单细胞测序第27页

10X单细胞联合空间转录组技术解析结直肠癌肿瘤微环境

好了，继续我们单细胞空间的研究内容，今天分享的文章在Single-cellandspatialanalysisrevealinteractionofFAP+fibroblastsandSPP1+macrophagesinc

单细胞空间交响乐·2023-09-09 15:08

复现3：AD外周血的单细胞转录组与免疫组库分析

Single-CellRNASequencingofPeripheralBloodRevealsImmuneCellSignaturesinAlzheimer'sDiseasePMID:34447367|IF=7.561|FrontImmunol.2021Aug91、关于文章文献思路：作者对来自AD病人与Normal对照的外周血取样，同时进行单细胞转录组测序与单细胞免疫组库测序

小贝学生信·2023-09-09 15:03

群体遗传学习笔记：NGS结构变异检测原理

群体遗传学习笔记：NGS结构变异检测原理原创lakeseafly生信菜鸟团随着测序的成本越来越低，测序技术越发先进，除了研究单核苷酸多态性(SNP)。

天明豆豆·2023-09-09 12:56

达尔文进化论出错了吗？为什么在五亿年前，寒武纪发生生命大爆发

达尔文的进化论认为所有生物都只有一个共同祖先，生物是从简单到复杂，从单细胞到多细胞逐渐发展而来。但寒武纪的生物似乎是突

寒武纪来客·2023-09-09 09:54

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析（拟时分析）之VECTOR

hello，大家好，今天分享一个轨迹分析的软件VECTOR，文章在UnsupervisedInferenceofDevelopmentalDirectionsforSingleCellsUsingVECTOR,2020年8月发表于CellReport，影响因子8.1分，关于轨迹分析的软件太多了，我们这次来看一看示例代码UnsupervisedInferenceofDevelopmentalDire

单细胞空间交响乐·2023-09-09 06:10

2022-08-03 单细胞findmarker找到的基因居然vlnplot时发现上下调不一致？

做单细胞转录组的数据的时候很多时候都找了一个细胞类型之后，想知道这个细胞类型中case和control组上下调基因时怎么样的，做差异嘛，大部分都会做到，这里讲我犯得一个错误。

jiarf·2023-09-09 06:22

小王的RNA-seq傻瓜学习教程

后续要学一下滴原始数据下载GEO其实提供了不同格式的数据呢2、SRA数据转fastq格式首先明确是单端测序还是双端测序！！

pudding815·2023-09-09 02:57

【动手学深度学习】--序列模型

文章目录序列模型1.序列数据2.统计工具3.自回归模型3.1马尔科夫假设3.2潜变量模型4.训练5.预测序列模型学习视频：序列模型【动手学深度学习v2】官方笔记：序列模型1.序列数据想象一下有人正在看网飞

小d<>·2023-09-09 02:04

病原宏基因组测序技术（有点乱）

病原宏基因组二代测序（mNGS），是不基于培养，直接从环境/临床样品中提取全部微生物的DNA，利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能，可广泛分析

晓佥·2023-09-09 01:50

转录组测序数据分析

.2016.095#materials进行bulkRNA-seq数据分析首先进行原始数据的下载，当然因为文章中已经有了链接进行数据的下载，因此直接使用wget命令就能完成所需数据的下载，但是也要学会基本的测序数据

柴本·2023-09-08 20:26

重测序分析（11）群体进化分析之structure分析

Structure分析Structure分析使用了与进化树和PCA截然不同的算法，所以能够解决后两者不能解决的问题。先预设群体由若干亚群(k=n)构成,通过模拟算法找出在k=n的情况下，最合理的样本分类方法。最后再根据每次模拟的最大似然值，找出最适用这群体的K值。反映遗传变异在物种或群体的分布，推断群体数目，判断某个体属于哪个群体，基于不同算法的分析软件有STRUCTURE、ADMIXTURE、f

Bioinfor生信云·2023-09-08 19:22

单细胞数据库整理

一、human和mouse的单细胞数据库1.PanglaoDB人鼠单细胞数据库，比较全面，数据库里面也有celltypeMarker2.SingleCellPortal-BroadInstitute界面不是那么好用

Seurat_Satija·2023-09-08 17:32

Duplicate产生原因

Dup背景高通量测序检验流程可分为“实验室操作”（又称为“湿实验”）和“生物信息学分析”（又称“干实验”）两部分。

笺牒九州的怪咖·2023-09-08 10:10

Seurat4.0系列教程18：Weighted Nearest Neighbor Analysis（WNN)）

同时测量多种模式的数据，也称为多模式分析，代表了单细胞基因组学的一个令人兴奋的前沿，迫切需要新的算法来定义基于多种数据类型的细胞状态。

Seurat_Satija·2023-09-08 07:53

【基因组学】使用IGV可视化查看基因组重测序比对结果

写在前面IGV能够将基因组的变异情况可视化，因此广泛应用于基因组学的研究中。下面我以windows下的IGV为例，介绍一下IGV在查看基因组变异方面的应用。一.下载下载链接如下：https://software.broadinstitute.org/software/igv/download和一般的软件下载情况类似，不同的是，需要在电脑上安装JAVA，这个应该难不倒各位看官老爷，因此不再赘述。二.

巩翔宇Ibrahimovic·2023-09-08 06:32

跟着Science学分析之单细胞组织偏好性分析（OR）

我们之前写过计算单细胞比例的很多帖子，目的就是看看对照组与实验组相比，是否有些细胞类型或者亚群数量发生了显著改变：最近，看到之前张泽明教授团队发表在Science上的文章：《Pan-cancersinglecelllandscapeoftumor-infiltratingTcells

KS科研分享与服务·2023-09-08 05:37

一个完整的WGS变异检测snakemake流程详解

写在前边的话在此要感谢碱基矿工，第一次做全外显子测序的变异检测时便是参考了他写的教程，当时的GATK还是3.8版本，而现在已经是4.1了。

BioGou·2023-09-08 04:38

人体肺部组织发育过程中R-spondin2阳性间质细胞形成Bud tip 祖细胞生态位（一）

本文作者通过人体肺组织单细胞RNA测序数据发现发育过程中间质细胞群高度富集WNT信号通路分子Rspo2，同时budtip邻近部位高表达Rspo2受体Lgr5分子。

玫姝儿·2023-09-08 02:14

实用干货|如何开始单细胞测序数据分析

近5年来，单细胞检测方法已经能够在单个实验中监测数千个单个细胞的基因和蛋白质表达、遗传和表观遗传变化。

百奥益康·2023-09-07 22:09

单细胞RNA-seq+调控网络，深度剖析TNBCSingle-cell RNA-seq dissects the intratumoral heterogeneity of triple-neg...

Single-cellRNA-seqdissectstheintratumoralheterogeneityoftriple-negativebreastcancerbasedongeneregulatorynetworks基于基因调控网络的单细胞

生信学霸·2023-09-07 14:08

单细胞测序在发育生物学的应用

2019《Nature》：哺乳动物胚胎发生的分子足迹加州大学旧金山分校的研究人员开发了一种进行单细胞读数的灵活，高通量，多通道分子记录仪进行进化谱系示踪，绘制小鼠从受精卵到原肠胚形成图谱。

today_is_geqi·2023-09-07 10:34

使用Palantir进行单细胞发育轨迹推断分析

Palantir是一种对单细胞测序数据进行分化发育轨迹推断的算法，于2019年发表在NatureBiotechnology上。

Davey1220·2023-09-07 07:40

ArchR官网教程学习笔记15:ArchR的整合分析

ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类ArchR官网教程学习笔记6:单细胞嵌入

生信start_site·2023-09-07 04:53

2022-12-28

Cell|大规模平行测量抗原肽序列、TCR序列和单细胞转录组原创风不止步图灵基因2022-12-2810:11发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文：风不止步IF=66.85推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点

图灵基因·2023-09-06 22:13

2022-07-25

NatRev|单细胞表观基因组学揭秘顺式调控元件原创huacishu图灵基因2022-07-2511:03发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=59.581推荐度：⭐⭐⭐⭐

图灵基因·2023-09-06 12:57

生信分析学习笔记 - RNAseq （五） HISAT2回帖及评估

某RNAseq分析流程HISAT2简介HISAT2是将下一代测序读段结果基于图比对到一组基因组（graph-base

班朱朱UP·2023-09-06 06:47

单细胞分析工具收集的网页：www.scRNA-tools.org

已发表推文请查看：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg4MjA2NTY5OQ==&mid=2247483869&idx=1&sn=05dc75c4474cc8f0ee7a87a74bd0ad54&chksm=cf5d2991f82aa087d199d88c2fce26c41547f60f82fb991c40f7869dba7617c5ac03da95ab85&t

Amy_Cui·2023-09-06 05:16

【单细胞】单细胞数据的批次效应

举几个场景：不同样本同一样本的生物学重复同一样本的技术重复同一样本在同一个实验室由同一团队在不同时间点处理同一细胞系/植物组织在不同实验室不同建库策略，10X平台，Drop-seq,SMART2-seq不同测序平台

jjjscuedu·2023-09-06 04:13

细胞发育学—小胶质细胞_Science

安哥生个信·2023-09-06 04:31

seurat单细胞转录组整合分析教程-02

接前面的流程，我们使用FindIntegrationAnchors()函数识别锚点，该函数将Seurat对象列表作为输入，并使用IntegratedData()函数，用这些锚点将两个数据集集成在一起。ifnb.list#$CTRL#AnobjectofclassSeurat#14053featuresacross6548sampleswithin1assay#Activeassay:RNA(140

whitebird·2023-09-06 02:00

动物简史 - 草稿 - 草稿 - 草稿

生命起源，到现在仍然是未解之谜，也许是因为偶然，也许也是注定，但不管怎么样，这非常神奇，在这神奇的起源后，又有了许许多多的奇奇怪怪的生物，现在让我们来看看动物的整个发展历程，首先就是最原始的单核细胞，也就是单细胞原生动物

1hy39·2023-09-06 01:37

“完美”的测序技术会出现吗？

大家好，今天我们跟大家讨论的话题是“完美”的测序技术，既然讨论“完美”，那么就要先确定几个衡量完美的主要标准，这里我根据自己的理解给出了四个，并从技术层面，根据重要程度进行了排序：1.尽可能保真>2.尽可能完整

基因Share·2023-09-05 20:31

2021-03-19佛手瓜组学研究

为了加强对它的遗传研究，我们使用纳米孔第三代测序结合Hi-C数据组装了一个chayote基因组草图。

八段锦1134·2023-09-05 13:10

日更-《未来呼啸而来》-05

liumw1203·2023-09-05 11:54

由你来设计怪诞的生物《孢子》

玩家最初扮演一个单细胞逐步进化成太空文明角色，游戏里玩家可以打造属于自己的世界，包含冒险、探索、创造等元素。在微生物时期，我们能选择我们生物的取食种类（肉食、杂食、素食）。

游戏种草群·2023-09-05 02:37

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0

#ITSATCATTA|→→→←←←GACCTCA|AATCA#LSUTAACAAGG|TCCCC→→→←←←GAAGAAGCC|笨办法，仅供参考，后续会有更新！！ITSITS5（正向）ITS4（反向）序列较短，一般可不用进行序列反向互补和序列比对，若出现套峰则要进行序列反向互补和序列比对。用snapgene打开ab1文件，用记事本打开seq文件。如下峰图，其碱基序列可直接使用如下峰图（双峰叠加）

zq_Shen·2023-09-04 22:40

单细胞转录组学习笔记-9-每个细胞检测到的基因数量差异

转载来自：刘小泽链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.7.5-第二单元第七讲：每个细胞检测到的基因数量差异笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索

夕颜00·2023-09-04 17:53

数学建模--时间序列预测模型的七种经典算法的Python实现

目录1.开篇版权提示2.时间序列介绍3.项目数据处理4.项目数据划分+可视化5.时间预测序列经典算法1：朴素法6.时间预测序列经典算法2：简单平均法7.时间预测序列经典算法3：移动平均法8.时间预测序列经典算法

Danceful_YJ·2023-09-04 16:32

【文献速递】-science齐发-人类胚胎发育单细胞基因表达及染色质开放图谱

研究人员就使用计算机算法来恢复单细胞信息，按类型和亚型对细胞进行聚类，并确定它

六博说·2023-09-04 15:28

生信学习小组-Day7 - 三三

关键词测序，Sanger，NGS今日笔记测序知识更多资料测序发展史：https://mp.weixin.qq.com/s/GReWY8yq7O_xVnajknrHZQ测序的世界：https://www.jianshu.com

三三鹅_·2023-09-04 11:33

重测序专题（一）| 一文了解测序技术的发展

全基因组重测序（Whole-genomere-sequencing），就是对已有参考基因组的物种个体进行再次测序。它可以对单独个体，也可以对群体进行研究。

爱基百客·2023-09-04 06:34

组蛋白ChIP-seq研究思路及应用案例分享

ChIP-seq技术将染色质免疫共沉淀与二代测序结合，高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA序列。

爱基百客·2023-09-04 06:34

RNA结合蛋白研究技术：RIP-seq实验分析流程及案例分享

RIP-seq（RNAImmunoprecipititation）是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，RIP利用目标蛋白的抗体将相应的RNA-蛋白复合物（RBP）沉淀下来，分离纯化捕获的RNA，结合高通量测序技术对目标

爱基百客·2023-09-04 06:03

生活中的心理学之为什么我们吃“辣”东西会感觉到痛？

我们的味觉感受器——味蕾，只能感觉到五基本种味道：酸、甜、苦、咸、鲜（也就是味精），味觉感受器单细胞记录结果显示，单个细胞对于基本味道中的某一种最为强烈。其中并没有我们所认知的辣，这是因为辣

遇见一片海·2023-09-04 06:08

单细胞学习教程-Python+R学前准备

Scriptsfor"Currentbest-practicesinsingle-cellRNA-seq:atutorial"该教程来自已发表文献:M.D.Luecken,F.J.Theis,"Currentbestpracticesinsingle-cellRNA-seqanalysis:atutorial",MolecularSystemsBiology15(6)(2019):e8746htt

程凉皮儿·2023-09-04 02:54

LCS解析，打印最大长度和路径

LCS可以用来做什么1，生物学上用来进行基因序列比对，以推测序列的结构、功能和演化过程2，用来描述两段文字的”相似性“，可以用来辨别是不是抄袭怎么计算LCS1，暴力穷举法就是把两个序列所有的子序列都列出来

丹丹8936·2023-09-03 22:06

空间转录组分析-工具箱

requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("SingleR")空间转录组-单细胞转录组联合分析

大魔王鱼鱼鱼·2023-09-03 16:20

跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化

接着单细胞下游分析：从Cell学单细胞转录组分析(一):开端！！！

KS科研分享与服务·2023-09-03 16:46

10X单细胞个性化分析之CNV篇

目前单细胞分析而言，分析方向大致包括以下几个方面，1）器官发育（这个用空间转录组更为合适）；2）疾病样本，尤其是肿瘤样本的分析研究；3）其他非模式物种的细胞图谱。

单细胞空间交响乐·2023-09-03 12:17

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