单细胞转录因子分析第29页

Seurat4系列教程（搬运工，细节待更新）

转自公众号《单细胞天地》系列文章标准流程Read10XCreateSeuratObjectPercentageFeatureSetsubsetNormalizeDataFindVariableFeaturesScaleData

白云梦_7·2023-08-22 20:05

跟着Cell学单细胞转录组分析(五):单细胞转录组marker基因鉴定及细胞群注释

书接上回（跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类）。

KS科研分享与服务·2023-08-22 10:08

单细胞图文复现之动脉组织细胞分类

又是老板扔来的一篇单细胞数据的文章！

_十三·2023-08-22 09:37

答读者问(7)：关于doublet

一般我会先用软件预测，可以参考我之前写的一篇帖子：单细胞分析实录(4):doublet检测。这里引出一个问题，去doublet是在哪一步进行：跑完cellrange

TOP生物信息·2023-08-21 23:25

空间转录组国产平台之光------STOmics

今天我们要继续空间转录的内容，不过今天我们需要介绍一个国产空间转录组平台----STOmics，技术文章在Largefieldofview-spatiallyresolvedtranscriptomicsatnanoscaleresolution

单细胞空间交响乐·2023-08-21 21:13

全长转录本结构分析（下）

作者：Arno审稿：童蒙编辑：angelica前面我们介绍了PacBio三代全长转录组测序相关的全长转录本鉴定、全长转录本比对、全长转录本结构分析上篇。

生信阿拉丁·2023-08-21 19:43

单细胞转录组基础分析五：细胞再聚类

本文是参考学习单细胞转录组基础分析五：细胞再聚类的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。

Seurat_·2023-08-21 18:21

生物学研究中常见的统计检验方法(二：Wilcoxon test)

然而，在生物信息学分析中经常碰到不满足此假设的情况，例如比较两个基因在两组单细胞中的表达水平。

Bio_zouxudong·2023-08-21 01:07

ArchR官网教程学习笔记16（下）:ArchR的轨迹推断分析

ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类ArchR官网教程学习笔记6:单细胞嵌入

生信start_site·2023-08-21 00:36

详细介绍新版SingleR进行单细胞自动化鉴定

作者：尧小飞审稿：童蒙编辑：amethyst引言随着10xGenomics单细胞转录组技术的普及，现在的单细胞转录组分析越来越普及，得到的单细胞数据越来越多。

生信阿拉丁·2023-08-20 23:19

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析总结之各种NMF

hello，大家好，今天我们来初步总结一下所有单细胞分析用到的NMF。我们先来简单回顾一下批次矫正的方法liger。

单细胞空间交响乐·2023-08-20 20:19

学习小组Day4笔记--素还真

二代测序流程图image.png组学分类：基因组学：image.png转录组：image.png蛋白组学：image.png代谢组学：image.png

素还真_cf26·2023-08-20 19:12

单细胞多样本整合-GSE162631

GSE162631，4个胶质瘤样本，总计5万多个细胞。Seurat+CCA整合+singleR跑了跑。library(dplyr)library(Seurat)library(patchwork)dirs=dir(pattern="^R")f="dat.Rdata"if(!file.exists(f)){scelist=list()for(iin1:length(dirs)){x=Read10X(

小洁忘了怎么分身·2023-08-20 16:35

2022-06-03如何快速分析植物激素通路相关基因

麦冬花儿·2023-08-20 09:55

2022-04-05

呼吸是需要氧气的，首先氧气进入细胞之后出来之后就变成了二氧化碳，单细胞生物需要呼吸，多细胞生物也需要呼吸，我们呼吸的目的是消化有机物而转化为能量。

洵张·2023-08-20 07:32

projectLSI：将你的单细胞或bulk转录组数据映射到参考数据集中

简介在单细胞数据分析过程中，我们经常会遇到不同样本之间整合的批次效应和细胞类型注释的困难，projectLSI包利用termfrequency–inversedocumentfrequency(TF-IDF

Davey1220·2023-08-20 06:16

转录组分析实战第七节：采用Trinotate对拼接结果进行注释

既然可以通过Trinity对所有的Reads进行拼接后得到很多的转录本（Transcripts),因此很有必要对这些转录本进行注释。

Yeyuntian·2023-08-20 05:25

【文献简报】通过共享单细胞RNA和染色质开放区域来鉴定染色质潜力

这篇文章开发了一种同时捕获RNA和染色质开放信号的方法，在该方法中，染色质中的开放区域先被Tn5标记，RNA再反转录成具有biotin的cDNA。

六博说·2023-08-20 04:07

单细胞转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵

转载来自：刘小泽链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.6.17-第二单元第三讲：熟悉文献作者提供的两个表达矩阵笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索

夕颜00·2023-08-19 19:43

AnnData对象处理

AnnData是python中存储单细胞数据的一种格式，常用于scanpy。

myshu·2023-08-19 14:16

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---Part1

Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionPart1:发育中人类大脑皮层的单细胞调控图谱该部分主要内容总结

科研菜鸟·2023-08-19 13:26

Illumina测序原理

公司开发的HiSeq和MiSeq高通量测序步骤1librarypreparation（文库制备）：用于测序的样本可以是打断的基因组DNA、逆转录生成的CDNA或PCR扩增产物等片段。

医学小咖成长之路·2023-08-19 12:08

Bioconda软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出

seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析

生信宝典·2023-08-19 01:51

Seurat24式太极拳之7左揽雀尾---将Seurat与多组学数据结合使用

七、左揽雀尾转体撤手收脚抱球转体上步弓步掤臂摆臂后捋转体搭手弓下前挤转腕分手后坐引手弓步前按载入数据同时测量来自同一细胞的多种数据类型的能力（称为多峰分析）代表了单细胞基因组学的一个令人兴奋的新领域。

Seurat_·2023-08-18 20:35

2022-07-11

CellReports|单细胞测序揭示肿瘤“教坏”巨噬细胞的关键因子原创图灵基因图灵基因2022-07-1108:32发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制软组织肉瘤的治疗非常具有挑战性。

图灵基因·2023-08-18 12:43

ArchR官网教程学习笔记9:ArchR的伪批量重复

ArchR推测DoubletArchR官网教程学习笔记3:创建ArchRProjectArchR官网教程学习笔记4:ArchR的降维ArchR官网教程学习笔记5:ArchR的聚类ArchR官网教程学习笔记6:单细胞嵌入

生信start_site·2023-08-18 11:37

单细胞测序的设计与分析

http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2015.10.039缩略词表：fluorescence-activatedcellsorting(FACS)——流式细胞荧光分选技术whole-genomeamplification(WGA)——全基因组扩增技术multipledisplacementamplification(MDA)——多重置换扩增multipleanneal

FionaMoon·2023-08-18 09:53

王炸组合『单细胞+空间转录组』的科研应用【1】：心血管发育/疾病

提到科研顶流，就不得不提单细胞转录组（scRNA-seq）和空间转录组（ST），两者组合能够获得组织中的细胞组成并还原其空间信息，从而更加精确的解析组织结构，在科研以及临床应用中具有重要的意义。

尐尐呅·2023-08-18 09:57

遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性

转录组分析的正确姿势（第三版）前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-08-18 03:30

【文献速递】-追踪蚂蚁社会分工的神经基础的单细胞转录组图谱

Asingle-celltranscriptomicatlastrackingtheneuralbasisofdivisionoflabourinanantsuperorganism期刊：natureecology&evolution日期：2022-06-16研究团队选用了社会性昆虫研究的模式物种——法老蚁作为研究对象，基于华大DNBelabC4单细胞建库测序平台

六博说·2023-08-17 20:06

RNA速率模型分岔图分析举例

RNA速率模型严格方程为：其中：u代表unsplicedreads数s代表splicedreads数α代表转录速率β代表剪切速率γ代表RNA降解率假设β=1；α，γ为常数，我们可以得到简化版的方程：我们单独讨论

小潤澤·2023-08-17 15:52

10X空间转录组的一个案例：小鼠大脑

INTRODUCTION为了展示空间转录组学技术的潜力，下面介绍一些由空间解析RNA测序数据的基本分析。为了产生这个数据集，我们在小鼠大脑的冠状切面上进行了空间转录组分析。

周运来就是我·2023-08-17 14:32

单细胞转录组学习笔记-6-得到表达矩阵后看内部异质性

转载来自：刘小泽链接：https://www.jianshu.com/p/e659a2f164f7刘小泽写于19.6.18、23-第二单元第四讲：得到表达矩阵后看内部异质性笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索

夕颜00·2023-08-17 09:44

查找一个基因的序列

工具ncbigene#查看基因信息nucleotide#查看mRNA序列，mRNA转录变体，长度transcriptvariant1,mRNAtranscriptvariant2,mRNA#指某个基因有两种

小灰灰want_to_fly·2023-08-17 04:47

JASPAR:转录因子motif数据库

JASPAR是一个免费公开的转录因子数据库，在该数据库中收录了转录因子的mitif信息，可以用来预测转录因子与序列的结合区域。

生信修炼手册·2023-08-16 23:08

《智在沟通——国际汉语课堂教学与管理案例及解析》

特此声明：以下内容非本人创造，皆为两位老师书中精华，拆书学习转录于此，以便学习。

安然我心·2023-08-16 11:10

spss--因子分析案例介绍

这篇文章向大家介绍一个因子分析的实践操作案例。

211统计课堂·2023-08-16 10:28

达芬奇18.5（DaVinci Resolve Studio 18.5）Win/Mac 中文激活版

剪辑师可以转录片段中的音频，根据叙事内容搜索媒体，或者通过自动语音转文字功能快速为时间线生成字幕。

2301_77698183·2023-08-16 08:29

初学单细胞转录组差异分析

单细胞转录组差异分析主要分为两步：首先构建Seurat对象，然后查找或添加分组信息，最后执行差异分析即可。转录组差异分析在之前单细胞富集分析里，也有提到。

小贝学生信·2023-08-16 07:47

10X单细胞空间联合分析揭示病毒性心肌炎的发病机制

好了，这一篇我们继续分享单细胞空间联合分析的文章，大业未完成，我们仍需要努力，参考文章在Spatiotemporaltranscriptomicsrevealspathogenesisofviralmyocarditis

单细胞空间交响乐·2023-08-16 07:59

2022-01-05

②逐字稿扒词没完成被晓艳小仙女老师问了两次了心里也不好意思还着急，转录已完成就差电脑排班和插入图片了，对于自己是几乎不碰电脑的小白，让老公帮忙整理，上午给老公联系，人家也在忙自己的工作，咋办呢？

文娟love·2023-08-16 05:11

单细胞测序GSVA基因集变异分析

GSVA基因集变异分析结合limma包分析差异基因集基因集变异分析即GSVA（Genesetvariationanalysis）,是一种非参数的无监督分析方法，主要用来评估芯片和转录组的基因集富集结果，

像鸟一样飞过你的高山·2023-08-16 05:35

10X空间转录组之再谈距离分析和空间临近通讯

首先来谈第一个距离分析关于空间上细胞距离的分析，其实谈了很多了，大家可以参考我之前分享的文章空间转录组细胞类型的spotdistance-basedanalyses，距离分析、空间转录组细胞类型的距离分析之二

单细胞空间交响乐·2023-08-15 19:13

热图展示单细胞转录组基因在不同组中表达阳性细胞差异

近日，看到-生信作曲家-发的帖子，展示的内容是单细胞差异基因的图，是利用热图的形式展现的，在一个热图上可以展示不同cluster中不同组的基因表达阳性细胞比例，差别一目了然，可以同时展示很多的基因。

KS科研分享与服务·2023-08-15 19:31

拟时序分析的热图提取基因问题

昨天我在单细胞天地讲解了使用monocle2进行拟时序分析的方法，基本上跟着我的代码走一波就可以学会了，当然具体参数理解需要自行发力哦，见：使用monocle做拟时序分析（单细胞谱系发育）用法只是最基础的知识而已

Seurat_Satija·2023-08-15 14:04

CNS图表复现12—检查原文的细胞亚群的标记基因

前面的教程里面，我们首先根据CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则进行了初步分群，如下所示：immune(CD45+,PTPRC),epithelial/cancer(EpCAM+,EPCAM

Seurat_·2023-08-15 13:04

二代测序结果比较：Hiseq Xten VS NovaSeq 6000

虽然三代测序在蓬勃发展，并在基因组和转录组测序等领域展现出前所未有的优势，但限于成本问题，其应用范围尚不及二代测序。二代测序技术以其短读长、高通量、准确性高的特点，仍在

牧牧牧之·2023-08-15 13:34

Seurat24式太极拳之3白鹤亮翅---空间转录组整合单细胞转录组数据

三、白鹤亮翅稍右转体跟步抱球后坐转体虚步分手与单细胞数据集成在〜50um时，来自于病毒测定的斑点将涵盖多个细胞的表达谱。

Seurat_·2023-08-15 10:45

如何改造inferCNV的热图？

首先花半小时来看什么是inferCNV：使用inferCNV分析单细胞转录组中拷贝数变异划重点：安装说明：https://github.com/broadinstitute/inferCNV/wiki/

Seurat_Satija·2023-08-15 07:14

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