单细胞测序第32页

SCPA：系统性评估单细胞亚群通路活性

前言基于单细胞数据进行通路活性的评分软件已经有很多款了，Immugent在之前的一篇推文：一文带你了解单细胞数据基因集打分的所有算法中就介绍过一些常用的算法。

生信宝库·2023-08-10 10:55

商业使能何处去？

几经难解，跳出来换个视角看，或抛砖引玉1、向高维发展从进化的角度，生物从单细胞越来越复杂

littlegulu·2023-08-10 06:44

10X单细胞空间研究人类早期产前心脏发育中的心肌细胞多样性

我相信，不会是简单这么度过就好，一定有更深层次的理由这一篇我们继续分享单细胞空间的分析内容，文章在Highcardiomyocytediversityinhumanearlyprenatalheartdevelopment

单细胞空间交响乐·2023-08-10 04:49

易基因 | 单细胞甲基化测序（scBS-seq）比对率奇低？你的文库方向性参数可能没选对！

问题的提出近年来单细胞测序真是火得一塌糊涂，在BS数据分析中，最常用的比对工具就是BSMAP和bismark。

E_GENE·2023-08-10 01:38

纪伟讲测序·2023-08-10 01:22

Nature Medicine | 单细胞免疫治疗

今天要给大家介绍一篇今年3月6日发表在NatureMedicine(IF:36.130)上的重磅文章，描述的是乳腺癌患者在接受抗PD1治疗期间的瘤内单细胞变化图谱。

概普生信·2023-08-10 01:57

测序数据比对到基因组正负链？

关于bam文件第二列的flags:第一列代表的是二进制，我们在bam文件里看到的其实是十进制，下面有个例子，讲述了怎么把十进制转成二进制。但是我不明白第二列为什么是0*1,0*2等等。比如bam文件里的flag是1169，我们把它转变成二进制，并且对应到每个description.#bamflag1169echo'obase=2;1169'|bc======10010010001把这个二进制倒着按

Amelie_ec72·2023-08-09 18:14

scRNA-seq揭示BLM诱导肺纤维化后内皮细胞异质性

Characterizationoftheheterogeneityofendothelialcellsinbleomycin‐inducedlungfibrosisusingsingle‐cellRNAsequencingXiuchengLiuXichunQinHaoQin对博来霉素诱导肺纤维化（4周）的大鼠肺组织进行单细胞测序

yingyonghui·2023-08-09 13:01

2021-12-26

研究人员使用单细胞分析来展示病毒如何过度激活T淋巴细

图灵基因·2023-08-09 10:00

生信学习DAY7-森森

今天的学习内容主要包括：怎么区分一二三代测序、二代测序大体流程、NGS组学都包括哪些分类。归纳如下：

森森_486c·2023-08-09 08:31

文献解读| 单细胞测序揭示抑郁症发病机制

为探究重度抑郁症（MDD）脑组织单个细胞类型中基因变化，加拿大道格拉斯心理健康大学研究所的研究人员对17例MDD患者和17例健康对照组的背外侧前额皮质进行了10xGenomics单细胞测序，发现最严重的失调发生在深层兴奋性神经元和未成熟少突胶质细胞前体细胞

百奥益康·2023-08-09 05:28

股票下跌的加仓技巧

昨天的热点机场航运，基因测序今天回落。5G带动科技板块走强。但量能不济，只能小幅震荡。今天盘面最大的亮点就是5G和创投，以及创投延伸的独角兽了。5G的意华股份，宜通世纪等涨停。

易阳川·2023-08-09 02:04

基因的号角

去年十一月份，深圳华大发表声明，未来几年内可以将个体基因测序的价格控制在百元内，而现在美国的个体基因测序服务价格为99美元。

小墨鱼天天很开心·2023-08-09 02:43

学习小组Day7笔记--尹露茜

最后一天在豆豆花花的引导下成长教程的知识总结特别好是我一直接触又疑惑的部分喜欢这样的系统归纳真诚致谢学习内容怎么区分一二三代测序二代测序大体流程NGS组学都包括哪些分类测序过程和原理原理介绍视频：https

尹露茜·2023-08-09 00:09

单细胞分析实录(14): 细胞类型注释的另一种思路 — CellID

之前写过一篇细胞类型注释的推文：单细胞分析实录(7):差异表达分析/细胞类型注释，里面介绍了细胞类型注释的两种思路。

TOP生物信息·2023-08-08 23:11

Python时间序列scikit-learn回归预测电力需求

在处理时间序列时，很少需要只预测序列中的下一个元素(t+1)\left(t_{+1}\right)(t+1)。

亚图跨际·2023-08-08 05:39

CGT Asia嘉年华 | 2023单细胞测序与精准医疗论坛10月广州召开

单细胞测序技术是生物技术发展史中的里程碑式技术，目前在肿瘤研究、免疫研究、神经生物学研究及发育研究等领域都有越来越广泛的应用。

TaasLabs·2023-08-08 03:15

单细胞轨迹（拟时间）分析软件方法选择指导原则

作者：seqyuan链接：单细胞轨迹分析知多少--拟时间分析比较来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。

seqyuan·2023-08-07 22:41

bamdst安装及使用

得到测序文件进行比对后经常需要对bam文件进行覆盖深度、靶向捕获效率的统计分析进行初步质控。

xianmao123·2023-08-07 22:34

区分Bulk测序和高通量单细胞测序中的提高细胞通量

区分Bulk测序和高通量单细胞测序中的提高细胞通量首先区分下单细胞测序和Bulk测序：单细胞测序(scRNA-seq)与bulk测序（BulkRNA-seq）的不同之处是BulkRNA-seq是提取组织

hyena_7·2023-08-07 15:17

生物信息学与功能基因组学（2）

二代测序数据的分析二代测序数据的分析.png

顺昕如意·2023-08-07 13:43

10X单细胞核转录组 + 10X单细胞ATAC的联合分析（WNN）

hello，大家好，最近呢，10X单细胞核转录组+10X单细胞ATAC的多组学测序技术日渐成熟，因为这样技术同时可以获得一个细胞表达的转录组信息和ATAC的信息，所以很多学者和公司开始关注和推广这项技术

单细胞空间交响乐·2023-08-07 11:44

单细胞测序基础知识

构建文库上机测序根据不同的荧光检测不同的碱基质量控制（质控QC）去除低质量的序列表达定量统计reads数，进而得到表达矩阵标准化让所有样本处在同一起跑线上主成分分析PCA图中每个点都代表一个样本，不同颜色表示不同类别

来份芒果布丁·2023-08-07 05:42

单细胞测序数据的降维方法和细胞亚型鉴定聚类方法

单细胞测序数据的降维方法和细胞亚型鉴定聚类方法是单细胞转录组分析中常用的技术。

来份芒果布丁·2023-08-07 05:42

单细胞分类和预测任务

对于分类和预测任务，在生物信息学领域有一些常用的方法和工具可以使用。以下是一些常见的方法和工具：1.机器学习方法：包括支持向量机（SupportVectorMachine，SVM）、随机森林（RandomForest）、神经网络（NeuralNetworks）等。这些方法可以用于分类和预测任务，可以根据数据特点和任务需求选择适当的方法。常用的工具有scikit-learn、TensorFlow、K

来份芒果布丁·2023-08-07 05:41

植物重测序---变异检测（samtools+bcftools篇）

植物基因组重测序除了GATK的方法进行变异检测以外，还有samtools+bcftools去进行变异检测。

LiuYueRR·2023-08-07 00:24

单细胞

在45亿年前的地球上，出现了一种小小的细胞。它们遍布海洋，在孤独地生活了20亿年后，它们懂得了相互拥抱，化解孤独。最终它们不愿分离，变成了一个完整的生命体。世间的万物都是这样被组成、分解、又再重组。但有那样一群细胞，它们在45亿年漫长的生活中一直孤独的生活着，不是因为不喜欢温暖，只是相比起热闹，它们更喜欢一个人的漂泊。从印度洋沿岸一路穿过大西洋，又漂泊到了太平洋，它们遍布整个世界，渺小到普通的肉眼

Sisiziggy·2023-08-06 22:44

先进公司的年龄

苹果公司其实才41岁；现在人工智能领域里面的领头羊NVIDIA公司其实才24岁；甚至连传统的服装企业里面的挑战者UnderArmour安德玛公司才21岁；基因工程里面最牛的公司，我们都知道基因工程的核心就是DNA测序

晌晌·2023-08-06 20:43

跟着Cell Research学单细胞分析：箱型图、小提琴图、误差棒，总有一款适合你

视频已经上传B站，这是链接：跟着CellResearch学单细胞分析：箱型图、小提琴图、误差棒，总有一款适合你_哔哩哔哩_bilibili视频中涉及到的知识点包括：分组箱型图/小提琴图/条形图/误差棒均值比较

TOP生物信息·2023-08-06 16:23

2022-12-12

NatMethods|定量单细胞的细胞外蛋白、蛋白复合物和mRNA原创huacishu图灵基因2022-12-1210:11发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=47.99

图灵基因·2023-08-06 15:03

2022-01-20 文献-Nature阿尔兹海默症

神经组织比较复杂，通常用单细胞核测序单细胞核测序的特征：1、每个样本细胞量基本<40002、每个细胞里的基因基本<1000甚至<500单细胞结果描述marker基因的展示很有欣赏性！！

徐添添·2023-08-06 15:57

2022-03-09

Nature|单细胞RNA测序揭秘神经元网络连接的时间控制机制原创旧岛望月亮图灵基因收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：旧岛望月亮IF=49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐亮点：1.通过计算时间动态分数和细胞类型变化分数

图灵基因·2023-08-06 12:28

GEO数据库

www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/),是由美国国立生物技术信息中心于2000年创建并维护至今的高通量量基因表达数据库2.GEO是一个国际公共数据库，收录并整理了全球范围内研究工作者上传的微阵列芯片、二代测序及其他形式的高通量基因组数据

数据控的迷妹·2023-08-06 11:57

2021-10-23

CancerCell|单细胞分析发现前列腺癌骨转移免疫抑制点CCL20/CCR6原创存在一棵树图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：存在一棵树IF=31.74推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文使用高分辨率比较分析定义骨髓

图灵基因·2023-08-06 11:52

【单细胞高级绘图】07.KEGG富集结果展示

这一节画的图是比较新的，图中我用红色箭头标出的是pathway一级注释信息(bigannotation，自己想的，非专有名词)，纵轴花花绿绿的标注是pathway的二级注释(smallannotation)。如何获取注释算一个难点，我上一讲也已经讲过：KEGG通路的从属/注释信息如何获取。整个图反映的是有多少基因落到了对应的分类里面。辩证地看，整张图都是pathway注释，没有具体的pathway

TOP生物信息·2023-08-06 08:01

小球藻能显著增强因化疗药物（紫杉醇）引发的骨髓功能降低及白细胞降低的恢复能力

台湾中兴大学生命科学院硕士在职专班学位论文》2015转载：《绿藻食疗网》研究论文《小球藻增强紫杉醇引发白血球减少症的恢复能力》作者：游雅清出版源：《台湾中兴大学生命科学院硕士在职专班学位论文》2015摘要：小球藻是一种单细胞绿藻

jocelyn_wing·2023-08-06 05:28

什么是元气

我们知道活体细胞是能分裂繁殖的，单细胞生物的细胞，只要条件合适，可以永远分裂繁殖下去。但是我们的细胞却不行，据说人体中的干细胞最强大，能在体外培养中分裂五十次，然后就彻底死掉了。后来又发现了一

家风养生馆赵村新区15栋2单元·2023-08-06 00:50

一文看懂病原微生物检测（下篇）

作者：biofan审稿：童蒙编辑：amethyst继一文看懂病原微生物检测（上篇）介绍了样本采集、实验建库及测序的相关内容，这篇让小编带领大家了解一下病原微生物检测的信息分析流程。

生信阿拉丁·2023-08-05 18:55

链特异性建库测序原理

RNA-seq基本流程下图是一个大概的RNA-seq基本流程[图片上传失败...(image-8ca9c-1586161495252)]把RNA破碎成小片段，然后将RNA转变成一条cDNA，这一步需要用到反转录酶reversetranscriptase(RT)才能用RNA作为模板合成DNA。不论是转录还是反转录都需要引物。通常如果我们要mRNA，那就可以用oligo-dT作为RT的引物，但是用它有

Ju_sir·2023-08-05 13:35

在windows系统下解压ncbi下载的man后缀文件（找到很慢的原因了）

软件安装手动在ncbi下载了一些sra文件，一看后缀.man，查了下发现是一个压缩包，双端测序文件，解压后可以得到两个fastq文件。那么问题来了，怎么解压？第一种：直接尝试改后缀为.7z，解压失败。

一只红天蛾·2023-08-05 13:45

NTT DATA利用相干伊辛机模拟基因组组装和疾病治疗的潜力

结果表明，通过基因组测序和基因组组装，科学家可以识别与某些疾病和病

Qforepost·2023-08-05 11:55

Seurat4.0系列教程20：单细胞对象的格式转换

在此教程中，我们演示了在Seurat对象、SingleCellExperiment对象和anndata对象之间转换的方法。#installscaterhttps://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/scater.htmllibrary(scater)library(Seurat)#installSeuratDiskfromGitHubusin

Seurat_·2023-08-05 10:43

实用干货|单细胞测序组织保存液那些事

众所周知，为了保证细胞悬液的质量，单细胞测序对样本新鲜度要求极高，如果采样后无法立即进行细胞悬液制备，如需要运输，或需要暂存与后续样本同批实验等，就需要对样本进行合适条件的保存/运输，否则可能无法保证样本最原始组织细胞状态

百奥益康·2023-08-05 05:04

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（八）：拟时序细胞轨迹推断

slingshot包可以对单细胞RNA-seq数据进行细胞分化谱系构建和伪时间推断，它利用细胞聚类簇和空间降维信息，以无监督或半监督的方式学习细胞聚类群之间的关系，揭示细胞聚类簇之间的全局结构，并将该结构转换为由一维变量表示的平滑谱系

Davey1220·2023-08-05 04:20

人类的进化

从生命起源到单细胞动物，从猿人到现代文明人。人类的进化历史，告诉了我们物竞天择适者生存的哲理；人类的进化告诉我们智慧战胜一切；人类的进化告诉我们团结的力量坚不可摧。

星星草的梦·2023-08-05 03:11

2019-08-18-02-fastq/sam和bam文件

fastqfastq查看：zcatfilename.fq.gz|head-n8#显示前8行文件内容（前8行代表2条序列）格式说明：fastq文件每4行代表一条序列第一行：记录序列测序时所用仪器以及在测序通道中坐标信息

jing_我愿·2023-08-04 21:17

【空间&单细胞组学】第2期：乳腺癌患者经anti-PD1治疗后，肿瘤内变化的单细胞图谱

这周的文献分享，jw给大家讲解了一篇和治疗相关的单细胞文献，内容为：乳腺癌患者经过anti-PD1治疗后，肿瘤内变化的单细胞图谱。视频已同步到B站：讲解很细致，大家可以移步B站学习。

TOP生物信息·2023-08-04 17:16

查看gz文件 linux zcat file.gz mtx.gz

挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞

Young.Dr·2023-08-04 15:08

ArchR分析scATAC-seq数据(1)-基础入门

1.1ATAC-seq术语介绍"fragment"是ATAC-seq实验中的一个重要概念，它指的是通过Tn5转座酶对DNA分子进行酶切，然后经由双端测序得到的序列。

夕颜00·2023-08-04 13:50

亚马逊云科技HPC解决方案，帮助浙江大学实现成本和科研任务的双丰收

AmazonWebServicesCloudCreditsforResearch）的多次支持下，运用亚马逊云科技的高性能计算和专属行业解决方案，浙江大学土壤学科研团队整体在2个月内，成功完成了土壤微生物宏基因组数据自动化处理，总计超过5000个测序

Discovering_·2023-08-04 12:44

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