看着就好使。

f95c0a53af97·2023-09-13 06:54

学习小组Day7笔记--小明

生信第7天——测序知识学习内容怎么区分一二三代测序二代测序大体流程NGS组学都包括哪些分类1、测序过程和原理原理介绍视频：（https://share.weiyun.com/5qojuBY）密码：bxsry4

knightxm·2023-09-13 02:38

10X单细胞（10X空间转录组）批次效应去除大盘点

单细胞空间交响乐·2023-09-12 14:59

如何利用R包Deseq2做差异基因绘制火山图？

rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)setwd('C:/Users/Administrator/Desktop/LSM测序总结/volcant/volcano

ShanSly·2023-09-12 11:25

单细胞数据科学的十一个重大挑战

随着单细胞技术的成熟，人们得以在单细胞水平观摩生命现象了，在这波技术浪潮中似乎要把自人类基因组积累的生命科学技术都在单细胞水平上应用一遍，其中最常见的就是测序技术。

周运来就是我·2023-09-12 08:24

一文读懂10X单细胞上游分析软件cellranger

随着单细胞研究越来越多，基于Single-CellSequencing发表的文章也越来越多，涉及领域涵盖了肿瘤、发育、神经科学、免疫等。如何从庞大测序数据中获得单个细胞的表达谱成为数据解析的关键点。

Seurat_·2023-09-12 05:58

单细胞转录组细胞注释概述

细胞注释三步走：1）自动注释、2）手动注释、3）验证图片首先，自动注释目前分两大类，一类是用预定的‘markergene’（比如：在某一种类型的细胞中表达某一种特定的基因），我们称marker-basedannotation。另一类是通过和一些已知的细胞类型比较细胞或cluster的基因表达模式来注释。我们称reference-based或Correlation-basedannotation自动

11的雾·2023-09-12 02:17

【突破钆污染限制，探CyTOF应用无限可能】浙大医学院陈伟教授课题组开发了去除质谱流式数据中钆污染信号的新算法

该文章开发了一套用于去除单细胞质谱流式数据中的钆污染信号的计算方法。普罗亭参与了该研究全过程，从前期的实验设计，样本处理，上机检测、数据分析

普罗亭·2023-09-12 01:59

超体

海洋A00·2023-09-11 23:44

单细胞分析去除批次效应/整合数据

上一篇已经讲解了Seurat标准流程，推文的最后，注意到了不同样本之间的表达数据是存在批次效应的，就像下图这样，有些是可以聚到一起的亚群，却出现了不同样本分开/偏移的情况，比如第3群，这种就是批次效应：image接下来我会介绍Seuratv3的标准整合流程、Seurat结合Harmony的整合流程，仍然使用上一个数据集1.Seuratv3的标准整合流程对于不同样本先分别运行Seurat的标准流程到

Seurat_Satija·2023-09-11 23:32

果蝇胚胎单细胞转录组图谱

在这里，我们使用单细胞测序精确分期的胚胎，并设计了Dis

周运来就是我·2023-09-11 19:23

【空间&单细胞组学】第1期：单细胞结合空间转录组研究PDAC肿瘤微环境

6.19那天我在公粽号发布了创建空间&单细胞组学文献学习小组的帖子，同时出了几个思考题。因为人数有所控制，最终的小组成员只确定了9位，还有十多位联系我的朋友，没有赶上这次的班车，向你们表示歉意。

TOP生物信息·2023-09-11 19:30

单细胞分析---测序文库拆分 (Demultiplexing)

对于所有数据类型，”文库拆分”涉及从一端或双端短序列中识别和移除细胞条形码序列(cellbarcode)和UMI。如果提前知道加入的细胞条形码，比如数据来自基于PCR板的方案，只需要找到条形码并与条形码库作比对，归类于与之最相似的那个就可以(根据条形码的设计，一般允许最多1-2个错配)。这些数据通常在比对之前先做拆分，从而可以并行比对，提高效率。我们可以利用很多公开的脚本，可以拆分任何plate-

jjjscuedu·2023-09-11 11:00

10X单细胞（10X空间转录组）TCR转录组联合数据分析之TCRdist3(7)neighbor graph analysis（CoNGA）

今天我们来分享CoNGA的分析原理，其实我们最关系的就是和是怎么计算和运用的。首先是TCR的分析（10X的结果文件）Clonotypedatafrom10xgenomicsisfirstconvertedintoaTCRdist'clonesfile'andthematrixofTCRdist（这个软件提到过很多次了）distancesiscomputed.1、克隆数据的过滤2、Kernelpri

单细胞空间交响乐·2023-09-11 09:01

RNA甲基化修饰m6A检测热门技术—MeRIP-seq

MeRIP-seq（高通量测序法）作为m6A修饰的检测方法，其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在；能够明确每个基因的修饰水平，进行组与组之间比较等优势。

felix108·2023-09-11 06:20

7.25

上午企业的老师从实验室管理制度与安全培训、二代测序流程简介与实验素养两个模块为我们授课，下午我们终于真正的进入实验室并参与了实验的部分操作。

寒林_4c5c·2023-09-11 03:34

[生信]单细胞测序数据分析的各类软件汇总

Github上有人收录了各类单细胞RNA测序的数据分析软件，包括RNA-seq和ATAC-seq等。https://github.com/seandavi/awesome-single-cell

MC学公卫·2023-09-11 02:54

PMBOK之旅|| 项目运行环境

大家好，我是周运来，是一名单细胞的产品经理，我所承担的工作职责就是产品管理和项目管理工作。简单地说，我们是通过一个个项目来管理我们的业务，项目管理和业务思维是不可分割的一体两面。

周运来就是我·2023-09-10 20:13

SCS【34】单细胞/T细胞/抗体免疫库数据分析(immunarch)

immunarch的使命是使免疫测序数据分析尽可能轻松，帮助您专注于研究而不是编码。

桓峰基因·2023-09-10 20:13

号外号外，桓峰基因单细胞生信分析免费培训课程即将开始，快来报名吧！

单细胞生信分析教程桓峰基因公众号推出单细胞生信分析教程并配有视频在线教程，目前整理出来的相关教程目录如下：Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之

桓峰基因·2023-09-10 20:12

【现学现卖·综述】镰刀菌中的病毒

随着近年深度测序技术和组学的发展，寄生在镰刀菌中的病毒种类丰富了起来，它们与寄

乔伊nikkie·2023-09-10 13:39

Pytorch-基于RNN的不同语种人名生成模型

其特有的循环概念及其最重要的结构——长短时记忆网络——使得它在处理和预测序列数据的问题上有着良好的表现。RNN是一种特殊的神经网络结构，它是根据"人的认知是基于过往的经验和记忆"这一观点提出的。

kaichu2·2023-09-10 06:04

10X单细胞（10X空间转录组）TCR转录组联合数据分析之(8)neighbor graph analysis（CoNGA）

今天我们来分享10X单细胞和TCR联合分析的代码部分，之前的基础知识，大家要掌握，代码已经是最后一步了。

单细胞空间交响乐·2023-09-09 17:20

10X单细胞联合空间转录组技术解析结直肠癌肿瘤微环境

好了，继续我们单细胞空间的研究内容，今天分享的文章在Single-cellandspatialanalysisrevealinteractionofFAP+fibroblastsandSPP1+macrophagesinc

单细胞空间交响乐·2023-09-09 15:08

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