单细胞测序第29页

2020-07-07 单细胞数据.h5文件转换成seurat对象

第一步：从GEO数据库下载.h5文件https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM3892578第二步:Rstudio加载包，读入数据library(Seurat)library(ggplot2)library(cowplot)library(Matrix)library(dplyr)library(ggsci)library(scat

Merlin_cd6c·2023-08-27 17:35

你听过蟑螂牛奶吗？

这个团队对位于蟑螂中肠的蛋白质晶体进行了测序，发现它的营养价值是牛奶的四倍多，是地球上最有营养的物质之一。什么是蟑

五龙007·2023-08-27 14:30

为什么宏基因组数据分析比较难？

生物数据分析包括很多种类，比如人基因组，植物，动物，微生物，还有RNA，单细胞RNA等等，其中宏基因组数据分析是比较难的部分，为什么呢？这里总结了以下10点原因。

基因学苑·2023-08-27 08:44

学习小组Day7笔记--Danny

image.png转录组数据处理，试一试这个教程测序技术原理及常用数据格式简介生信入门专题|Linux常用命令集生物信息学基本概念及常用数据库介绍

Danny_dddf·2023-08-27 04:50

encode eclip 数据分析流程

#准备：测序数据：fastq格式；RBFOX2HepG2测序数据-RBFOX2STAR的基因组索引：UCSC下载fasta格式STAR的重复元件索引：RepBase下载fasta格式barcodes文件

JeremyL·2023-08-27 01:03

10X空间转录组重点分析合集2

我们这一篇进行分析合集包括三个部分（均是我之前所写）10X空间转录组数据分析重点梳理时空CNV分析导论10X空间转录组之免疫组库分析第一部分：10X空间转录组数据分析重点梳理空间转录组学(ST)技术正迅速成为单细胞

单细胞空间交响乐·2023-08-27 00:51

2022-04-04

NatBiotech|超快速纳米孔基因组测序加速致病变异鉴定原创huacishu图灵基因2022-04-0323:27收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=54.908推荐度：⭐⭐⭐

图灵基因·2023-08-26 19:28

宏基因组之基因组装

针对高通量测序数据，出现了多种拼接算法和软件。图片.png目前拼装方法主要有两类

凯凯何_Boy·2023-08-26 15:05

Nat Commun|十月新思路-亚型结合单细胞研究肿瘤的表观遗传揭示肿瘤异质性

上的一篇关于神经内分泌癌（NEC）的研究，根据神经转录因子ASCL1和NEUROD1的表达，揭示了两种不同的NEPC亚型，虽然在细胞系和人类肿瘤抑制模型（PDX）中，这些亚型是相互排斥的，但对人类临床样本的单细胞分析显示出更复杂的肿瘤结构

概普生信·2023-08-26 14:33

【搬砖】【MatchMixeR无法使用】对不同GPL的microarray测序结果归一化

分析GEO下载下来的文件，通常单个GEO文件内包含的样本量不够大，用起来结果不太好，因此往往需要考虑将多个GEO文件汇总呈一个compile。GPL平台一样的话，可以用MAS5、RMA等方法对CEL的芯片数据进行归一化处理。但是，GPL平台不一样的话，似乎没有什么好方法。查pubmed发现了2020年发表在bioinformatics上的一篇文章，作者开发出了一个MatchMixeR的R包，能够对

yadandb·2023-08-26 14:21

组学知识速递（五）|ChIP-seq知多少？

ChIP-Seq即染色质免疫共沉淀-高通量测序，是指通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化和文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序，

bioyigene·2023-08-26 12:57

NCBI数据上传（二）：转录组测序（RNA-Seq）数据

继“16S扩增子原始数据上传”教程发布之后，为满足大家对转录组数据上传的需求，小编马不停蹄地把转录组原始数据上传流程进行了整理，有需求地赶紧收藏吧!1.注册及登录账号1）注册账号：进入NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）网页，选择对应的账号进行注册，按照提示填写。2）登录账号：输入账号及密码（注册时使用哪种账号注册，登录时选择对应的登录通道登录），点击Login，

bioyigene·2023-08-26 12:57

知识速递（六）|ChIP-seq分析要点集锦

所谓数据能不能用，其实我们会重点关注以下问题：1）fastq的测序质量过不过关？2）实验本身有没有问题，处理组与对照组是否有区别？3）分析结果是否能挖掘出有用或者新的信息？接下来，一起来找寻答案吧！

bioyigene·2023-08-26 12:25

copyKAT推断单细胞转录组肿瘤细胞CNV（自动识别肿瘤normal和tumor）

hi，各位，2021年1月份发表了一篇文献Delineatingcopynumberandclonalsubstructureinhumantumorsfromsingle-celltranscriptomes,2021年1月发表于naturebiotechnology，影响因子36分多，非常高，前几位的作者都是中国人，非常值得一看，文章中推出新的推断肿瘤细胞CNV的方法：copyKAT，也是通过

单细胞空间交响乐·2023-08-25 15:19

什么叫“纳米孔测序”？

自2014年牛津纳米孔测序技术(OxfordNanoporeTechnologies,ONT)提供第一个纳米孔测序仪MinION以来，纳米孔测序技术及其在基础科学和应用科学领域中的应用经历了实质性的发展

概普生信·2023-08-25 14:36

基因组|测序数据质控篇

前言：一般测序下机数据会存在含N比例过大、测序质量较低的碱基数占比过高、含有duplication、序列污染等低质量reads,这些不合格的reads会影响后续的分析，所以，我们拿到测序数据首先要了解测序数据的质量情况

天蓝色的星空_ffc7·2023-08-25 14:10

宏基因组单样品vamb分箱，gtdb物种注释与建树

/qc质控后的双端测序文件.fq.gz./当前文件夹，放.fa后缀的contig文件我的文件名编码是S1-1，S1-2这样的。文件夹./concatenate整理好的序列长度大于2000的.

江有枫xx·2023-08-25 07:57

2022.03.24【基因组组装】|获取比对到参考基因组的contig序列

上周遇到一个想检测测序样品中是否包含预期的细菌物种。使用nr数据库比对以及metaphlan3进行物种注释都找到

穆易青·2023-08-25 07:27

linux比对nt数据库,linux BLAST序列比对（nt/nr库）

安装本地blast序列比对软件，我们可以搜索一个查询序列定制数据库，例如想研究一个新测序的基因组，或者感兴趣的一组蛋白质序列。

城北增暮寒·2023-08-25 07:56

将NR数据库diamond比对结果做物种注释

需求：环境菌功能基因扩增子测序的OTU序列已经用diamond进行了NR全库的比对（blastx），还需得知其物种信息。P.S.本人是没接触过扩增子比对相关内容，不保证该过程的合理性。

江有枫xx·2023-08-25 07:54

WES2Neoantigen Pipeline

软件有两种过滤模式，分别对应SE和PE测序数据，同时支持gzip和bzip2压缩文件。另外也支持phred-33和

_linun_·2023-08-25 07:34

跟着Nature Genetics学二代测序数据分析：使用NOVOPlasty组装生菜的叶绿体基因组

Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png这篇论文的数据是公开的，代码也公开了一部分，那我们就可以按照他的代码来学二代测序的数据分析啦今天我们来试着使用

小明的数据分析笔记本·2023-08-25 07:55

赛默飞Ion S5和Ion S5 XL测序系统

赛默飞此次推出的IonS5和IonS5XL测序系统可以更好地为个体化医疗的发展提供有力的支持，该系列测序系统可在24小时内完成从DNA到数据获取的完整靶向测序流程，更加简化靶向测序流程。

梦醒启程·2023-08-25 07:42

2021-12-22

器官间和器官内单细胞分析揭示了一个稳态的干细

图灵基因·2023-08-25 05:04

2019-01-21

测序公司软件用法image.png

Endless_5513·2023-08-25 01:49

国自然热点m6A实验, 竟然只需五步!

随着m6A甲基化的发现和测序技术的发展，关于m6A的研究文章在各大高分杂志层出不穷，与此同时，m6A的研究也慢慢的进入精细化研究，这就出现了一个问题，下一步，m6A的研究应该如何开展。

概普生信·2023-08-24 17:40

ATAC-seq总结

Assayfortransposase-accessiblechromatinusingsequencing(利用转座酶研究染色质可接近性的高通量测序技术），可以在全基因上捕获裸露DAN与核小体的DNA

otw_5f1c·2023-08-24 16:54

单细胞 & 空间整合去批次方法比较

作者，追风少年ihello，大家好，没有最好，只有更好，因为单细胞这张关系网越来越大了。今天继续回答粉丝提出的问题，关于多样本整合方式的问题，方式有很多种，我先把常见的列举出来，我们一一讨论。

单细胞空间交响乐·2023-08-24 13:28

植物重测序---变异位点分析(GATK篇)

基因组变异的类型有很多，譬如：单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism,SNP）、单核苷酸位点变异（singlenucleotidevariant,SNV）、插入/缺失（Insertion/Deletion.InDel）、基因组拷贝数变异（copynumbervariation,CNV）、基因组结构变异（structurevariation,SV）、融合基因（Fus

LiuYueRR·2023-08-24 12:52

融合遗传算法与XGBoost的玉米百粒重相关基因挖掘

相较于基因芯片等方法，基于转录组测序（RNA-sequencing,RNA-Seq)的方法不依赖基因的先验知识，能够覆盖更大的转录组范围，具有更高的分辨率并且测序成本更低[2]。

罗伯特之技术屋·2023-08-24 09:46

生信小白教程之Count转TPM，FPKM

相信很多科研工作者（不包括比我厉害的大佬们）在做转录组时，都是在公司做测序，然后数据也交给公司分析，又然后，期待做个差异分析，得出像下图那么完美的热图。

生信宝库·2023-08-24 08:00

R语言-稀疏矩阵对象格式学习-重点理解稀疏矩阵对象的重构

在单细胞领域，稀疏矩阵对于处理scRNA-seq表达谱数据是非常必要的，构建分析对象的时候它们

Nh_code·2023-08-23 14:13

10X单细胞（10X空间转录组）细胞通讯之组间通讯差异分析（scDiffCom）

hello，大家好，今天我们来学习一个很实用的分析方法，scDiffCom，主要研究组间通讯差异，比如正常和疾病样本之间，不同发育样本之间的通讯差异等等，比较实用。大家多多学习，文章在scAgeCom:amurineatlasofage-relatedchangesinintercellularcommunicationinferredwiththepackagescDiffCom。我们来看看示例

单细胞空间交响乐·2023-08-23 03:19

单细胞分析揭示iCAF亚群在膀胱癌治疗中的靶标作用

作者：biogevin审稿：童蒙编辑：amethyst我们在前面已经介绍过膀胱细胞的相关背景（认识膀胱细胞——单细胞水平比较Human和Mouse的不同）以及膀胱癌的恶性影响，而今天这篇文章，则对膀胱癌做了进一步的挖掘

生信阿拉丁·2023-08-23 02:26

生信软件的安装1-SRAtoolkit

所以我重新在新的节点工作的时候，首先是安装SRAtoolkit，毕竟NCBI存储了几乎所有的测序数据，话不多说，先下载吧。wge

blue_unique·2023-08-23 02:39

Seurat4系列教程（搬运工，细节待更新）

转自公众号《单细胞天地》系列文章标准流程Read10XCreateSeuratObjectPercentageFeatureSetsubsetNormalizeDataFindVariableFeaturesScaleData

白云梦_7·2023-08-22 20:05

怎么去进行基因组的组装

基因组组装.png最基本的流程就是：1.明确自己的物种信息，包括物种倍性、染色体条数、大概的基因组大小；2.得到自己的测序数据，明确自己的数据是PacBioHiFi

GenomeMaster·2023-08-22 19:37

文献阅读：Hungate1000收集的瘤胃微生物组成员的培养和测序

期刊naturebiotechnology(68.164/Q1)摘要Productivityofruminantlivestockdependsontherumenmicrobiota,whichfermentindigestibleplantpolysaccharidesintonutrientsusedforgrowth.Understandingthefunctionscarriedoutb

龙star180·2023-08-22 19:17

实践感悟

不止一位老师提到过，如果只是单单进行基因测序，其实现在的成本不过一千美金，甚至未来可能低至一元，一分。但是基因测序得到的只是数据量达到3G的ATCG的排列组合。

崇识·2023-08-22 17:29

使用limma、Glimma和edgeR对RNA-seq数据分析笔记

1摘要简单且高效地分析RNA测序数据的能力正是Bioconductor的核心优势之一。

玄都维维子·2023-08-22 15:12

用mecat2组装基因组

背景介绍mecat2可以说是比较早的一批可以用于三代测序平台的基因组组装软件了，2017年刚上硕士的时候就有接触到过。当然还有WTDBG2也是差不多同时期的软件。

卖萌哥·2023-08-22 12:42

跟着Cell学单细胞转录组分析(五):单细胞转录组marker基因鉴定及细胞群注释

书接上回（跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类）。

KS科研分享与服务·2023-08-22 10:08

单细胞图文复现之动脉组织细胞分类

又是老板扔来的一篇单细胞数据的文章！

_十三·2023-08-22 09:37

生物信息学分析实用小技巧：蛋白质可视化

PyMOL可视化蛋白质写在前面的上次推文介绍了如何用多种方法批量快速下载高通量测序数据，主要介绍了Aspera的用法和axel用法。

宇宙实验媛·2023-08-22 06:02

答读者问(7)：关于doublet

1最有效的方法还是从上游入手，控制细胞数以及优化测序之前的流程。2不过分析数据的人只能从分析的角度来看了。一般我会先用软件预测，可以参考我之前写的一篇帖子：单细胞分析实录(4):doublet检测。

TOP生物信息·2023-08-21 23:25

空间转录组国产平台之光------STOmics

不过今天我们需要介绍一个国产空间转录组平台----STOmics，技术文章在Largefieldofview-spatiallyresolvedtranscriptomicsatnanoscaleresolution，DNA纳米球空间测序

单细胞空间交响乐·2023-08-21 21:13

全长转录本结构分析（下）

作者：Arno审稿：童蒙编辑：angelica前面我们介绍了PacBio三代全长转录组测序相关的全长转录本鉴定、全长转录本比对、全长转录本结构分析上篇。

生信阿拉丁·2023-08-21 19:43

单细胞转录组基础分析五：细胞再聚类

本文是参考学习单细胞转录组基础分析五：细胞再聚类的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。

Seurat_·2023-08-21 18:21

2020-09-15

JournalClub-2020.9.15Bioinformatics-2020,Volume36,Issue12-141可获得的基因组数据的指数级增长有望在未来十年达到100万个基因组的全测序。

Boowean·2023-08-21 11:57

生物学研究中常见的统计检验方法(二：Wilcoxon test)

然而，在生物信息学分析中经常碰到不满足此假设的情况，例如比较两个基因在两组单细胞中的表达水平。

Bio_zouxudong·2023-08-21 01:07

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