单细胞测序

单细胞转录组数据 + 动力学：常见软件包&一般研究内容

目录RNA剪接动力学：eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断monoclescveloPAGA总结基因调控网络RNA剪接动力学：eg.RNAvelocityVelocyto细胞发育和分化轨迹推断monoclescveloPAGA总结基因调控网络
素材积累·2023-09-03 09:09

紫微斗数天地人三盘

例如整一个宇宙有一太极,一个单细胞也有一太极,甚至组成单细包的每一分子,也都各有一太极。太极是气,是宇宙万有的能源,化成阴阳,阴阳交构而化育万物;万物之中复皆涵蕴着太极。
Hi小憨·2023-09-03 03:38

捷报 | 求臻医学两地医学检验实验室满分通过此项室间质评

捷报近日，国家卫生健康委临床检验中心（NCCL）公布了2023年全国肿瘤体细胞突变高通量测序检测生物信息学分析室间质评结果，求臻医学北京、杭州两地医学检验实验室再度喜获佳绩，以满分的优异成绩通过本次考核
求小臻·2023-09-03 00:35

精准医学： 应用脑脊液游离DNA全基因组甲基化测序筛选小儿髓母细 胞瘤早期诊断与预后监测的可靠生物标志物｜液体活检专题

易点评本文是液体活检DNA甲基化标志物发现的典型研究案例。儿童脑恶性肿瘤如髓母细胞瘤(MB)致癌基因突变频率较低，但DNA甲基化改变明显，根据MB的这一特点作者使用了WGBS和CMS-IP-seq技术分别进行甲基化与羟甲基化监测，并将实验结果与大型公共数据库（IlluminaHumanMethylation450K芯片数据、已发表的儿童MB患者WGBS数据）相结合，针对MB肿瘤脑脊液(CSF)中的
易基因科技·2023-09-03 00:03

全基因组选择：LightGBM通过提升GWAS敏感性促进基因挖掘

GWAS是识别性状相关基因和理解性状背后的遗传结构的有效方法，随着下一代测序技术的快速发展，基因分型费用显著降低，而在大规模人群的情况下，表型已成为GWAS的瓶颈。
talentsta·2023-09-02 18:04

CRISPR-Cas9基因编辑7--测序验证敲除

前言：使用挑单克隆技术得到多个单克隆细胞系后，就要开始验证敲除，除了蛋白表达水平的检测，最终还是要看测序结果。
冻春卷·2023-09-02 18:06

10X单细胞和10X空间转录组学联合分析运用的方法思路及运用

hello，大家好，今天我们来总结一些10X单细胞和10X空间转录组联合分析的运用案例，让我们对10X单细胞和10X空间转录组的联合分析有一个深入的认识。
单细胞空间交响乐·2023-09-02 17:24

文献(5): 单细胞转录组揭示人类纤维化皮肤病中成纤维细胞的异质性

一句话评价：小样本量单细胞转录组在冷门疾病领域应用前景尚可，常规套路也能发NC1.Title标题可以看出本研究的主要内容：①构建成纤维细胞的图谱/揭示成纤维细胞的异质性；②找到一群（相对于正常样本）在纤维化皮肤病中含量升高的间充质成纤维细胞
TOP生物信息·2023-09-02 17:29

斑马鱼转基因载体与转基因鱼的命名

因为最近看到一个斑马鱼单细胞的文献，看实验部分的时候，看那斑马鱼品种看得我很懵逼，就索性了解下下咯TgBAC(agrp2:Gal4-VP16)tlv05;Tg(UAS:nfsB-mCherry)c264
Aji·2023-09-02 16:34

2018-06-20

转自小伙伴总结三．论述题：1、论述三种人基因组测序产品各自的优势和局限。答：全基因组重测序的优势：整个基因组范围内检测变异位点；可检测CNV、SV类型变异；对疾病先验知识要求不高。
caelynmin·2023-09-02 13:22

ARTS-DB: 抗生素抗性靶标数据库

随着公开测序基因组数量的指数级增长和BGC预测工具的进步，基因组挖掘算法已经发现了数百万
小白菜学生信·2023-09-02 09:13

10X单细胞（10X空间转录组）BCR（TCR）数据分析之(9)changeo

hello，大家好，前面分享了很多有关TCR的数据分析，今天我们来继续这个专题,今天的分享都是为后续最终的目的做准备，现在还都只是中间过程，好了，我们今天我分享的软件是changeo，大家可以参考文章Change-O:atoolkitforanalyzinglarge-scaleBcellimmunoglobulinrepertoiresequencingdata，2015年便发表了，而我们分享这
单细胞空间交响乐·2023-09-02 06:53

9月1日，每日信息差

1、华大智造：已实现海外基因测序仪和测序试剂的量产，实现了海外基因测序仪和测序试剂的量产2、邮储银行下调定存利率。
今日信息差·2023-09-02 05:22

老化的骨骼干细胞产生炎性退行性微环境

单细胞RNA测序研究显示功能丧失与衰老小鼠SSC转录组多样性减少直接相关，这导致了骨髓微环境的转化。年轻造血干细胞的
felix108·2023-09-02 00:36

Cell | 超深度宏基因组！复原消失的肠道微生物

为了理解工业化生活方式引起的微生物组变化，需要结合高深度的宏基因组测序来研究原始人(Hadza)微生物功能、生长动力学和扩散模式。
SHANGHAILINGEN·2023-09-01 18:05

《TCGA数据下载的终极篇》

NationalCancerInstitute(NCI,美国国家癌症研究所)和NationalHumanGenomeResearchInstitute(NHGRI,国家人类基因组研究所)合作，在2006年建立的癌症研究项目，旨在运用高通量测序技术和生物信息学分析方法探究癌症
生信学霸·2023-09-01 17:56

Nature| 论2023年最新“ 颠覆性 ”技术，人工智能在基因组学与单细胞直线开挂

一、科研背景生物医学是综合医学、生命科学和生物学的理论和方法而发展起来的前沿交叉学科,基本任务是运用生物学及工程技术手段研究和解决生命科学，特别是医学中的有关问题。机器学习技术能利用复杂的算法在大规模、异质性数据集中进行运行,在生物医学方面、人类基因组项目、癌症全基因组项目、等项目上都表现出了巨大的潜力，收集并分析与医学疗法和患者预后相关的大量数据集或能将医学转化称为一种数据驱动、以结果为导向的学
秀材·2023-09-01 16:32

恐龙

距今38亿年前，地球上开始出现了生命，那是生活在海涪的一种单细胞动物——草履虫；经过了数亿年的变化，草履虫演变成了爬行动物，生活在海洋、陆地和天空中心；又经过了时代的漫长变迁，世界上的第一只恐龙出现了。
小杰g·2023-09-01 14:07

全基因组关联分析 (GWAS) - 简介

后来，随着高通量测序成本的降低，标记数量越来越多，不得不进入linux和脚本操作的时代，因此我也陆陆续续的学习了R和Python等编程语言，但是在编程的世界里，只是一个小菜鸟，大部分的脚本都是“借来的”
Zhigang_Han·2023-09-01 13:00

GATK4重测序数据怎么分析？上游分析标准流程

GATK4×WGS今天分享一篇笔记，主要内容是WGS重测序下机数据fq.gz文件到变异位点信息vcf文件的操作过程，包括序列质控过滤、基因组比对、检测变异、合并VCF等步骤。
生信分析笔记·2023-09-01 10:35

单细胞转录组揭示乳腺癌转移能量代谢改变

Transcriptionaldiversityandbioenergeticshiftinhumanbreastcancermetastasisrevealedbysingle-cellRNAsequencing，单细胞转录组揭示乳腺癌转移能量代谢改变
拾光_2020·2023-09-01 01:12

二美：基因编辑的担忧——如果出现比我们完美的超级人类，会是灾难吗？

他通过基因编辑技术，在单细胞阶段，为两个婴儿露露和娜娜进行基因手术，去掉了她们的CCR5基因。说这样她们就可以天生免疫艾滋病病毒。艾滋病病毒之所以能攻击人类，靠的就是CCR5基因生产的蛋白质。
作家二美·2023-09-01 00:54

单细胞空间宏基因组揭秘微生物群对癌症空间和细胞异质性的作用

作者，EvilGenius新的一周，主要这周开始世界杯开赛了，看比赛的时间多了一点，个人喜欢德国队，不知道大家对世界杯有没有兴趣。今天的文章我们来分享一点新的内容。文章在Effectoftheintratumoralmicrobiotaonspatialandcellularheterogeneityincancer导读：肿瘤相关菌群是人类癌症类型肿瘤微环境的固有组成部分。迄今为止，肿瘤内宿主-微
单细胞空间交响乐·2023-08-31 21:21

肿瘤TMB的计算原理和数学模型

流程一般如下：手术取样、提取DNA、建测序文库、靶向捕获、NGS测序、数据比对、变异检测、变异注释、结果解读。复杂方法下的简单目的：数一数肿瘤特有的变异有几个，多数情况下平均每100万个
yangliunk1987·2023-08-31 07:35

单体型基因组的组装分类

单体型组装后可以大大降低重测序比对的SNP数量，同时增加indel数量。可以进行基因印迹或母体遗传分析。在农作物的
wo_monic·2023-08-31 06:55

高通量测序的前世今生

今天有师弟问我关于转录组测序和基因芯片的东西。问题如下：芯片里面用RMA方法标准化的方法是以FPKM作为标准么？
研平方·2023-08-31 06:23

重测序分析（5）使用lumpy进行结构变异检测

结构变异结构变异是指在物种中遗传和多态性的基因组DNA中的大规模结构差异。它们是染色体重排的结果（缺失，复制，插入，倒置）。如果这些多态性在细胞遗传学上可见，则称为异态。lumpylumpy是一款基于概率框架检测结构变异(structurevariants)的软件,它根据read-pair,split-read,read-depth和其他先验知识寻找基因组上可能的结构变异。lumpy基于paire
Bioinfor生信云·2023-08-30 18:56

10X单细胞（10X空间转录组）聚类分析之scDCC

hi，各位好，今天我们努努力，看一下10X单细胞和10X空间转录组普遍存在的dropout现象对我们数据分析的影响和文章中的方法scDCC是如何规避的，文章在Model-baseddeepembeddingforconstrainedclusteringanalysisofsinglecellRNA-seqdata
单细胞空间交响乐·2023-08-30 12:41

【动植物研究动态】20220410文献解读

我访问不了不知道）的豌豆基因分型测序（GBS）数据，共获得22,127个S
米源MY·2023-08-30 07:13

单细胞测序做到啥程度能毕业|博士篇

相较于单细胞测序本身而言，毕业显然是各位更关注的问题，"单细胞测序做到啥程度能毕业"这个问题总是在我的脑海中挥之不去，此前我们已经整理了硕士篇的内容：单细胞测序做到什么程度能毕业|硕士篇。
Biomamba生信基地·2023-08-30 07:09

手把手教你做单细胞测序数据分析（五）——细胞类型注释

前面的课程中基本已带领大家将单细胞测序预处理部分打通了，这里给大家介绍的是单细胞测序中最让人头疼的细胞类型注释。
Biomamba生信基地·2023-08-30 07:08

手把手教你做单细胞测序数据分析（六）——组间差异分析及可视化

往期回顾：在前面的课程中我们已经进行过“单样本数据分析”、“多样本数据整合”、“细胞类型注释”等内容的学习，相信大家现在已经能够对单细胞测序数据分析流程及Seurat对象的基本结构拥有了一定的了解。
Biomamba生信基地·2023-08-30 07:08

手把手教你做单细胞测序数据分析（二）———数据读取

相信经过大家这一个礼拜的学习，已经能够熟练的掌握R语言与Linux，现在我们就正式开始课程！有疑惑欢迎后台交流。一、代码：library(multtest)if(!require(multtest))install.packages("multtest")if(!require(Seurat))install.packages("Seurat")if(!require(dplyr))install
Biomamba生信基地·2023-08-30 07:08

手把手教你做单细胞测序（四）——多样本整合

手把手教你做单细胞测序（四）——多样本整合（B站同步播出，先看一遍视频再跟着代码一起操作，建议每个视频至少
Biomamba生信基地·2023-08-30 07:08

我骗了国家几千亿，又被你用一把草揭穿了……

西医：我们需要对新冠病毒进行基因测序，研究病毒的结构特点。中医：这种温邪啊，主要通过口鼻入侵人体，首先影响肺部，常引起发热干咳乏力等症状。西医：我们成功研发了核酸测试确诊技术。
华夏养生·2023-08-30 00:07

illumina测序原理

今天我利用一点时间，我们回顾illimina测序原理，非常值得从事生物学研究生的小白查阅哦~我的主要参考资料是如下的两个非常重要的vedio以及推文，链接如下。
ShanSly·2023-08-29 22:22

【文献分享，IF=66.85】CyTOF分析发现毒性T细胞加剧COVID-19重症风险

为了鉴定T细胞是否参与了免疫病理或者哪一亚类的T细胞导致免疫损伤，德国柏林大学研究团队将单细胞蛋白组（CyTOF）与单细胞转录组（scRNA-seq）技术相结合，评估COVID-19重症过程中致病T细胞的功能和诱导信号
普罗亭·2023-08-29 19:45

【珍藏版】热点综述 | 单细胞多组学研究怎么做？

这一优势促进了单细胞多组学分析的发展，使细胞类型特异性基因调控得以检测。单细胞多组学研究怎么做？
尐尐呅·2023-08-29 17:00

易基因：全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示儿童哮喘增强子区域的整体低甲基化｜科研速递

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。哮喘（asthma）是儿童期最常见的慢性炎症性疾病，患病率2.6%~30.5%，儿童哮喘是世界范围内的一个主要健康问题。儿童哮喘是遗传和环境因素复杂互作结果，可导致表观遗传和免疫失调、气道炎症和肺功能受损。先前研究利用850K芯片对哮喘的DNA甲基化变化的靶点特异性分析或DNA甲基化微阵列进行了描述，覆盖人类基因组约28MCpG中的27
易基因科技·2023-08-29 13:40

8月14日武汉见 | 易基因与您相约2023年度表观遗传与染色质生物学大会

易基因科技将携RNA修饰研究、DNA甲基化和羟甲基化研究、染色质结构构象与DNA互作研究、单细胞组学研究等表观特色产品亮相本次大会。欢迎各位老师前来易基因13号展位
易基因科技·2023-08-29 13:40

易基因：单细胞DNA甲基化与转录组分析揭示猪生发泡卵母细胞成熟的关键调控机制｜项目文章

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。在哺乳动物中，窦卵泡内的生发泡(germinalvesicle，GV)卵母细胞可以保持数月或数年的静止状态。促黄体生成素(luteinizinghormone，LH)激增促进了减数分裂（meiosis）恢复，使卵母细胞获得受精后和早期胚胎发育能力。同时还需要卵母细胞和粒细胞(granulosacell，GC)之间高度复杂的激素和能量互相
易基因科技·2023-08-29 13:09

【趋势速览】-单细胞研究数据库揭示转录组学研究趋势

迄今为止已发表的1000多项单细胞转录组学研究构成了生物发现的宝贵而庞大的资源。
六博说·2023-08-29 12:29

DART: a fast and accurate RNA-seq mapper with a partitioning strategy DART：使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器

afastandaccurateRNA-seqmapperwithapartitioningstrategyDART：使用分区策略的快速准确的RNA-seq映射器AbstractMotivation(动机):近年来，大规模并行cDNA测序
wangchuang2017·2023-08-29 02:16

捋一遍单细胞测序分群鉴定——基于seurat官网和网上资料~

在看完seurat官方分群教程后https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html感觉又收获很多东西，决定写下笔记，更好地去了解这个包，和单细胞测序数据的分析原理
申伟_4009·2023-08-29 00:29

2019-11 文献阅读报告

Batcheffectsinsingle-cellRNA-sequencingdataarecorrectedbymatchingmutualnearestneighborsLalehHaghverdi，AaronTLLun，MichaelDMorgan，JohnCMarioninaturebiotechnology文章摘要随着单细胞测序数据集规模增
xianmao123·2023-08-28 21:00

桑基图在单细胞数据探索中的应用

什么是桑基图桑基图（Sankeydiagram），即桑基能量分流图，也叫桑基能量平衡图。它是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，比较适用于用户流量等数据的可视化分析。因1898年MatthewHenryPhineasRiallSankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。用一个故事来介绍一下桑基图：这个非常著名的图是CharlesMina
周运来就是我·2023-08-28 12:34

2021-12-12转录组分析（四）--王通老师讲解

09测序数据处理（不是不好就不用，而是要尽可能去处理，挖掘数据的价值；即使是好的数据也需要处理）---也就是对数据进行过滤。[if!supportLists]1.
不如好好学生信吧·2023-08-28 11:21

2021-05-28生信星球day7-木易

测序过程和原理测序的世界https://www.jianshu.com/p/101c14c3a1d2测序类型测序历史链接http://mp.weixin.qq.com/s?
木易18·2023-08-28 10:10

单细胞数据中到底应该如何处理线粒体基因

什么是线粒体基因线粒体是参与细胞凋亡启动和执行的主要细胞器之一。线粒体基因在大多数细胞中表达，其表达水平是细胞类型特异性的。也就是说这个也是和细胞类型及其状态有关系的。为什么要处理因为线粒体基因的高表达水平可能是:样品质量差，导致大量细胞凋亡或裂解。特定样本的生物学，例如肿瘤活检，可能由于代谢活动和/或坏死而增加线粒体基因表达。凋亡细胞表达线粒体基因，并将这些转录产物输出到哺乳动物细胞的细胞质中。
周运来就是我·2023-08-28 09:20

单细胞分析实录(6): 去除批次效应/整合数据

上一篇已经讲解了Seurat标准流程，推文的最后，注意到了不同样本之间的表达数据是存在批次效应的，就像下图这样，有些是可以聚到一起的亚群，却出现了不同样本分开/偏移的情况，比如第3群，这种就是批次效应：接下来我会介绍Seuratv3的标准整合流程、Seurat结合Harmony的整合流程，仍然使用上一个数据集1.Seuratv3的标准整合流程对于不同样本先分别运行Seurat的标准流程到找Vari
TOP生物信息·2023-08-28 04:32
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