单细胞测序

拟时序分析的热图提取基因问题

昨天我在单细胞天地讲解了使用monocle2进行拟时序分析的方法，基本上跟着我的代码走一波就可以学会了，当然具体参数理解需要自行发力哦，见：使用monocle做拟时序分析（单细胞谱系发育）用法只是最基础的知识而已
Seurat_Satija·2023-08-15 14:04

CNS图表复现12—检查原文的细胞亚群的标记基因

前面的教程里面，我们首先根据CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则进行了初步分群，如下所示：immune(CD45+,PTPRC),epithelial/cancer(EpCAM+,EPCAM
Seurat_·2023-08-15 13:04

二代测序结果比较：Hiseq Xten VS NovaSeq 6000

从1977年Sanger发明了双脱氧链终止法一代测序技术开始，测序技术发展至今已有四十多年时间，先后经历了以GSFLX、Solexa、SOLID为基础的二代测序技术，以及基于单分子实时测序（SMRT）和纳米孔测序技术的三代测序技术
牧牧牧之·2023-08-15 13:34

Seurat24式太极拳之3白鹤亮翅---空间转录组整合单细胞转录组数据

三、白鹤亮翅稍右转体跟步抱球后坐转体虚步分手与单细胞数据集成在〜50um时，来自于病毒测定的斑点将涵盖多个细胞的表达谱。
Seurat_·2023-08-15 10:45

如何改造inferCNV的热图？

首先花半小时来看什么是inferCNV：使用inferCNV分析单细胞转录组中拷贝数变异划重点：安装说明：https://github.com/broadinstitute/inferCNV/wiki/
Seurat_Satija·2023-08-15 07:14

单细胞在临床上的应用

在这个命题下要写一篇文章，我想思路应该这样打开：标题里包括两个部分一个是单细胞测序技术，另一个是临床，要把两者结合起来，首先要了解两者分别有哪些内容，其次就是放开束缚去畅想两者的关联。
周六周六·2023-08-15 01:15

认知觉醒之——人类的三重大脑

一：本能脑起初地球上并没有生命，数十亿年前，远古海洋中出现了一些“复制子”，它们逐渐进化成了单细胞生物，又演化成动物植物和微生物，之后又分化成各种原始鱼类，遍布大海。
德罗巴007_592·2023-08-14 22:28

Single Cell RNA-seq Analysis 学习记录（二）：数据整理

处理原始scRNA-seq数据2.1FastQC当你获取到单细胞下机数据的时候，第一步需要做的就是检查数据质量。
面面的徐爷·2023-08-14 19:44

单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程

单细胞GSEA分析需要的文件有两个：1.单细胞基因表达变化数据（两列，一列是geneid/genesymbol，一列是logFC）（文件格式：.rnk）2.目标基因集（文件格式：.gmx或.gmt）一行是一个
Hayley笔记·2023-08-14 19:58

近乎全文翻译：在单细胞水平上构建人类细胞景观图谱

Constructionofahumancelllandscapeatsingle-celllevel2020年发表在nature上，这篇文章是我两个月之前看的了，现在整理发出来通讯作者：郭国骥教授浙江大学医学院。Highlight•Determinedthecell-typecompositionofallmajorhumanorgansandconstructedaschemeforthehu
宛廿庚·2023-08-14 09:47

群体遗传学习专题一

其基本思路都是在酶切之后，对酶切片段进行部分处理，再进行测序的技术技术分类：RAD-seq：原始的RAD-seq技术。
Jessica_7·2023-08-14 06:22

生物信息学：bedGraph文件、Bed文件转、BAM文件转化

bam文件bed文件bedGraph文件R语言和linux实现从bedgraph到bam的转化从bedgraph到bedgenome.size.txtbed转bam引言BamBedbedGraph是保存测序数据的常用格式
茅逗逗·2023-08-14 06:32

【机器学习】十大机器学习基础算法

十大机器学习算法入门近年来，机器学习与人工智能已广泛应用于学术与工程，比如数据挖掘、计算机视觉、自然语言处理、生物特征识别、搜索引擎、医学诊断、检测信用卡欺诈、证券市场分析、DNA序列测序、语音和手写识别
infinite_with·2023-08-14 05:15

单细胞转录组数据分析课件||8. Differential expression analysis of scRNA-seq data

单细胞数据分析中的差异分析主要是找出每个亚群的marker基因，可以作为亚群的某个特性。此处省略SCDE的标准流程。
周运来就是我·2023-08-13 15:14

机器学习&&深度学习——seq2seq实现机器翻译（详细实现与原理推导）

seq2seq实现机器翻译（详细实现与原理推导）引入编码器解码器损失函数训练预测预测序列的评估小结引入我们的任务就是
布布要成为最负责的男人·2023-08-13 12:44

机器学习:隐马尔可夫模型(HMM)

后续会回来补充代码1隐马尔可夫模型  隐马尔可夫模型(HiddenMarkovModel,HMM)是可用于标注问题的统计学模型，描述由隐藏的马尔可夫链随机生成观测序列的过程。
Sun_Sherry·2023-08-13 10:55

PyTorch翻译官网教程-LANGUAGE MODELING WITH NN.TRANSFORMER AND TORCHTEXT

LanguageModelingwithnn.Transformerandtorchtext—PyTorchTutorials2.0.1+cu117documentation使用NN.TRANSFORMER和TORCHTEXT进行语言建模这是一个关于训练模型使用nn.Transformer来预测序列中的下一个单词的教程
poorCoder_·2023-08-13 06:21

转录组不求人系列(一)：转录组测序文件与一般基础概念解读

其实转录组现在很普及了，一个样品的测序价格也非常低。转录组的作用几乎如同于PCR一样常见，在很多文章中只是一个验证的作用，很少有文章单纯靠转录出发做一个研究，除非你有非常好的新点子。
KS科研分享与服务·2023-08-13 04:19

跟着Cell学单细胞转录组分析(十三):单细胞GSVA分析|这个包涵盖大多数物种

之前我们发过GSVA分析（有了这个包，猪的GSEA和GSVA分析也不在话下（第一集），【后续来了】有了这个包，猪的GSEA和GSVA分析也不在话下（第二集）），接着单细胞系列，重新说一下GSVA分析。
KS科研分享与服务·2023-08-13 00:04

从头组装基因组实践

imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)使用的原始文件测序者会提供两个文件：一个是fastq文件（每个样本
Hello育种·2023-08-12 23:09

这个Nature推荐的代码海洋竟然有文章作者上传的所有可重现性脚本，涉及单细胞、微生物组、转录组分析、机器学习等相关

可重复性研究一直是学术发表希望实现的方式，更有助于判断研究结果的准确性和帮助后人以此为基础进行深入研究。计算分析类型的研究，是能够比较容易实现可重复性的-只要分享代码和数据就可以（当然配置运行环境也需要一定的功底），如使用Rmarkdown或Bookdown或者Jupyternotebook等，像宏基因组主编刘永鑫老师的植物根系菌群分析的NBT文章那样，把代码存放在Github上面也是一种比较好的
生信宝典·2023-08-12 23:49

Seurat包合并多个单细胞样本

示例数据：GSE139324有63个samples。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1393241我们选取其中十个，利用Seurat包下载合并，创建Seurat对象。1、rawdata改名、分组创建Seurat对象，每个样本都需要barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz三个
小贝学生信·2023-08-12 17:02

生信学习笔记：单端测序(Single-read)与双端测序(Paired-End)

单端测序(Single-read)与双端测序(Paired-End)一图看区别：总的来讲就是单端测序只从一侧读，而双端测序是两头同时读然后拼接单端测序(Single-read)Single-Read测序
twocanis·2023-08-12 15:36

生信学习笔记：fastp质控处理生成的report结果解读

readsQ20和Q30N值AdaptersDuplicationInsertfastpreportsummaryAdapterInsertsizeestimationBeforefiltering前言测序出来的数据利用
twocanis·2023-08-12 15:36

机器学习之隐马尔科夫

设是长度为的状态序列,是对应的观测序列:是状态转移概率矩阵:其中,是在时刻处于状态的
shtahal·2023-08-12 10:51

植物单细胞样本制备||玉米愈伤组织原生质体制备方法

实验步骤：取1.5克悬浮培养的玉米愈伤组织，加入15ml的酶液（4%CellulaseRSYakult,1%RhozymeinKMCsaltsolution）.在温控摇床上30度温育3-4小时。先用100um的，然后再用50um的滤网对消化过的组织进行过滤。过滤后的原生质体转移到12ml的离心管里，缓慢顺壁倒入1-2ml的蔗糖溶液（0.6Msucrose，0.5%MES，pH6.0），使蔗糖溶液在
周运来就是我·2023-08-12 08:10

生信＋实验：最全单基因研究套路总结

随着测序技术的发展，每年测序数据量以PB级增长。随着海量测序数据的增长，越来越多的研究人员开始挖掘公共数据库中的测序数据的意义。已有很多研究表明，某个基因可能参与了某种肿瘤的发生和发展。
Seurat_Satija·2023-08-12 06:37

单细胞108篇文献解读之8---Cell differentiation trajectory predicts patient potential immunotherapy response...

单细胞测序太贵？那不如挖掘公共数据库发4分+SCI大家好！今天跟大家分享的文献是2021年2月发表在Aging（IF=4.831）杂志上的一篇文章。
Seurat_Satija·2023-08-12 05:48

2022-07-29

张泽民课题组受邀在Science杂志发表泛人类组织单细胞测序观点文章目前科学家对人类细胞如何互相作用以组成不同组织与器官的认识仍然十分有限。
appleppear·2023-08-12 05:03

图像多目标跟踪

是自动驾驶中常见的任务，根据跟踪目标数量的不同，目标跟踪可分为：单目标跟踪（SingleObjectTracking，SOT）多目标跟踪（Multi-ObjectsTracking，MOT）目标跟踪所要做的是根据传感器量测序列确定真实目标的数量以及每个目标的对应状态
小宋001·2023-08-12 03:59

单细胞多模态数据整合分析

作者：椰子糖审稿：童蒙编辑：amethyst随着单细胞测序技术的发展，多种组学的单细胞数据也越来越多，要如何更好的使用多组学的数据去解析样本的细胞组成和特征情况呢？
生信阿拉丁·2023-08-12 03:25

Day7-喵柏

2020-9-20我的老板是一名遗传科医生，很多罕见病都是遗传疾病治疗罕见病的医生是比罕见病患者更罕见的人测序知识.png
喵柏·2023-08-12 02:53

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---Part3

文献名：Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionPart1:Clusteringapproachtolinkgeneexpressionprogramstocell-fatedecisions将基因表达程序与细胞命运决策联系起来的聚类方法模糊C聚类（Fuz
科研菜鸟·2023-08-11 20:19

10X空间转录组技术创新之同时测RNA和TCR（BCR）

重要性1、10X单细胞既然无从知道空间位置，那也就无从真正判断TCR（BCR）是否浸润肿瘤组织，当然，有了很多方法进行推断，但是，也是有根据的“猜”，就像科学家们都推断火星的地质活动已经停止了，不会产生地热
单细胞空间交响乐·2023-08-11 18:02

10X空间转录组技术创新之同时测RNA和TCR（BCR）

重要性1、10X单细胞既然无从知道空间位置，那也就无从真正判断TCR（BCR）是否浸润肿瘤组织，当然，有了很多方法进行推断，但是，也是有根据的“猜”，就像科学家们都推断火星的地质活动已经停止了，不会产生地热
单细胞空间交响乐·2023-08-11 18:01

社会实践第九天

拥抱了基因测序的双手之后，我不知道自己的心是否会会平静，早晨，我们一行12个人早早地来到了公司的C楼的三楼会议室里等待着宇航姐，带领着我们进行最后一次的实践活动。
将暮未暮_5083·2023-08-11 18:00

Django 用ajax写一个测序数据管理的页面

页面展示如下，数据框中输入数据路径，点击添加数据后，数据在后台进行下载，前端页面显示添加成功弹窗，然后返回刷新后的列表页面。image.png页面展示的代码：html端：主要是要写，这个id用来后面给js绑定点击事件。表单{%forfieldinform%}{{field.label}}{{field}}{{field.errors.0}}{%endfor%}添加新数据JS代码：image.png
11的雾·2023-08-11 17:32

测序原理笔记 RNA-seq 和WES--day 5

1，RNA-seq测试原理测序步骤，先去除保守的rRNA，→polyA尾的特性，用磁珠吸附→Mg镁离子溶液打断mRNA→随机引物变成双链合成第一条cDNA（由RNA变成单链DNA）→再合成第二条DNA（
悦时光_·2023-08-11 14:36

pyscenic分析：视频教程

我们之前更新过pyscenic的教程：pySCENIC单细胞转录因子分析更新：数据库、软件更新。
TS的美梦·2023-08-11 11:09

跟着Cell学单细胞转录组分析(六):细胞比例计算及可视化

今天接着单细胞文章的内容：从Cell学单细胞转录组分析(一):开端！！！
KS科研分享与服务·2023-08-11 11:45

空间转录组教程||用BayesSpace提高分群和基因分辨率

在空间数据的分析中，痛点像单细胞转录组一样也是：聚类。我们希望聚出来的类不仅在uamp、tsne这样的空间中是清楚明了的，也希望在空间坐标中也是这样。同时也希望找到空间特异的基因表达模式。
周运来就是我·2023-08-11 10:48

挖掘SRA的辅助小工具（NCBI高通量测序数据收录库）

写在前面伴随高通量测序技术的普及，海量的测序数据被产生并上传到网络数据库，如NCBISRA。我们每个人都可以很轻易地获得这些数据，并用于有生物学问题针对性地分析。
生信石头·2023-08-11 09:00

热点综述 | 高维单细胞RNA测序数据分析工具

scRNA-seq数据的一般分析流程是怎样的？scRNA-seq数据分析会用到哪些工具？scRNA-seq数据集通常包含由于不完全RNA捕获、PCR扩增偏差和/或特定于患者或样本的批次效应而产生的技术噪声，如何降低技术噪声对数据分析的影响？...这些问题的答案都在今天分享的这篇综述里来自美国的科研人员在《NatureReviewsNephrology》发表综述文章，针对scRNA-seq分析所需的
尐尐呅·2023-08-11 08:30

Illumina Hiseq/Miseq测序原理简介

一、Solexa测序技术前世今生（——Illumina平台）Solexa高通量测序技术是由英国剑桥大学派生的Solexa公司建立起来的。该方法以单分子阵列技术为基础，是对合成测序技术的发展与延伸。
JarySun·2023-08-11 05:34

学习小组Day7--权月

测序.png
权嘻嘻_04ec·2023-08-11 02:21

项目文章 | Theranostics — 单细胞转录组测序技术揭示玉米赤霉烯酮对原始卵泡发育的毒害作用

近日，青岛农业大学沈伟课题组在期刊《Theranostics》上发表了题为“Single-celltranscriptomicprofilingprovidesinsightsntothetoxiceffectsofZearalenoneexposureonprimordialfollicleassembly”的研究论文，青岛农业大学生殖细胞生物学课题组李兰副教授为文章的通讯作者，硕士生田宇为文章
贝瑞科服·2023-08-11 01:29

2022年4月1日

查找靶基因有两种办法，一种是生物学信息预测，一种是测序。用TargetScan预测。卡在怎么更快地找到靶基因涉及方面的信号通路。今天整理了床铺和书桌。明天去老产做实验，我要做好做实验的心理准备。
小吖的记录馆·2023-08-10 19:04

ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类

GettingStartedwithArchRArchR官网教程学习笔记2:基于ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维大多数单细胞聚类方法专注于计算降维的
生信start_site·2023-08-10 14:57

如何看单细胞（或空间）亚群间关系2022-07-03

方法1umap降维图：亚群间距离越近，越相似方法2查看cluster间差异分析结果中marker基因，可从genecard中查看top的几个功能方法3（根据表达量进行相关性分析cor）单细胞亚群相关性分析基于
Bio小盼·2023-08-10 11:51

SCPA：系统性评估单细胞亚群通路活性

前言基于单细胞数据进行通路活性的评分软件已经有很多款了，Immugent在之前的一篇推文：一文带你了解单细胞数据基因集打分的所有算法中就介绍过一些常用的算法。
生信宝库·2023-08-10 10:55
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