单细胞测序第30页

生物学研究中常见的统计检验方法(二：Wilcoxon test)

然而，在生物信息学分析中经常碰到不满足此假设的情况，例如比较两个基因在两组单细胞中的表达水平。

Bio_zouxudong·2023-08-21 01:07

ArchR官网教程学习笔记16（下）:ArchR的轨迹推断分析

ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类ArchR官网教程学习笔记6:单细胞嵌入

生信start_site·2023-08-21 00:36

详细介绍新版SingleR进行单细胞自动化鉴定

作者：尧小飞审稿：童蒙编辑：amethyst引言随着10xGenomics单细胞转录组技术的普及，现在的单细胞转录组分析越来越普及，得到的单细胞数据越来越多。

生信阿拉丁·2023-08-20 23:19

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析总结之各种NMF

hello，大家好，今天我们来初步总结一下所有单细胞分析用到的NMF。我们先来简单回顾一下批次矫正的方法liger。

单细胞空间交响乐·2023-08-20 20:19

一直都搞不定的“垂直居中”

“阿尔法狗”的下棋功力都已经能轻松完爆人类了，无人驾驶汽车都已经能上路了，无人机都开始送快递了，人类的星宇宙探测器都已经飞出太阳系了，人类自身的基因测序工作也完成了相当的程度了……而在CSS中我们竟然还不能用简单的方法去实现垂直居中

thisDong·2023-08-20 20:48

学习小组Day4笔记--素还真

二代测序流程图image.png组学分类：基因组学：image.png转录组：image.png蛋白组学：image.png代谢组学：image.png

素还真_cf26·2023-08-20 19:12

单细胞多样本整合-GSE162631

GSE162631，4个胶质瘤样本，总计5万多个细胞。Seurat+CCA整合+singleR跑了跑。library(dplyr)library(Seurat)library(patchwork)dirs=dir(pattern="^R")f="dat.Rdata"if(!file.exists(f)){scelist=list()for(iin1:length(dirs)){x=Read10X(

小洁忘了怎么分身·2023-08-20 16:35

24例阳性！福建莆田至少已形成4代传播，涉及两个家庭

根据基因测序，采取溶解曲线法进行快筛，结果初步判定为德尔塔毒株。莆田核酸检测现场，图片源自微博此次疫情发现于9月10日福建莆田市仙游县枫亭镇一小学，该校在对在校学生进行新冠病毒核酸检测时，发现2名学

南宫封玉·2023-08-20 13:02

学习小组Day7笔记——秦幼渔

5ea09c3dbf7c·2023-08-20 10:33

2022-04-05

呼吸是需要氧气的，首先氧气进入细胞之后出来之后就变成了二氧化碳，单细胞生物需要呼吸，多细胞生物也需要呼吸，我们呼吸的目的是消化有机物而转化为能量。

洵张·2023-08-20 07:32

projectLSI：将你的单细胞或bulk转录组数据映射到参考数据集中

简介在单细胞数据分析过程中，我们经常会遇到不同样本之间整合的批次效应和细胞类型注释的困难，projectLSI包利用termfrequency–inversedocumentfrequency(TF-IDF

Davey1220·2023-08-20 06:16

【文献简报】通过共享单细胞RNA和染色质开放区域来鉴定染色质潜力

通过多轮的indexing，使得每个单细胞中的RNA和染色质均同时被独特的DNAbarcode标记。最后通过链霉素将cDNA和染色质分开，并分别建库测序。

六博说·2023-08-20 04:07

Nanopore：使用albacore进行basecalling

使用NanoporeMinION进行单分子DNA测序，产出的结果是fast5文件，我拿到的结果中有400多个数字编号的件夹，每个文件夹里面4000个fast5文件，即一共160万条reads，现在要做basecalling

bioinfx·2023-08-20 01:16

基因组浏览器、BAM文件可视化工具（2）--- IGV

它支持各种数据类型，包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释。

笺牒九州的怪咖·2023-08-19 23:27

时间序列(七): 高冷贵族: 隐马尔可夫模型

目录高冷贵族:隐马尔可夫模型引言例子描述模型基本概念*定义基本假设基本问题前向,后向算法前向算法后向算法举例计算学习问题已知观测序列及隐序列已知观测序列预测问题Viterbi算法举例计算升华参考文献高冷贵族

hellozhxy·2023-08-19 23:52

肿瘤生物信息学数据库

该数据库主要对样本进行外显子组和基因组测序分析，所提供的数据包括：基因组拷贝数变化、表观遗传、基因表达谱、miRNA等。

笺牒九州的怪咖·2023-08-19 22:53

单细胞转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵

转载来自：刘小泽链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.6.17-第二单元第三讲：熟悉文献作者提供的两个表达矩阵笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索

夕颜00·2023-08-19 19:43

使用awk实现：二代测序文件fastq转换为fasta格式

awk'{if(NR%4==1){print">"substr($0,2)}}{if(NR%4==2){print}}'fastq>fasta

赵会成·2023-08-19 17:01

AnnData对象处理

AnnData是python中存储单细胞数据的一种格式，常用于scanpy。

myshu·2023-08-19 14:16

哈希冲突的四种解决办法

空的散列地址总能找到，并将记录存入图1公式为：fi(key)=(f(key)+di)MODm(di=1,2,3,……,m-1)※用开放定址法解决冲突的做法是：当冲突发生时，使用某种探测技术在散列表中形成一个探测序列

Bonew01·2023-08-19 13:13

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---Part1

Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionPart1:发育中人类大脑皮层的单细胞调控图谱该部分主要内容总结

科研菜鸟·2023-08-19 13:26

Illumina测序原理

公司开发的HiSeq和MiSeq高通量测序步骤1librarypreparation（文库制备）：用于测序的样本可以是打断的基因组DNA、逆转录生成的CDNA或PCR扩增产物等片段。

医学小咖成长之路·2023-08-19 12:08

微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—关联与进化分析方法描述

一、关联分析&进化关系内容及意义a)RDA/CCA分析基于对应分析发展而来的一种排序方法，又称多元直接梯度分析。RDA是基于线性模型，CCA是基于单峰模型。意义：可以检测环境因子、样本、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系。b)OTU共表达网络分析生态学中一般认为功能上关系密切的群落往往表现出丰度的“同升同降”，根据微生物群落丰度信息计算样本中物种之间的相关性，并据此划分不同的共变化组（CAG）。

JarySun·2023-08-19 02:39

Bioconda软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出

seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析

生信宝典·2023-08-19 01:51

Seurat24式太极拳之7左揽雀尾---将Seurat与多组学数据结合使用

七、左揽雀尾转体撤手收脚抱球转体上步弓步掤臂摆臂后捋转体搭手弓下前挤转腕分手后坐引手弓步前按载入数据同时测量来自同一细胞的多种数据类型的能力（称为多峰分析）代表了单细胞基因组学的一个令人兴奋的新领域。

Seurat_·2023-08-18 20:35

又双叒叕！五大数据库全方位注释，抗性宏基因组分析项目再次升级！

基于宏基因组测序的抗性基因分析是目前ARGs分析的重要手段，五大数据库全面注释分析，一网打尽ARGs、MRGs、BRGs、MGEs、致病菌注释。

SHANGHAILINGEN·2023-08-18 15:42

2022-07-11

CellReports|单细胞测序揭示肿瘤“教坏”巨噬细胞的关键因子原创图灵基因图灵基因2022-07-1108:32发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制软组织肉瘤的治疗非常具有挑战性。

图灵基因·2023-08-18 12:43

ArchR官网教程学习笔记9:ArchR的伪批量重复

ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类ArchR官网教程学习笔记6:单细胞嵌入

生信start_site·2023-08-18 11:37

单细胞测序的设计与分析

http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2015.10.039缩略词表：fluorescence-activatedcellsorting(FACS)——流式细胞荧光分选技术whole-genomeamplification(WGA)——全基因组扩增技术multipledisplacementamplification(MDA)——多重置换扩增multipleanneal

FionaMoon·2023-08-18 09:53

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【1】：心血管发育/疾病

提到科研顶流，就不得不提单细胞转录组（scRNA-seq）和空间转录组（ST），两者组合能够获得组织中的细胞组成并还原其空间信息，从而更加精确的解析组织结构，在科研以及临床应用中具有重要的意义。

尐尐呅·2023-08-18 09:57

03高通量测序-PCA中的主要概念

为什么要使用PCA我们使用SVD（singularvaluedecomposition，中文译名“奇异值分解”）的方法来计算PCA。我们先看一个简单的案例，在这个案例中，我们检测了6只不同小鼠的2个基因。其实我们可以把它再抽象化一下，把小鼠看成样本，基因看成2个变量。如果我们只检测1个基因的话（Gene1），那么我们根据基因1表达的情况，把小鼠的绘制到数轴上，小鼠1，小鼠2，小鼠3的Gene1表达

不到7不改名·2023-08-18 07:49

测序技术的进展

可以参考以下链接https://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/78499194

多克托刘·2023-08-18 07:54

遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性

转录组分析的正确姿势（第三版）前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-08-18 03:30

【文献速递】-追踪蚂蚁社会分工的神经基础的单细胞转录组图谱

Asingle-celltranscriptomicatlastrackingtheneuralbasisofdivisionoflabourinanantsuperorganism期刊：natureecology&evolution日期：2022-06-16研究团队选用了社会性昆虫研究的模式物种——法老蚁作为研究对象，基于华大DNBelabC4单细胞建库测序平台

六博说·2023-08-17 20:06

NCBI上下载SRA数据

sra数据就是NCBI网站上能够下载到的二代测序的原始数据。

xiaoxianyu·2023-08-17 16:38

文献导读:真菌和陆栖藻类水平基因转移

这篇文献于2014年12月30日发表在OrganismDiversity&Evolution,主要描述了在地衣中，地衣真菌可以向藻类捐赠基因,该文献对藻类进行测序，探究真菌基因进入藻类基因组的HGT证据

周小钊·2023-08-17 15:50

10X空间转录组的一个案例：小鼠大脑

INTRODUCTION为了展示空间转录组学技术的潜力，下面介绍一些由空间解析RNA测序数据的基本分析。为了产生这个数据集，我们在小鼠大脑的冠状切面上进行了空间转录组分析。

周运来就是我·2023-08-17 14:32

单细胞转录组学习笔记-6-得到表达矩阵后看内部异质性

转载来自：刘小泽链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.6.18、23-第二单元第四讲：得到表达矩阵后看内部异质性笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索

夕颜00·2023-08-17 09:44

学习小组Day7笔记--何小娜

学习内容：一代、二代、三代测序二代测序的大体流程NGS组学都包含哪些分类原理理解一代测序（桑格尔-双脱氧链终止法）：利用一种DNA聚合酶来延伸结合待定序列模板上的引物，直到参入一种链终止核苷酸为止，反应体系

爱睡觉的秋刀鱼·2023-08-17 08:47

葡萄风味有奥秘，农科院用机器学习揭示基因渐渗过程

本文中，中国农业科学院深圳农业基因组研究所的研究人员，使用机器学习的种群遗传分析方法，对栽培葡萄以及野生葡萄进行了重测序数据分析，这对于葡萄育种具有重要意义。

·2023-08-17 00:47

2022新版TCGA数据下载与整理

2022年4月份TCGA进行了更新，测序数据变成了STAR-count文件。以往count文件是htseq.counts.gz格式，现在变成star_gene_counts.tsv格式了。

小熊_wh·2023-08-16 17:09

使用GetOrganelle软件组装叶绿体基因组

今天的推文简单介绍一下使用GeOrganelle这款软件利用全基因组重测序数据组装叶绿体基因组的过程现在做植物的叶绿体基因组基本上都是直接以新鲜叶片做材料，提取总DNA测序，构建二代测序文库，然后利用现成的软件组装叶绿体基因组

小明的数据分析笔记本·2023-08-16 17:36

号称可以替代重亚硫酸盐甲基化测序的新技术究竟是怎么回事？

技术介绍几十年来，重亚硫酸盐转化已成为甲基化测序的行业金标准，该技术可以检测DNA水平上被修饰的C(胞嘧啶)：5-甲基胞嘧啶（5mC）和5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）。

基因部落·2023-08-16 12:53

2022《Molecular Plant》同源四倍体马铃薯单倍型分型和四倍体遗传

利用最先进的测序技术和多倍型图形binning，此研究完成了一种马铃薯栽培品种Cooperative-88(C88)的染色体规模的单倍型分型基因组组装。

生信师姐·2023-08-16 09:06

疫情.怡情(之五百一十八)

截止到7月20日，意大利全国对阳性患者的测序中有94.8%的人是Delta变体，全国21个大区或自治省的该比例在80%至100%之间不等。也就是说，Delta变体正式“霸占”了意大利

飞扬的雪ing·2023-08-16 09:18

初学单细胞转录组差异分析

单细胞转录组差异分析主要分为两步：首先构建Seurat对象，然后查找或添加分组信息，最后执行差异分析即可。转录组差异分析在之前单细胞富集分析里，也有提到。

小贝学生信·2023-08-16 07:47

机器学习&&深度学习——机器翻译（序列生成策略）

实现机器翻译（详细实现与原理推导）订阅专栏：机器学习&&深度学习希望文章对你们有所帮助机器翻译（序列生成策略）引入贪心搜索穷举搜索束搜索小结引入上一节已经实现了机器翻译的模型训练和预测，逐个预测输出序列，直到预测序列中出现特定的序列结束词元

布布要成为最负责的男人·2023-08-16 07:19

10X单细胞空间联合分析揭示病毒性心肌炎的发病机制

好了，这一篇我们继续分享单细胞空间联合分析的文章，大业未完成，我们仍需要努力，参考文章在Spatiotemporaltranscriptomicsrevealspathogenesisofviralmyocarditis

单细胞空间交响乐·2023-08-16 07:59

单细胞测序GSVA基因集变异分析

GSVA基因集变异分析结合limma包分析差异基因集基因集变异分析即GSVA（Genesetvariationanalysis）,是一种非参数的无监督分析方法，主要用来评估芯片和转录组的基因集富集结果，适合单细胞转录组测序基因集的差异分析

像鸟一样飞过你的高山·2023-08-16 05:35

数据质量

EncodingSanger/Illumina1.9[测序平台的版本和相应的编码版本号]TotalSequences[totalreads的数量]Sequencelength[测序长度]%GC[GC含量

shine_9457·2023-08-15 23:46

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